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Les progrès récents des sciences des vecteurs viraux et des nanomatériaux ont ouvert la voie à de nouvelles approches de pointe pour étudier ou manipuler le système nerveux central (SNC). Cependant, une optimisation plus poussée de ces technologies bénéficierait de méthodes permettant une détermination rapide et rationalisée de l'étendue du SNC et du ciblage cellulaire spécifique à l'administration de vecteurs viraux ou de nanoparticules dans l'organisme. Ici, nous présentons un protocole qui tire parti des capacités de haut débit et de multiplexage de la cytométrie du débit pour permettre une simple quantification de différents sous-types cellulaires isolés du cerveau de souris ou de la moelle épinière, à savoir des microglies/macrophages, des lymphocytes, des astrocytes, des oligodendrocytes, des neurones et des cellules endothéliales. Nous appliquons cette approche pour mettre en évidence les différences critiques entre deux méthodes d'homogénéisation des tissus en termes de rendement cellulaire, de viabilité et de composition. Cela pourrait demander à l'utilisateur de choisir la meilleure méthode en fonction du type de cellule (s) d'intérêt et de l'application spécifique. Cette méthode n'est pas adaptée à l'analyse de la distribution anatomique, puisque le tissu est homogénéisé pour générer une suspension unicellulaire. Cependant, il permet de travailler avec des cellules viables et il peut être combiné avec le tri cellulaire, ouvrant la voie à plusieurs applications qui pourraient élargir le répertoire des outils dans les mains du neuroscientifique, allant de l'établissement de cultures primaires dérivées de populations cellulaires pures, à des analyses d'expression génique et des essais biochimiques ou fonctionnels sur des sous-types cellulaires bien définis dans le contexte des maladies neurodégénératives, sur le traitement pharmacologique ou la thérapie génique.