Détection et Quantification de Plasmodium falciparum dans aqueux globules rouges par atténuée totale réflexion spectroscopie infrarouge et analyse de données

Résumé

Nous présentons ici un protocole pour la détection et la quantification de Plasmodium falciparum infectés aqueuse globules rouges à l’aide d’un spectromètre infrarouge de la réflexion totale atténuée et analyse de données multivariées.

Résumé

Nous démontrons une méthode de dosage et détection des parasites en solution aqueuse des globules rouges (hématies) en utilisant une simple paillasse atténuée totale réflexion Fourier Transform (IRTF) spectromètre infrarouge conjointement avec (analyse de données LCVA). 3 7 P. falciparum ont été cultivés à 10 % parasitémie anneau stade des parasites et utilisé pour doper les globules rouges fraîches donateur isolé afin de créer une dilution série entre 0 – 1 %. 10 µL de chaque échantillon ont été placés au centre de la fenêtre de diamant de RTA pour acquérir le spectre. Les exemples de données a été traitées afin d’améliorer le rapport signal sur bruit et à supprimer la contribution de l’eau, et alors la dérivée seconde a été appliquée pour résoudre des caractéristiques spectrales. Les données ont été ensuite analysées à l’aide de deux types de LCVA : première analyse de composantes principales (ACP) pour déterminer les valeurs aberrantes puis régression des moindres carrés partiels (PLS-R) pour construire le modèle de quantification.

Introduction

Le paludisme est parmi les maladies les plus dévastatrices de notre époque ; plus de la moitié de la population vit en péril dans les régions d’endémie et il pèse disproportionnellement faible^1,2,3,4. Une grande partie de la question est les porteurs asymptomatiques et tôt les patients de stade qui agissent comme des réservoirs de moustiques vecteurs⁵, causant des pointes d’infection au cours de la saison humide et ce qui lui permet de persister dans les collectivités. Le paludisme est causé par des parasites Plas....

Protocole

Veuillez consulter approprié matériel fiches signalétiques (FS) et le solliciter une formation de niveau de biosécurité 2 (BSL-2). Toutes les étapes de culture doivent se faire dans un cabinet de BSL-2 à l’aide d’une technique aseptique, indiquant qu’il existe un risque d’exposition aux rayonnements UV nocifs de mesures de décontamination, blessures par piqûre d’aiguille et biologiques potentiels d’exposition et l’infection si la culture du parasite pénètre dans les blessures. En outre, le sang stock provenant des banques de sang est seulement projeté pour certaines maladies et le potentiel de propagation de maladies à diffusion hématogène représente un risque potenti....

Résultats

Tracer des moindres carrés partiels (PLS-R) et son vecteur de régression associés, Figure 1 a et 1 b respectivement, montrent que le signal de parasites sont assez distincte de la SCFR qu’ils peuvent être utilisés pour former une régression linéaire modèle à utiliser pour la prédiction des parasites dans les ensembles de données futures.

Un modèle linéaire robuste PLS-R a été généré.......

Discussion

Modèle PLS-R est une méthode multivariée encadrée qui trouve une relation linéaire, Y = bX + E, entre les variables prédictives X (ici, l’absorbance à chaque nombre d’onde) et une variable continue Y (ici, le niveau de la parasitémie). En bref, le modèle combine les variables x pour créer un nouvel ensemble de variables latentes (LVs) qui captent la variance sur X en corrélation avec Y et calcule un vecteur de régression (b) qui a multiplié par un nouveau résultats de spectre dans l’estimation de la valeur de y. La force.......

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
Sang du donneur	-		Doit être prélevé par un médecin qualifié
Sang de stock	Croix-Rouge australienne'	-
3D7 Plasmodium falciparum	The Burnet	Institute-Laboratory	strain wild type equivalent
RPMI-1640 milieu avec L-hepes sans bicarbonate de sodium	Sigma Aldrich	R6504
Albumax (Gibco)	Thermofisher	E003000PJ	Aliquote dans des tubes de faucon de 50 mL et conserver au congélateur
Bicarbonate de sodium	Sigma Aldrich	S5761
Teinture Giemsa	Sigma Aldrich	48900
Sorbitol	Sigma Aldrich	S1876	Doit être filtré avant d’être utilisé en culture
Tubes de prélèvement sanguin (Vacutainers)	Becton, Dickonson and Company	367671
Huile d’immersion	Thermofisher	M3004
50 mL Boîtes de culture	Falcon	353025
25mL pointes de pipette	Falcon	357515
10mL Pointes de pipette	Falcon	357530
Lames de microscope	Sigma Aldrich	S8902
Tubes à centrifuger 50 mL	Sigma Aldrich	T2318
Contrôleur de pipette automatisé	Integra-biosciences	155 015
Centrifugeuse Sorvall Legend X1R	Thermofisher	75004260
Forma&trade ; 310 Incubateurs CO2 à chaleur directe	Thermofisher	310TS
Microscope binoculaire Nikon Eclipse E-100	Instruments Nikon	E100_2CE-MRTK-1	Lors de l’achat, assurez-vous que l’objectif 100x est une huile lentille d’immersion
Bruker Alpha Ft-IR Spectrometer avec ATR Quick Snap Attachment	Bruker	9308-3700 Assurez-vous	de demander l’accessoire « Eco-ATR » lors de l’achat Matlab
	Mathworks Inc		Logiciel d’analyse de données multivariées
The Unscrambler X	CAMO		Logiciel d’analyse de données multivariées
PLS-Toolbox	Mathworks, Inc.		Interface graphique pour Matlab