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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Ce protocole décrit l’approche technique permettant d’isoler des sous-populations de cellules stromales adipogènes et fibro-inflammatoires à partir de dépôts de tissu adipeux blanc (WAT) intra-abdominal murin par tri cellulaire activé par fluorescence ou séparation immunomagnétique des billes.
La fraction stromo-vasculaire (SVF) du tissu adipeux blanc (WAT) est remarquablement hétérogène et se compose de nombreux types de cellules qui contribuent fonctionnellement à l’expansion et au remodelage du WAT à l’âge adulte. Un obstacle considérable à l’étude des implications de cette hétérogénéité cellulaire est l’incapacité à isoler facilement des sous-populations cellulaires fonctionnellement distinctes de la FVS WAT pour les analyses in vitro et in vivo. La technologie de séquençage unicellulaire a récemment permis d’identifier des sous-populations de cellules périvasculaires PDGFRβ+ fibro-inflammatoires et adipogéniques fonctionnellement distinctes dans les dépôts WAT intra-abdominaux de souris adultes. Les progéniteurs fibro-inflammatoires (appelés « FIP ») sont des cellules productrices de collagène non adipogéniques qui peuvent exercer un phénotype pro-inflammatoire. Les cellules précurseurs adipocytaires (APC) PDGFRβ+ sont hautement adipogènes à la fois in vitro et in vivo lors de la transplantation cellulaire. Ici, nous décrivons plusieurs méthodes pour l’isolement de ces sous-populations de cellules stromales à partir de dépôts WAT intra-abdominaux murins. Les FIP et les APC peuvent être isolés par tri cellulaire activé par fluorescence (FACS) ou en tirant parti de la technologie des billes immunomagnétiques à base d’anticorps biotinylés. Les cellules isolées peuvent être utilisées pour l’analyse moléculaire et fonctionnelle. L’étude isolée des propriétés fonctionnelles de la sous-population de cellules stromales élargira nos connaissances actuelles sur le remodelage du tissu adipeux dans des conditions physiologiques ou pathologiques au niveau cellulaire.
Le tissu adipeux blanc (WAT) représente le principal site de stockage d’énergie chez les mammifères. Dans ce tissu, les adipocytes, ou « cellules adipeuses », stockent les calories en excès sous forme de triglycérides, emballés dans de grosses gouttelettes lipidiques uniloculaires. De plus, les adipocytes sécrètent une multitude de facteurs qui régulent divers aspects de l’homéostasie énergétique 1,2,3. Les adipocytes constituent l’essentiel du volume de WAT ; cependant, les adipocytes ne représentent que moins de 50% du total des cellules présentes dans WAT 4,5. Le compartiment non adipocytaire de la WAT, ou fraction stroma-vasculaire (SVF), est assez hétérogène et contient des cellules endothéliales vasculaires, des cellules immunitaires résidentes des tissus, des fibroblastes et des populations de cellules précurseurs adipocytaires (APC).
WAT est exceptionnel dans sa remarquable capacité à s’étendre en taille à mesure que la demande de stockage d’énergie augmente. Le maintien de cette plasticité tissulaire est essentiel car un stockage adéquat des lipides dans le WAT protège contre le dépôt ectopique de lipides délétères dans les tissus non adipeux6. La manière dont les dépôts WAT individuels subissent cette expansion en réponse à l’excès calorique est un déterminant essentiel de la sensibilité à l’insuline dans le contexte de l’obésité7. L’expansion pathologique des WAT, observée chez les individus obèses atteints du syndrome métabolique, est caractérisée par une expansion préférentielle des dépôts viscéraux des WAT au détriment du tissu adipeux sous-cutané métaboliquement favorable. De plus, la résistance à l’insuline dans l’obésité est associée à un remodelage pathologique du WAT. Celle-ci se caractérise par une croissance hypertrophique des adipocytes existants (augmentation de la taille), une angiogenèse inadéquate, une inflammation métabolique chronique, une accumulation de composants de la matrice extracellulaire (fibrose) et une hypoxie tissulaire 8,9. Ces phénotypes WAT de l’obésité sont associés à une stéatose hépatique et à une résistance à l’insuline, similaires à ce qui est observé dans l’état de lipodystrophie (absence de WAT fonctionnelle). En revanche, l’expansion saine des WAT est observée dans la population obèse métaboliquement saine et est caractérisée par une expansion préférentielle des WAT sous-cutanés protecteurs et une expansion de dépôt par hyperplasie adipocytaire10. Le recrutement de nouveaux adipocytes est médié par la différenciation adipocytaire de novo à partir des cellules précurseurs adipocytaires (APC) (appelée « adipogenèse »). L’hyperplasie adipocytaire coïncide avec des degrés relativement plus faibles de fibrose WAT et d’inflammation métabolique 6,11. Une multitude de types de cellules au sein du microenvironnement WAT influencent directement la santé et l’expansibilité de WAT dans l’obésité12. À ce titre, la définition de la fonction des différents types de cellules présentes dans WAT reste une priorité élevée pour le domaine.
