La recherche impliquant des sujets humains a été examinée et approuvée par le Comité d’éthique du premier hôpital affilié de l’Université Soochow (approbation n° 2019026). Le comité d’éthique du premier hôpital affilié de l’Université Soochow a approuvé ou accordé une exemption pour l’examen éthique de cette utilisation des données. De plus, le consentement éclairé de tous les participants a été obtenu.
Analyse de données bioinformatiques
Après un examen approfondi de l’analyse de l’expression pancancéreuse des bases de données TCGA et Tumor IMmune Estimation Resource (TIMER), le comportement de LLT1 a été étudié dans divers types de cancer, avec un accent particulier sur le cancer gastrique. La base de données TISIDB a été utilisée pour étudier la corrélation entre les niveaux d’expression de LLT1 et différents sous-types moléculaires de cancer gastrique. La corrélation entre les caractéristiques cliniques des patients et l’expression de LLT1 a été analysée plus en détail avec les données TCGA par programmation R. Les analyses GO et KEGG ont été utilisées pour étudier le rôle fonctionnel de LLT1 dans la cancérogenèse gastrique. L’algorithme ESTIMATE (Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumor tissues using Expression data) a également été utilisé pour quantifier les niveaux d’infiltration des cellules immunitaires et stromales dans les tissus tumoraux selon les modèles d’expression LLT1. Une analyse plus approfondie à l’aide de l’algorithme CIBERSORT a été menée pour évaluer les corrélations entre les niveaux d’expression de LLT1 et les modèles spécifiques d’infiltration des cellules immunitaires dans le microenvironnement tumoral. Une analyse bioinformatique complète a été réalisée à l’aide d’ensembles de données TCGA et de la programmation statistique R (v4.4.1) pour interroger les corrélations potentielles entre les profils d’expression de LLT1 et les biomarqueurs immunorégulateurs. Enfin, la base de données TCIA (The Cancer Immunome Atlas) a été utilisée pour déterminer si l’expression de LLT1 pouvait prédire la réponse au traitement par blocage du point de contrôle immunitaire-1/-L1.
Construction d’échantillons de CAG et de microréseaux de tissus (TMA)
Deux ensembles de données sur les microréseaux de tissus ont été générés comme suit :
Le premier ensemble a analysé rétrospectivement des échantillons de 268 patients atteints de CAG qui ont subi une intervention chirurgicale en 2011. Les pathologistes ont sélectionné des blocs de paraffine, identifié des régions centrales tumorales et les ont construites dans des microréseaux tissulaires. Chaque site d’échantillonnage individuel a reçu un identificateur distinct afin de surveiller méticuleusement les paramètres cliniques associés tels que le sexe, l’âge, les dimensions du néoplasme, le degré de différenciation néoplasique, la phase de progression du cancer, la profondeur de l’invasion, l’atteinte lymphatique et la présence d’une propagation à distance. La durée de la survie globale (SG) a été définie comme l’intervalle entre le début du traitement et l’apparition de la mortalité ou la date limite de décembre 2017. Il convient de souligner que les données complètes sur la SG n’étaient disponibles que pour un sous-ensemble de 198 participants.
Le deuxième groupe comprenait 115 patients naïfs de traitement atteints d’une GC avancée, qui ont subi une résection chirurgicale/endoscopique au premier hôpital affilié de l’Université Soochow entre 2016 et 2023. Les pathologistes ont évalué les blocs de paraffine et construit des microréseaux de tissus avec un suivi étroit de la progression de la maladie. Notamment, tous les échantillons ont été prélevés avant tout traitement préopératoire, et le traitement postopératoire consistait principalement en des anticorps monoclonaux-1 associés à une chimiothérapie.
Tous les spécimens de résection chirurgicale ont été prélevés dans l’antre de l’estomac. Tous les échantillons ont été fixés dans du formol tamponné neutre et noyés dans de la paraffine. Sur la base de l’évaluation des coupes colorées à H&E, deux pathologistes chevronnés ont indépendamment identifié les régions tissulaires les plus représentatives des échantillons inclus dans la paraffine. Les microréseaux de tissus (TMA) ont été construits à l’aide d’un réseau de tissus automatisé, les noyaux de tissus étant positionnés avec précision dans les blocs TMA selon des modules prédéfinis. Enfin, les blocs de TMA terminés ont été sectionnés à 4 μm d’épaisseur par un histotechnologue expérimenté.
