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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Cet article décrit un protocole pour déterminer les différences dans l’état redox basal et les réponses redox aux perturbations aiguës dans les neurones primaires de l’hippocampe et cortical en utilisant la microscopie vivante confocale. Le protocole peut être appliqué à d’autres types de cellules et de microscopes avec un minimum de modifications.
L’homéostasie redox mitochondriale est importante pour la viabilité et la fonction neuronales. Bien que les mitochondries contiennent plusieurs systèmes redox, le glutathion tampon redox thiol-disulfure très abondant est considéré comme un acteur central dans les défenses antioxydantes. Par conséquent, la mesure du potentiel redox du glutathion mitochondrial fournit des informations utiles sur le statut redox mitochondrial et le stress oxydatif. Glutaredoxin1-roGFP2 (Grx1-roGFP2) est un indicateur ratiométrique à base de protéine fluorescente verte (GFP) génétiquement codé du potentiel redox du glutathion qui a deux pics d’excitation sensibles à l’état redox à 400 nm et 490 nm avec un seul pic d’émission à 510 nm. Cet article explique comment effectuer une microscopie confocale vivante de Grx1-roGFP2 ciblant les mitochondries dans les neurones primaires de l’hippocampe et du cortical. Il décrit comment évaluer le potentiel redox du glutathion mitochondrial à l’état d’équilibre (par exemple, pour comparer les états pathologiques ou les traitements à long terme) et comment mesurer les changements redox lors des traitements aigus (en utilisant le médicament excitotoxique N-méthyl-D-aspartate (NMDA) à titre d’exemple). En outre, l’article présente la co-imagerie de Grx1-roGFP2 et de l’indicateur de potentiel de la membrane mitochondriale, la tétraméthylrhodamine, ester éthylique (TMRE), pour démontrer comment Grx1-roGPF2 peut être multiplexé avec des indicateurs supplémentaires pour les analyses multiparamétriques. Ce protocole fournit une description détaillée de la façon de (i) optimiser les réglages du microscope confocal à balayage laser, (ii) appliquer des médicaments pour la stimulation suivis d’un étalonnage du capteur avec du diamide et du dithiothréitol, et (iii) analyser les données avec ImageJ / FIJI.
Plusieurs enzymes mitochondriales et molécules de signalisation importantes sont soumises à la régulation redox thiol1. De plus, les mitochondries sont une source cellulaire majeure d’espèces réactives de l’oxygène et sont sélectivement vulnérables aux dommages oxydatifs2. En conséquence, le potentiel redox mitochondrial affecte directement la bioénergétique, la signalisation cellulaire, la fonction mitochondriale et, en fin de compte, la viabilité cellulaire3,4. La matrice mitochondriale contient de grandes quantités (1-15 mM) de glutathion tampon redox thiol-disulfure (GSH) pour maintenir l’homéostasie redox et monter des défenses antioxydantes5,6. Le GSH peut être attaché de manière covalente aux protéines cibles (S-glutathionylation) pour contrôler leur statut et leur activité redox et est utilisé par une gamme d’enzymes détoxifiantes qui réduisent les protéines oxydées. Par conséquent, le potentiel redox du glutathion mitochondrial est un paramètre très informatif lors de l’étude de la fonction mitochondriale et de la physiopathologie.
roGFP2 est une variante de GFP qui a été rendue redox-sensible par l’ajout de deux cystéines exposées à la surface qui forment une paire artificielle dithiol-disulfure7,8. Il a un seul pic d’émission à ~510 nm et deux pics d’excitation à ~400 nm et 490 nm. Il est important de noter que les amplitudes relatives des deux pics d’excitation dépendent de l’état redox de roGFP2 (Figure 1), ce qui fait de cette protéine un capteur ratiométrique. Dans le capteur Grx1-roGFP2, la glutarédoxine-1 humaine (Grx1) a été fusionnée à la terminaison N de roGFP29,10. La fixation covalente de l’enzyme Grx1 à roGFP2 offre deux améliorations majeures du capteur : elle rend la réponse du capteur spécifique pour la paire redox GSH/GSSG glutathion (Figure 1), et elle accélère l’équilibrage entre GSSG et roGFP2 d’un facteur d’au moins 100 0009. Par conséquent, Grx1-roGFP2 permet une imagerie spécifique et dynamique du potentiel redox cellulaire du glutathion.
