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Ici, nous discutons des étapes cruciales dans les techniques décrites dans cet article, et comment ils peuvent être optimisés pour application dans différentes conditions expérimentales.
Microinjection est une méthode qui peut être appliquée pour contrôler dans les cellules des effets instantanés d’introduire les protéines exogènes, inhibiteurs ou drogues. Il peut être particulièrement avantageuse pour déterminer les fonctions des protéines dans les difficiles à transfecter les types de cellules ou dans les situations où l’expression à long terme n’est pas souhaitée. Il est à noter que la survie de certains types de cellules varie en fonction de la matrice extracellulaire, sur qu'elles sont ensemencées. Types de cellule plus endothéliale, épithéliale ou fibroblastes ressemblant, même petits comme poisson keratocytes (voir Dang et al. 21 et Anderson Cross22) peuvent être injectées avec succès. Cependant, il y a des exceptions, telles que les cellules B16-F1 ensemencées sur laminine, qui constituent un système excellent modèle de la migration cellulaire, mais ne sont pas compatibles avec l’injection de ce type de substrat pour raison inconnue. Pour les cellules fibroblastes NIH3T3, nous effectuons régulièrement des injections sur substrat de fibronectine et techniques supplémentaires photomanipulation comme FRAP (même avec photoactivation ; constatées pour les cellules B16-F1 ici) peuvent être réalisées aussi bien dans ces fibroblastes (voir par exemple, Köstler et al. 3). il faut aussi tenir compte que des protéines différentes, selon leurs propriétés fonctionnelles et les objectifs de l’expérience, peuvent prendre des quantités différentes de temps provoque des changements, variant de secondes à heures. Un avantage de cette technique est que la dose/concentration d’agent exogène peut être commandée avec plus de précision au niveau de la cellule unique que par exemple, lorsque vous utilisez la transfection de plasmide. En outre, un marquage fluorescent d’une protéine n’est pas une nécessité pour garantir sa présence dans la cellule, ce qui peut augmenter la flexibilité s’il fallait simultanée multi-canal visualisation des autres protéines fluorescent-étiquetées. Microinjection peut être particulièrement utile pour l’analyse des effets instantanés des protéines spécifiques ou des mélanges de protéines sur des changements dynamiques de la morphologie cellulaire ou le cytosquelette (p. ex., Dang et al. 21 pour obtenir un exemple des effets instantanés sur les migrations par l’inhibiteur du complexe Arp2/3 Arpin). Un inconvénient de cette technique est son caractère invasif, qui peut causer des dommages aux cellules ou influencer la morphologie cellulaire. Par conséquent, une considération importante lors de l’exécution des microinjections surveille la viabilité des cellules. La méthode présentée ici s’appuie sur la manipulation manuelle. Dans les conditions testées pour être compatibles avec des injections de succès, tels que les fibroblastes en culture sur substrat de la fibronectine, le protocole d’injection manuelle décrit ici permet à un taux proche de 100 % de réussite ; C’est essentiel quand on combine cette approche avec des expériences de suivi sophistiqués et chronophages y compris vidéo microscopie ou FRAP, tel que publié précédemment3. Cela n’exclut pas que parfois, les cellules individuelles pourraient souffrir d’un événement de microinjection, qui se distingue en toute sécurité par des changements brusques de contraste entre le noyau et le cytoplasme, suivie par la rétraction de bordure de cellule. Ces rares cas expérimentaux sont exclus et donc pas considérée comme pour approfondir les analyses.
Cependant, une approche semi-automatique est aussi couramment utilisée, par exemple employant rapide (< 300 ms) aiguille machine contrôlée par abaissement coïncide avec l’augmentation de la pression d’injection, afin que l’aiguille ne doit pas être placée au-dessus de chaque cellule avant respectifs injection. Le taux de réussite des injections semi-automatique est par définition plus faible que la méthode manuelle décrite plus haut, simplement parce qu’il est optimisé pour la vitesse, suivie de l’analyse de plusieurs cellules qui victorieusement ce traitement ; ainsi, il ne repose pas sur une injection réussie d’une cellule individuelle. Par conséquent, plutôt que de l’analyse de la cellule unique, semi-automatique injections conviennent mieux pour analyser les effets d’injection de cellules plusieurs centaines, par exemple, vidéo microscope à faible grossissement, ou à la fixation de la cellule et la coloration. Quel que soit l’approche détaillée employée, microinjection ne constitue pas un test de point final, mais peut être combinée avec une variété de techniques, y compris les PAF ou photoactivation3.