Immunohistochimie (IHC) et immunofluorescence multiplex (mIHC)
Des tests immunohistochimiques et d’immunofluorescence multiplex ont été réalisés sur une puce à tissus construite. La coloration IHC a été réalisée conformément à une méthodologie préalablement établie26. La première série de sections de paraffine de microréseau a été transférée sur des lames de verre et cuite à 72 °C pendant 1 h. Après que les sections ont été déparaffinisées avec du xylène et réhydratées dans des dilutions d’éthanol augmentant successivement, l’activité endogène de la peroxydase a été bloquée par l’application d’une solution bloquant la peroxydase pendant 30 min. La récupération de l’antigène a été effectuée en faisant bouillir les lames à 110 °C dans une solution de récupération d’antigène de citrate (pH 6,0) pendant 3 min. Après le blocage avec un tampon de blocage BSA à 5 %, les sections ont été incubées avec un monoclonal CLEC2D anti-humain de souris, un monoclonal CD3 anti-humain de souris (prêt à l’emploi), un monoclonal CD4 anti-humain de souris (prêt à l’emploi), un monoclonal CD8 anti-humain de lapin (prêt à l’emploi), un monoclonal CD11c anti-humain de souris (1:50), un monoclonal CD19 anti-humain de souris (prêt à l’emploi), un monoclonal CD31 anti-humain de souris (prêt à l’emploi), souris anti-humaine CD56 monoclonale (prête à l’emploi), souris anti-humaine CD68 monoclonale (prête à l’emploi), lapin anti-humain Foxp3 monoclonal (1:50), souris anti-humaine IL-17 monoclonale (1:50), souris anti-humaine IFN-γ monoclonale (1:50), souris anti-humaine monoclonale Ki67 (1:50), souris anti-humaine-L1 monoclonale (prête à l’emploi) à 4 °C pendant la nuit27,28. Les lames ont ensuite été lavées et incubées avec des anticorps secondaires marqués à la peroxydase de raifort (anti-souris et lapin) à température ambiante pendant 30 min. Après l’incubation, les échantillons ont été lavés et le système de détection EnVision a été utilisé pour l’immunodétection. Au microscope, lorsque des zones brunes commencent à apparaître sur la puce, une observation attentive est nécessaire. La réaction chromogène doit être stoppée une fois que les zones brunes n’augmentent plus. Les lames ont été contre-teintées avec de l’hématoxyline de Mayer et montées avec de la colle neutre. Dans le contrôle négatif, des IgG de souris ou de lapin ont été utilisées à la place de l’anticorps primaire. Le témoin positif était le tissu amygdalien humain. Le deuxième ensemble de coupes de microréseaux est utilisé pour l’immunohistochimie multiplex (mIHC). En réutilisant les conditions de récupération et de blocage de l’antigène susmentionnées, le panel d’anticorps est optimisé spectralement comme suit :-L1 (480 nm), CD161 (520 nm), LLT1 (570 nm),-1 (620 nm), CD8 (690 nm) et PAN-CK (780 nm). Les anticorps primaires ont été incubés dans les mêmes conditions que dans le protocole original29 (à l’exception de PANCK et CD161, qui ont été nouvellement introduits), à la dilution recommandée de 1:100, suivie d’une coloration par fluorescence par amplification du signal tyramide (TSA). Après chaque série de coloration par fluorescence, un stripping des anticorps est effectué, suivi d’une récupération répétée de l’antigène, d’un blocage endogène de la peroxydase et d’un blocage non spécifique de la cible avant l’incubation de l’anticorps primaire suivant. Lors de la réalisation d’une immunohistochimie multiplex, trois points sont cruciaux : des pré-expériences doivent être menées pour chaque colorant fluorescent, les anticorps fortement exprimés doivent être associés à des signaux fluorescents faibles, tandis que les anticorps faiblement exprimés doivent être associés à des signaux fluorescents forts, et après avoir coloré chaque marqueur fluorescent, les résultats de coloration doivent être observés au microscope dans des conditions protégées de la lumière. Après la coloration avec le 6e colorant fluorescent, une contre-coloration DAPI est appliquée pour marquer les noyaux cellulaires et les lames sont montées. Enfin, toutes les puces à ADN ont été scannées à l’aide d’un scanner de pathologie numérique et analysées à l’aide d’un logiciel d’analyse d’images de pathologie numérique alimenté par l’IA.
