Un appareil simple, peu coûteux et novateur pour effectuer des synthèses de peptides en phase solide dans un réacteur à micro-ondes commercial est présenté.
Article de méthode
Un appareil simple, peu coûteux et novateur pour effectuer des synthèses de peptides en phase solide dans un réacteur à micro-ondes commercial est présenté.
Un appareil de fabrication artisanale pour effectuer la synthèse de peptides en phase solide (SPPS), assistée par irradiation et chauffage par micro-ondes, est présenté. Contrairement aux cuves de réaction SPPS conventionnelles, qui drainent les solvants et les sous-produits via une fritte située au fond de la cuve, l’appareil présenté utilise un tube de dispersion de gaz sous vide pour éliminer les solvants, les sous-produits et les réactifs en excès. Le même tube de dispersion de gaz fournit l’agitation gazeuse d’azote des billes SPPS pendant les étapes de réaction de couplage et de déprotection. Le chauffage par micro-ondes est bénéfique pour les couplages SPPS de résidus stériquement entravés, tels que l’acide alpha-aminoisobutyrique (Aib), un résidu d’acide aminé alpha,alpha-dialkylé. Cet appareil de fabrication artisanale a été utilisé pour préparer, via des méthodes manuelles Fmoc SPPS, des peptides heptamériques et octamériques dominés par le résidu Aib, qui est notoirement difficile à coupler dans des conditions standard de température ambiante et des réactifs. De plus, les réacteurs commerciaux SPPS à micro-ondes sont dédiés exclusivement à la synthèse SPPS, ce qui les rend inaccessibles aux utilisateurs non SPPS. En revanche, l’appareil présenté préserve la polyvalence du réacteur à micro-ondes pour l’accélération conventionnelle des réactions chimiques par micro-ondes, car l’appareil est trivialement retiré du réacteur à micro-ondes commercial.
L’introduction par Merrifield de la synthèse peptidique en phase solide SPPS dans les années 1960 a révolutionné les synthèses peptidiques et chimiques et a été récompensée à juste titre par un prix Nobel de chimie 1,2. Au cours des décennies suivantes, de nombreux chercheurs ont affiné les techniques originales de Merrifield, ce qui a conduit à deux alternatives qui dominent les pratiques SPPS : à base de fluorénylméthoxycarbonyle (FMOC) par rapport à base de tert-butyl oxycarbonyle (BOC)3. Le clivage final du peptide à partir de la résine solide dans le FMOC nécessite un cocktail contenant de l’acide trifluoracétique, par rapport à l’HF pour les techniques BOC, ce qui fait des méthodes basées sur le FMOC le choix préféré de nombreux laboratoires.
Les méthodes SPPS de pointe sont parfois mises à l’épreuve par les séquences souhaitées. Au cours des dernières années, des progrès ont été réalisés pour surmonter certaines préoccupations idiosyncrasiques concernant l’agrégation4, la formation de dicétopipérazine5 et les résidus d’acides aminés N-méthylés 6. Dans le but d’optimiser le rendement du couplage, des milliers de réactifs et d’additifs de couplage ont été explorés7. Plus précisément, l’activation de l’acide carboxylique via COMU 8,9 ou les fluorures acides 10,11,12, ainsi que des additifs tels que l’Oxyma13 et l’hydroxybenzotriazole (HOBt), ont été développées pour des couplages particulièrement difficiles tels que ceux impliquant des résidus α,α-dialkylés.
D’autres méthodes non basées sur des réactifs ont été employées pour augmenter les rendements des couplages difficiles, notamment les temps de réaction prolongés, le « double couplage » et le chauffage, en particulier le chauffage par micro-ondes 14,15,16. En effet, les synthétiseurs de peptides automatisés disponibles dans le commerce utilisant le chauffage par micro-ondes sont parmi les unités les plus réussies sur le marché car ils accélèrent les taux de réaction, semblent améliorer la pureté finale des peptides et minimisent les déchets de solvants. Malheureusement, ces unités peuvent être coûteuses, coûtant plus de 100 000 $ dans certains cas.