Pour déterminer le taux de renouvellement des protéines de FRAP, l’intensité du laser doit être optimisée, en fonction des conditions d’installation et de l’imagerie de microscope (grossissement, objectifs, etc., ainsi que le type de cellule, structure et protéine fluorescente pour photobleaching). Notez qu’à la puissance de laser optimale, blanchiment efficace est combiné avec le photovieillissement moins possible, pour éviter le rétrécissement ou remplir de rétraction de la structure dans le cadre de l’analyse (par exemple, lamellipodia ou filopodes) ou même des dommages au niveau cellulaire. Dans l’idéal, devrait être réalisé au moins 70 à 80 % d’efficacité de blanchiment, même si un blanchiment complet peut être entravé par rotation extrêmement rapide de la protéine, dans lequel cas, quoi que ce soit supérieur à 50 % peut être aussi acceptable. Blanchir une puissance optimale pour une structure donnée et le colorant fluorescent doit être testée expérimentalement, à partir d’une laser faible puissance suivie de son augmentation progressive. Bien sûr, n’importe quel colorant fluorescent peut par définition être blanchi avec lumière proche de son pic d’excitation laser (488 nm pour les colorants verts fréquemment utilisées comme FITC ou EGFP). Cependant, lasers à courtes longueurs d’onde, tels que les lasers UV-, livrer des grossissements plus importants et donc peuvent également être utilisés pour le blanchiment efficace des teintures utilisées. Régulièrement, nous employons un laser à diode de 405 nm (120 mW) pour blanchiment de EGFP et colorants fluorescents rouges (par exemple, mCherry), mais avec une efficacité légèrement inférieure dans le cas de ces dernières (données non présentées). Comme la 405 nm-diode peut également être utilisé pour la photoactivation de PA-GFP (voir ci-dessous), il confère ce système avec une flexibilité maximale.
Pour les structures cellulaires B16-F1 et des protéines fluorescentes photobleached ici, 405 nm-puissances entre 65 et 100 mW ont été appliqués. Lorsqu’on analyse une région de photobleached, il est important de considérer si la structure donnée est conservée dans sa forme originale au cours de l’analyse de laps de temps. Par exemple, lorsqu’on analyse le chiffre d’affaires de protéines à lamellipodia conseils, il faut que la courbure de lamellipodia est significativement altérée avec le temps, comme les changements de courbure pourraient conduire à des résultats inexacts si la région/contour analysé n’est pas entièrement couvrir l’intégralité de la structure dans chaque trame mesurée. En outre, il convient de noter que faisceaux intégré dans lamellipodia, comme microspikes, pourrait entraîner des exceptions dans l’intensité de la fluorescence. Comme illustré à la Figure 2b (flèche blanche dans le cadre de temps de 9 s), une structure en forme de microspicules est située à côté de la région de photobleached mesurée, mais reste en dehors de celui-ci pendant toute la durée de la mesure et ne provoque donc pas une inexactitude. Pour l’analyse du chiffre d’affaires de protéine, considérations sont importantes pour choisir l’emplacement et la taille d’analysé les régions sont que leur fluorescence au fil du temps ne devrait pas significativement influencé par des changements dans la morphologie des cellules ou des facteurs autres que dur pour éviter acquisition de photoblanchiment. Par exemple, les structures fournissant une contribution quantitative significative à la structure analysée ne doivent pas bouger hors de la région mesurée lors de l’analyse ; en outre, des entités indépendantes, fluorescentes tels que des structures vésiculaires qui attirent la protéine ne doivent pas entrer le domaine d’intérêt lors de l’analyse. Pour déterminer le taux de polymérisation de l’actine lamellipode, il faut qu’aucune rétractation ou fronçage (c.-à-d., plier vers le haut) lamellipodia ne sont analysés, car cela influencera fortement l’exactitude des résultats. En outre, rétraction des régions lamellipode peut apparaître sous la translocation vers l’arrière rapide, pouvant déboucher sur une surestimation des taux de polymérisation de l’actine lamellipode. Une autre considération est la distance des régions de normalisation intracellulaire (pris comme des positions de référence pour la correction d’acquisition photobleaching) de la position réelle de photoblanchiment, qui doit être suffisamment grand pour éviter direct influence de la zone de photobleached.
