Le dysfonctionnement mitochondrial est un contributeur primaire ou secondaire commun à de nombreux types de neurodégénérescence, et des modifications de la masse mitochondriale, des complexes de la chaîne respiratoire mitochondriale (MRC) et du nombre de copies de l’ADN mitochondrial (ADNmt) figurent souvent dans ces processus. Les organoïdes du cerveau humain dérivés de cellules souches pluripotentes induites humaines (iPSC) récapitulent l’arrangement cytoarchitectural tridimensionnel (3D) du cerveau et offrent la possibilité d’étudier les mécanismes de la maladie et de cribler de nouvelles thérapies dans un système humain complexe. Ici, nous rapportons une approche unique basée sur la cytométrie en flux pour mesurer plusieurs paramètres mitochondriaux dans les organoïdes corticaux dérivés d’iPSC. Ce rapport détaille un protocole pour générer des organoïdes cérébraux corticaux à partir d’iPSC, la dissociation unicellulaire des organoïdes générés, la fixation, la coloration et l’analyse cytométrique en flux ultérieure pour évaluer plusieurs paramètres mitochondriaux. La double coloration avec des anticorps contre la sous-unité du complexe MRC NADH : la sous-unité B10 (NDUFB10) de l’ubiquinone oxydoréductase ou le facteur de transcription mitochondrial A (TFAM) associée au canal sélectif des anions 1 dépendant de la tension (VDAC 1) permet d’évaluer la quantité de ces protéines par mitochondrie. Étant donné que la quantité de TFAM correspond à la quantité d’ADNmt, elle fournit une estimation indirecte du nombre de copies d’ADNmt par contenu mitochondrial. L’ensemble de cette procédure peut être complété en l’espace de 2 à 3 heures. De manière cruciale, il permet la quantification simultanée de plusieurs paramètres mitochondriaux, y compris les niveaux totaux et spécifiques relatifs à la masse mitochondriale.