| 0,22 et micro ; Filtre stérile | Sigma Aldrich | SLGP033RS | Utilisé pour éliminer certains contaminants de l’extrait protéique avant la purification et empêcher la colonne Ni-NTA d’obstruer les |
| flacons Erlenmeyer de 1 L Thermo | Fisher Scientific | S76106F | n/a |
| Bouteilles en verre de 1 L | Thermo Fisher Scientific | 06-414-1D | n/a |
| Tubes de microfuge de 1,5 mL | Thermo Fisher Scientific | 02-682-002 | n/a |
| Tubes coniques de 15 mL | Thermo Fisher Scientific | 339650 | n/a |
| 18 G, aiguille biseautée de 1 po | Amazon | B07S7VBHM2 | Utilisé en combinaison avec la casette de dialyse |
| Colonne de dessalage de 2 mL | Thermo Fisher Scientific | 89890 | Élimine l’APMA après activation |
| Acide 2-(N-morpholino)éthanesulfonique (MES)Thermo | Fisher Scientific | AAA1610422 | n/a |
| Coussins de bouteilles coniques de 250 mL | Thermo Fisher Scientific | 05-538-53A | Stabiliser les bouteilles coniques lors de la centrifugation de grands volumes |
| Bouteilles coniques de 250 mL Thermo | Fisher Scientific | 05-538-53 | n/a |
| 400 mL à cellules agitées | Sigma Aldrich | UFSC40001 | Reconcentre un volume beaucoup plus important que l’unité de filtration centrifuge. Les cellules Rosetta2(DE3)pLysS produisent de grands volumes de protéines qui peuvent dépasser la limite de 15 mL de l’unité de filtration centrifuge |
| Acétate de 4-aminophénylmercurique (APMA) | Sigma Aldrich | A9563-5G | Active la MMP-3 en clivant le propeptide |
| Seringue de 5 mL | Thermo Fisher Scientific | NC0829167 | Utilisé en combinaison avec la casette de dialyse |
| Tubes coniques de 50 mL | Thermo Fisher Scientific | 339650 | Utilisé pour le stockage dans de nombreuses étapes de purification |
| Tube de reconcentration de 50 mL | Sigma Aldrich | UFC901024D | Utilisé pour reconcentrer les échantillons de protéines après dialyse ou éliminer les contaminants |
| Agar | Thermo Fisher Scientific | BP1423-500 | Ingrédient tampon qui solidifie le milieu LB autoclavé lors du refroidissement |
| Ampicilline | Thermo Fisher Scientific | BP1760-25 | Antibiotique utilisé avec le vecteur pET3a ; utilisé à 100 & micro ; g/mL en milieu LB |
| BamHI | NEB | R3136S | Enzyme de restriction à utiliser avec le vecteur pET3a |
| Chlorure de calcium (CaCl2) | Thermo Fisher Scientific | 600-30-23 | L’ion calcium stabilise la structure MMP |
| Épandeurs de cellules | Thermo Fisher Scientific | 50-189-7544 | Peut être utilisé pour étaler des cellules dans une boîte de Pétri après transformation |
| Chloramphénicol | Thermo Fisher Scientific | 22-055-125GM | Antibiotique utilisé avec le vecteur pET3a ; utilisé à 34 µ ; g/mL dans un milieu LB |
| Tampon de dialyse 1 | n/a | n/a | 20 mM Tris-HCl (pH 8,0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 1 & micro ; M ZnCl2, 4 M d’urée. |
| Tampon de dialyse 2 | n/a | n/a | 20 mM Tris-HCl (pH 8,0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 1 & micro ; M ZnCl2, 2 M d’urée. |
| Tampon de dialyse 3 | n/a | n/a | 20 mM Tris-HCl (pH 8,0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2 , 1 & micro ; M ZnCl2. |
| Pinces de dialyse | Thermo Fisher Scientific | 68011 | Utilisé en combinaison avec une tubulure de dialyse en peau de serpent |