Au cours de la dernière décennie, plusieurs stratégies ont été employées pour définir et isoler les APC natifs de WAT SVF13 chez l’homme et la souris. De telles stratégies isolent les CPA en fonction de l’expression à la surface cellulaire de marqueurs de cellules souches mésenchymateuses et de cellules progénitrices communes à l’aide de techniques de séparation cellulaire à base d’anticorps. Ces approches comprennent le tri cellulaire activé par fluorescence (FACS), l’utilisation d’anticorps marqués au fluorophore ou la séparation immunomagnétique des billes (c’est-à-dire des anticorps chimiquement modifiés). Les protéines de surface cellulaire ciblées pour l’isolement des APC comprennent PDGFRα, PDGFRβ, CD34 et SCA-1. Ces approches ont contribué à enrichir pour les APC ; Cependant, les populations cellulaires isolées sur la base de ces marqueurs sont assez hétérogènes. Des études très récentes de séquençage de l’ARN unicellulaire (scRNA-seq) ont mis en évidence l’hétérogénéité moléculaire et fonctionnelle des cellules stromales au sein de la fraction stromale-vasculaire (SVF) isolée du WATmurin 14,15,16,17. À partir de nos propres analyses fonctionnelles et de scRNA-seq, nous avons identifié et caractérisé des sous-populations de cellules périvasculaires PDGFRβ+ immunomodulatrices et adipogéniques fonctionnellement distinctes dans le compartiment stromal du WAT intra-abdominal chez des souris adultes15. Les précurseurs fibro-inflammatoires, ou FIP, représentent une sous-population importante de cellules PDGFRβ+ et peuvent être isolés sur la base de l’expression de LY6C (cellules LY6C+ PDGFRβ+)15. Les FIP n’ont pas de capacité adipogénique, exercent une forte réponse pro-inflammatoire à divers stimuli, produisent du collagène et sécrètent des facteurs anti-adipogènes15. L’activité pro-inflammatoire et fibrogénique de ces cellules augmente en association avec l’obésité chez la souris, impliquant ces cellules en tant que régulateurs du remodelage de WAT. La sous-population LY6C- CD9- PDGFRβ+ représente les cellules précurseurs adipocytaires (CPA). Ces APC sont enrichis dans l’expression de Pparg et d’autres gènes pro-adipogènes, et se différencient facilement en adipocytes matures in vitro et in vivo15. Ici, nous fournissons un protocole détaillé pour l’isolement de ces populations cellulaires distinctes à partir de dépôts WAT intra-abdominaux de souris adultes à l’aide de FACS, et la séparation immunomagnétique des billes avec des anticorps biotinylés. Ce protocole peut être utilisé pour isoler des sous-populations de progéniteurs adipeux fonctionnellement distinctes à partir de plusieurs dépôts WAT intra-abdominaux de souris mâles et femelles adultes15. L’étude isolée de ces populations cellulaires fonctionnellement distinctes pourrait grandement contribuer à notre compréhension actuelle des mécanismes moléculaires qui régulent l’adipogenèse et le remodelage du tissu adipeux intra-abdominal dans la santé et la maladie.
Le protocole ci-dessous détaille l’isolement des progéniteurs adipeux à partir du WAT épididymaire murin ; cependant, la même procédure peut être utilisée pour isoler les cellules correspondantes des dépôts WAT mésentériques et rétropéritonéaux des souris mâles et femelles15. Un protocole détaillé sur la façon d’identifier et d’isoler ces dépôts chez la souris peut être trouvé dans Bagchi et al.18. Ce protocole a été optimisé pour l’utilisation de souris âgées de 6 à 8 semaines. La fréquence et la capacité de différenciation des CPA peuvent diminuer en association avec le vieillissement.
