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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Une procédure de plaie perforante pour la formation de thrombus hémostatiques est présentée ici. Les thrombus formés sont grands et ont des centaines de microns de diamètre. Par conséquent, les approches d’imagerie volumique sont appropriées. Nous suggérons la microscopie électronique à transmission à large zone comme approche à haute résolution accessible au plus grand nombre et détaillons un protocole préparatif.
L’hémostase, le processus de contrôle physiologique normal des lésions vasculaires, est fondamentale pour la vie humaine. Nous souffrons tous de coupures mineures et de blessures par perforation de temps en temps. Dans l’hémostase, l’agrégation plaquettaire auto-limitante conduit à la formation d’un thrombus structuré dans lequel l’arrêt du saignement provient du recouvrement du trou par l’extérieur. Une caractérisation détaillée de cette structure pourrait conduire à des distinctions entre l’hémostase et la thrombose, un cas d’agrégation plaquettaire excessive conduisant à une coagulation occlusive. Une approche basée sur l’imagerie de la structure du thrombus de la plaie perforante est présentée ici qui s’appuie sur la capacité de la microscopie électronique à section mince à visualiser l’intérieur des thrombus hémostatiques. L’étape la plus fondamentale de tout protocole expérimental basé sur l’imagerie est une bonne préparation des échantillons. Le protocole fournit des procédures détaillées pour préparer les plaies par perforation et les thrombus riches en plaquettes chez la souris pour la microscopie électronique ultérieure. Une procédure détaillée est donnée pour la fixation in situ du thrombus de la plaie perforante en formation et son traitement ultérieur pour la coloration et l’enrobage pour la microscopie électronique. La microscopie électronique est présentée comme la technique d’imagerie finale en raison de sa capacité, lorsqu’elle est combinée à une coupe séquentielle, à visualiser les détails de l’intérieur du thrombus à haute résolution. En tant que méthode d’imagerie, la microscopie électronique permet d’obtenir un échantillonnage non biaisé et un résultat expérimental qui s’échelonne du nanomètre au millimètre en 2 ou 3 dimensions. Nous citons un logiciel gratuit de microscopie électronique approprié qui prendra en charge la microscopie électronique à grande échelle dans laquelle des centaines d’images peuvent être mélangées pour donner une imagerie à l’échelle nanométrique de sections efficaces entières de thrombus de plaie perforante. Par conséquent, n’importe quelle sous-région du fichier image peut être facilement placée dans le contexte de la section transversale complète.
La formation d’un thrombus perforant qui conduit à l’arrêt de l’hémorragie est l’un des événements les plus essentiels de la vie1. Pourtant, malgré cette essentialité, la connaissance de ce qui se passe structurellement lors de la formation d’un thrombus, que ce soit dans une veine, une artère, un événement athérosclérotique ou un caillot occlusif, a été limitée par la résolution et la profondeur de l’imagerie. La microscopie optique conventionnelle est limitée en profondeur par rapport à un thrombus de plaie perforante entièrement formé, de 200 à 300 μm en Z1, et en niveau de résolution par rapport à la taille des organites plaquettaires et à leur espacement, souvent inférieur à 30 nm2. La microscopie optique à deux photons peut fournir la profondeur d’imagerie nécessaire, mais n’améliore pas la résolution de manière significative. Les progrès les plus récents en microscopie optique, par exemple, les techniques de super-résolution, sont encore limités en résolution, en pratique ~20 nm en XY et deux fois plus en Z, et la profondeur limitée, pas plus que la microscopie optique conventionnelle. De plus, la microscopie optique à super-résolution, comme une grande partie de la microscopie optique de recherche, est basée sur la microscopie à fluorescence, une technique qui est intrinsèquement biaisée par rapport à un petit ensemble de protéines candidates pour lesquelles il existe de bons anticorps ou de bonnes constructions étiquetées3. En conclusion, la microscopie électronique à balayage conventionnelle peut, tout au plus, visualiser la surface du thrombus riche en plaquettes en formation.
Pour surmonter ces limitations techniques à la caractérisation de la structure du thrombus, nous avions trois objectifs. Tout d’abord, produire de manière reproductible une plaie perforante définie dans une veine ou une artère de souris qui pourrait ensuite être facilement stabilisée in situ par fixation chimique. Deuxièmement, appliquez une procédure préparative qui met l’accent sur la préservation de la membrane, un objectif compatible avec l’objectif de définir la position des plaquettes individuelles dans le thrombus en formation. Troisièmement, utilisez une technique de visualisation impartiale qui, en une seule image, pourrait être mise à l’échelle entre le nanomètre et le millimètre.
