VirWaTest, une méthode de point d'utilisation pour la détection des virus dans les échantillons d'eau

Résumé

Nous présentons ici VirWaTest, qui est une méthode simple, abordable et portable pour la concentration et la détection des virus à partir d'échantillons d'eau au point d'utilisation.

Résumé

Les virus excrétés par les humains et les animaux peuvent contaminer les sources d'eau et présenter un risque pour la santé humaine lorsque cette eau est utilisée pour boire, irriguer, laver, etc. L'indicateur classique des bactéries fécales ne vérifie pas toujours la présence d'agents pathogènes viraux, de sorte que la détection des agents pathogènes viraux et des indicateurs viraux est pertinente afin d'adopter des mesures d'atténuation des risques, en particulier dans les scénarios humanitaires et dans les zones où les flambées virales d'origine hydrique sont fréquentes.

À l'heure actuelle, plusieurs tests commerciaux permettant la quantification des bactéries indicateurs fécales (FIB) sont disponibles pour des tests au point d'utilisation. Cependant, de tels tests commerciaux ne sont pas disponibles pour la détection des virus. La détection des virus dans les échantillons d'eau de l'environnement nécessite de concentrer plusieurs litres en plus petits volumes. De plus, une fois concentrés, la détection des virus repose sur des méthodes telles que l'extraction de l'acide nucléique et la détection moléculaire (p. ex., les essais en chaîne de polymérase (PCR] des génomes viraux).

La méthode décrite ici permet la concentration de virus à partir d'échantillons d'eau de 10 L, ainsi que l'extraction d'acides nucléiques viraux au point d'utilisation, avec un équipement simple et portable. Cela permet de tester des échantillons d'eau au point d'utilisation de plusieurs virus et est utile dans les scénarios humanitaires, ainsi que dans n'importe quel contexte où un laboratoire équipé n'est pas disponible. Alternativement, la méthode permet de concentrer les virus présents dans les échantillons d'eau et l'expédition du concentré à un laboratoire à température ambiante pour une analyse plus approfondie.

Introduction

Pendant les premières phases de toute urgence humanitaire, l'accès à l'approvisionnement en eau potable, à l'assainissement et à l'hygiène est essentiel à la survie des personnes touchées. Par conséquent, la surveillance de la qualité de l'eau est une priorité pour prévenir les flambées d'origine hydrique. Il est bien connu que l'eau contaminée est souvent à l'origine de maladies, mais il est souvent difficile de déterminer les sources d'éclosions virales telles que le virus de l'hépatite E (VHE), même avec la disponibilité de méthodes de laboratoire conventionnelles. Le contrôle de la qualité de l'eau est basé sur la quantification de FIB¹

Protocole

1. Préparation et emballage

REMARQUE : Les matériaux/équipements à emballés figurent dans le tableau 1. Utilisez des gants pour manipuler les réactifs nécessaires au contrôle des processus, les réactifs de concentration, les réactifs d'extraction d'acide nucléique et les réactifs de détection. Portez des lunettes de protection pour manipuler les réactifs requis pour l'extraction d'acide nucléique.

1. Contrôle du processus
   1. Préparer la culture des stocks de bactériophages MS2 (American Type Culture Collection [ATCC] 15597-B1) contenant 1 x 10¹⁰ PFU/mL en laboratoire en suivant la p....

Résultats

Développement de méthodes

Cette procédure a été développée dans le Laboratoire des virus contaminants de l'eau et de l'alimentation avec la collaboration de GenIUL et d'Oxfam Intermon. Il se compose de trois étapes différentes. La première, la concentration virale de particules, est une adaptation d'une méthode de flocculation du lait écrémé précédemment décrite^12,

Discussion

La méthode VirWaTest permet la concentration de virus et l'extraction d'acide nucléique à partir d'échantillons d'eau au point d'utilisation par des utilisateurs non expérimentés. Il s'agit d'un protocole abordable, rapide et simple. La concentration est basée sur le principe de la flocculation organique à l'aide de lait écrémé, par lequel le pH faible et les conditions de conductivité élevée font des protéines de lait écrémés agréger en flocs les virus adsorb à. Lorsque les flocs se sédimentent, il est facile de les rec.......