Notre laboratoire s’intéresse à la préparation de variations de peptides contenant le résidu fortement hélicogénique de l’acide alpha-aminoisobutryique (Aib)17,18,19. En raison de l’obstacle stérique résultant de la dialkylation de son carbone alpha, Aib est notoirement difficile à coupler. Les méthodes mentionnées ci-dessus (fluorures acides, chauffage par micro-ondes20), ainsi que la chimie intelligente des « dipeptides » SPPS21, ont été utilisées pour adapter SPPS aux défis de couplage d’Aib. La préparation à l’élimination de la résine des dimères Aib, tout en améliorant le rendement global, nécessite une chimie humide supplémentaire et des températures élevées (50 °C)21. De plus, nous avons évité d’utiliser des fluorures acides d’Aib en raison de la nature toxique des agents fluorants. Malheureusement, notre laboratoire ne dispose pas d’un synthétiseur SPPS automatisé dédié aux micro-ondes, avec des récipients de réaction dédiés pour le drainage nécessaire des sous-produits SPPS. Néanmoins, un rapport récent du groupe de Clayden montrant un succès spectaculaire dans la préparation d’oligomères à base d’Aib à l’aide de SPPS et de l’irradiation par micro-ondes22 nous a incités à adapter l’unité de micro-ondes CEM Discover SP de notre laboratoire pour les synthèses SPPS.
Nous avons d’abord étudié l’accessoire disponible dans le commerce de CEM pour convertir le réacteur à micro-ondes en une unité manuelle SPPS/micro-ondes23. Outre le coût, cet accessoire nécessiterait l’engagement de notre unité à micro-ondes à ne faire que des SPPS manuels. D’autres utilisateurs de laboratoire n’auraient plus accès aux excellentes capacités de l’unité micro-ondes. Par conséquent, la mise en œuvre de l’accessoire commercial a été jugée inacceptable dans notre cas.
Au lieu de cela, nous avons assemblé, à l’aide de composants relativement peu coûteux, un appareil pour effectuer des SPPS assistés par micro-ondes à l’échelle millimolaire. Le protocole ci-dessous décrit l’utilisation de composants simples et relativement peu coûteux pour effectuer des SPPS manuels assistés par micro-ondes.
1. Assemblez l’appareil (Figure 1)
REMARQUE : Tous les composants pour l’assemblage de l’appareil se trouvent dans la table des matériaux.
2. Préparez les réactifs
3. Préparation de la résine peptidique
4. Retrait des FMOC
REMARQUE : Les résines sont disponibles préchargées avec une variété d’acides aminés protégés par FMOC préchargés en tant que résidus C-terminaux. Par conséquent, l’élimination des FMOC est généralement la première étape après le gonflement de la résine.
5. Couplage des acides aminés FMOC
6. Répétez les cycles peptidiques SPPS
7. Clivage peptidique
Des exemples de séquences peptidiques préparées avec notre appareil sont présentés à la figure 2 et à la figure 3. Le tableau 1 résume les solutions, les paramètres des micro-ondes et les lavages que nous avons utilisés. La confirmation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF est illustrée dans les figures. La récupération de masse de ces peptides a été supérieure à 80 %. De manière significative, toutes ces séquences ont de multiples couplages entre les acides aminés alpha-dialkylés adjacents. Ce sont parmi les résidus les plus difficiles à coupler via la formation de liaisons peptidiques.

Figure 1 : L’appareil SPPS manuel fabriqué à la maison, assisté par micro-ondes. (A) Schéma montrant 1) le « té » ETFE ; 2) Vanne ETFE pour le vide ; 3) Vanne ETFE à l’azote gazeux ; 4) tube de dispersion de gaz, à l’intérieur 5) récipient de réaction du tube à essai en pyrex ; 6) septum de type RMN pour joindre un tube en téflon de 1/8" au tube de dispersion de gaz ; 7) vanne à pointeau pour contrôler le débit d’azote gazeux ; 8) Fiole à bras latéral pour recueillir les déchets de réaction. Voir le tableau des matériaux pour les fabricants et les numéros de catalogue des composants. (B) Photographie de l’image assemblée. La numérotation est identique à celle de la figure 1A. Abréviations : SPSS = synthèse peptidique en phase solide ; ETFE = éthylène tétrafluoroéthylène ; RMN = résonance magnétique nucléaire. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2 : Structure du peptide 1, synthétisée par des méthodes SPPS micro-ondes et confirmation MALDI-TOF. (A) CHCA a été utilisé comme matrice. Le pic à m/z = 880,18 est l’adduit de potassium, [MK+], calculé m/z = 880,45. (B) Trace HPLC d’un peptide brut 1. Le gradient de solvant est MeCN de 20 % à 80 % sur TFA aqueux à 0,1 %, 20 min. Longueur d’onde d’observation = 222 nm. Abréviations : SPSS = synthèse peptidique en phase solide ; MALDI-TOF = désorption laser assistée par matrice ionisation temps de vol ; CHCA = acide alpha-cyano-4-hydroxycinnamique, HPLC = chromatographie liquide à haute performance ; MeCN = acétonitrile ; TFA = acide trifluoroacétique. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 3 : Structure du peptide 2, synthétisée par des méthodes SPPS micro-ondes et confirmation MALDI-TOF. (A) CHCA a été utilisé comme matrice. Le pic à m/z = 1022,7 est attribué à l’adduit potassique, [MK+], calculé m/z = 1023,5. Le pic à m/z = 966,5 a été provisoirement attribué à une oxazolone C-terminale via une perte d’eau24, calculée m/z = 967,5. (B) Trace HPLC du peptide brut 2. Le gradient de solvant est MeCN de 20 % à 80 % pendant 20 min sur TFA aqueux à 0,1 %. Longueur d’onde d’observation = 222 nm. Abréviations : SPSS = synthèse peptidique en phase solide ; MALDI-TOF = désorption laser assistée par matrice ionisation temps de vol ; CHCA = acide alpha-cyano-4-hydroxycinnamique, HPLC = chromatographie liquide à haute performance ; MeCN = acétonitrile ; TFA = acide trifluoroacétique, veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
| Pas | Solution/solvant | Contenance (mL) | Temps (min) | Température (°C) | |
| 1 | Déprotection | 20 % Morpholine | 7 | 2 | 90 |
| 2 | Lave | DMF | 4, 4, 4 | - | RT |
| 3 | Déprotection | 20 % Morpholine | 7 | 2 | 90 |
| 4 | Lave | DMF | 4, 4, 4 | - | RT |
| 5 | Couplage | Fmoc-AA-OH, OXYMA, DIC | 5, 2, 2 | 10 | 100 |
| 6 | Lave | DMF | 4, 4, 4 | - | RT |
| 7 | Répéter | ||||
| Fin | Clivage | TFA/POINTES/H2O | 1 | >120 |
Tableau 1 : Étapes d’un cycle de SPPS assisté par micro-ondes à l’échelle de 0,1 mmol : déprotection FMOC, lavages et couplage FMOC-acides aminés. 0,2 M FMOC-AA-OH, 0,5 M OXYMA, 1,0 M DIC. Pour chaque étape, des solutions ajoutées manuellement par un micropipeteur directement dans le tube à essai. Abréviations : SPSS = synthèse peptidique en phase solide ; FMOC = fluorénylméthoxycarbonyle ; DIC = diisopropylcarbodiimide.
Dossier supplémentaire 1 : Rapport CEM Discover SP Microwave Reactor pour l’élimination du groupe protecteur Fmoc et CEM Discover SP Microwave Reactor Report pour le couplage d’un acide aminé protégé par Fmoc. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.
L’appareil présenté ici invoque une méthode simple, nouvelle et peu coûteuse pour éliminer les solvants, les réactifs en excès et les déchets, ainsi que pour ajouter de l’agitation à l’azote gazeux, pendant le SPPS assisté par micro-ondes. Contrairement aux récipients SPPS conventionnels, qui invoquent une fritte au fond du récipient, l’appareil présenté invoque un tube de dispersion de gaz sous vide pour aspirer le récipient. La cuve de réaction est donc une éprouvette ordinaire, qui est chauffée à l’endroit recommandé par le fabricant du réacteur à micro-ondes dans l'« atténuateur à cuve ouverte ».
Notre principale innovation consiste à éliminer les solvants et les sous-produits de réaction du tube à essai via un « tube à dispersion de gaz » sous vide. Lors des transformations chimiques sous irradiation par micro-ondes, ainsi que lors des lavages au solvant (N,N-diméthylformamide (DMF) ou N-méthyl pyrrolidinone, NMP), les billes de SPPS sont agitées par l’azote gazeux dispersé à travers le tube. Le vide et l’azote gazeux sont contrôlés par des vannes ETFE pour optimiser la résistance aux solvants. Les déchets SPPS sont collectés dans un erlenmeyer à bras latéral. Tous les composants sont reliés par des tubes en téflon de 1/8 po. Bien que nous utilisions le vide « maison », une pompe à vide mécanique ferait également l’affaire. La figure 1, ci-dessus, est un schéma de notre appareil.
