Le protocole décrit l’identification de plusieurs nouveaux gènes différentiels liés à la disulfideptose associés à des lésions d’ischémie-reperfusion myocardique par analyse bioinformatique et validation expérimentale.
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Article de méthode
Le protocole décrit l’identification de plusieurs nouveaux gènes différentiels liés à la disulfideptose associés à des lésions d’ischémie-reperfusion myocardique par analyse bioinformatique et validation expérimentale.
L’ischémie-reperfusion myocardique (MIRI) est une lésion supplémentaire qui se produit lors du processus de rétablissement du flux sanguin du tissu cardiaque après une lésion induite par l’ischémie. L’IRM affecte gravement l’efficacité et le pronostic à court et à long terme de la reperfusion après un infarctus du myocarde. À l’heure actuelle, le mécanisme du MIRI n’est pas tout à fait clair. La disulfideptose est un nouveau mode de mort cellulaire, et la relation entre MIRI et l’expression des gènes liés à la disulfideptose (DRG) n’est pas encore claire. Tout d’abord, cette étude explore les gènes exprimés de manière différentielle associés à la disulfideptose dans MIRI par le biais d’une analyse bioinformatique. Deuxièmement, en construisant un modèle de rat de MIRI, les DRG ont été détectés. Cette étude a identifié 12 gènes apparentés, dont Myh9, SLC7A11, SLC3A2, Myh7b, ACTB, FLNB, Actn1, Actn4, Flnc, Dbn1 et Pdlim1. Le tissu myocardique de rats atteints d’IRIM présente des lésions pathologiques évidentes et des événements d’apoptose. Les résultats de l’immunohistochimie ont indiqué que la stimulation MIRI augmentait l’expression de la protéine GLUT1 dans le tissu myocardique, mais limitait l’expression de la protéine F-actine. De plus, des différences significatives dans l’expression de trois protéines ont été validées à l’aide d’ensembles de données externes et de modèles de rats MIRI. Cette étude a démontré que les DRG avaient une valeur prédictive significative dans l’IRMI, offrant de nouvelles perspectives pour l’exploration des biomarqueurs et des cibles thérapeutiques potentielles de l’IRMI.
L’infarctus aigu du myocarde (IAM) est une maladie cardiovasculaire grave et reste l’une des principales causes de mortalité dans le monde. L’intervention coronarienne percutanée a considérablement réduit les taux de mortalité chez les patients atteints d’IAM1. Cependant, la thérapie de reperfusion visant à rétablir l’apport sanguin myocardique s’accompagne d’une série de réponses pathologiques et physiologiques indésirables. Ces processus peuvent entraîner une augmentation de la taille de l’infarctus, la mort des cellules myocardiques, des arythmies ventriculaires soutenues et une mort subite....
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Pour cette étude, neuf rats mâles Sprague-Dawley (SD), âgés de 6 à 8 semaines et pesant de 180 à 220 g, ont été sélectionnés au Centre de recherche sur les animaux expérimentaux du Hubei [SCXK (Hubei) 20200018]. Les rats ont été gardés dans des bâtiments exempts d’agents pathogènes spécifiques pour s’acclimater pendant 1 semaine, avec un cycle clair et sombre de 12 h/12 h, en buvant et en mangeant librement. L’étude actuelle a été menée avec l’approbation du Comité d’éthique animale du troisième hôpital affilié de l’Université de médecine de Zunyi (numéro d’approbation : (2016)-1-56). Toutes les procédures ont été effectuées conformém....
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Dépistage des DRG dans MIRI
Le GSE214122 ensemble de données de Gene Expression Omnibus comprenait trois échantillons fictifs et trois échantillons MIRI. À l’aide du package DESeq2 dans R, 1233 gènes exprimés différentiellement (DEG) ont été identifiés entre les échantillons MIRI et les échantillons fictifs. Sur la base de |log2FC|>2 et FDR<0,05, 417 gènes significativement différents ont été sélectionnés à l’aide du package pheatmap de R (Figure 1A). Ensuite, 15 gè.......