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
5x HOT FIREPol Probe qPCR Mix Plus (ROX)	Solis BioDyne	08-14-00001	Comprend la sonde 5x HOT FIREPol de Solis Biodyne qPCR Mix Plus (qPCR Mix), 50 réactions
bandelettes de microtubes avec capuchons	dD Biolab	840637	profil bas, parois minces, adaptées pour les batteries PCR quantitatives et
qualitatives et adaptateurs d’alimentation pour agitateur magnétique	GenIUL	900011674	Comprend une alimentation de voiture 12V
adaptateur Support de godet	GenIUL	900011648	Support en aluminium
Godet, 10 L	Cater4You	10LTR	Polypropilène, inviolable, couleur claire
Tube à centrifuger, 50 mL	LabBox	CTSP-E50-050	Polypropylène, stérile, gradué, avec jupe
Acide citrique 1-hydrate, 500 g	PanReac AppliChem	1410181211	pur, qualité pharmaceutique, 1 kilogramme
Bouteille en PET transparent	LabBox	FPET-500-088	Couleur transparente, PET, Bouchon non inclus
Lait écrémé Difco, 500 g	Becton Dickinson	232100
Bouclier d’ADN/ARN déshydraté, 250 mL	Zymo Research	R1100-250	Milieu de préservation de l’ADN/ARN, 250 mL
Contrôleur de pipette Easy9		LabBox EAS9-001-001	0,3 &mu ; m filtre, Pipettes de 0,1 à 100 mL, Porte-pipette en silicone autoclavable
Eppendorf Tube, 0,5 mL	Eppendorf	0030121023	Polypropilène, Safe-Lock
Eppendorf Tube Eppendorf, 2 mL	Eppendorf	0030120094	Polypropilène, Safe-Lock
Eppendorf Tube, 5 mL	dD Biolab	999542	Polypropylène, stérile, Éthanol gradué
96 % V/V, 1 L	Panreac AppliChem	361085-1611	de laboratoire UV, IR et HPLC
	LabBox	FORS-007-002	Extrémité mince, incurvée, L= 120 mm
Agitateur magnétique	GenIUL	900017000	Marqueur à batterie
	dD Biolab	929203	Noir, Pointe extra fine, Résistant à l’eau, Séchage rapide, Pour plastique et verrerie
Micro Rota-rack pour microtubes	dD Biolab	37782	4 modules, L x l x H= 208 x 100 x 100 mm
Mini8 Cycler PCR en temps réel	Coyote Biosciences, Chine	Mini-8	Portable, Fonctionne avec des alimentations 12V ou des batteries externes, Deux canaux, Capacité pour 8 tubes
Tampon de lyse NucliSens	Biomérieux	200292	réactifs pour jusqu’à 48 isolations, Stocker à température ambiante
Pipette sérologique à pointe ouverte, 10 mL	Deltalab	900136N	Stérile, emballé individuellement (papier/plastique)
Bouchon à vis en PE PP28	LabBox	TP28-004-020	Pour bouteilles en PET
Bandelette indicatrice de pH	LabBox	WSPH-001-001	Plage de pH 2,8 à pH 4,4, 50 bandelettes par paquet
Tube à essai en plastique	Quimikals	300913	Comprend un capuchon
Pipette en polyéthylène Pasteur	LabBox	PIPP-003-500	Grauée, volume total de 7 ml, Fiole à vis en
polypropylène non stérile avec bouchon à vis, 150 mL	Deltalab	409726	Bouchon à vis, stérile, gradué jusqu’à 100 mL
Flacon à vis en polypropylène avec bouchon à vis, 60 mL	Deltalab	409526G	Bouchon à vis, stérile, gradué jusqu’à 50 mL
Détergent en poudre en poudre	-	-	Savon en poudre ordinaire pour laver les vêtements
Câbles d’alimentation pour agitateur magnétique	GenIUL	900011692	Connexion entre piles et agitateurs magnétiques
Outil magnétique QuickPick	BioNobile	24001	Outil portatif pour particules magnétiques
Embouts QuickPick en boîte	BioNobile	24296	Sans RNase, autoclave, 96 unités
QuickPick XL Particules magnétiques d’ADNg	BioNobile	SN51100	3,2 mL
Sels de mer	Sigma-Aldrich	S9883-500G	Un mélange de sels artificiels ressemblant étroitement à la composition des sels dissous de l’eau de mer
Tube en silicone	LabBox	SILT-006-005	Rouleau de 5 mètres, Intérieur ø ; x Extérieur  ; ø ;= 6 x 10 mm
Granulés d’hydroxyde de sodium, 98,5 - 100,5 %	VWR Produits chimiques	28244295	granulés, 1 kg
Plate-forme rotative solaire	SOL-EXPERT Group	70020	Plaque acrylique, 10 tr/min, prend en charge jusqu’à 300 grammes
SOLIScript Kit de sonde en 1 étape	Solis BioDyne	08-57-00250	Comprend le mélange de sondes 5x One-Step de Solis Biodyne (mélange qPCR) et 40x One-Step SOLIScript Mix (enzyme de transcriptase inverse), 250 réactions
Kit d’extraction de virus ARN SPEEDTOOLS	BioTools	21.141-4197	Comprend le tampon BAW (tampon de lavage 1), le tampon BAV3 (tampon de lavage 2 et 3) et le tampon BRE (tampon d’élution) de BioTools.
SpinBar Octhaedral Stir Magnet	dD Biolab	045926	Pivot Ring, L x  ; ø ; = 38 x 8 mm,
Pipette sérologique bleue à extrémité de ruban, 10 mL	Deltalab	PN10E1	Stérile, emballée individuellement (papier/plastique)
Pipette sérologique à extrémité de ruban, 50 mL	Deltalab	900043	stérile, emballée individuellement (papier/plastique)
Termi-DNA-Tor - Dissolvant d’acide	nucléiqueBioTools	22001-4291	Dissolvant d’acides nucléiques, de bactéries, de champignons et de mycoplasmes de matériaux et de surfaces, 450 mL
Réactif de biologie moléculaire dans l’eau, 1L	Sigma-Aldrich	W4502-1L	Sans nucléases ni protéases, 0,1 &mu ; m Sac
Whirl-Pak filtré, 540 mL		Deltalab 200361	Fond stable
Zip Lock Plain Bag	LabBox	BZIP-080-100	Polyéthylène, L x l= 120 x 80 mm