Évaluation de la coloration IHC/mIHC
Les résultats de la coloration ont été interprétés par deux pathologistes experts en double aveugle. Ils ont mesuré la profondeur de la coloration à l’aide d’un objectif haute puissance (grossissement de 200x) ou d’un réglage fluorescent correspondant (200x), attribuant des scores allant de 0 (pas de coloration) à 3 (coloration intense). Les fractions de cellules LLT1-positives dans les échantillons de carcinome gastrique ont été divisées en quatre stratifications : 0 (<5 %), 1 (5-25 %), 2 (26-50 %) et 3 (>50 %). Le score d’immunoréactivité (IRS) a été dérivé du produit de la profondeur de coloration et de la proportion de cellules LLT1-positives. Les échantillons ayant obtenu un score de zéro ont été considérés comme négatifs, tandis que les scores de 1 à 4 indiquaient une expression faible, 5 à 7 une expression modérée et 8 à 9 une expression forte ; les mêmes critères ont été appliqués pour évaluer l’expression d’autres marqueurs tels que Ki67 et CD3. D’après la méthodologie d’évaluation et de regroupement, les échantillons ont été étiquetés comme ayant une expression forte (IRS8-9), modérée (IRS5-7), faible (IRS1-4) ou nulle expression (IRS0). Les patients ayant les scores les plus faibles (IRS≤4) ont été assignés au groupe à faible expression, et ceux ayant les scores les plus élevés (IRS≥5) ont été assignés au groupe à expression élevée.
Cependant, pour le marqueur-L1, une approche différente a été adoptée à l’aide du CPS. Ce score a été déterminé par le rapport entre les cellules-L1 positives (y compris les cellules tumorales, immunitaires et stromales) et le nombre total de cellules tumorales viables multiplié par 100. Les individus ayant un CPS supérieur à cinq ont été placés dans la cohorte à forte expression, tandis que ceux ayant un CPS à cinq ou moins ont été regroupés dans la cohorte à faible expression.
Regroupement de la réponse à l’immunothérapie
Conformément aux critères d’évaluation de la réponse dans les tumeurs solides version 1.1 (RECIST 1.1), l’évaluation des lésions cibles chez les patients se divise en quatre catégories distinctes : (a) Réponse complète (RC) : toutes les lésions cibles ont entièrement disparu et l’axe court de tous les ganglions lymphatiques pathologiques (cibles et non cibles) doit mesurer moins de 10 mm ; b) Réponse partielle (RP) : le diamètre cumulé de toutes les lésions cibles mesurables a diminué d’au moins 30 % par rapport aux mesures de référence ; c) Maladie évolutive (MP) : cette catégorie s’applique lorsque le diamètre cumulé des lésions cibles a augmenté d’au moins 20 % par rapport à la plus petite valeur enregistrée au cours de l’étude (en utilisant la ligne de base comme référence si elle représente la valeur la plus petite), l’augmentation absolue n’étant pas inférieure à 5 mm ; de plus, l’émergence de nouvelles lésions est également classée comme maladie progressive (MP) ; (d) Maladie stable (DS) : le diamètre cumulé des lésions cibles n’atteint ni les critères de réduction de la RP ni les critères d’augmentation de la MP tout au long de l’étude. Deux techniques de stratification ont été mises en œuvre. La première méthode consistait à séparer les patients en fonction de leur état de réponse, où les patients (n = 53) et SD (n = 46) constituaient le groupe non répondeur (n = 99), tandis que les patients RP (n = 15) et RC (n = 1) formaient le groupe répondeur (n = 16). La deuxième approche consistait à catégoriser les patients en fonction de la progression de la maladie, les patients RC, PR et SD étant classés dans la cohorte efficace de l’immunothérapie (n = 62) et les patients atteints de la MP comme la cohorte non efficace de l’immunothérapie (n = 53).
Analyse statistique
Des évaluations empiriques ont été effectuées à l’aide de la plate-forme de calcul R (version 4.4.1) et du progiciel SPSS Statistical (version 27.0). Les disparités entre les cohortes de l’étude ont été étudiées à l’aide de l’analyse du tableau de contingence du chi carré. La technique de corrélation non paramétrique de Spearman a été utilisée pour sonder la force et la direction des associations entre les variables. Les variations du temps de survie ont été analysées à l’aide d’estimateurs de Kaplan-Meier, complétés par des tests de signification logarithmique. Par la suite, des modèles de régression à risques proportionnels de Cox ont été utilisés pour identifier les facteurs susceptibles d’influencer les résultats de survie des patients. La signification statistique a été prédéfinie comme un seuil de valeur p bilatéral de <0,05. Pour s’assurer de la robustesse des résultats, des analyses de sensibilité complètes ont été effectuées pour évaluer les variables confusionnelles potentielles, avec des modèles multivariés ajustés en conséquence. De plus, des interprétations explicites des rapports de risque ont été fournies pour faciliter la compréhension clinique, en mettant l’accent sur les implications pratiques des facteurs de risque identifiés sur le pronostic des patients.