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Research Article
Laura Kallay1, Vaibhavkumar S. Gawali1, Donatien Kamdem Toukam1, Debanjan Bhattacharya1, Andrew Jenkins2, Soma Sengupta3, Daniel A. Pomeranz Krummel3
1Department of Neurology and Rehabilitation Medicine, Division of Neuro-Oncology,University of Cincinnati College of Medicine, 2Department of Pharmaceutical Sciences, School of Pharmacy,University of Saint Joseph, 3The Vontz Center for Molecular Studies,University of Cincinnati College of Medicine
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Le ciblage pharmacologique des canaux ioniques est une approche prometteuse pour le traitement des tumeurs solides. Des protocoles détaillés sont fournis pour caractériser la fonction des canaux ioniques dans les cellules cancéreuses et tester les effets des modulateurs des canaux ioniques sur la viabilité du cancer.
Les canaux ioniques sont essentiels au développement cellulaire et au maintien de l’homéostasie cellulaire. La perturbation de la fonction des canaux ioniques contribue au développement d’un large éventail de troubles ou de canalopathies. Les cellules cancéreuses utilisent des canaux ioniques pour conduire leur propre développement, ainsi que pour s’améliorer en tant que tumeur et pour s’assimiler dans un microenvironnement qui comprend diverses cellules non cancéreuses. En outre, l’augmentation des niveaux de facteurs de croissance et d’hormones dans le microenvironnement tumoral peut entraîner une expression améliorée des canaux ioniques, ce qui contribue à la prolifération et à la survie des cellules cancéreuses. Ainsi, le ciblage pharmacologique des canaux ioniques est potentiellement une approche prometteuse pour traiter les tumeurs malignes solides, y compris les cancers primitifs et métastatiques du cerveau. Ici, des protocoles pour caractériser la fonction des canaux ioniques dans les cellules cancéreuses et des approches pour analyser les modulateurs des canaux ioniques afin de déterminer leur impact sur la viabilité du cancer sont décrits. Il s’agit notamment de colorer une cellule (s) pour un canal ionique, de tester l’état polarisé des mitochondries, d’établir la fonction du canal ionique à l’aide de l’électrophysiologie et d’effectuer des tests de viabilité pour évaluer la puissance du médicament.
Les protéines de transport membranaire sont essentielles à la communication entre les cellules, ainsi qu’au maintien de l’homéostasie cellulaire. Parmi les protéines de transport membranaire, les canaux ioniques servent à stimuler la croissance et le développement des cellules et à maintenir l’état des cellules dans des environnements difficiles et changeants. Il a également été rapporté que les canaux ioniques conduisent et soutiennent le développement de tumeurs solides, à la fois systémiques et dans le système nerveux central (SNC)1,2. Par exemple, les canaux KCa3.1 sont responsables de la régulation du potentiel membranaire et du contrôle du volume cellulaire, ce qui est important dans la régulation du cycle cellulaire. Des canaux KCa3.1 défectueux ont été signalés pour contribuer à la prolifération anormale des cellules tumorales3. De plus, les canaux ioniques peuvent contribuer à la dissémination métastatique des cancers. Les canaux du potentiel récepteur transitoire (TRP), par exemple, sont impliqués dans l’afflux de Ca 2+ et de Mg2+; Cet afflux active plusieurs kinases et protéines de choc thermique qui fonctionnent pour réguler la matrice extracellulaire entourant une tumeur, ce qui est, à son tour, important pour initier les métastases cancéreuses4.