La microscopie électronique à large zone montée a été choisie comme technique majeure de visualisation finale pour une seule raison importante : en imagerie au microscope électronique, on voit un vaste éventail de caractéristiques à l’intérieur d’une cellule qui décrit ses organites et ses caractéristiques à l’intérieur des organites. De petits objets tels que les ribosomes peuvent être reconnus. Cette gamme de caractéristiques est observée parce que les colorants de métaux lourds denses en électrons, l’uranyle, le plomb et l’osmium, qui sont utilisés pour la microscopie électronique pour produire un contraste se lient à un large éventail de molécules. Dans une image au microscope électronique, on voit une grande partie de ce qui s’y trouve, tandis qu’avec les approches d’immunofluorescence et de marquage des protéines, on ne voit que ce qui s’allume. Il s’agit, par exemple, des sites antigéniques présents sur une espèce protéique individuelle donnée. Dans le cas d’une molécule marquée, souvent une protéine, il s’agit du ou des sites où se trouve cette protéine. Toutes les autres molécules sont sombres et non éclairées. Cependant, ce choix de la microscopie électronique est-il pratique ? Un thrombus perforant a une taille de 300 par 500 μm et, à une taille de pixel de 3 nm, cela représente une image de 100 000 par 167 000 pixels. Une caméra de microscope électronique de haute qualité a 4000 par 4000 pixels. Cela signifie qu’environ 1000 images doivent être assemblées/mélangées pour donner une seule image. C’est une possibilité qui a été présente dans la plupart des microscopes électroniques fabriqués au cours des 15 dernières années. La platine du microscope est informatisée et les images peuvent être assemblées avec un ordinateur. C’est la raison qui a conduit à faire les choix qui ont présidé à la formulation du protocole présenté.
En conclusion, nous présentons ci-dessous une série d’étapes qui donnent une plaie reproductible dans la veine ou l’artère de souris qui, ensuite, après des étapes de fixation in situ et plus tard des étapes d’encastrement, peut être visualisée par microscopie électronique à transmission à large zone à l’échelle nm et dans l’image assemblée visualisée à une échelle proche du mm, l’échelle de l’in situ réel thrombus fixe. Une telle évolutivité est nécessaire pour comprendre que la formation de thrombus est à la fois un problème d’hématologie et de santé et un système de biologie du développement dans lequel les plaquettes sont le principal type de cellule. Ces avancées offrent une vertu majeure de la microscopie électronique, à savoir que l’on voit ce qu’il y a, pas seulement ce qui s’allume. Pour un protocole détaillé sur la préparation d’échantillons pour la microscopie électronique à balayage en série (SBF-SEM), le lecteur est invité à consulter un article récent de Joshi et al.4.
Les expériences ont été examinées et approuvées par l’Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC) de l’Université de l’Arkansas pour les sciences médicales. Ici, des souris C57BL/6 mâles et femelles de type sauvage, âgées de 8 à 12 semaines, ont été utilisées. Ces souris sont de jeunes adultes avec peu d’accumulation de graisse. Les mêmes procédures s’appliquent aux mutants murins pour diverses protéines importantes pour l’hémostase, telles que le facteur de von Willebrand ou la glycoprotéine plaquettaire VI (GPVI)5,6. Tous les équipements, instruments chirurgicaux, réactifs et autres matériaux utilisés sont illustrés à la figure 1 et répertoriés dans le tableau des matériaux.
1. Plaie perforante de la veine jugulaire/de l’artère fémorale 1,7
2. Collecte d’échantillons pour la microscopie électronique
3. Préparation de l’échantillon pour la microscopie électronique à transmission à large zone (WA-TEM)
REMARQUE : Cette étape représente un point de décision auquel l’enquêteur s’engage à se préparer pour WA-TEM. Cette procédure préparatoire ne prend pas en charge le SBF-SEM. Pour le SBF-SEM volume EM, toutes les colorations doivent être effectuées avant l’enrobage dans le plastique. Veuillez voir4 pour un protocole de préparation SBF-SEM.