Lorsque vous configurez des conditions optimales pour la photoactivation de PA-GFP-étiquetée de constructions, il faut pour éviter le blanchiment instantané lors de photoactivation. Dans notre travail, les meilleurs résultats ont été obtenus avec des puissances laser 5 - 10 fois plus faible que normalement indépendants pour la décoloration des EGFP. Pour l’acquisition d’images de molécules de photoactivation, temps d’exposition et l’intervalle de temps entre les images devraient être optimisées en tenant compte de la taille des régions et des structures d’être photoactivation et analysés, ainsi que la mobilité potentielle de photoactivation protéines dans d’autres endroits subcellulaires. En ce qui concerne tous les types d’imagerie par fluorescence, maintien de la viabilité cellulaire est crucial pour l’obtention de résultats physiologiquement pertinents.
En principe, vert ou rouge photoconversion de protéines fluorescentes comme mEos ou Dronpa variantes12 constitue une méthode tout aussi puissante dynamique suivant et chiffre d’affaires des structures subcellulaires telles que la lamellipodium (voir, par exemple, Burnette et al. 23). l’avantage de cette dernière méthode par opposition à PA-GFP serait la possibilité de suivre la dynamique des protéines avant et après conversion avec deux couleurs distinctes, sans le besoin d’exprimer conjointement une protéine fluorescente rouge supplémentaire. Toutefois, dans nos expériences préliminaires, l’étendue des changements de contraste et l’intensité du signal fluorescent obtenu lors de photoactivation de PA-GFP était plus grands par rapport aux sondes photoconverted, peut-être en raison des supérieures caractéristiques spectrales des vert et rouge sondes fluorescentes (données non présentées). Dans tous les cas, des études détaillées sur le chiffre d’affaires de filament d’actine en saillies de cellule-bord comme lamellipodia ou queues d’actine induite par le virus Vaccinia jusqu'à présent seulement parues à l’aide de PA-GFP dérivés5,6,24.
Lorsqu’on examine dans quelle région de la cellule d’analyser après photoactivation, plusieurs facteurs devraient être pris en compte, dont il est question à l’aide de l’exemple montré ici (incorporation de monomères d’actine à la lisière de la cellule lors de l’activation dans le cytosol), mais peut certainement être extrapolées aux divers problèmes scientifiques analogues. Tout d’abord, lors de la mesure le taux d’incorporation lamellipode cytosolically photoactivation protéines, par exemple, dans des conditions expérimentales distinctes (comme indiqué dans Dimchev al ( 6), les tailles des régions cytosoliques et leurs distances aux bords lamellipode devraient être comparables entre les groupes expérimentaux. Il est également important de considérer que, lorsque photoactivating régions cytosolique, l’épaisseur de la cellule est supérieure dans des positions plus près vers le noyau. Activation des régions cellulaires plus épaisses peut résulter en des quantités plus élevées de protéines activées, étant donné que la distribution de la protéine à activer est distribuée homogène dans le cytosol. Enfin, les niveaux d’expression de la protéine doit être activée peuvent certainement être très variables dans des cellules individuelles. En raison de toutes ces considérations de variabilité, il est essentiel de comparer les niveaux d’incorporation des protéines cytosolically activés ailleurs dans la cellule par rapport à la fluorescence totale obtenue lors de l’activation des régions spécifiques.