L’imagerie Grx1-roGFP2 peut être réalisée sur une large gamme de microscopes, y compris les microscopes à fluorescence à grand champ, les microscopes confocaux à disque rotatif et les microscopes confocaux à balayage laser. L’expression du capteur dans les neurones primaires peut être obtenue par diverses méthodes, notamment la lipofection11, la coprécipitation ADN/calcium-phosphate12, le transfert de gènes médié par le virus ou l’utilisation d’animaux transgéniques comme source cellulaire (Figure 2). Des virus adéno-associés recombinants pseudotypés (rAAV) contenant un rapport de 1:1 de protéines de capside AAV1 et AAV2 13,14 ont été utilisés pour les expériences de cet article. Avec ce vecteur, l’expression maximale du capteur est généralement atteinte 4 à 5 jours après l’infection et reste stable pendant au moins deux semaines. Nous avons utilisé avec succès Grx1-roGFP2 dans les neurones primaires de l’hippocampe et du cortical de souris et de rats.
Dans cet article, l’expression médiée par le rAAV de Grx1-roGFP2 ciblé par les mitochondries dans les neurones hippocampiques et corticaux primaires du rat est utilisée pour évaluer l’état redox du glutathion mitochondrial basal et sa perturbation aiguë. Un protocole est fourni pour l’imagerie confocale en direct avec des instructions détaillées sur la façon (i) d’optimiser les paramètres du microscope confocal à balayage laser, (ii) d’exécuter une expérience d’imagerie en direct et (iii) d’analyser les données avec FIJI.
Toutes les expériences sur les animaux étaient conformes aux lignes directrices nationales et institutionnelles, y compris la directive 2010/63/UE du Conseil du Parlement européen, et avaient l’approbation éthique complète du ministère de l’Intérieur (Office du bien-être animal de l’Université de Heidelberg et Regierungspraesidium Karlsruhe, licences T14/21 et T13/21). Les neurones primaires de l’hippocampe et du cortical ont été préparés à partir de nouveau-nés de souris ou de ratons selon les procédures standard et ont été maintenus pendant 12 à 14 jours, comme décrit précédemment13.
1. Préparation des solutions
| Composant | MW | Concentration (M) | Montant (g) | Volume (mL) |
| NaCl | 58.44 | 5 | 14.61 | 50 |
| Kcl | 74.55 | 3 | 1.12 | 5 |
| MgCl2· 6H2O | 203.3 | 1.9 | 2 | 5 |
| CaCl2·2H2O | 147.01 | 1 | 1.47 | 10 |
| Glycine | 75.07 | 0.1 | 0.375 | 50 |
| Saccharose | 342.3 | 1.5 | 25.67 | 50 |
| Pyruvate de sodium | 110.04 | 0.1 | 0.55 | 50 |
| HEPES | 238.3 | 1 | 11.9 | 50 |
| Glucose | 180.15 | 2.5 | 45 | 100 |
Tableau 1 : Solutions de base pour tampon d’imagerie.
| Composant | Solution mère (M) | Concentration finale (mM) | Volume (mL) |
| NaCl | 5 | 114 | 2.3 |
| Kcl | 3 | 5.29 | 0.176 |
| MgCl2 | 1.9 | 1 | 0.053 |
| CaCl2 | 1 | 2 | 0.2 |
| Glycine | 0.1 | 0.005 | 0.005 |
| Saccharose | 1.5 | 52 | 3.5 |
| Pyruvate de sodium | 0.1 | 0.5 | 0.5 |
| HEPES | 1 | 10 | 1 |
| Glucose | 2.5 | 5 | 0.2 |
Tableau 2 : Composition du tampon d’imagerie. Les volumes indiqués sont utilisés pour la préparation de 100 mL de tampon d’imagerie.