Étant donné que les canaux ioniques peuvent contribuer au développement de cancers, ils peuvent également être des cibles pour le traitement du cancer lié aux médicaments. Par exemple, la résistance aux modalités de traitement, y compris la chimiothérapie et la nouvelle immunothérapie, est liée à la dysrégulation de la fonction des canaux ioniques 5,6,7. En outre, les canaux ioniques deviennent des cibles médicamenteuses importantes pour entraver la croissance et le développement des cancers, avec des médicaments à petites molécules réutilisés (approuvés par la FDA) à l’étude, ainsi que des biopolymères, y compris des anticorps monoclonaux 1,2,8,9. Bien qu’il y ait eu beaucoup de progrès sur ce front, la découverte de médicaments contre le cancer des canaux ioniques reste sous-développée. Cela est dû en partie aux défis uniques de l’étude des canaux ioniques dans les cellules cancéreuses. Par exemple, il existe des limites techniques dans la mise en place de tests électrophysiologiques pour les composés à action lente et des différences temporelles dans l’activation des canaux et l’action du médicament. En outre, la solubilité des composés peut également entraver les progrès, car la plupart des systèmes électrophysiologiques automatisés couramment utilisés aujourd’hui utilisent des substrats hydrophobes, ce qui peut contribuer aux artefacts résultant de l’adsorption des composés. En outre, les grands traitements moléculaires bioorganiques tels que les produits naturels, les peptides et les anticorps monoclonaux sont techniquement difficiles à dépister à l’aide de tests électrophysiologiques conventionnels10. Enfin, les propriétés bioélectriques des cellules cancéreuses restent mal comprises11.
Pendant ce temps, la coloration par immunofluorescence des canaux ioniques est souvent difficile. Cela est dû, en partie, à la complexité de leurs structures et de leur contexte dans la membrane, qui ont un impact sur la capacité de générer et d’utiliser des anticorps pour les études de microscopie. Il est particulièrement important que la spécificité, l’affinité et la reproductibilité des anticorps utilisés pour colorer les canaux ioniques soient validées. Les anticorps commerciaux pour les canaux ioniques doivent être envisagés en fonction de leur stratégie de validation et de leur dossier de publication. Les expériences doivent inclure des témoins négatifs pour démontrer l’absence de liaison non spécifique par knockdown ou knockout de la protéine cible. Alternativement, les lignées cellulaires dans lesquelles la protéine cible est absente ou en faible abondance basée sur les déterminations d’ARNm ou de protéines peuvent servir de témoins négatifs. Par exemple, cette étude montre la localisation de la sous-unité du récepteur (GABA) Gabra5 dans une lignée cellulaire de médulloblastome (D283). Les cellules D283 avec un siRNA knockdown et les cellules Daoy, une autre lignée cellulaire de médulloblastome cérébelleux, ont été colorées pour Gabra5 et n’ont montré aucune coloration appréciable (données non présentées).
Ici, des méthodes sont présentées pour analyser et tester la fonction des canaux ioniques, ainsi que l’effet des modulateurs des canaux ioniques sur les cellules cancéreuses. Des protocoles sont fournis pour (1) colorer les cellules d’un canal ionique, (2) tester l’état polarisé des mitochondries, (3) établir la fonction du canal ionique à l’aide de l’électrophysiologie et (4) valider des médicaments in vitro. Ces protocoles mettent l’accent sur les études du récepteur 2,12,13,14,15,16 de l’acide gamma-aminobutyrique de type A (GABA A), un canal anionique chlorure et un récepteur neurotransmetteur inhibiteur majeur. Cependant, les méthodes présentées ici s’appliquent à l’étude de nombreuses autres cellules cancéreuses et canaux ioniques.
1. Canaux ioniques immunomarqueurs dans les cellules en culture
2. Tester l’état polarisé des mitochondries
REMARQUE: Ce protocole utilise le test TMRE (tétraméthylrhodamine, ester éthylique) pour marquer le potentiel membranaire dans les mitochondries actives, en maintenant une charge négative21,22. L’EMRT est un colorant rouge-orange, chargé positivement perméable aux cellules, qui s’accumule dans les mitochondries actives en raison de leur charge négative relative. Les mitochondries inactives ou dépolarisées ont un potentiel membranaire réduit et ne parviennent pas à séquestrer proportionnellement l’EMRT. FCCP (carbonyl cyanure 4-[trifluoromethoxy]phenylhydrazone), un ionophore découpleur de phosphorylation oxydative (OXPHOS), dépolarise les membranes mitochondriales, empêchant ainsi l’accumulation et la séquestration de TMRE23. Ceci est illustré à la figure 2.
