Analyse protéomique comparative des tubules rénaux entiers, moelleux et corticaux dans la pathogenèse diabétique des lésions rénales chez la souris

Michelle T. Barati; Daniel W. Wilkey; Jon B. Klein; Timothy D. Cummins

doi:10.3791/68177

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Article de méthode

Analyse protéomique comparative des tubules rénaux entiers, moelleux et corticaux dans la pathogenèse diabétique des lésions rénales chez la souris

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DOI :

10.3791/68177

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2 mai 2025

Michelle T. Barati^*¹ , Daniel W. Wilkey¹ , Jon B. Klein¹ , Timothy D. Cummins^*¹

¹Division of Nephrology and Hypertension and Proteomics Technology Center, Department of Medicine, University of Louisville School of Medicine

^* These authors contributed equally

Dans cet article

Résumé

Nous présentons ici un protocole détaillé pour l’analyse protéomique de l’ensemble du rein, du tubule cortical isolé et des protéomes médullaires. L’étude compare également les protéomes régionaux dans un modèle de souris diabétiques et chez des souris non diabétiques.

Résumé

La définition de la séquence des événements dans l’insuffisance rénale est la pierre angulaire de la pratique clinique dans la boîte à outils du néphrologue. L’analyse protéomique tissulaire est une approche importante pour comprendre les processus physiologiques et moléculaires fondamentaux de la physiopathologie rénale. Les méthodes et protocoles que nous présentons ici permettront la dissection moléculaire du rein dans chaque région d’intérêt spécifique liée aux séquelles de la maladie. Pour déterminer les effets de la maladie sur des régions et des structures rénales spécifiques ayant des fonctions uniques, les objectifs de ce protocole sont de démontrer des techniques simplifiées de compartimentation rénale et d’isolement des tubules corticaux rénaux chez la souris en tandem avec des flux de travail protéomiques quantitatifs rationalisés sans marquage. La combinaison de ces méthodes aidera à l’identification de modèles moléculaires perturbés dans l’ensemble du rein, les compartiments médullaires et les structures des tubules corticaux des reins, dans le but ultime et final de la protéomique unicellulaire dans des contextes pathologiques. L’application de ces méthodes dans pratiquement n’importe quel modèle de maladie sera utile pour délimiter les mécanismes de pathologie liés à la dysfonction rénale.

Introduction

L’insuffisance rénale chronique (IRC) est une préoccupation majeure de la médecine moderne, représentant plus de 86 milliards de dollars de dépenses de santé rien qu’aux États-Unis¹. À l’échelle mondiale, l’incidence de l’IRC augmente avec la prévalence du diabète et des comorbidités rénales associées. Près de 14 % de la population américaine souffre d’IRC (rapport annuel USRDS 2024). De plus, la néphropathie diabétique est une forme d’IRC et la principale cause d’insuffisance rénale terminale (IRT), et 60 % des patients atteints d’IRT souffrent de diabète ^1,....