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Aspergillus fumigatus conidia sont des agents pathogènes en suspension dans l’air qui peuvent pénétrer dans les voies respiratoires humaines. Les personnes immunocompétentes sans allergies présentent une résistance et une tolérance immunologique, tandis que chez les patients immunodéprimés, les conidies peuvent coloniser les voies respiratoires et provoquer de graves troubles respiratoires invasifs. Diverses cellules dans différents compartiments des voies respiratoires sont impliquées dans la réponse immunitaire qui empêche l’invasion fongique; cependant, les aspects spatio-temporels de l’élimination des agents pathogènes ne sont pas encore complètement compris. L’imagerie tridimensionnelle (3D) d’organes de montage entier optiquement nettoyés, en particulier les poumons de souris expérimentales, permet de détecter des agents pathogènes marqués par fluorescence dans les voies respiratoires à différents moments après l’infection. Dans la présente étude, nous décrivons une configuration expérimentale pour effectuer une analyse quantitative de la distribution des conidies d’A. fumigatus dans les voies respiratoires. En utilisant la microscopie à balayage laser confocale fluorescente (CLSM), nous avons tracé l’emplacement des conidies étiquetées par fluorescence dans les branches bronchiques et le compartiment alvéolaire 6 heures après l’application oropharyngée sur des souris. L’approche décrite ici était précédemment utilisée pour la détection de l’emplacement précis de l’agent pathogène et l’identification des cellules interagissant avec l’agent pathogène à différentes phases de la réponse immunitaire. La configuration expérimentale peut être utilisée pour estimer la cinétique de l’élimination de l’agent pathogène dans différentes conditions pathologiques.