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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Ce travail présente un flux de travail pour le suivi de la position atomique dans l’imagerie par microscopie électronique à transmission de résolution atomique. Ce flux de travail est effectué à l’aide d’une application Matlab open source (EASY-STEM).
Les microscopes électroniques modernes à transmission à balayage corrigé des aberrations (AC-STEM) ont réussi à visualiser directement les colonnes atomiques avec une résolution sous-angström. Grâce à ces progrès significatifs, la quantification et l’analyse avancées des images n’en sont encore qu’à leurs débuts. Dans ce travail, nous présentons la voie complète pour la métrologie des images de microscopie électronique à transmission à balayage à résolution atomique (STEM). Cela comprend (1) des conseils pour acquérir des images STIM de haute qualité; 2° le débruitage et la correction de la dérive pour améliorer la précision des mesures; 3° l’obtention de positions atomiques initiales; (4) l’indexation des atomes à partir de vecteurs cellulaires unitaires; (5) quantifier les positions des colonnes atomiques avec soit un ajustement à pic unique 2D-gaussien, soit (6) des routines d’ajustement à plusieurs pics pour des colonnes atomiques qui se chevauchent légèrement; (7) quantification de la distorsion/déformation du réseau à l’intérieur des structures cristallines ou aux défauts/interfaces où la périodicité du réseau est perturbée; et (8) quelques méthodes courantes pour visualiser et présenter l’analyse.
En outre, une simple application MATLAB gratuite auto-développée (EASY-STEM) avec une interface utilisateur graphique (GUI) sera présentée. L’interface graphique peut aider à l’analyse d’images STEM sans avoir besoin d’écrire un code ou un logiciel d’analyse dédié. Les méthodes avancées d’analyse de données présentées ici peuvent être appliquées pour la quantification locale des relaxations de défaut, des distorsions structurelles locales, des transformations de phase locale et de la non-centrosymétrie dans un large éventail de matériaux.
Le développement de la correction d’aberration sphérique dans le microscope électronique à transmission à balayage moderne (STEM) a permis aux microscopistes de sonder des cristaux avec des faisceaux d’électrons de taille sub-angström1,2. Cela a permis l’imagerie de colonnes atomiques individuelles dans une grande variété de cristaux avec des images de résolution atomique interprétables pour les éléments lourds et légers3,4. Les développements récents dans les détecteurs d’électrons directs pixélisés et les algorithmes d’analyse de données ont permis des techniques d’imagerie de reconstruction de phase, telles que la ptychographie, avec d’autres améliorations de la résolution spatiale vers 30 pm5,6,7. De plus, les progrès récents de la tomographie STEM ont même permis la reconstruction de la résolution atomique tridimensionnelle de la nanoparticuleunique 8. Le microscope électronique est ainsi devenu un outil extraordinairement puissant pour quantifier les propriétés structurelles des matériaux avec une grande précision et une spécificité de site.
Avec les images STEM ultra-haute résolution comme entrée de données, des mesures directes des distorsions structurelles ont été effectuées pour extraire des informations physiques de cristaux à l’échelle atomique9,10. Par exemple, le couplage de défaut entre un dopant Mo dans la monocoucheWS2 et une seule vacance S a été directement visualisé en mesurant les positions atomiques puis en calculant les longueurs de liaison projetées11. Par ailleurs, la mesure sur des interfaces cristallines, telles que les joints de grains coalescés en monocoucheWS2,peut présenter l’agencement atomique local12. L’analyse interfaciale réalisée sur les parois du domaine ferroélectrique dans LiNbO3 a révélé que la paroi du domaine était une combinaison des états d’Ising et de Neel13. Un autre exemple est la visualisation des structures devortex polaires réalisées dans les superlattices SrTiO3-PbTiO3, obtenues par calcul des déplacements de colonne atomique de titane par rapport aux positions de la colonne de strontium et de plomb14. Enfin, les avancées des algorithmes de vision par ordinateur, tels que le débruitage d’image avec analyse de composantes de principe non local15,la déconvolution de Richardson et Lucy16,la correction de dérive avec enregistrement non linéaire17,et la reconnaissance de formes avec apprentissage profond, ont considérablement renforcé la précision de la mesure à la précision du sous-picomètre18. Un tel exemple est l’alignement et l’enregistrement d’image de plusieurs images cryogéniques-STEM à balayage rapide pour améliorer le rapport signal/bruit. Par la suite, la technique de masquage de Fourier a été appliquée pour analyser les ondes de densité de charge dans les cristaux en visualisant directement la distorsion périodique du réseau19. Même si l’incroyable instrumentation STEM corrigée des aberrations est de plus en plus accessible aux chercheurs du monde entier, les procédures et méthodes avancées d’analyse des données restent rares et constituent un énorme obstacle pour ceux qui n’ont pas d’expérience dans l’analyse des données.
Dans le présent travail, nous présentons la voie complète de la métrologie des images STEM à résolution atomique. Ce processus comprend tout d’abord l’acquisition des images STEM avec un microscope corrigé des aberrations, puis l’exécution d’un débruitage / correction de dérive post-acquisition pour une précision de mesure améliorée. Nous discuterons ensuite plus en détail des méthodes existantes pour résoudre clairement et quantifier avec précision les positions des colonnes atomiques avec des routines d’ajustement à pic unique 2D-gaussienne ou à plusieurs pics pour les colonnes atomiques légèrement superposées20,21. Enfin, ce tutoriel discutera des méthodes de quantification de la distorsion/déformation du réseau dans les structures cristallines ou au niveau des défauts/interfaces où la périodicité du réseau est perturbée. Nous présenterons également une application MATLAB gratuite auto-développée (EASY-STEM) simple avec une interface utilisateur graphique (GUI) qui peut aider à l’analyse des images STEM sans avoir besoin d’écrire un code d’analyse ou un logiciel dédié. Les méthodes avancées d’analyse de données présentées ici peuvent être appliquées pour la quantification locale des relaxations de défaut, des distorsions structurelles locales, des transformations de phase locale et de la non-centrosymétrie dans un large éventail de matériaux.
NOTA : L’organigramme de la figure 1 montre la procédure générale de quantification de la position atomique.