Nous avons décrit comment la microinjection peut être utilisé comme un outil pour étudier les effets des protéines sur la morphologie des cellules et ont illustré cela en démontrant l’induction puissante des structures lamellipode NIH3T3 cellules fibroblastiques micro avec le petite GTPase Rac1. Nous avons déjà appliqué cette technique pour interférer avec la fonction Arp2/3 dans les cellules micro avec le domaine C-terminal CMA de Scar/WAVE3. Divers paramètres de cellules microinjectés peuvent être analysés par d’autres tests, tels que PAF ou photoactivation. Nous avons décrit comment FRAP et photoactivation peuvent être employées pour étudier la dynamique subcellulaire et la mobilité des monomères d’actine. PAF a été utilisé par notre groupe antérieurement5 pour enquêter sur le chiffre d’affaires de protéines localisation à lamellipodia, comme VASP, Abi, cortactin, cofilin et bouchage des protéines ou pour élucider le chiffre d’affaires des composants à créer des adhérences focales en présence et absence de Rac4de signalisation. En outre, mesurant les taux de polymérisation de l’actine est possible par photoblanchiment β-actine EGFP-étiquetée5, mais des méthodes alternatives existent. Suivi des inhomogénéités fluorescentes vue par les sondes de compatible avec l’imagerie de cellules vivantes étiquetage des filaments d’actine cellulaire, tels que Lifeact25, peut également être employés6,26. L’avantage ici est que la surexpression de β-actine peut être évitée, qui est capable d’augmenter la protrusion de bordure de cellule et de la migration et donc potentiellement interfère avec le dosage spécifique ou une question expérimentale (voir p. ex., Kage et al. 26; Peckham et al. 27). Toutefois, un désavantage distinct de la sonde Lifeact constitue sa rapide marche/arrêt cinétiques de liaison aux filaments d’actine, de sorte que blanchiment des structures de filament d’actine étiquetés par Lifeact dans les cellules fournit des informations uniquement sur le chiffre d’affaires de la sonde, mais pas le chiffre d’affaires des filaments d’actine, à qui il lie à25. Le suivi des inhomogénéités de fluorescence employées précédemment6,26 fournit-il un compromis pratique, très semblable au suivi largement utilisé des mouchetures de fluorescence incorporé filamenteux du cytosquelette Ouvrages d’art (voir p. ex., saumon et Waterman28), mais peut-être pas aussi simple à utiliser et aussi précis que PAF des structures de l’actine F EGFP-tag. Photoactivation a été appliquée par nous pour l’estimation des taux d’incorporation de monomères d’actine en saillie lamellipodia, ainsi que sa mobilité dans le cytosol, dans le contexte d’écoute expérimentalement cytosolique actine F niveaux6. La technique est utile lorsque examine la mobilité et la distribution des protéines provenant de zones relativement importantes, comme les régions cytosoliques. Toutefois, examinant la distribution des protéines dérivées de photoactivation relativement petites structures ; par exemple, les cônes de croissance pourraient être difficiles en raison du nombre peu élevé de molécules fluorescentes activés, signaux faibles et donc manque de sensibilité. Des techniques alternatives potentielles de photoactivation ou photoconversion de fluorescence (voir ci-dessus) peuvent inclure inverse FRAP, qui s’appuie sur le photoblanchiment toute la cellule sauf le ROI, suivi par le suivi de la mobilité des molécules fluorescentes loin de cette région. La technique ne nécessite pas de surexprimant photoactivatable versions des protéines, mais consistera toujours à une exposition à une dose anormalement élevée de la puissance laser, pouvant causer des effets secondaires indésirables comme le photovieillissement.
De toute évidence, photoactivation et PAF ne peuvent pas distinguer si les protéines sont déplacent comme monomères, dimères ou même de petites oligomères et s’ils se déplacent en association avec des partenaires de liaison supplémentaires. De ce genre peut se renseigner à la place de corrélation de fluorescence spectroscopy techniques29 ou, alternativement, FLIM-FRET30. Néanmoins, FRAP et photoactivation constituent des approches simples pour évaluer directement la dynamique des protéines locales et mondiales dans les cellules, indépendamment de la protéine d’intérêt, localisation subcellulaire ou type cellulaire étudié.