2. Chargement des cellules avec TMRE
REMARQUE: Dans ce protocole, TMRE est utilisé en mode non trempé15 à une concentration finale de 20 nM. En général, la concentration la plus faible possible de TMRE qui fournit encore une intensité de signal suffisante sur le microscope de choix doit être utilisée. En raison de l’évaporation inégale, le volume de milieu dans différents puits peut différer dans les cultures primaires à long terme. Pour assurer une concentration constante de TMRE dans tous les puits, n’ajoutez pas de TMRE directement aux puits. Au lieu de cela, remplacez le milieu dans chaque puits par la même quantité de milieu contenant du TMRE. Le protocole ci-dessous est conçu pour les neurones primaires dans des plaques de 24 puits contenant environ 1 mL de milieu par puits.
3. Optimisation des paramètres du microscope confocal à balayage
REMARQUE: Cette étape vise à trouver le meilleur compromis entre la qualité d’image et la viabilité des cellules lors de l’imagerie en direct. Cette section décrit l’optimisation des paramètres pour l’imagerie roGFP. Si l’imagerie multiparamétrique est effectuée, une optimisation similaire, y compris la vérification d’une base de référence stable sans signes de blanchiment ou de phototoxicité, doit être effectuée pour les indicateurs supplémentaires.
4. Évaluation du statut redox basal
5. Imagerie en direct des traitements aigus
REMARQUE: Le protocole ci-dessous décrit l’imagerie de la réponse redox mitochondriale au traitement NMDA. Les intervalles d’image et la durée de l’expérience peuvent devoir être ajustés pour d’autres traitements.
6. Analyse des données

Quantification des différences dans l’état redox mitochondrial à l’état d’équilibre après le retrait du facteur de croissance
Pour démontrer la quantification des différences à l’état d’équilibre dans l’état redox mitochondrial, les neurones primaires cultivés en milieu standard ont été comparés à des neurones cultivés sans facteurs de croissance pendant 48 h avant l’imagerie. Le retrait du facteur de croissance entraîne la mort des cellules neuronales apoptotiques après 72 h16. Les cellules ont été imagées après 48 h pour tester si cela est précédé de changements dans l’état redox mitochondrial. Les neurones corticaux primaires de rat cultivés sur des couvertures recouvertes de poly-L-ornithine ont été infectés par rAAV-mito-Grx1-roGFP2 les jours in vitro 6 (DIV6) et ont été imagés sur DIV12. L’imagerie en direct a été réalisée à température ambiante conformément à la section 4 de ce protocole sur un microscope confocal à balayage laser inversé équipé d’un objectif d’immersion dans l’eau 40x/1,10. Les paramètres confocaux étaient les unités aérées du sténopé 7, la taille des pixels 568,7 nm (512 x 512 pixels), la vitesse de balayage 600 Hz, la puissance laser 405 nm 3%, la puissance laser 488 nm 1%, la bande passante d’émission 505-550 nm et la moyenne d’images 4. Il n’y avait pas de différence majeure entre les rapports bruts de 405:488 nm des deux conditions (figure 3B). Après normalisation des données, un sous-ensemble de cellules avec un rapport 405:488 nm accru était détectable dans le groupe de retrait du facteur de croissance (Figure 3C). Cela indique que les changements redox mitochondriaux pourraient précéder la mort des cellules neuronales, et cela souligne la pertinence de la normalisation des données max/min pour la comparaison des états redox basaux entre les groupes.
Changements dynamiques de l’état redox mitochondrial lors du traitement des neurones par NMDA
Le récepteur du glutamate de type NMDA (NMDAR) joue un rôle central dans la plasticité neuronale, mais peut également servir de médiateur pour les dommages neuronaux et la mort cellulaire. L’activation pathologique du NMDAR entraîne plusieurs effets indésirables sur les mitochondries, notamment une surcharge en calcium matriciel, une oxydation et une fragmentation mitochondriales et une transition de perméabilité mitochondriale. Dans une étude précédente, le protocole décrit ci-dessus a été utilisé pour étudier une relation causale entre la surcharge mitochondriale en calcium induite par nmDA et l’oxydation mitochondriale13. Les neurones primaires de l’hippocampe de rat cultivés sur des couvertures recouvertes de poly-D-lysine / laminine ont été infectés par rAAV-mito-Grx1-roGFP2 sur DIV4 et imagés sur DIV12. L’imagerie en direct a été réalisée à 37 °C sur un microscope confocal à disque rotatif inversé équipé d’un objectif multi-immersion 20x/0,75 (l’immersion dans l’eau a été utilisée) et d’un système d’incubation sur scène. Mito-Grx1-roGFP2 a été excité séquentiellement toutes les 20 s à l’aide des lignes laser de 405 nm et 488 nm, et l’émission a été collectée avec un filtre d’émission de 527/55 nm pour les deux longueurs d’onde d’excitation. Le traitement des neurones avec 30 μM NMDA a provoqué l’oxydation des mitochondries en quelques minutes (Figure 4A, B). Notamment, l’acidose mitochondriale induite par le NMDA a provoqué une trempe significative de la fluorescence roGFP2, conformément à sa sensibilité au pH bien connue8. Pour confirmer que cette trempe dépendante du pH n’affectait pas le rapport 405:4889, les mitochondries ont été complètement oxydées par DA avant l’ajout de NMDA dans une expérience témoin. Le prétraitement avec DA empêche toute oxydation ultérieure des mitochondries par NMDA et, par conséquent, le rapport 405:488 n’a pas changé dans cette expérience malgré une trempe considérable de l’intensité de fluorescence roGFP2 (Figure 4C).
