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Les sphingolipides sont des composants cellulaires qui ont des rôles bien établis dans le métabolisme humain et la maladie. La spectrométrie de masse peut être utilisée pour déterminer si les sphingolipides sont altérés dans une maladie et déterminer si les sphingolipides peuvent être ciblés cliniquement. Cependant, les études prospectives de bonne puissance qui acquièrent des tissus directement à partir de la salle d’opération peuvent prendre beaucoup de temps et être difficiles sur les plans technique, logistique et administratif. En revanche, les études rétrospectives peuvent tirer parti des spécimens humains cryoconservés déjà disponibles, généralement en grand nombre, dans les dépôts biologiques tissulaires. Parmi les autres avantages de l’obtention de tissus auprès de dépôts biologiques, mentionnons l’accès à l’information associée aux échantillons de tissus, y compris l’histologie, la pathologie et, dans certains cas, les variables clinicopathologiques, qui peuvent toutes être utilisées pour examiner les corrélations avec les données lipidomiques. Cependant, les limitations techniques liées à l’incompatibilité du composé à température de coupe optimale (OCT) utilisé dans la cryoconservation et la spectrométrie de masse constituent une barrière technique pour l’analyse des lipides. Cependant, nous avons déjà montré que la TCO peut être facilement retirée des échantillons humains de biodépôts par des cycles de lavage et de centrifugation sans modifier leur teneur en sphingolipides. Nous avons également précédemment établi que les sphingolipides dans les tissus humains cryoconservés en OCT sont stables jusqu’à 16 ans. Dans ce rapport, nous décrivons les étapes et le flux de travail pour analyser les sphingolipides dans les échantillons de tissus humains qui sont intégrés dans l’OCT, y compris le lavage des tissus, le pesage des tissus pour la normalisation des données, l’extraction des lipides, la préparation des échantillons pour analyse par chromatographie liquide spectrométrie de masse en tandem par électropulvérisation (LC-ESI-MS / MS), l’intégration des données de spectrométrie de masse, la normalisation des données et l’analyse des données.