| Tubulure de dialyse | Thermo Fisher Scientific | 88243 | Méthode de dialyse alternative qui permet de conserver des volumes d’échantillon beaucoup plus importants, mais avec un risque plus élevé de perte d’échantillon |
| Tampon de digestion | NEB | B7204S | Tampon utilisé pour digérer le vecteur pET3a |
| Cuvettes jetables | Thermo Fisher Scientific | 21-200-257 | Utilisé pour mesurer la DO de la culture bactérienne pendant la croissance et l’expression |
| Dithiothreitol (DTT) | Thermo Fisher | Scientific D107125G | Aide à la dénaturation des protéines en réduisant les liaisons disulfures Mélange d’assemblage |
| d’ADN | NEB | E2621S | Utilisé pour ligaturer le produit PCR Hisx6-pro-MMP-3cd et le vecteur pET3a digéré |
| DNase I | NEB | M0303S | Endonucase pour dégrader les contaminants d’ADN défavorables qui pourraient ultérieurement affecter la purification des protéines |
| Éthanol | Thermo Fisher Scientific | A995-4 | n/a |
| Acide éthylènediaminetétraacétique (EDTA) | Thermo Fisher Scientific | J15694-AE | Utilisé dans la dénaturation. Empêche l’oxydation et la formation ultérieure de liaisons disulfure Kit de récupération de |
| gel | Promega | A9281 | Isole et purifie l’ADN des gels d’agarose |
| Glycérol | Thermo Fisher Scientific | G33-500 | Utilisé pour la fabrication de stocks de glycérol, qui sont gelés à -80 ° ; C |
| Colonne d’écoulement par gravité | BioRad | 7321010 | Utilisé pour la purification Ni-NTA de protéines marquées par recombinaison HisCellules |
| haute efficacité de transformation | NEB | C2987 | Cellules à haute efficacité de transformation avec plus de chances de succès pour le clonage de l’étiquette N-terminale His-tag dans la construction pET3a-pro-MMP-3cd |
| Tampon d’élution HT n | /a | /a | 20 mM de Tris-HCl (pH 8,0), 50 mM de NaCl, 6 M d’urée, 250 mM d’imidazole. Ajuster le pH à 7,4 |
| HT Tampon d’équilibre | n/a | n/a | 20 mM Tris-HCl (pH 8,0), 50 mM NaCl, 6 M urée. Ajuster le pH à 7,4 |
| HT Tampon de régénération | n/a n | /a | 20 mM MES, 0,1 M NaCl. Ajuster le pH à 5,0 |
| HT Tampon | de lavage n/a | n/a | 20 mM Tris-HCl (pH 8,0), 50 mM NaCl, 6 M d’urée, 25 mM imidazole. Ajuster le pH à 7,4 |
| Acide chlorhydrique (HCl) | Thermo Fisher Scientific | A144C-212 | Utilisé pour tamponner le pH |
| de l’imidazole | Thermo Fisher Scientific | AAA1022122 | Imite le groupe latéral histidine. Utilisé pour séparer les protéines non spécifiquement liantes de la protéine cible marquée his-marquée |
| Tampon corporel d’inclusion | n/a n | /a | 20 mM Tris-HCl (pH 8,0), 1 mM EDTA, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 2 % v/v Triton X 100, 0,5 M Urée. Ajuster le pH à 8,0 |
| Isopropyl-ß ;-D-thiogalactopyranoside (IPTG) | Thermo Fisher Scientific | FERR0392 | Un réactif qui induit l’expression du gène cible dans pET3a. Fabriquer des aliquotes de 0,5 mL 1 M, filtrer et stériliser et stocker à -20 ° ; C |
| LB Amp CamR média | n/a | n/a | à verser dans une bouteille stérilisable de 1 L ou une fiole de 1 L. Pour 1 L, ajoutez 25 g de bouillon LB. Stériliser à l’autoclavage. Une fois refroidi à moins de 50 ° C, ajoutez de l’ampicilline à 100 & micro ; g/mL et chloramphénicol à 34 & micro ; g/mL |