Analyse multiparamétrique des changements induits par NMDA des mitochondries dendritiques
Pour évaluer la séquence temporelle des changements induits par le NMDA dans la morphologie mitochondriale, le potentiel membranaire et l’état redox, une imagerie parallèle de la fluorescence TMRE et mito-Grx1-roGFP2 a été réalisée à haute résolution spatiale et temporelle. Les neurones corticaux primaires de rat cultivés sur des couvertures recouvertes de poly-L-ornithine ont été infectés par rAAV-mito-Grx1-roGFP2 sur DIV6 et imagés sur DIV12. L’imagerie en direct a été réalisée à température ambiante sur un microscope à balayage laser confocal inversé à l’aide d’un objectif d’immersion dans l’huile 63x/1,40, d’une vitesse de balayage de 600 Hz, d’une taille de pixel de 90,2 nm (1024 x 1024 pixels avec zoom 2x), d’une taille de sténopé de 3 unités aérées et d’une moyenne d’images de 2. Toutes les 30 s, trois images étaient enregistrées en mode séquentiel : excitation de 405 nm/émission de 505 à 550 nm ; Excitation de 488 nm/émission de 505 à 550 nm; Excitation de 552 nm/émission de 560 à 600 nm. Le traitement des neurones avec une NMDA de 60 μM a entraîné une perte du signal TMRE et une augmentation du rapport roGFP de 405:488 nm, suivi d’un certain arrondi retardé des mitochondries (Figure 5).

Figure 1 : Représentation schématique de la fonction Grx1-roGFP2 et des spectres d’excitation roGFP2. (A) Le stress oxydatif et l’action des systèmes de défense antioxydants oxydent le pool cellulaire de glutathion. Grx1 dans la protéine de fusion Grx1-roGPF2 favorise l’équilibrage rapide de l’état redox roGFP2 avec l’état redox du pool de glutathion. L’état redox du pool roGFP2 peut être évalué en surveillant le rapport d’émission GFP-fluorescence à 510 nm après excitation à 405 nm et 488 nm. Les espèces réduites sont représentées en bleu; les espèces oxydées sont représentées en rouge. (B) Spectres d’excitation de roGFP2 entièrement réduit (bleu) et oxydé (rouge). Lors de l’oxydation de roGFP2, l’émission de fluorescence à une excitation de 400 nm augmente, tandis que l’émission à une excitation de 490 nm diminue. Ce chiffre a été modifié par rapport à une publication précédente13. Les spectres d’excitation en B ont été dessinés sur la base de la figure 1B de 8. Les lignes pointillées en B indiquent les longueurs d’onde des lignes laser 405 nm et 488 nm couramment utilisées. Abréviations : GSH = glutathion ; GSSG = glutathion oxydé; Grx = glutarédoxine; roGFP = variante de protéine fluorescente verte sensible à l’oxydoréduction. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2 : Flux de travail de la méthode. L’expression de la protéine fluorescente roGFP2 sensible à l’excitation ratiométrique redox dans les neurones peut être obtenue par plusieurs méthodes qui comprennent la transfection, la lipofection, le transfert de gènes viraux et les animaux transgéniques. Le capteur peut être utilisé pour étudier l’état redox neuronal dans les neurones primaires cultivés, les explants de tissus ex vivo et les animaux intacts. L’imagerie roGFP2 peut être réalisée sur une variété de microscopes, notamment des microscopes fluorescents à grand champ, des microscopes confocaux et des microscopes à 2 photons. L’analyse des données d’imagerie roGFP2 peut être effectuée avec le logiciel gratuit ImageJ/FIJI. Abréviation : roGFP = variante de protéine fluorescente verte sensible à l’oxydoréduction. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 3 : Le retrait du facteur de croissance provoque l’oxydation des mitochondries neuronales. (A) Images représentatives du rapport 405:488 nm de neurones cultivés en présence (+ GF) ou en absence (- GF) de facteurs de croissance pendant 48 h avant l’imagerie. Les échelles codées par couleur représentent des rapports 405:488 nm non normalisés (les rapports inférieurs correspondent à un état réduit; les rapports plus élevés correspondent à un état oxydé). Barres d’échelle = 50 μm. (B) Quantification du rapport 405:488 nm dans les neurones individuels. (C) Rapport Max/min étalonné de 405:488 nm des neurones individuels. Les symboles ronds représentent des cellules individuelles ; barre représente la moyenne. N = 40-44 cellules de 3 couvercles d’une préparation. Abréviation : GF = facteur de croissance. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 4 : Oxydation des mitochondries neuronales induite par le NMDA. (A) Images représentatives du rapport 405:488 nm avant et après le traitement avec 30 μM NMDA et après étalonnage max/min avec DA et DTT. À ce grossissement, le signal roGFP est principalement détecté dans les dendrites soma et proximales. L’échelle codée par couleur représente des rapports non normalisés de 405:488 nm (les rapports inférieurs correspondent à un état réduit; les rapports plus élevés correspondent à un état oxydé). Barres d’échelle = 50 μm. (B) Quantification de l’exécution de l’imagerie montrée en A. NmDA induit une oxydation mitochondriale rapide et soutenue qui peut être calibrée à l’aide de DA et DTT. (C) L’acidose mitochondriale induite par le NMDA provoque une baisse de la fluorescence GFP lors d’une excitation de 405 nm et 488 nm (panneau supérieur). Pour isoler l’effet induit par le pH et confirmer que le rapport 405:488 nm est insensible au pH, les neurones ont d’abord été oxydés au maximum à l’aide de DA, puis mis au défi avec NMDA en présence de DA (panneau inférieur). Dans ces conditions, le NMDA provoque toujours une acidose mitochondriale mais pas d’oxydation mitochondriale supplémentaire. En conséquence, bien que les traces de 405 nm et de 488 nm montrent une baisse de l’intensité de fluorescence due au pH, le rapport 405:488 nm reste stable. Ce chiffre est modifié à partir de 13. Abréviations: GFP = protéine fluorescente verte; roGFP = variante de protéine fluorescente verte sensible à l’oxydoréduction; NMDA = N-méthyl-D-aspartate; DA = diamide; TNT = dithiothréitol. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 5 : Changements induits par le NMDA dans le potentiel membranaire, l’état redox et la morphologie des mitochondries dendritiques. (A) Trois images à fort grossissement issues d’une expérience en accéléré, acquises à t = 1, 4 et 9 min, montrant des mitochondries dendritiques et axonales. La colorisation représente l’intensité TMRE (voir barre d’étalonnage). (B) Images au rapport roGFP 405:488 nm provenant de la même expérience time-lapse que dans (A) à t = 1, 4 et 9 min. Notez qu’en raison de l’efficacité limitée de l’infection par aAV, seul un sous-ensemble de neurones exprime mito-Grx1-roGFP2 et, par conséquent, toutes les mitochondries TMRE positives ne sont pas roGFP positives. La barre d’étalonnage codée par couleur représente des rapports non normalisés de 405:488 nm (les rapports inférieurs correspondent à un état réduit; les rapports plus élevés correspondent à un état oxydé). (C) Quantification de l’intensité TMRE, du rapport roGFP 405:488 nm et de l’arrondi d’une seule mitochondrie (indiquée par des flèches dans A, B). Après 1 min d’enregistrement de base, 60 μM de NMDA ont été ajoutés à la solution de bain. Barres d’échelle = 5 μm. L’axe des y en C représente le rapport roGFP de 405:488 nm par rapport à la ligne de base T0 (ligne pointillée verte), l’intensité de fluorescence TMRE par rapport à la ligne de base T0 (ligne pointillée rouge) et le descripteur de forme FIJI/ImageJ « arrondi » (ligne continue noire). Abréviations : GFP = roGFP = variante de protéine fluorescente verte sensible à l’oxydoréduction; mito-Grx1-roGFP2 = Glutaredoxine-1 fusionnée à N-terminus de roGFP; AAV = virus adéno-associé; TMRE = tétraméthylrhodamine, ester éthylique; NMDA = N-méthyl-D-aspartate. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Les auteurs déclarent qu’ils n’ont pas de conflit d’intérêts.