3. Établissement de la fonction du canal ionique à l’aide de l’électrophysiologie
REMARQUE : La procédure décrite dans cette section décrit l’utilisation d’un essai électrophysiologique automatisé pour dépister les composés d’essai dans une lignée cellulaire cancéreuse (Figure 3).
4. Puissance in vitro
REMARQUE: Cette procédure détaille un test MTS pour déterminer la puissance du médicament. Le test de prolifération cellulaire à solution unique combine tous les réactifs de dosage requis en une solution préparée qui peut être ajoutée en une seule étape aux puits de culture cellulaire pour évaluer la viabilité et la prolifération cellulaires après traitement avec des composés expérimentaux. Le réactif est reconstitué conformément aux recommandations du fabricant (voir le tableau des matériaux), aliquote et stocké à −20 °C. La section décrit l’utilisation de l’essai pour déterminer la CI50 des composés d’essai dans une lignée cellulaire particulière (figure 4). Ce réactif MTS peut également être utilisé pour le criblage à haut débit d’un grand nombre de composés à des concentrations connues.
Ci-dessus sont des procédures sélectionnées qui peuvent être utilisées pour caractériser les canaux ioniques dans les cellules cancéreuses. Le premier protocole met en évidence la coloration d’un canal ionique. Comme détaillé, il existe de nombreux défis lors de la coloration d’un canal ionique ou, d’ailleurs, de toute protéine présente dans la membrane extracellulaire. La figure 1 montre la coloration d’une sous-unité du récepteur pentamère GABAA. Le deuxième protocole met en évidence les résultats des tests de l’état polarisé des mitochondries dans les cellules cancéreuses. Les mitochondries jouent un rôle essentiel pour la viabilité et la prolifération cellulaires, ainsi que pour la mort cellulaire. Dans les cellules de mammifères, les mitochondries activent l’apoptose en réponse au stress cellulaire par la libération des protéines de la famille Bcl-2 situées entre les membranes interne et externe mitochondriales. Dans le cytosol, les protéines de la famille Bcl-2 activent les caspases protéases, qui interviennent dans la mort cellulaire programmée. Les altérations de la fonction des canaux ioniques de la membrane plasmique peuvent entraîner une perturbation de l’homéostasie ionique intracellulaire, y compris en termes de niveaux d’ions dans les mitochondries, ce qui peut entraîner une perte de potentiel membranaire, déclenchant ainsi l’apoptose14. Les niveaux de Ca2+, K +, Na+ et H+ sont des déterminants importants dans les événements de signalisation qui peuvent déclencher la mort cellulaire initiée par les mitochondries. La figure 2 montre la coloration avec le colorant TMRE chargé positivement perméable aux cellules pour marquer et imager le potentiel membranaire dans les mitochondries actives, qui maintiennent une charge négative21,22. TMRE est un colorant rouge-orange qui se lie aux mitochondries actives en raison de leur charge négative relative. Les mitochondries dépolarisées ou inactives ont un potentiel membranaire réduit et, par conséquent, ne parviennent pas à séquestrer l’EMRT. Dans cette expérience, le découpleur ionophore FCCP est un contrôle important, car il dépolarise les membranes mitochondriales, empêchant ainsi l’accumulation de TMRE23. Le troisième protocole met en évidence l’électrophysiologie patch-clamp unicellulaire. La figure 3 montre des enregistrements représentatifs d’une trace enregistrée à partir de la lignée cellulaire de médulloblastome D283 dérivée du patient. Enfin, le quatrième protocole met en évidence un test permettant de déterminer l’état de prolifération des cellules cancéreuses. La figure 4 présente des détails sur le fonctionnement du test MTS et une illustration de la plaque et de la lecture lorsqu’elle est incubée avec un agent qui nuit à la viabilité des cellules cancéreuses à l’étude (dans ce cas, DAOY).