Tous les protocoles et procédures pour les animaux ont été approuvés par le comité institutionnel d’utilisation et de soins des animaux du Southwestern Medical Center de l’Université du Texas.
1. Isolement de la fraction vasculaire stromale (SVF) à partir du tissu adipeux blanc gonadique
2. Isolation des APC et FIP à l’aide de FACS
3. Séparation immunomagnétique des fractions adipogéniques et non adipogènes
4. Évaluer la pureté des fractions adipogéniques et non adipogéniques par cytométrie en flux
5. Analyse de l’expression génique par PCR quantitative pour évaluer la pureté des FIP et des APC
6. Culture cellulaire et différenciation
Ce protocole décrit deux stratégies qui permettent d’isoler des populations distinctes de cellules stromales à partir de dépôts WAT intra-abdominaux de souris adultes. Les CPA et les FIP peuvent être isolés par FACS (Figure 1) ou par séparation immunomagnétique des billes avec des anticorps biotinylés (Figure 2). Les deux approches utilisent des réactifs et des anticorps qui sont tous disponibles dans le commerce. La séparation immunomagnétique des billes conduit à la séparation des cellules adipogènes des cellules non adipogéniques de la SVF gWAT. L’analyse par cytométrie en flux a montré que 75 % des cellules de la fraction adipogénique représentaient des APC LY6C-CD9-. >75% de la fraction non adipogénique représentait des FIP (cellules LY6C+).

Figure 1 : Isolement de sous-populations de cellules stromales β PDGFR + à partir de WAT gonadiques par FACS. (A) Vue d’ensemble schématique de la procédure : La fraction vasculaire stromale (cellules non adipocytaires) a été séparée des adipocytes matures par digestion enzymatique du tissu et centrifugation. Le tri cellulaire activé par fluorescence (FACS) a ensuite été utilisé pour éliminer les cellules endothéliales (CD31+) et hématopoïétiques (CD45+) et isoler les cellules LY6C+ PDGFRβ+ (FIP) et les cellules LY6C-CD9- PDGFRβ+ (APC). (B) Portes de collecte représentatives du FACS. Le panneau A est reproduit à partir de la réf.11 avec autorisation. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2 : Séparation des cellules stromales adipogéniques et non adipogéniques par séparation immunomagnétique des billes. (A) Vue d’ensemble schématique de la procédure : Étape 1 : Les cellules CD31+ et CD45+ se lient à l’aimant. Cela élimine à la fois les cellules endothéliales et hématopoïétiques. L’éluat contenant des cellules CD31 et CD45 a été collecté, puis incubé avec des anticorps reconnaissant LY6C et CD9, respectivement. Étape 2 : Liaison des cellules CD9+ et LY6C+ à l’aimant. Étape 3 : Le surnageant (fraction non liée) contenant des cellules CD9- et LY6C- a été collecté car il représentait la fraction adipogénique (APC). Les cellules CD9+ et LY6C+ non adipogéniques liées à des nanosphères ont été éluées sous la forme de la fraction non APC contenant des FIP. (B) Analyse par cytométrie en flux pour évaluer la fréquence des CPA (LY6C-CD9-) et des FIPs (LY6C+) dans les fractions adipogéniques et non adipogéniques, respectivement. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
La microscopie optique et l’analyse de l’expression génique démontrent que les APC isolés par les FACs ou par séparation magnétique des billes de gWAT de souris âgées de 6 à 8 semaines se sont différenciés en adipocytes contenant des lipides à un degré élevé dans les 7 à 10 jours suivant l’ensemencement initial des cellules dans les milieux de culture APC Gonadal (Figure 3). En revanche, les précurseurs non adipogéniques (tels que les précurseurs fibro-inflammatoires, ou FIP) sont restés de type fibroblaste et did ne deviennent pas des adipocytes lorsqu’ils sont maintenus dans le même milieu de culture (milieu de culture Gonadal APC) (Figure 3). Il convient de noter que peu de cellules dans les cultures non APCs ont montré une certaine accumulation de lipides (Figure 3D). Ceux-ci proviennent probablement d’une contamination par l’APC pendant l’isolement de la cellule. Des lavages supplémentaires peuvent améliorer la pureté de cette fraction.

