Dans le carcinome épidermoïde œsophagien (ECCC), l’acquisition de la résistance au traitement et la récidive tumorale restent des défis cliniques majeurs. Les fibroblastes associés au carcinome (CAF), composants clés du microenvironnement tumoral, sont connus pour influencer la progression de l’ECC et la réponse thérapeutique. Cependant, de nombreux aspects du rôle des CF dans la malignité tumorale restent inconnus, vraisemblablement en raison de la variabilité inter-patients chez les patients ESCC. Diverses lignées cellulaires humaines d’ESCC disponibles pour la recherche sont considérées comme imitant partiellement la nature du carcinome humain. Ils sont également propagés in vitro pendant des années et des décennies dans une boîte de Petri, ce qui entraîne une adaptation aux conditions de culture. De plus, les lignées cellulaires humaines d’ESCC présentent diverses altérations génétiques et épigénétiques distinctes parmi les patients originaux, entraînant une variabilité entre patients. Néanmoins, des lignées cellulaires cancéreuses cultivées à long terme ont été utilisées dans la plupart des études antérieures pour expérimenter des CAF mal adaptés aux patients. La variabilité inter-patients au sein de chaque lignée cellulaire cancéreuse et entre cellules cancéreuses et CAFs pourrait donc entraîner une réduction de la reproductibilité et de la fiabilité des résultats. Pour éliminer la variabilité inter-patients, trois types cellulaires distincts ont été isolés sur le même patient : organoïdes cancéreux et CAF provenant d’une région ESCC disséquée chirurgicalement, et des fibroblastes (CF) équivalents d’une région non tumorale adjacente comme témoins spécifiques aux patients pour les CAF. Un protocole détaillé est présenté permettant l’isolement simultané des organoïdes cancéreux, des CAF et des CF. Les organoïdes cancéreux ont bien grandi dans des conditions tridimensionnelles. Les CAF et les FQ ont été colorés positivement pour la vimentine, l’un des marqueurs fibroblastiques, soutenant l’enrichissement de ces cellules dans les lignées fibroblastiques. Le protocole décrit nous permet d’établir des organoïdes ESCC et des fibroblastes compatibles avec les patients, fournissant une plateforme expérimentale précieuse qui exclut la variabilité inter-patients dans l’étude des interactions tumeur-stromal.