Figure 1: Le flux de travail de la quantification de la position atomique et de la mesure structurelle. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.
1. Correction de la dérive et débruitage de l’image STEM

Figure 2: L’interface utilisateur graphique (GUI) de l’application Matlab EASY-STEM. Toutes les étapes décrites dans la section protocole sont étiquetées en conséquence. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.

Figure 3: Exemples de résultats de suivi de position atomique. (i) Un exemple d’affinage de position avec l’algorithme mp-fit. Les résultats de l’ajustement 2D-gaussien régulier et de l’algorithme mpfit sont affichés avec des cercles rouges et verts respectivement. Les flèches jaunes mettent en évidence l’échec de l’ajustement 2D-gaussien régulier en raison de l’intensité des atomes voisins. (a) L’image ADF-STEM corrigée de la dérive montrant une cellule unitaire typique de la pérovskite ABO3. b)Le tracé 3D de l’intensité en (a). ( c) La même image débruitée avec un filtre gaussien. d)Le tracé 3D de l’intensité enc). e)Tracé des contours de l’intensité enc)avec les positions atomiques initiales (cercles jaunes) superposées. (f) Exemple du système d’indexation du vecteur cellule unitaire montrant l’indice des positions atomiques dans l’image. (g) Le diagramme de contour de l’intensité en (c) avec les positions atomiques initiales (cercles jaunes) et les positions atomiques raffinées (cercles rouges) superposées, et (h) le tracé 3D de l’intensité avec les positions atomiques initiales et raffinées indiquées avec des cercles jaunes et rouges. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.
Remarque : cette technique utilise un filtre qui fait la moyenne de l’intensité des pixels à proximité dans les images. L’effet du filtrage gaussien est présenté à la figure 3a-d.
2. Trouver et affiner la position de l’atome
3. Extraction physique de l’information
ou
(1)
(3)
(4) Et ω =
(5).4. Visualisation des données
La figure 3 montre les exemples de résultats du suivi de position atomique en suivant les étapes 1 et 2 du protocole. Une image ADF-STEM brute d’une cellule unitaire de la pérovskite ABO3 est représentée à la figure 3a,et son profil d’intensité est tracé en 3D sur la figure 3b. La figure 3c montre le résultat après l’application du filtrage gaussien à l’image STEM de la figure 3aet le profil d’intensité est tracé à la figure 3d. Les positions initiales sont déterminées en trouvant les maxima locaux dans l’image et les positions sont indiquées par des cercles jaunes sur la figure 3e. Les positions atomiques sont indexées en fonction du vecteur de cellule unitaire et illustrées à la figure 3f. Une fois la position initiale trouvée et indexée, un raccord 2D-gaussien est appliqué pour affiner davantage la mesure. Sur la figure 3g et la figure 3h,les positions ajustées sont indiquées par des cercles rouges, la précision de mesure est améliorée car les positions affinées sont plus proches du centre par rapport aux positions initiales (cercles jaunes). Enfin, l’avantage d’appliquer l’algorithme mpfit sur les intensités qui se chevauchent est mis en évidence dans une image ADF-STEM du cristal BaMnSb2 (Figure 3i). L’ajustement 2D-gaussien régulier (cercles rouges) échoue sévèrement sur les colonnes Mn comme mis en évidence par des flèches jaunes, tandis que l’algorithme mpfit peut déterminer les positions beaucoup plus précisément (cercles verts).