Quantification des effets du médicament sur le temps de saignement de la plaie perforante
Les temps de saignement des plaies par perforation fournissent un modèle physiologique d’un risque médicamenteux qui peut être facilement réalisé chez la souris. Les résultats qui découlent d’une expérience de plaie perforante sont prédictifs. Ici, nous montrons une courbe d’hémorragie dose-réponse dabigatran. Le dabigatran, un inhibiteur de la thrombine, est utilisé comme anticoagulant oral à action directe, ce que l’on appelle le DOAC12. Le modèle de plaie par perforation de la veine jugulaire a été utilisé pour évaluer le risque inhérent à différentes doses de dabigatran par le biais d’une hémorragie prolongée potentielle due à la formation retardée de thrombus chez la souris. Une dose variable de 15, 50 ou 150 μg/kg de dabigatran a été administrée par voie intraveineuse (i.v.) 20 minutes avant la ponction de la veine jugulaire. Nous montrons les moyennes du temps de saignement à différentes concentrations de dabigatran (Figure 4). Au niveau de la dose, on observe un allongement significatif du temps de saignement, p <0,051. Cela indique un facteur de risque important dans l’utilisation du médicament chez l’homme. Expérimentalement, le médicament à ces doses a un effet significatif sur l’ultrastructure du thrombus en formation.
Évaluation de l’état d’activation plaquettaire dans la formation d’un thrombus de plaie perforante
L’approche WA-TEM fournit à la fois une vue d’ensemble d’une zone de blessure dans un seul plan lorsqu’elle est observée à un grossissement plus faible et beaucoup de détails à un grossissement plus élevé (figure 5). Les détails obtenus peuvent être directement placés dans le contexte de l’aperçu. Nous avons utilisé cette approche pour évaluer le recrutement de plaquettes en forme de discoïde dans un thrombus de plaie perforante en formation. Les plaquettes circulantes sont discoïdes, d’où leur nom, et contiennent un ensemble complet de granules sécrétoires. Une question clé a été de savoir comment les plaquettes circulantes peuvent être recrutées dans le thrombus en croissance sans perturber les propriétés de libre circulation des plaquettes restantes. Nos travaux mettent en évidence une hypothèse Tether and Activate dans laquelle les plaquettes circulantes sont recrutées dans le thrombus, une par une, par un processus d’attache sous forme de plaquettes discoïdes contenant un ensemble complet d’organites2. La preuve de cela provient de WA-TEM de thrombus de la veine jugulaire 1 minute après la ponction. Après la coupe pour obtenir des coupes complètes du thrombus à partir du milieu de la plaie encore saignante, nous avons imagé 500 à 800 images, 4 000 x 4 000 pixels, une taille de pixel de 3,185 nm dans une grille raster XY rectangulaire sur toute la dimension du thrombus en coupe efficace à l’aide d’une platine automatisée et d’un microscope électronique à transmission à l’aide du logiciel SerialEM10. Les cadres ont ensuite été assemblés à l’aide du logiciel eTomo, qui fait partie de la suite de programmes IMOD11. Il en résulte une seule image de taille variable, par exemple, 120 000 pixels sur 90 000 pixels qui est en plein écran à faible zoom, 0,02, ou en détail à zoom élevé, de 0,25 à 1,0 à l’aide du logiciel 3DMOD, qui fait également partie de la suite de programmes IMOD (Figure 5). Dans le net, l’analyse assistée par logiciel a révélé que les plaquettes discoïdes liées en périphérie, associées à des thrombus, dans le trou de ponction étaient espacées comme des perles sur une ficelle. À une courte distance à l’intérieur du thrombus, la forme discoïde était moins distincte et les plaquettes étaient plus étroitement associées les unes aux autres. Plus profondément dans le thrombus, les plaquettes étaient arrondies, serrées et partiellement dégranulées. Une séquence morphologique suggérait la liaison initiale des plaquettes au thrombus par le biais d’une longue molécule d’attache, probablement le facteur de von Willebrand, et que toutes les autres étapes d’activation plaquettaire étaient limitées à l’intérieur du thrombus en formation. Par conséquent, le recrutement plaquettaire dans le thrombus pourrait se produire sans perturber la circulation du sang dans la veine jugulaire.