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La disulfideptose est étroitement associée au cytosquelette d’actine, une structure cellulaire essentielle au maintien de la forme et de la viabilité des cellules. Composé de filaments d’actine, le cytosquelette d’actine confère la forme et la structure cellulaires globales. L’actine F sert de marqueur pour le cytosquelette cellulaire et, dans des conditions de privation de glucose, les liaisons disulfure augmentent considérablement, entraînant une régulation négative de l’actine F. Ce p.......
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Les auteurs n’ont rien à divulguer.
Cette recherche a été soutenue par le Bureau provincial des sciences et de la technologie du Guizhou (Qiankehe [2022]-583) et l’Administration provinciale de la médecine traditionnelle chinoise du Guizhou (QZYY-2016-019).
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| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Commentaires |
|---|---|---|---|
| 75 % d’alcool | Hunan Tongruijian Pharmaceutical Co. Ltd., Hunan, Chine | 85026 | |
| 6-0 suture en nylon Shanghai | Pudong Jinhuan Medical Supplies Co. Ltd., Shanghai, Chine | CS002 | |
| Kit de quantification des protéines BCA | Beyotime Biotechnology, Shanghai, Chine | P0011 | |
| Bull serum albumine | Beyotime Biotechnology, Shanghai, Chine | ST2254 | |
| Centrifugeuse | Hunan Kaida Scientific Instrument Co. Ltd., Hunan, Chine | KH19A | |
| DAB kit de développement de la couleur de la peroxydase de raifort | Beyotime Biotechnology, Shanghai, Chine | P0203 | |
| Solution de coloration DAPI | Beyotime Biotechnology, Shanghai, Chine | C1006 | |
| DESeq2 package | Version 4.1 | ||
| Rasoir électrique | Kelmerpp | 235376 | |
| Tampon de blocage de la peroxydase endogène amélioré | Beyotime Biotechnology, Shanghai, Chine | P0100B ; | |
| Papier filtre | Nanjing Keruicai Equipment Co., Ltd., Nanjing, Chine | 1.00049E+11 | |
| Microscope à fluorescence | Nikon | ECLIPSE Ci | |
| GEO base de données | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ | ||
| Broyeur de verre | Shanghai Leigu Instrument Co. Ltd., Shanghai, Chine | B-013002 | |
| GraphPad | Prism GraphPad Logiciel | V8.0 | |
| Kit de coloration à l’hématoxyline et à l’éosine | Beyotime Biotechnology, Shanghai, Chine | C0105M | |
| Image J software | National Institutes of Health, Bethesda, États-Unis | v1.8.0 | |
| Solution améliorée de récupération de l’antigène citrate (50X) | Beyotime Biotechnology, Shanghai, Chine | P0083 | |
| Iodophor | Folca, Shenzhen, Chine | 1.00077E+11 | |
| Microscope optique | Nikon | ECLIPSE Ci | |
| Solution tampon de phosphate | Beyotime Biotechnology, Shanghai, Chine | C0221A | |
| Anticorps primaires contre GLUT1 | Proteintech Group, Inc, Wuhan, Chine | 21829-1-AP | |
| Anticorps primaires contre MYH9 | Proteintech Group, Inc, Wuhan, Chine | 11128-1-AP | |
| Anticorps primaires contre SLC3A2 | Wuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd., Wuhan, Chine | LJS-D-7468 | |
| Anticorps primaires contre SLC7A11 | Proteintech Group, Inc, Wuhan, Chine | 26864-1-AP | |
| Instrument de visualisation des protéines | Thermo Fisher Scientific Inc. | iBright CL750 | |
| Rat board | Zhengzhou Haopai Biotechnology Co. Ltd., Zhengzhou, Chine | JPB-E | |
| Scalpel | Shanghai Lianhui Medical Supplies Co., Ltd., Shanghai, Chine | 1.00471E+13 | |
| Anticorps secondaire | Wuhan Boster Biological Technology, Ltd., Wuhan, Chine | BA1054 | |
| Base de données STRING | https://cn.string-db.org/ | Version 12.0 | |
| Triton X-100 | Beyotime Biotechnology, Shanghai, Chine | ST1722 | |
| TUNEL kit de détection d’apoptose | Proteintech Group, Inc., Wuhan, Chine | PF00009 |
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