Figure 1 : Coloration des cellules pour les canaux ioniques. (A) Coloration de la protéine Gabra5, une sous-unité du récepteur GABA A, dans les cellules cancéreuses du médulloblastome D283. (B) Cellules fixes traitées avec la coloration fluorescente 4′,6-diamidino-2-phénylindole (DAPI), qui se lie à l’ADN. (C) Fusion de cellules cancéreuses du médulloblastome colorées pour Gabra5 et DAPI. Barres d’échelle = 10 μm. La figure est adaptée de Kallay et al.14. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2 : Test de l’état polarisé des mitochondries. (A) Les cellules cancéreuses vivantes du médulloblastome D283 sont traitées avec des concentrations croissantes du médicament QH-II-066. Les cellules sont ensuite traitées avec une TMRE (tétraméthylrhodamine, ester éthylique) chargée positivement et perméable aux cellules, qui s’accumule dans les mitochondries actives (chargées négativement). Les mitochondries dépolarisées ou inactives ont un potentiel membranaire réduit et, par conséquent, ne parviennent pas à retenir le colorant TMRE; En conséquence, ils montrent un signal de fluorescence faible. Image par microscopie à fluorescence; FCCP (cyanure de carbonyle 4-[trifluorométhoxy]phénylhydrazone). Crête: λex, 549 nm; λem, 575 nm. Barres d’échelle = 10 μm. (B) Quantification de la coloration TMRE (images montrées dans le panneau A) à l’aide de la plate-forme logicielle. Les données sont présentées comme la moyenne et l’erreur-type de la moyenne. La figure est adaptée de Kallay et al.14. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 3: Établissement de la fonction du canal ionique à l’aide de l’électrophysiologie. (A) La configuration ou plate-forme Port-a-Patch montrée, composée d’une cage de Faraday (a), d’une chambre d’enregistrement (b) et d’une unité d’aspiration (c, à droite). (B) Vue de dessus de l’engin Port-a-Patch mettant en évidence la chambre d’enregistrement équipée d’une entrée de perfusion (a), d’une sortie (b) et d’une électrode de référence (c). (C) Le Port-a-Patch est relié à un système de perfusion à échange rapide de solutions avec des modes de fonctionnement automatisés et manuels et des réservoirs de solution. (D) Trace de courant représentative provenant d’un enregistrement électrophysiologique patch-clamp à cellules entières à l’aide d’une plate-forme Port-a-Patch (Nanion) et de cellules cancéreuses de médulloblastome D283. Le GABA (10 μM) a été appliqué pendant 5 s avec un potentiel de rétention de −80 mV. (E) Trace de courant représentative d’un enregistrement électrophysiologique à pince patch-clamp à cellules entières à l’aide d’une plate-forme Port-a-Patch (Nanion) et de cellules cancéreuses du médulloblastome D283 avec la co-application de GABA (1 μM) et de l’agoniste du récepteur GABAA (anesthésie générale) propofol (50 μM), qui potentialise le courant induit par le GABA seul. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 4 : Dosage MTS pour évaluer la puissance du médicament. (A) Réactions chimiques sous-jacentes au « test MTS » utilisé pour évaluer la puissance d’un agent, telle qu’elle se traduit par une réduction de la prolifération cellulaire. Réduction du tétrazolium MTS par des cellules viables, générant le colorant formazan. (B) Une plaque de 96 puits montrant les résultats colorimétriques d’un essai MTS avec des concentrations croissantes de médicaments. Dans cette expérience, les cellules cancéreuses du médulloblastome DAOY sont traitées avec des concentrations croissantes d’un médicament préclinique, KRM-II-08, un modulateur allostérique positif du récepteur GABAA. (C) Une courbe dose-réponse générée avec le test MTS (à partir de la quantification de la plaque à 96 puits). Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
| Manuelle | Semi/entièrement automatisé | |
| Débit | Bas | Haut |
| Échange rapide de solutions | Possible | Oui |
| Coût | Haut | Bas |
| Opérateur | Expérimenté | Débutant/Intermédiaire |
| Type de cellule | Toutes les cellules; Tissus | Cellules individuelles primaires; lignées cellulaires |
| Numéros de cellulaire requis | Minimum* | Haut* |
| Volume médicament/solution | Haut | Bas |
| Ressources/Utilitaires | Haut | Bas |
| Entretien | Haut | Bas |
| Contrôle de l’expérience | Très bien | Bon |
| Imagerie de cellules vivantes | Oui | Non |
| *Port-a-Patch, par exemple, nécessite au moins un million de cellules/ml pour les enregistrements, tandis qu’une configuration manuelle nécessite généralement quelques centaines de cellules sur une feuille de couverture. |
Tableau 1 : Comparaison des configurations électrophysiologiques manuelles et semi-automatisées et/ou entièrement automatisées.
