Isoler des ARN spécifiques à un type cellulaire à partir d’échantillons de tissus hétérogènes congelés sans tri cellulaire

Huifei Sophia Zheng; Chen-Che Jeff Huang

doi:10.3791/63143

Article de méthode

Isoler des ARN spécifiques à un type cellulaire à partir d’échantillons de tissus hétérogènes congelés sans tri cellulaire

DOI :

10.3791/63143

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8 décembre 2021

Huifei Sophia Zheng¹ , Chen-Che Jeff Huang¹

¹Department of Anatomy, Physiology and Pharmacology, College of Veterinary Medicine, Auburn University

Dans cet article

Résumé

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Ce protocole vise à isoler les ARNm ribosomales de traduction spécifiques au type cellulaire à l’aide du modèle murin NuTRAP.

Résumé

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L’hétérogénéité cellulaire pose des défis pour comprendre la fonction des tissus complexes au niveau du transcriptome. L’utilisation d’ARN spécifiques au type cellulaire évite les pièges potentiels causés par l’hétérogénéité des tissus et libère la puissante analyse du transcriptome. Le protocole décrit ici montre comment utiliser la méthode TRAP (Translating Ribosome Affinity Purity) pour isoler les ARN liés aux ribosomes à partir d’une petite quantité de cellules exprimant l’EGFP dans un tissu complexe sans tri cellulaire. Ce protocole convient à l’isolement d’ARN spécifiques au type cellulaire à l’aide du modèle murin NuTRAP récemment disponible et pourrait également être utilisé pour isoler les ARN de toutes les cellules exprimant l’EGFP.

Introduction

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Les approches à haut débit, y compris le séquençage de l’ARN (RNA-seq) et les microarrays, ont permis d’interroger les profils d’expression génique à l’échelle du génome. Pour les tissus complexes tels que le cœur, le cerveau et les testicules, les données spécifiques au type cellulaire fourniront plus de détails comparant l’utilisation des ARN du tissu entier ^1,2,3. Pour surmonter l’impact de l’hétérogénéité cellulaire, la méthode TRAP (Translating Ribosome Affinity Purifie) est développée depuis le début des années 2010⁴. TRAP est capable d’isoler le....

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Protocole

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Toutes les expériences sur les animaux effectuées ont suivi les protocoles approuvés par les comités institutionnels de soin et d’utilisation des animaux (IACUC) de l’Université d’Auburn.

REMARQUE: Le protocole suivant utilise un testicule (environ 100 mg) à P28 de Gli1-CreER^T2; Souris NuTRAP (Mus musculus). Les volumes de réactifs peuvent devoir être ajustés en fonction des types d’échantillons et du nombre de tissus.

1. Prélèvement de tissus

Euthanasier les souris à l’aide d’une chambre CO₂ , désinfecter la surface de l’abdomen avec de l’éthanol....

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Résultats

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Les souris Gli1-CreER^T2 (Jackson Lab Stock Number: 007913) ont d’abord été croisées avec la souris rapporteure NuTRAP (Jackson Lab Stock Number: 029899) pour générer des souris double-mutantes. Des souris portant les deux allèles génétiques génétiquement modifiés (c.-à-d. Gli1-CreER^T2 et NuTRAP) ont reçu une injection de tamoxifène une fois par jour, tous les deux jours, pour trois injections. Des échantillons de tissus ont été prélevés le 7^ème jour après le 1er.......

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Discussion

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L’utilité de l’analyse du transcriptome des tissus entiers pourrait être atténuée, en particulier lors de l’étude de tissus hétérogènes complexes. Comment obtenir des ARN spécifiques au type cellulaire devient un besoin urgent de libérer la puissante technique de séquençage de l’ARN. L’isolement d’ARN spécifiques à un type cellulaire repose généralement sur la collecte d’un type spécifique de cellules à l’aide de la micromanipulation, du tri cellulaire activé par fluorescence (FACS) ou de la microdissection par capture l.......

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Déclarations de divulgation

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Les auteurs ne déclarent aucun conflit d’intérêts.

Remerciements

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Ce travail a été partiellement soutenu par NIH R00HD082686. Nous remercions la bourse de recherche d’été de l’Endocrine Society à H.S.Z. Nous remercions également le Dr Yuan Kang pour la reproduction et le maintien de la colonie de souris.

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Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article
Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
Actb	eurofins	amorces qPCR	ATGGAGGGGAATACAGCCC / TTCTTTGCAGCTCCTTCGTT (amorce directe/amorce inverse)
Bioanalyseur	Agilent	2100 Bioanalyzer Instrument
cOmplete Mini EDTA-free Inhibiteur de protéase Cocktail	Millipore	11836170001
cycloheximide	Millipore	239764-100MG
Cyp11a1	eurofins	amorces qPCR	CTGCCTCCAGACTTCTTTCG / TTCTTGAAGGGCAGCTTGTT (amorce directe/amorce inverse)
dNTP	Thermo Fisher Scientific	R0191
DTT, Dithiothreitol	Thermo Fisher Scientific	P2325
DynaMag-2 aimant	Thermo Fisher Scientific	12321D
Falcon tubes 15 mL	VWR	89039-666
Anticorps GFP	Abcam	ab290
Kit de broyeur de verre	DWK Life Sciences	357542
héparine	BEANTOWN CHEMICAL	139975-250MG
em>Hsd3b	eurofins	qPCR amorces	GACAGGAGCAGGAGGGTTTGTG / CACTGGGCATCCAGAATGTCTC (amorce directe/amorce inverse)
KCl	Biosciences	R005
MgCl₂	Biosciences	R004
Tubes de microcentrifugation 2 mL	Thermo Fisher Scientific	02-707-354
Souris Clariom S Assay microarrays	Thermo Fisher Scientific		Microarray service
NP-40	Millipore	492018-50 Ml
oligo (dT)20	Kit
PicoPure	Thermo Fisher Scientific	KIT0204
Protein G Dynabead	Thermo Fisher Scientific	10003D
Cellules de croissance d’eau sans RNase		NUPW-0500
RNaseOUT Inhibiteur de la ribonucléase recombinante	Thermo Fisher Scientific	10777019
Sox9amorces	qPCR	eurofins	TGAAGAACGGACAAGCGGAG / CTGAGATTGCCCAGAGTGCT (amorce directe/amorce inverse
Superscript IV transcriptase inverse	Invitrogen	18090050
SYBR Green PCR Master Mix	Thermo Fisher Scientific	4309155
Sycp3	eurofins	amorces qPCR	GAATGTGTGTTGCAGCAGTGGGA /GAACTGCTCGTGTATCTGTTTGTGA (amorce avant/amorce inversée)
Tris	Alfa Aesar	J62848

< d’isolement de l’ARN Invitrogen 18418020

Références

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Yang, K. C., et al. Deep RNA sequencing reveals dynamic regulation of myocardial noncoding RNAs in failing human heart and remodeling with mechanical circulatory support. Circulation. 129 (9), 1009-1021 (2014).
Soumillon, M., et al.

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Mots-clés

ARN sp cifique au type cellulaire purification par affinit des ribosomes de traduction ARN li aux ribosomes cellules exprimant l EGFP mod le murin NuTRAP purification de l ARN isolation par billes magn tiques analyse par micropuces RT PCR quantitative homog n isation des tissus

Isoler des ARN spécifiques à un type cellulaire à partir d’échantillons de tissus hétérogènes congelés sans tri cellulaire

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