La régénération des muscles squelettiques est un processus dynamique piloté par les cellules souches musculaires adultes et leur progéniture. La plupart du temps au repos à l’état d’équilibre, les cellules souches musculaires adultes s’activent lors d’une lésion musculaire. Après l’activation, ils prolifèrent et la plupart de leur progéniture se différencie pour générer des cellules musculaires compétentes en matière de fusion, tandis que le reste s’auto-renouvelle pour reconstituer le pool de cellules souches. Alors que l’identité des cellules souches musculaires a été définie il y a plus d’une décennie, sur la base de la co-expression de marqueurs de surface cellulaire, les progéniteurs myogéniques n’ont été identifiés que récemment à l’aide d’approches unicellulaires de grande dimension. Ici, nous présentons une méthode de cytométrie de masse unicellulaire (cytométrie par temps de vol [CyTOF]) pour analyser les cellules souches et les cellules progénitrices dans les lésions musculaires aiguës afin de résoudre la dynamique cellulaire et moléculaire qui se déroule pendant la régénération musculaire. Cette approche est basée sur la détection simultanée de nouveaux marqueurs de surface cellulaire et de facteurs clés de transcription myogénique dont l’expression dynamique permet l’identification de cellules souches activées et de populations de cellules progénitrices qui représentent des jalons de la myogenèse. Il est important de noter qu’une stratégie de tri basée sur la détection des marqueurs de surface cellulaire CD9 et CD104 est décrite, permettant l’isolement prospectif des cellules souches musculaires et des cellules progénitrices à l’aide du tri cellulaire activé par fluorescence (FACS) pour des études approfondies de leur fonction. Les cellules progénitrices musculaires constituent un chaînon manquant essentiel pour étudier le contrôle du destin des cellules souches musculaires, identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour les maladies musculaires et développer des applications de thérapie cellulaire pour la médecine régénérative. L’approche présentée ici peut être appliquée à l’étude des cellules souches musculaires et des cellules progénitrices in vivo en réponse à des perturbations, telles que des interventions pharmacologiques ciblant des voies de signalisation spécifiques. Il peut également être utilisé pour étudier la dynamique des cellules souches musculaires et des cellules progénitrices dans des modèles animaux de maladies musculaires, faisant progresser notre compréhension des maladies des cellules souches et accélérant le développement de thérapies.