D.A.P.K. est cofondateur, président et chef de la direction d’Amlal Pharmaceuticals Inc. S.S. est cofondateur d’Amlal Pharmaceuticals Inc. et siège au conseil de surveillance de l’innocuité des médicaments de Bexion Pharmaceuticals, Inc.
Le ciblage pharmacologique des canaux ioniques est une approche prometteuse pour le traitement des tumeurs solides. Des protocoles détaillés sont fournis pour caractériser la fonction des canaux ioniques dans les cellules cancéreuses et tester les effets des modulateurs des canaux ioniques sur la viabilité du cancer.
Les auteurs remercient la Fondation de la famille Thomas E. & Pamela M. Mischell à S.S. et le financement de la Fondation Harold C. Schott de la chaire dotée Harold C. Schott, UC College of Medicine, à S.S.
| ABS SpectraMax Plate Reader | Dispositifs | moléculaires ABS | |
| Accutase | Invitrogen | 00-4555-56 | |
| Alexa Flor 488 | Invitrogen | A32723 | Chèvre Anti-Lapin |
| Antibiotique-Antimycotique | Gibco | 15240-062 | 100x |
| B27 Supplément | Gibco | 12587-010 | Manque de vitamine A |
| Biosécurité Armoire | LABCONCO | 302381101 | Classe II, Type A2 |
| Albumine sérique bovine | Fisher Scientific | BP1606-100 | |
| CO2 Incubateur | Fisher Scientific | 13-998-211 | Heracell VIOS 160i |
| Chlorure de calcium | Fisher Scientific | C7902 | Boîtes de culture cellulairedihydratée |
| , 150 mm | Fisher Scientific | 12-600-004 | |
| Fioles de culture cellulaire traitées, 75 cm2 | FisherScientific | 430641U | |
| Plaques de culture cellulaire traitées, 6 puits | Fisher Scientific | 353046 | Plaques |
| culture cellulaire traitées, 96 puits | Fisher Scientific | 353072 | Centrifugeuse traitée pour culture cellulaire |
| Eppendorf | EP-5804R | Réfrigéré | |
| Corning CoolCell | Fisher Scientific | 07-210-0006 | |
| Couvre-lames, 22 x 22 mm | Fisher Scientific | 12-553-450 | Corning brand |
| D283 Med | ATCC | HTB-185 | |
| DABCO Supports de montage | EMS | 17989-97 | |
| D-Glucose | Sigma Life Sciences | D9434 | |
| Diméthyle Sulfoxyde | Sigma Aldrich | D2650 | Qualité de culture cellulaire |
| DMEM/F12, milieu de base | Fisher Scientific | 11330-032 | Avec rouge de phénol |
| DMEM/F12, sans rouge de phénol | Fisher Scientific | 21041-025 | |
| EGTA | Sigma Aldrich | E4378 | |
| Facteur de croissance épidermique | STEMCELL | 78006.1 | |
| FCCP | Abcam | AB120081 | |
| sérum fœtal de bovin, qualifié | Gibco | 10437-028 | |
| Facteur de croissance des fibroblastes, Millipore basique | GF003 | ||
| Anticorps GARBA5 | Aviva | ARP30687_P050 | Lapin Polyclonal |
| Glutamax | Gibco | 35050-061 | |
| Glycérol Médium de montage | EMS | 17989-60 | avec DAPI+DABCO |