Figure 4: Image HAADF-STEM du Ca3Ru2O7(CRO). (a)Image agrandie de l’image ADF-STEM du cristal Ca3Ru2O7 (CRO) avec la structure cristalline superposée. Le déplacement relatif de l’atome de Ca dans la couche de pérovskite est mis en évidence par la flèche jaune. b)Image ADF-STEM corrigée de la dérive et débruitée du CRO etc)avec superposition de positions atomiques raffinées (points rouges). (d) Un exemple d’utilisation d’un système d’indexation pour identifier les atomes de Ca supérieurs (rouges), centraux (bleus) et inférieurs (jaunes) dans la couche de pérovskite. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.
L’image HAADF-STEM duCa3Ru2O7(CRO) est représentée à la figure 4a et à la figure 4b (avec la structure cristalline superposée). CRO est un cristal de pérovskite de phase Ruddlesden-Popper avec le groupe d’espace polaire A21am. L’imagerie ADF-STEM montre bien le contraste des éléments les plus lourds (Ca et Ru), mais les atomes O ne sont pas visualisés car les atomes plus légers ne dispersent pas le faisceau assez fort pour devenir visibles avec les détecteurs HAADF. La non-centrosymétrie de la structure cristalline est causée par l’inclinaison des octaèdres O et peut être visualisée dans les images ADF-STEM en analysant le déplacement de l’atome de Ca au centre de la double couche de pérovskite. En suivant les étapes répertoriées dans la section Protocole, toutes les positions atomiques de cette image peuvent être localisées en trouvant les centres des pics 2D-gaussiens ajustés, comme illustré à la figure 4c. En outre, à l’aide du système d’indexation, à l’étape 3.2, chaque type d’atome dans la cellule unitaire peut être identifié et utilisé pour un traitement ultérieur. Par exemple, les atomes de Ca sur la face supérieure, centrale et inférieure de la double couche de pérovskite peuvent être facilement identifiés et leurs positions sont présentées avec des cercles remplis de différentes couleurs, comme le montre la figure 4d.

Figure 5: Informations physiques. (a)Un exemple de la mise en œuvre de la carte vectorielle montrant la polarisation obtenue à partir du motif de déplacement ca centre. Les flèches sont colorées en fonction de l’orientation (rouge à droite, bleu à gauche). Les parois verticales de 90° de la tête à la tête et de la tête à la queue sont indiquées par des flèches bleues et une paroi horizontale de domaine à 180° est indiquée par une flèche rouge. (b) Un exemple de la mise en œuvre de la carte en fausses couleurs montrant la polarisation. La couleur indique la magnitude dans les directions gauche (jaune) et droite (violet). La magnitude réduite entraîne une couleur fanée. (c) Un exemple de mise en œuvre de la carte en fausses couleurs montrant la εsouche xx dans l’image. La couleur indique la valeur de la déformation de traction (rouge) et de compression (bleu). Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.
Après le positionnement et l’indexation des atomes dans les images STEM, les informations physiques peuvent être extraites et visualisées via différents types de graphiques, comme le montre la figure 5. La carte vectorielle qui montre la direction de polarisation est illustrée à la figure 5a. Les flèches pointent vers la direction de polarisation projetée, et en coloriant les flèches en fonction de leur orientation, un mur de domaine vertical de 90° en tête-à-tête (étiqueté avec des flèches bleues) et un mur de domaine horizontal de 180° (étiqueté avec des flèches rouges) sont affichés en haut de l’image. En construisant la carte en fausses couleurs comme le montre la figure 5b,une magnitude décroissante de déplacement polaire peut être observée via la couleur de décoloration au centre, et ainsi la paroi du domaine tête-à-queue peut être visualisée. En combinant la carte vectorielle et la carte en fausses couleurs, la jonction T formée par trois murs de domaine est affichée dans l’image ADF-STEM. De plus, avec la dimension de chaque cellule unitaire dans l’image mesurée, une carte de déformation εxx peut être construite, comme le montre la figure 5c.
Les auteurs n’ont rien à divulguer.
Ce travail présente un flux de travail pour le suivi de la position atomique dans l’imagerie par microscopie électronique à transmission de résolution atomique. Ce flux de travail est effectué à l’aide d’une application Matlab open source (EASY-STEM).
Les travaux de L.M. et N.A. soutenus par le Penn State Center for Nanoscale Sciences, un MRSEC de la NSF sous le numéro de subvention DMR-2011839 (2020 - 2026). D.M. a été soutenu par le programme de recherche et développement dirigés par laboratoire (LDRD) de l’ORNL, qui est géré par UT-Battelle, LLC, pour le département de l’Énergie des États-Unis (DOE). A.C. et N.A. remercient le programme FA9550-18-1-0277 du Bureau de la recherche scientifique de la Force aérienne (AFOSR) ainsi que GAME MURI, 10059059-PENN pour leur soutien.
| EASY-STEM | Nasim Alem Group, Université d’État de Pennsylvanie | Application Matlab pour le traitement d’images STEM ;Lien de téléchargement : https://github.com/miaoleixin1994/EASY-STEM.git | |
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