Protocole de numérisation de l'horloge pour l'analyse d'image: Plugins ImageJ

Summary

Cet article décrit deux nouveaux plugins ImageJ pour l'analyse d'image 'Clock Scan'. Ces plugins élargissent la fonctionnalité du programme original de base visuelle 6 et, surtout, mettent le programme à la disposition d'une grande communauté de recherche en le regroupant avec le logiciel ImageJ.

Abstract

Le protocole de balayage de l'horloge pour l'analyse d'image est un outil efficace pour quantifier l'intensité moyenne des pixels à l'intérieur, à la frontière et à l'extérieur (arrière-plan) d'une région d'intérêt convexe fermée ou segmentée, ce qui conduit à la génération d'un pixel radial intégral moyen, Profil d'intensité. Ce protocole a été développé à l'origine en 2006, en tant que script visuel de base 6, mais en tant que tel, il avait une distribution limitée. Pour résoudre ce problème et rejoindre les efforts récents similaires d'autrui, nous avons converti le code du protocole d'analyse de l'horloge d'origine en deux plugins basés sur Java compatibles avec les programmes d'analyse d'image sponsorisés par NIH et librement disponibles comme ImageJ ou Fiji ImageJ. En outre, ces plugins ont plusieurs nouvelles fonctions, élargissant encore la gamme des fonctionnalités du protocole original, telles que l'analyse de multiples régions d'intérêt et les piles d'images. La dernière caractéristique du programme est particulièrement utile dans les applications dans lesquelles il est important de déterminer les changements liésÀ l'heure et à l'emplacement. Ainsi, l'analyse de l'analyse de l'horloge des piles d'images biologiques peut potentiellement être appliquée à l'épandage de Na ⁺ ou Ca ⁺⁺ dans une seule cellule, ainsi qu'à l'analyse de l'activité d'étalement ( par exemple , les ondes de Ca ⁺⁺ ) dans les populations synaptiquement Des cellules couplées à la jonction ou à l'intervalle. Ici, nous décrivons ces nouveaux plugins d'analyse de l'horloge et montrons quelques exemples de leurs applications dans l'analyse d'image.

Introduction

Le but de ce travail est de présenter un protocole de numérisation de l'horloge sans plateforme et accessible gratuitement à tout chercheur intéressé par ce type d'analyse d'image. Le protocole Clock Scan a été développé à l'origine en 2006 ¹ , dans le but d'améliorer les méthodes existantes de quantification de l'intensité des pixels dans des régions d'intérêt convexes (ROI), une méthode qui présente une meilleure capacité d'intégration et une meilleure résolution spatiale. Au cours de l'acquisition, le protocole collecte séquentiellement de multiples profils radiaux d'intensité de pixels, scannés du ce....

Protocol

1. Installation du logiciel

1. Installez les dernières versions de Java groupé et ImageJ ou Fiji ImageJ comme recommandé sur les sites respectifs (voir la table des matériaux pour les liens vers les sites Web correspondants). Dans le texte ci-dessous, les deux programmes sont appelés «ImageJ».
2. Copiez les fichiers "Clock_Scan-1.0.1. Jar" et "Multi_Clock_Scan-1.0.1.jar" en utilisant le lien fourni dans la table des matériaux et collez-les dans le répertoire de plugins ImageJ. Vous pouvez également utiliser l'option "Plugins | Installer le plugin" pour installer ces fichiers après avoir été enregistrés sur le disque dur de l'ordinateur.

Results

Les images utilisées ici à titre d'illustration sont tirées des bases de données créées lors de nos précédentes études biologiques sur les cellules et les tissus ^{5 , 6 , 7} et de l'Allen Mouse Brain Atlas ⁸ . Les deux plugins ont été testés avec succès à l'aide de l'environnement ImageJ 1.50i / Java 1.8.0_77, ImageJ 2.0.0-rc-44 / 1.50e / Java 1.8.9_66 et Fiji ImageJ 2.0.0-.......

Discussion

Protocole de numérisation d'horloge: le protocole de numérisation d'horloge est un outil rapide et simple d'analyse d'image. Les avantages de ce protocole, par rapport aux approches communes existantes de l'analyse d'image (telles que les analyses linéaires d'intensité de pixels ou le calcul de l'intensité moyenne des pixels du ROI) ont été décrits en détail dans les publications précédentes ^{1 , 9} . En bref, ce pr.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Ordinateur	Tout		logiciels énumérés ci-dessous
ImageJ ou Fiji ImageJ	NIH	https://imagej.nih.gov/ij/ ou https://fiji.sc/	fourni avec Java 1.8 ou supérieur
Plug-scan d’horloge	Plugwares gratuits	https://sourceforge.net/projects/clockscan/	Clock_Scan-1.0.1 jar et Multi_Clock_Scan-1.0.1/ jar
Origin 9.0	OriginLab	Northampton, MA, États-Unis	Ce programme a été utilisé pour générer des graphiques des données originales du balayage de l’horloge. Tout autre logiciel graphique peut être utilisé pour exécuter cette fonction