Il y a eu une augmentation spectaculaire de l’intérêt scientifique et populaire concernant la contribution du microbiote intestinal à la santé animale. Le microbiote, composé de bactéries, de virus, de champignons et d’archées qui habitent différentes niches dans l’intestin de l’animal, est impliqué directement ou indirectement dans la régulation des maladies inflammatoires, infectieuses et métaboliques affectant non seulement les espèces de mammifères, mais aussi le bétail, comme la volaille1. Plusieurs modèles animaux ont été développés pour mieux étudier la contribution du microbiote intestinal à la santé et à la maladie. Par exemple, les animaux exempts de germes et gnotobiotiques permettent l’étude de l’absence totale de microbes ou d’un microbiote connu, respectivement, sur la physiopathologie des infections 2,3. Cependant, la production et l’entretien de ces animaux nécessitent des techniques et des installations spécialisées, et les coûts, la main-d’œuvre et les compétences nécessaires pour les entretenir limitent leur accès à de nombreux chercheurs. En effet, les animaux exempts de germes doivent être surveillés régulièrement pour détecter toute contamination possible à l’aide d’une combinaison de méthodes de culture de bactéries, de microscopie, de sérologie, de morphologie brute et de techniques de détection basées sur le séquençage. Des procédures similaires s’appliquent également à d’autres espèces, telles que le bétail, où les animaux sont généralement plus gros et nécessitent des installations plus grandes pour leur reproduction et leur entretien, ce qui peut entraver, dans une certaine mesure, la recherche sur le microbiote.
La volaille, plus précisément les poulets, est la pierre angulaire de la production animale dans le monde entier, avec un cheptel qui peut dépasser 40 milliards d’oiseaux par an. C’est la source de protéines animales la plus importante au monde (http://www.fao.org/poultry-production-products/en/). De plus, il n’y a pas de tabous culturels ou religieux associés à l’élevage ou à la consommation de poulets. Le microbiote intestinal de la volaille est impliqué de manière importante dans la croissance de l’animal, le taux de conversion alimentaire, l’immunité, la résistance aux agents pathogènes, parmi de nombreux autres processus nutritionnels, physiologiques ou pathologiques4. La génération de poulets exempts de germes est donc indispensable pour souligner le dialogue entre le microbiote et son hôte4. Même si les communautés microbiennes habitent l’oviductede poulet 5, le contenu d’un œuf fraîchement pondu par une poule en bonne santé est pour la plupart exempt de micro-organismes, la coquille d’œuf et les membranes possédant des barrières mécaniques pour éviter l’invasion de micro-organismes4. De plus, les poussins sont facilement élevés en l’absence de leurs parents, ce qui, contrairement aux mammifères, permet la production d’animaux exempts de germes sans élevage parental dans des conditions stériles.
L’installation expérimentale « Infectiologie des animaux d’élevage, modèles et sauvages » (PFIE, UE-1277, Centre INRAE Val de Loire, Nouzilly, France, https://doi.org/10.15454/1.5572352821559333e12) fait partie du réseau national d’infrastructures emerg’in (https://www.emergin.fr/) Français. PFIE maîtrise la production de poulets sans germes pour effectuer diverses études expérimentales depuis plus de 40 ans 7,8,9,10,11. Ces animaux ont été produits à partir d’œufs spécifiques exempts d’agents pathogènes (FPS) provenant d’une lignée de ponte de livournes blanches élevée en élevage fermé depuis les années 1970. Principalement utilisés pour les études microbiologiques 7,8,9, les oiseaux exempts de germes connaissent un regain d’intérêt avec des questions telles que la contribution du microbiote intestinal au comportement13, l’utilisation des nutriments14, le développement immunitaire15 et l’activité endocrinienne. Même si certaines études ont été publiées sur des lignées de poulets de chair sans germes16, ces études restent sous-représentées par rapport aux études utilisant des lignées de couches expérimentales. L’évolution des questions scientifiques vers la diaphonie entre le microbiote et son hôte dans la santé et le bien-être des volailles nous a amenés à adapter notre protocole historique pour produire des poulets de chair sans germes de la lignée Ross PM3, la lignée de poulets de chair la plus utilisée au monde.