Le succès du SPPS nécessite non seulement un appareil, mais aussi des protocoles chimiques de température, de temps et de réactifs chimiques. En utilisant le protocole de Clayden et al.22, nous avons préparé plusieurs peptides qui seraient difficiles, voire impossibles, à préparer par les méthodes SPPS conventionnelles à température ambiante. Pour le couplage des acides aminés, nous utilisons du diisopropylcarbodiimide (DIC) et de l’oxyma comme cocktail de couplage et irradions à 100 °C pendant 10 min. On pense que l’oxyma supprime la racémisation des résidus pendant le processus de couplage13. Pour la déprotection du FMOC, nous utilisons 20 % de morpholine dans le DMF, irradié à 90 °C pendant 2 min, et répétons une fois de plus. Entre les réactions, nous utilisons du DMF pour rincer à plusieurs reprises (3x) les billes SPPS (résine Wang).
À l’aide de cet appareil manuel, nous avons préparé des peptides difficiles à synthétiser à raison d’environ 40 minutes par résidu. Nous n’avons pas encore étudié les optimisations possibles de ce taux. Par exemple, nous pensons que le temps passé dans le réacteur à micro-ondes pourrait probablement être limité au « temps de réaction total », par opposition au « temps à la température cible », sans diminuer les résultats. Cela est dû au temps passé à s’approcher asymptotiquement de la température cible (voir le fichier supplémentaire 1 pour plus de détails). De plus, en principe, on pourrait ajouter tous les réactifs et solvants sans retirer le récipient de réaction du micro-ondes. Cependant, nous préférons pouvoir inspecter la résine à toutes les étapes.
Bien que notre cas d’utilisation soit dans le SPPS, il convient de noter que les méthodes en phase solide sont de plus en plus appliquées à une variété de synthèses, telles que le dendrimère25, l’ARN26 et les synthèses électrochimiques27. Une variété de cas d’utilisation pourraient bénéficier de l’assistance par micro-ondes, pour lesquels cet appareil conviendrait. Enfin, bien que l’appareil ait été construit pour effectuer des SPPS assistés par micro-ondes, son récipient de réaction fondamental est un tube à essai. Par conséquent, l’appareil peut être utilisé dans des SPPS conventionnels à température ambiante, ainsi que dans des SPPS effectués à des températures élevées, par exemple, dans un bain d’huile.
Les auteurs n’ont aucun conflit d’intérêts à divulguer.
Les auteurs sont reconnaissants du soutien des subventions INSPIRE de l’Université Fairfield, du soutien du Département de chimie et de biochimie de l’Université Fairfield et de l’aide de la Dre Dorothy Szobcynski pour son expertise dans la gestion du laboratoire. De plus, les auteurs sont reconnaissants aux professeurs Jillian Smith-Carpenter et Aaron Van Dyke pour les discussions concernant les peptides et la synthèse organique. Les auteurs apprécient le soutien du Fonds de publication du Collège des arts et des sciences de l’Université Fairfield.
| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Commentaires |
|---|---|---|---|
| Réacteur à micro-ondes CEM Discover SP | CEM | Arrêté. ; Récemment remplacé dans la gamme par la Discover 2.0 | |
| Diisopropylcarbodiimide (DCC) | TCI America | ||
| Diméthylformamide (DMF) | Thermo-Sciences Chimiques | ||
| Tube à dispersion gazeuse, micro, ; | Chemglass | CG-207-02 | Porosité moyenne |
| Micro septum | ChemGlass | CG-3022-20 | Cloison nasale de type « tube RMN » |
| Morpholine | Thermo-Sciences Chimiques | ||
| Acides aminés protégés contre N-Fmoc | |||
| Oyxma Pure | TCI America | ||
| Flasque Ehrlenmeyer à armes de poing | Divers fournisseurs | Collecte des déchets | |
| « Tee » | Idex | P-713 | ETFE |
| Tube en téflon 1/8", ; | Restek | 25306 | Diamètre extérieur x 0,063" de diamètre intérieur, 3 m |
| Tube à essai (support pour récipient de réaction externe au micro-ondes) & nbsp ; | Divers fournisseurs | (30 x 175) | |
| Tube à essai (récipient de réaction) | Verre de Corning | 9820-25X | Pyrex 25 x 200 mm, sans rebord & nbsp ; |
| Valve | Idex | P-721 | ETFE (2x) |
| Résine Wang SPPS, divinylbenzène réticulé à 1 %, maillage 100-200 | Chimie Avancée |