Figure 1 : Configuration chirurgicale pour réaliser une expérience de thrombus de ponction de la veine jugulaire ou de l’artère fémorale. L’équipement chirurgical (A) et les instruments (B) sont soigneusement disposés pour assurer l’efficacité du mouvement, car le timing est critique pendant l’expérience. (C) Après la fixation par perfusion, la partie du vaisseau contenant le thrombus de la plaie perforante est épinglée à un tapis de silicone dans une boîte de culture de 35 mm pendant l’observation au microscope optique. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2 : Passage d’un vaisseau sanguin à des échantillons intégrés dans du plastique qui seront sectionnés pour WA-TEM ou SBF-SEM. (A) Une artère fémorale avec une plaie perforante et une formation de thrombus extravasculaire en accumulation (cercle et flèche) est représentée. (B) Un thrombus (cercle et flèche) est incrusté dans du plastique pour la coupe pour WA-TEM avec un microtome pour l’imagerie 2D ultérieure. (C) Un thrombus (cercle et flèche) est incrusté dans du plastique, découpé de manière à donner un bâton court, de moins de 1 mm, pour la fixation à une broche à l’intérieur d’une chambre d’imagerie SBF-SEM. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 3 : Formation d’une plaie perforante à un thrombus : schéma du flux préparatif d’une plaie perforante (A) à une coupe d’image d’un thrombus de la veine jugulaire post-ponction de 1 min (B). La paroi du vaisseau est étiquetée en bleu sur la tranche d’image, les petits points noirs près de la paroi du vaisseau sont des globules rouges et les agrégats de plaquettes du thrombus apparaissent sous forme de zones gris foncé. Ce chiffre a été modifié au lieu de1. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 4 : Exemple de données, sous forme graphique, générées dans une expérience de plaie par perforation de la veine jugulaire. Une courbe d’hémorragie dose-réponse du dabigatran est illustrée. Ce chiffre a été modifié au lieu de1. Les moyennes du temps de purge à différentes concentrations de dabigatran sont indiquées ainsi que des barres d’erreur indiquant un écart type plus ou moins. L’analyse statistique à l’aide du test t de Student a indiqué une valeur p de <0,05. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 5 : Images WA-TEM d’une tranche assemblées pour former un montage. (A) Des images individuelles à haute résolution sont collectées, puis assemblées dans le but de placer les caractéristiques dans un contexte plus large. (B) En zoomant vers le haut, des détails importants peuvent être mis en contexte (poly : leucocyte polymorphonucléaire, endo : endothélium et col : fibres de collagène). Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Les auteurs n’ont aucun conflit d’intérêts lié à cette étude.
Une procédure de plaie perforante pour la formation de thrombus hémostatiques est présentée ici. Les thrombus formés sont grands et ont des centaines de microns de diamètre. Par conséquent, les approches d’imagerie volumique sont appropriées. Nous suggérons la microscopie électronique à transmission à large zone comme approche à haute résolution accessible au plus grand nombre et détaillons un protocole préparatif.
Les auteurs remercient leurs collègues de l’Université de l’Arkansas pour les sciences médicales (Jerry Ware et Sung W. Rhee), de l’Université de Pennsylvanie (Tim Stalker et Lawrence Brass), de l’Université du Kentucky (Sidney W. Whiteheart et Smita Joshi) et de l’Institut national de bioimagerie et de bio-ingénierie des National Institutes of Health (Richard D. Leapman et Maria A. Aronova) dont nous avons beaucoup appris. Les auteurs expriment leur gratitude à l’American Heart Association et au National Heart Lung and Blood Institute des National Institutes of Health (R01 HL119393, R56 HL119393, R01 155519 à BS et aux subventions sous-subventions des NIH R01 HL146373 et R35 HL150818) pour leur soutien financier.