Figure 3 : Différenciation in vitro de populations de cellules stromales β PDGFR + isolées à partir de gWAT de souris adultes. (A-D) Images représentatives en fond clair de sous-populations de cellules stromales différenciées isolées par séparation immunomagnétique des billes (A-B) ou FACS (C-D) de souris âgées de 6 à 8 semaines. Les images ont été prises sept jours après le placage des cellules dans les milieux de culture APC de Gonadal. Dans les 7 à 10 jours suivant l’ensemencement, les APC subissent une différenciation adipocytaire spontanée. Grossissement 10X. Échelle = 250 μM. (E-F) Niveaux d’ARNm des gènes sélectifs des adipocytes dans les cultures différenciées montrés en A-D. Les graphiques à barres représentent la moyenne + le SEM. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
| Fips | Gènes enrichis (par rapport aux APC) | Apprêt avant 5'-3' | Apprêt inversé 5'-3' |
| Ly6c1 | ACTGTGCCTGCAACCTTGTCT | GGCCACAGAAGAAGAATGAGCAC | |
| CD9 | GCGGGAAACACTCAAAGCCAT | AAAGCTGTTTCTTGGGGCAGG | |
| Novembre | GTTCCAAGAGCTGTGGAATGG | CTCTTGTTCACAAGGCCGAAC | |
| EFHD1 | GGCCGCTCTAAGGTCTTCAAT | GTCAATAAAGCCGTCCCTTCC | |
| Stmn4 | ACCTGAACTGGTGCGTCATCT | CTTGGGAGGGAGGCATTAAAC | |
| Dact2 | AGCCCCCTAAAGGAAGAAACC | GGTCCTTGGCCACAGTCATTA | |
| Il33 | ATTTCCCCGGCAAAGTTCAG | AACGGAGTCTCATGCAGTAGA | |
| CCL2 | CCACAACCACCTCAAGCACTTC | AAGGCATCACAGTCCGAGTCAC | |
| Tgfb2 | GGTGTTGTTCCAGGGGTTA | CGGTCCTTCAGATCCTCCTTT | |
| Note de bas de page 1 | GAGAGCACACCCGTTTTCATC | GGGTCCACATGATGGTGACTT | |
| DPP4 | TGGTGGATGCTGGTGTGGATT | AAGGGGCCTCTCTTCTCTCTTCCT | |
| Thy1 | TCTTCTTTCCCTTGCCCCTG | AGGTTGCAAGACTCTCGCTGT | |
| APC | Gènes enrichis (par rapport aux FIP) | Apprêt avant 5'-3' | Apprêt inversé 5'-3' |
| Agt | GTTCTGGGCAAAACTCAGTGC | GAGGCTCTGCTGCTCATCATT | |
| Cxcl14 | TGGACGGGTCCAAGTGTAAGT | TCCTCGCAGTGTGTGTACTTT | |
| Mmd2 | ATCTGGGAGCTGATGACAGGA | AGTGGGTACCAGCACCAAATG | |
| Pde11a | CGAGCTTGTCAGGAAAGGAGA | TTCAGCCACCTGTCTGGAGAT | |
| Lrn1 | CAACATGGGAGAGCTGGTTTC | GCACACTACGGAAAGCCAAAC | |
| Pparg | GCATGGTGCCTTCGCTGA | TGGCATCTCTGTGTCAACCATG | |
| Fabp4 | ACTGGGCGTGGAATTCGATGA | ACCAGCTTGTCACCATCTCGT | |
| Lpl | CATCGAGAGAGGATCCGAGTGAA | TGCTGAGTCCTTTCTCCTGTG | |
| CD36 | GAGTTGGCGAGAAAACCAGTG | GAGAATGCCTCCAAACACAGC |
Tableau 1 : Séquences d’amorces qPCR utilisées pour valider l’isolement des FIP et des APC
T.A.P. est employé et actionnaire de Novo Nordisk A/S
Ce protocole décrit l’approche technique permettant d’isoler des sous-populations de cellules stromales adipogènes et fibro-inflammatoires à partir de dépôts de tissu adipeux blanc (WAT) intra-abdominal murin par tri cellulaire activé par fluorescence ou séparation immunomagnétique des billes.
