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Clostridium difficile est un pathogène entérique anaérobie, à Gram positif et sporulé qui est associé à une morbidité et à une mortalité croissantes et constitue par conséquent une menace urgente pour la santé publique. La récurrence d’une infection à C. difficile (ICD) après un traitement antibiotique réussi est élevée, survenant chez 20 à 30 % des patients, nécessitant ainsi la découverte de nouvelles thérapies contre cet agent pathogène. Les modèles animaux actuels d’ICD entraînent des taux de mortalité élevés et ne se rapprochent donc pas des manifestations chroniques et insidieuses de la maladie observées chez l’homme atteint d’ICD. Pour évaluer les traitements contre C. difficile, il est nécessaire de disposer d’un modèle murin se rapprochant de la maladie humaine à l’aide d’une souche cliniquement pertinente. Ce protocole décrit le modèle murin de céfopérazone de l’ICD à l’aide d’une souche cliniquement pertinente et génétiquement traitable, R20291. Les techniques de surveillance clinique de la maladie, de dénombrement bactérien de C. difficile, de cytotoxicité des toxines et de changements histopathologiques tout au long de l’ICD dans un modèle murin sont détaillées dans le protocole. Comparé à d’autres modèles murins d’ICD, ce modèle n’est pas uniformément létal à la dose administrée, ce qui permet d’observer une évolution clinique prolongée de l’infection concordant avec la maladie humaine. Par conséquent, ce modèle murin de céfopérazone de l’ICD s’avère une plate-forme expérimentale précieuse pour évaluer les effets de nouvelles thérapies sur l’amélioration de la maladie clinique et sur la restauration de la résistance à la colonisation contre C. difficile.