| Solution saline normale à 0,9 % | Medline | BHL2F7123HH | |
| 27G x 3/4 EXELint ensemble veineuses du cuir chevelu | Medline | NDA26709 | |
| 30G x 1/2 EXELint Aiguilles hypodermiques | Medline | NDA264372 | |
| 33G x 1/2 EXELint Aiguilles hypodermiques spécialisées | Medline | NDA26393 | |
| 50 mL Tubes coniques | Fisher Scientific | 06-443-20 | |
| Tampons de préparation à l’alcool (alcool isopropylique à 70 %) | Medline | MDS090670Z | |
| Feuille d’aluminium | Fisher Scientific | 01-213-100 | |
| Plaque chauffante pour animaux | Physitemp Instruments | HP-1M | |
| Araldite GY 502 | Microscopie électronique Sciences | 10900 | |
| Axiocam 305 Couleur R2 Microscopie Caméra | CarlZeiss | 426560-9031-000 | |
| BD Seringues Luer-Lok, 20 mL | Medline | B-D303310Z | |
| Chlorure de calcium | Fisher Scientific | C79-500 | |
| Boîtes de culture cellulaire 35 mm x 10 mm | Corning Inc. | 430165 | |
| Applicateurs à pointe de coton | Medline | MDS202055H | |
| DMP-30 Activateur | Microscopie électronique Sciences | 13600 | |
| Anhydride dodécényle succinique/ DDSA | Microscopie électronique Sciences | 13700 | |
| Pince à pansement, 5", courbe, dentelée, à pointe étroite | Pince à pansementIntegra Miltex | 6-100 | |
| , 5", standard, dentelé | Integra Miltex | 6-6 | |
| EMBED 812 | Microscopie électronique à résine Sciences | 14900 | |
| Alcool éthylique, anhydre 200 proof | Microscopie électronique Sciences | 15055 | |
| Fisherbrand Rack de tubes à 4 voies | Fisher Scientific | 03-448-17 | |
| Minuterie numérique Fisherbrand | Fisher Scientific | 14-649-17 | |
| Fisherbrand Pompe à perfusion à seringue unique | Fisher Scientific | 7801001 | |
| Éponges de gaze 2 » x 2 »- 4 plis | Medline | NON26224H | |
| glutaraldéhyde (solution à 10 %) | Microscopie électronique Sciences | 16120 | |
| Isoflurane Anesthésie par inhalation liquide, 100 mL | Medline | 66794-017-10 | |
| Micro-Fine de style bijoutier Pince, Style 5F | Integra Miltex | 17-305 | Besoin de 2 paires. |
| Tube de pompe L/S, silicone, L/S 15 ; 25 ft | VWR | MFLX96410-15 | |
| Acide L-aspartique | Fisher Scientific | BP374-100 | |
| Nitrate de plomb | Fisher Scientific | L-62 | |
| Malachite Green 4 | Microscopie électronique Sciences | 18100 | |
| Masterflex L/S Easy-Load II Tête de pompe | VWR | MFLX77200-62 | |
| Entraînement numérique à vitesse variable Masterflex L/S | VWR | MFLX07528-10 | |
| MSC Xcelite 5" Coupe-fil | Fisher Scientific | 50-191-9855 | |
| Tétroxyde d’osmium 4 % Solution aqueuse | Microscopie électronique Sciences | 19150 | |
| Paraformaldéhyde (solution 16 %) | Microscopie électronique Sciences | 15710 | |
| Physitemp Régulateur | de températurePhysitemp Instruments | TCAT-2LV | |
| Ferrocyanure de potassium | Sigma-Aldrich | P-8131 | |
| Oxyde de propylène, réactif ACS | Microscopie électronique Sciences | 20401 | |
| Béchers en verre Pyrex | Fisher Scientific | 02-555-25B | |
| Sonde de température rectale pour souris | Physitemp Instruments | RET-3 | |
| Scotch Magic Invisible Tape, 3/4 » x 1000" | 3M Company | 305289 | |
| Tampon de cacodylate de sodium 0,2 m, pH 7,4 | Microscopie électronique Sciences | 11623 | |
| Vaporisateur électronique à faible débit SomnoFlo | Kent Scientific | SF-01 | |
| SomnoFlo Starter Kit pour souris | Kent Scientific | SF-MSEKIT | |
| Broches Minutien en acier inoxydable | Fine Science Outils | 26002-10 | |
| Stéréomicroscope steREO Discovery.V12 | Microscopie Carl Zeiss | 495015-9880-010 | |
| Sylgard 184 Élastomère | de silicone World Precision Instruments | SYLG184 | tapis en silicone |
| Microscopie électronique à | acide tannique | Sciences21700 | |
| Thiocarbohydrazide (TCH) | Sigma-Aldrich | 88535 | |
| Acétate d’uranyle | Microscopie électronique Sciences | 22400 | |
| Vannas Spring Micro Scissors | Fine Science Tools | 15000-08 | |
| Von Graefe Pince de pansement pour les yeux, 2.75", incurvée, dentelée | Integra Miltex | 18-818 | Besoin de 2 paires. |
| Ciseaux Wagner | Outils scientifiques fins | 14068-12 | |
| Wahl MiniFigura Tondeuse pour animaux | Braintree Scientific | CLP-9868 | |
| Zen Lite Software | Carl Zeiss Microscopie | 410135-1001-000 |