Cet article décrit un protocole pour déterminer les différences dans l’état redox basal et les réponses redox aux perturbations aiguës dans les neurones primaires de l’hippocampe et cortical en utilisant la microscopie vivante confocale. Le protocole peut être appliqué à d’autres types de cellules et de microscopes avec un minimum de modifications.
Ce travail a été soutenu par la Deutsche Forschungsgemeinschaft (BA 3679/5-1; POUR 2289: BA 3679/4-2). A.K. est soutenu par une bourse ERASMUS+. Nous remercions Iris Bünzli-Ehret, Rita Rosner et Andrea Schlicksupp pour la préparation des neurones primaires. Nous remercions le Dr Tobias Dick d’avoir fourni pLPCX-mito-Grx1-roGFP2. Les expériences illustrées à la figure 4 ont été réalisées au Nikon Imaging Center de l’Université de Heidelberg. La figure 2 a été préparée avec BioRender.com.
| Chlorure de calcium (CaCl2· ; 2H2O) | Sigma-Aldrich | C3306 | |
| Diamide (DA) | Sigma-Aldrich | D3648 | |
| Dithiothreitol (DTT) | Carl Roth GmbH | 6908.1 | |
| Glucose (solution mère 2,5 M) | Sigma-Aldrich | G8769 | |
| Glucose | Sigma-Aldrich | G7528 | |
| Glycine | neoFroxx GmbH | LC-4522.2 | |
| HEPES (solution mère 1 M) | Sigma-Aldrich | 15630-080 | |
| HEPES | Sigma-Aldrich | H4034 | |
| Chlorure de magnésium (MgCl2· ; 6H2O) | Sigma-Aldrich | 442611-M | |
| N-méthyl-D-aspartate (NMDA) | Sigma-Aldrich | M3262 | |
| Chlorure de potassium (KCl) | Sigma-Aldrich | P3911 | |
| Chlorure de sodium (NaCl) | neoFroxx GmbH | LC-5932.1 | |
| Pyruvate de sodium (solution mère 0,1 M) | Sigma-Aldrich | S8636 | |
| Pyruvate de sodium | Sigma-Aldrich | P8574 | |
| Sucrose | Carl Roth GmbH | 4621.1 | |
| Perchlorate d’ester éthylique de tétraméthylrhodamine (TMRE) | Sigma-Aldrich | 87917 | |
| equipment | |||
| chambre d’imagerie | Life Imaging Services (Bâle, Suisse) | 10920 | Chambre Ludin Type 3 pour & Oslash ; 12mm lamelles |
| confocal à balayage laser, microscope | Leica | DMI6000 | |
| microscope confocal à balayage laser, unité de balayage | Leica | SP8 | |
| pompe péristaltique | VWR | PP1080 181-4001 | |
| microscope confocal à disque tournant, caméra | Hamamatsu | C9100-02 EMCCD | |
| microscope confocal à disque tournant, système d’incubation | TokaiHit | INU-ZILCF-F1 | |
| microscope confocal à disque rotatif, microscope | Nikon | Ti microscope | |
| confocal à disque rotatif, unité de balayage | Yokagawa | CSU-X1 | |
| software | |||
| FIJI | https://fiji.sc | ||
| StackReg plugin | https://github.com/fiji-BIG/StackReg/blob/master/src/main/java/StackReg_.java | ||
| plugin | TurboReg | https://github.com/fiji-BIG/TurboReg/blob/master/src/main/java/TurboReg_.java |