Les auteurs sont reconnaissants à Lisa Hansen et Kirsten Vestergaard pour leur excellente assistance technique, ainsi qu’à P. Scherer, N. Joffin et C. Crewe pour la lecture critique du manuscrit. Les auteurs remercient le Flow Cytometry Core de l’UTSW pour ses excellents conseils et son aide dans l’élaboration des protocoles décrits ici. R.K.G. est pris en charge par NIDDK R01 DK104789, NIDDK RC2 DK118620 et NIDDK R01 DK119163. J.P. est financé par une bourse pré-doctorale du Fonds d’innovation du Danemark.
| 40 et 100 & micro ; Filtres à cellules m | Fisher Scientific | 352340/352360 | |
| 1X Solution saline tamponnée au phosphate (PBS) | Fisher Scientific | 21040CV | |
| 5ml Tubes en polypropylène | Fisher Scientific | 352053 | |
| Digestion Buffer (pour 10mL) | |||
| 10 ml HBSS | Sigma | H8264 | |
| 10 mg de collagénase D (1 mg/ml cc final) | Roche | 11088882001 | |
| 0,15 g BSA (1,5 % cm³ final) | Fisher Scientific | BP1605-100 | |
| Séparation immunomagnétique des APC et des non-APC | |||
| 5X MojoSort Buffer (tampon MS) | BioLegend | 480017 | |
| 5 ml MojoSort Magnet (aimant MS) | BioLegend | 480019 | |
| 100 µ ; L MojoSort Streptavidin Nanobeads | BioLegend | 480015 | |
| Purity Check et FACS | |||
| 10X Red Blood Cell Lysis | Buffer eBioscience | 00-4300-54 | |
| Fc block (Souris CD16/CD32) | eBioscience | 553141 | |
| Antibodies | |||
| Biotine CD45 | BioLegend | 103103 | Concentration : &le ; 0,25 & micro ; g pour 10^6 cellules Espèce : Souris Clone : 30-F11 |
| Biotine CD31 | BioLegend | 102503 | Concentration : &le ; 0,25 µ ; g pour 10^6 cellules Espèce : Souris Clone : MEC13.3 |
| Biotine CD9 | BioLegend | 124803 | Concentration : &le ; 0.25 µ ; g pour 10^6 cellules Espèce : Souris Clone : MZ3 |
| Biotine LY6C | BioLegend | 128003 | Concentration : &le ; 0,25 µ ; g par 10^6 cellules Espèce : Souris Clone : HK1.4 |
| CD31-PerCP/Cy5.5 | BioLegend | 102419 | Concentration : Dilution 1:400 Espèce : Souris Clone : 390 |
| CD45-PerCP/Cy5.5 | BioLegend | 103131 | Concentration : Dilution 1:400 Espèce : Souris Clone : 30-F11 |
| CD140b PDGFR&beta ;-PE | BioLegend | 136006 | Concentration : Dilution 1:50 Espèce : Souris Clone : APB5 |
| LY6C-APC | BioLegend | 128016 | Concentration : Dilution 1:400 Espèce : Souris Clone : HK1.4 |
| CD9-FITC | BioLegend | 124808 | Concentration : Dilution 1:400 Espèce : Souris Clone : MZ3 |
| Culture cellulaire et Différenciation | |||
| 288 mL de DMEM avec 1 g/L de glucose | Corning | 10-014-CV | |
| 192 mL MCDB201 | Sigma | M6770 | |
| 10 mL Sérum de veau fœtal (FBS)** lot #14E024 | Sigma | 12303C | |
| 5 mL Prémélange 100 % ITS | BD Bioscience | 354352 | |
| 5 mL 10 mM Acide L-ascorbique-2-2phosphate | Sigma | A8960-5G | |
| 50 µ ; L 100 g/ml FGF-basic | R& D systems | 3139-FB-025/CF | |
| 5 mL Stylo/Strep | Corning | 30-001-CI | |
| 500 µ ; L Gentamycin | Gibco | 15750-060 | |
| **REMARQUE : La capacité adipogénique des APC primaires peut varier d’un lot à l’autre de FBS commerciaux. Plusieurs lots/sources de FBS doivent être testés. |