| LB Amp CamR plaques | n/a | n/a | à verser dans des boîtes de Pétri stériles. Versez jusqu’à ce que le couvercle de la boîte de Pétri soit complètement recouvert. 1 L de média donne 40 à 60 plaques. Pour 1 L : 25 g de bouillon LB, 16 g d’agar. Stériliser à l’autoclavage. Une fois refroidi à moins de 50 ° C, ajoutez de l’ampicilline à 100 & micro ; g/mL et chloramphénicol à 34 & micro ; g/mL |
| LB Bouillon | Thermo Fisher Scientific | BP1426-2 | Pré-mélangé avec du tryptone, de l’extrait de levure et du chlorure de sodium |
| Tampon de lyse | n/a | n/a | 50 mM Tris-HCl (pH 8,0), 1 mM EDTA, 100 mM NaCl, 0,133 g/mL de lysozyme, 0,49 % v/v Triton X-100. Ajuster le pH à 8,0 |
| Lysozyme | MP Biomedicals | 195303 | Utilisé dans l’extraction des protéines. Enzyme qui lyse les parois cellulaires bactériennes |
| Kit Miniprep | Promega | A1330 | En cas de succès, extrait la construction pET3a-pro-MMP-3cd des transformants |
| NdeI | NEB | R0111S | Enzyme de restriction à utiliser avec le vecteur pET3a |
| Résine Ni-NTA | Thermo Fisher Scientific | PI88221 | Utilisé pour lier les protéines recombinantes marquées his. Cette forte interaction peut être remplacée par des concentrations plus élevées d’imidazole |
| tensioactif non ionique | Thermo Fisher Scientific | PI28316 | Storage pour prévenir l’agrégation de MMP. Minimise les interactions entre les résidus hydrophobes à la surface du MMP et les molécules d’eau, sans perturber l’activité catalytique. |
| Mélange PCR | NEB | M0492S | Un réactif PCR pour l’insertion d’un his-tag N-terminal dans le plasmide pET du vecteur pET3a-pro-MMP-3cd |
| Addgene | n/a | Le vecteur pET3a offre une résistance à l’ampicilline, l’expression inductible d’un gène cible et le séquençage avec des amorces T7 Boîtes |
| Pétri | VWR | 25384-342 | Utilisé pour le placage de transformants sur milieu gélosé LB |
| Cellules R2DP | Novagen | 714033 | dérivés de BL21 avec une expression accrue de protéines eucaryotes. Contient des ARNt de codons rares dans les milieux de croissance d’E. coli |
| SOC | NEB | B9020S | Milieux de croissance non sélectifs pour une croissance rapide pendant |
| la transformation Chlorure de sodium (NaCl)Thermo | Fisher Scientific | BP358-1 | Utilisé dans les tampons et aide à la stabilité des protéines |
| Désoxycholate de sodium | Thermo Fisher Scientific | PI89905 | Détergent utilisé dans l’extraction des protéines. Lyses parois cellulaires |
| Tampon de solubilisation | n/a n | /a | 20 mM Tris-HCl (pH 8,0), 50 mM NaCl, 10 mM DTT, 6 M Urée. Ajuster le pH à 8,0 |
| Base Tris | Thermo Fisher Scientific | BP152-1 | Tampon commun utilisé dans la plage de pH physiologique. |
| Triton X-100 | Thermo Fisher Scientific | M1122980101 | Détergent utilisé pour la lyse cellulaire |
| Urée | Thermo Fisher Scientific | AAJ75826A7 | Premier agent chaotrope pour perturber la structure secondaire des protéines |
| Chlorure de zinc (ZnCl2) | Thermo Fisher Scientific | AAA162810E | Stabilise la structure MMP. L’ion zinc se trouve dans le site catalytique de MMP-3 |