| Hémocytomètre | Millipore Sigma | ||
| Heparine | STEMCELL | 7980 | |
| HEPES | HyClone | SH3023701 | Solution |
| HEPES | Fisher Scientific | BP310-500 | Solid |
| ImageJ | Plate-forme | ouverte | avec plugins Fiji |
| Immuno Mount DAPI | EMS | 17989-97 | |
| KRM-II-08 | non disponibles auprès d’une source commerciale | ||
| Leica Application Suite X | Leica Microsystems | ||
| Leucémie Facteur inhibiteur | Novus | N276314100U | |
| L-Glutamine | Gibco | 25030-081 | |
| Chlorure de magnésium | Sigma Aldrich | M9272 | Hexahydrate |
| Microscope, Microscope confocal | Leica | SP8 | |
| , Lumière | VWR | 76382-982 | DMiL MTS inversé |
| - Promega One Step | Promega | G3581 | |
| Pipette multicanaux, 0,5-10 & micro ; L | Eppendorf | Z683914 | |
| Pipette multicanaux, 10-100 & micro ; L | Eppendorf | Z683930 | |
| Pipette multicanaux, 30-300 & micro ; L | Eppendorf | Z683957 | |
| Nest-O-Patch | Heka | ||
| Neurobasal-A Medium | Gibco | 10888022 | Sans vitamine A |
| Neurobasal-A | Medium Gibco | 12348-017 | Rouge de phénol sans |
| acides aminés non essentiels | Gibco | 11140-050 | |
| NOR-QH-II-66 | Composés expérimentaux non disponible auprès d’une source commerciale | ||
| Parafilm | Fisher Scientific | 50-998-944 | 4 pouces |
| de largeur Paraformaldéhyde | EMS | RT-15710 | |
| PATHCHMASTER | Heka | ||
| Pénicilline-Streptomycine | Gibco | 15140-122 | |
| Système de perfusion | Nanion | 4000120 | |
| PFA | EMS | RT-15710 | |
| Saline à phosphate Fisher | Scientific | AAJ75889K2 | Réactif de qualité |
| Poly-D-Lysine | Fisher Scientific | A3890401 | |
| Poly-L-Lysine | Sigma Life Sciences | P4707 | |
| Port-a-Patch | Nanion | 21000072 | |
| Chlorure | de potassium Sigma Life Sciences | P5405 | |
| Anticorps primaire | Invitrogen | MA5-34653 | Rabbit Monoclonal |
| Prism | GraphPad | ||
| Propofol | Fisher Scientific | NC0758676 | Ampoule de 1 mL |
| QH-II-66 | Composés expérimentaux non disponibles auprès d’une source commerciale | ||
| Réservoirs de réactifs | VWR | 89094-664 | Lames |
| stériles, 75 x 25 mm | Fisher Scientific | 12-544-7 | Givré d’un côté |
| Bicarbonate | de sodium Corning | 25-035-Cl | |
| Chlorure de sodium | Fisher Scientific | S271-3 | |
| Pyruvate de sodium | Gibco | 11360-070 | |
| Synth-a-Freeze Medium | Gibco | R00550 | Cryoconservation |
| TMRE | FisherScientific | 50-196-4741 | |
| Réactif TMRE Kit | Abcam | AB113852 | Kit |
| Triton X-100 | Sigma Aldrich | NC0704309 | |
| Trypan Blue | Gibco | 15-250-061 | Solution, 0,4 |
| Trypsine/EDTA | Gibco | 25200-072 | Solution, 0,25 |
| Vortex Mixer | VWR | 97043-562 | |
| Whatman Filter Paper | Fisher Scientific | 09-927-841 |