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Pour simuler l'infection à Cryptococcus, l'amibe, qui est le prédateur naturel des cellules cryptococciques dans l'environnement, peut être utilisée comme modèle pour les macrophages. Cet organisme prédateur, semblable aux macrophages, utilise la phagocytose pour tuer les cellules intériorisées. À l'aide d'un microscope à balayage laser confocal, des images illustrant des moments interactifs entre les cellules cryptococciques et les amibes sont capturées. La puissance de résolution du microscope électronique aide également à révéler le détail ultrastructural des cellules cryptococciques lorsqu'ils sont piégés à l'intérieur de la vacuole alimentaire amibe. Comme la phagocytose est un processus continu, les données quantitatives sont ensuite intégrées dans l'analyse pour expliquer ce qui se passe au moment où une image est capturée. Pour être précis, des unités de fluorescence relative sont lues afin de quantifier l'efficacité de l'amibe dans l'intériorisation des cellules cryptococciques. À cette fin, les cellules cryptococciques sont tachées d'un colorant qui les rend fluoresce une fois piégés à l'intérieur de l'environnement acide de la vacuole alimentaire. Lorsqu'elles sont utilisées ensemble, l'information recueillie grâce à de telles techniques peut fournir des informations critiques pour aider à tirer des conclusions sur le comportement et le sort des cellules lorsqu'elles sont intériorisées par l'amibe et, éventuellement, par d'autres cellules phagocytiques.