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Le succès de l’implantation d’un tissu cultivé en laboratoire ou d’un dispositif médical chez un individu dépend de la réponse immunitaire de l’hôte receveur. Si l’on considère un implant comme un corps étranger, une réponse immunitaire hostile et dérégulée peut entraîner le rejet de l’implant, tandis qu’une réponse régulée et la récupération de l’homéostasie peuvent conduire à son acceptation. L’analyse des microenvironnements d’implants disséqués dans des contextes in vivo ou ex vivo peut aider à comprendre le modèle de réponse immunitaire, ce qui peut finalement aider à développer de nouvelles générations de biomatériaux. La cytométrie en flux est une technique bien connue pour caractériser les cellules immunitaires et leurs sous-ensembles en fonction de leurs marqueurs de surface cellulaire. Cette revue décrit un protocole basé sur le découpage manuel en dés, la digestion enzymatique et la filtration à travers un tamis cellulaire pour l’isolement de suspensions cellulaires uniformes à partir de tissus implantaires disséqués. De plus, un protocole de coloration par cytométrie en flux multicolore a été expliqué, ainsi que des étapes pour les réglages initiaux du cytomètre afin de caractériser et de quantifier ces cellules isolées par cytométrie en flux.