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Les cellules souches mésenchymateuses (CSM), caractérisées par leur capacité d’auto-renouvellement et leur potentiel de différenciation multilignée, peuvent provenir de diverses sources et apparaissent comme des candidates prometteuses pour la médecine régénérative, en particulier pour la régénération de la dent, des os, du cartilage et de la peau. L’approche auto-assemblée de l’agrégation des CSM, qui construit notamment des amas de cellules imitant la condensation mésenchymateuse en développement, permet l’administration de cellules souches à haute densité ainsi que la préservation des interactions cellule-cellule et de la matrice extracellulaire (ECM) comme niche du microenvironnement. Il a été démontré que cette méthode permet une greffe et une survie cellulaires efficaces, favorisant ainsi l’application optimisée des CSM exogènes dans l’ingénierie tissulaire et la préservation de la régénération des organes cliniques. Cet article fournit un protocole détaillé pour la construction et la caractérisation d’agrégats auto-assemblés à base de cellules souches mésenchymateuses de cordon ombilical (UCMSCs), ainsi qu’un exemple d’application régénérative de l’os crânien. La mise en œuvre de cette procédure contribuera à guider l’établissement d’une stratégie efficace de transplantation de CSM pour l’ingénierie tissulaire et la médecine régénérative.