Segmentation automatique de substance grise corticale des Images d’IRM pondérées en T1

Summary

Ce protocole décrit le processus d’application de sept outils de segmentation automatique différents à structurels pondérées en T1 IRM à délimiter des régions de matière grise qui peuvent être utilisées pour la quantification du volume de matière grise.

Abstract

Dans la recherche de neuro-imagerie, un certain nombre d’études récentes ont examiné l’incidence des différences entre les études dans les conclusions volumétriques qui sont susceptibles de résulter de l’utilisation des outils de segmentation différente pour générer des volumes de cerveau. Ici, les pipelines de traitement aux sept outils automatisés qui permet de segmenter la matière grise dans le cerveau sont présentés. Le protocole prévoit une première étape pour les chercheurs qui vise à trouver la méthode la plus précise pour générer des volumes de matière grise de l’IRM pondérées en T1. Étapes d’entreprendre le contrôle détaillé de la qualité visuel sont également incluses dans le manuscrit. Ce protocole couvre un éventail d’outils de segmentation potentiels et encourage les utilisateurs à comparer les performances de ces outils au sein d’un sous-ensemble de leurs données avant de sélectionner un à appliquer à une cohorte complète. En outre, le protocole peut être encore généralisé à la segmentation des autres régions du cerveau.

Introduction

Neuroimaging est employé couramment dans les deux cliniques et paramètres de recherche. Il y a un coup en cours pour améliorer la reproductibilité des études qui quantifier le volume du cerveau des analyses de l’imagerie par résonance magnétique (IRM) ; ainsi, il est important que les chercheurs partagent expériences d’utilisation des outils de MRI disponibles pour la segmentation d’IRM en volumes régionaux, afin d’améliorer la normalisation et l’optimisation des méthodes¹. Ce protocole prévoit un guide détaillé à l’aide de sept différents outils pour segmenter la substance grise corticale (CGM ; matière grise qui exclut les régions sous-cortic....

Protocol

Remarque : Assurez-vous que toutes les images sont au format NifTI. Conversion en NifTI n’est pas couvert ici.

1. segmentation par SPM 8 : unifiée Segment

Remarque : Cette procédure est effectuée via l’interface utilisateur de SPM8 qui fonctionne au sein de Matlab. Le guide de SPM8 fournit plus de détails et peut être trouvé à : http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/spm8_manual.pdf.

1. Assurez-vous que SPM8 est installé et mis dans le chemin d’accès du logiciel.
2. Segmentation de SPM est effectuée à l’aide d’une interface graphique. Pour ouvrir le SPM, ouvrez une fenêtre de commande et tape....

Results

Cerveau moyen volumes pour 20 participants de contrôle, ainsi que des informations démographiques, est indiqué dans le tableau 1. Cela agit comme un guide pour les valeurs attendues lors de l’utilisation de ces outils. Résultats sont à considérer dans le contexte de l’image originale de T1.nii. Toutes les régions de GM doivent être inspectées selon les étapes décrites à la section 8. Lors de l’exécution visual QC, il est important de comparer directement les régions de GM.......

Discussion

Récemment, des recherches ont démontré que l’utilisation de différentes méthodes volumétriques peut-être avoir des implications importantes pour les études de neuro-imagerie^1,2. Par les protocoles de publication qui guide les utilisateurs novices dans comment appliquer les outils de la neuroimagerie différents, ainsi que comment faire QC sur la sortie des résultats de ces outils, les chercheurs peuvent choisir la meilleure méthode à appliquer à l’ensemble de leur.......