Article de méthode

Les villes comme interfaces de l’émergence des risques zoonotiques : développement du système de surveillance urbaine de la tique et de la faune de New York City

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DOI :

10.3791/69755

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10 mars 2026

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1Department of Ecology, Evolution, and Environmental Biology, Columbia University, 2NYC Bird Alliance, 3School of Biological Sciences, University of Canterbury, 4Mianus River Gorge, 5Cornell University, 6Hofstra University, 7City of New York Parks & Recreation

* These authors contributed equally

Dans cet article

Résumé

Il est crucial de surveiller la façon dont les tiques et leurs animaux hôtes réagissent à l’urbanisation. Ce protocole décrit les étapes pour développer un système normalisé de surveillance urbaine des tiques et de la faune qui permettra une gestion adaptative face aux risques émergents transmis par les tiques en milieu urbain.

Résumé

Les dangers transmis par les tiques dans les paysages urbains augmentent, mais des lacunes cruciales subsistent pour comprendre le risque de maladies transmises par les tiques par l’humain à travers les gradients d’urbanisation. Avec la perte d’habitats naturels à l’échelle mondiale, les espaces verts urbains peuvent constituer un habitat essentiel pour la faune, avec des conséquences variables pour l’émergence des maladies transmises par les tiques. La région métropolitaine de New York possède la plus grande densité de population humaine et la plus grande empreinte géographique de toutes les villes des États-Unis, tout en comprenant un vaste réseau d’espaces verts. Ces espaces verts urbains varient en couverture terrestre et en connectivité environnantes, offrant d’importants refuges et habitats pour des centaines d’espèces sauvages urbaines, historiquement peu étudiées. À la connaissance des auteurs, il n’existe aucun système de surveillance urbaine des tiques pour surveiller la façon dont les tiques et leurs animaux hôtes réagissent et émergent dans les environnements urbains. Pour combler cet écart, un système de surveillance urbaine à long terme des tiques et de la faune a été développé sur un gradient d’urbanisation allant de New York à Long Island, NY. Ici, nous décrivons le processus de collaboration avec un groupe diversifié de partenaires pour concevoir, mettre en œuvre et maintenir un système jumelé de caméras de piégeage et de surveillance des tiques de la faune. Le processus a débuté par la formation d’un comité consultatif composé d’experts en maladies transmises par les tiques et de partenaires en gestion de la faune, qui ont apporté des analyses et des retours pour travailler ensemble sur les étapes suivantes : 1) visualisation et délimitation initiale du gradient d’urbanisation, 2) sélection potentielle des espaces verts, 3) autorisations de site, 4) sélection des sites de collecte par caméra et tiques pour la faune, 5) installation des caméras pour la faune, 6) collecte de tiques, 7) identification des tiques, 8) identification photographique par caméra de la faune, et 9) résultats de maintenance et de rapport des transects. Alors que New York et d’autres villes à travers le monde continuent de croître, des projets collaboratifs tels que le Tick and Wildlife Urban Surveillance System peuvent générer des connaissances qui aideront les populations à répondre aux dangers zoonotiques émergents en milieu urbain.

Introduction

La majorité de la population humaine mondiale vit dans des zones urbaines, dont la population et l’empreinte géographique connaissent une croissance régulière1. Bien que l’expansion urbaine soit l’une des principales menaces pour la biodiversitémondiale 1,2,3, les zones urbaines sont également de plus en plus gérées pour fournir un habitat à la faune via la verdisation urbaine, les habitats naturels étant modifiés etfragmentés 4,5,6,7. La combinaison de populations humaines denses et de faune dans les villes peut entraîner à la fois des interactions positives (par exemple, un sentiment de connexion à la nature)8 et des interactions nuisibles (par exemple, transmission de maladies zoonotiques)9 entre l’homme et la faune. Historiquement, la faune dans les systèmes urbains a été peuétudiée 10, créant un fossé crucial pour comprendre la persistance de la faune, le risque de maladies zoonotiques11, et la coexistence humain-faune12 dans un monde en mutation.

Le nord-est des États-Unis (États-Unis) est fortementurbanisé 13 et un point chaud pour les tiques à pattes noires (Ixodes scapularis) et l’émergence de la maladie transmise par les tiques14, avec des différences spatiales de risque dans larégion 15. Les maladies transmises par les tiques, telles que la maladie de Lyme, sont les maladies vectorielles les plus signalées aux États-Unis, avec près de 500 000 cas paran 14. Dans l’État de New York, les tiques à pattes noires transmettent plusieurs agents pathogènes de préoccupation pour la santé publique, notamment Borrelia burgdorferi (agent de la maladie de Lyme), Anaplasma phagocytophilum (agent de l’anaplasmose), Babesia microti (agent de la babésiose) et le virus Powassan (agent de la maladie du virus de Powassan)16. En plus de la tique à pattes noires, la tique à longues cornes (Haemaphysalis longicornis) s’est rapidement établie dans le Nord-Est après sa récente introduction17,18, et d’autres vecteurs indigènes comme la tique étoile solitaire (Amblyomma americanum), qui peut provoquer le syndromealpha-gal 19, augmentent en population et étendent leur aire de répartition versle nord 20,21, présentant de nouveaux défis de santé publique.

Bien que les dangers urbains transmis par les tiquesaugmentent 15,22, la plupart des recherches sur les tiques se sont concentrées sur les zones rurales etsuburbaines 22,23,24, créant des lacunes critiques dans la compréhension de l’écologie des agents pathogènes transmis par les tiques à travers les gradients d’urbanisation et dans les espaces vertsurbains 15,25. Une surveillance active des tiques, des hôtes fauniques et des prédateurs hôtes est nécessaire pour éclairer les pratiques locales de gestion fondées surdes preuves 26.

New York (NYC) compte la plus grande population humaine de toutes les villes des États-Unis. En 2020, on estimait >8,4 millions de personnes dans les cinq arrondissements de New York —13, et > 20,1 millions de personnes dans la zonemétropolitaine plus large — 13. Bien que New York ait une densité moyenne de logements plus élevée (environ 4 700 unités de logement parkm2) que toute autre ville des États-Unis, la ville compte également plus de 29 000 acres (14 % de la couverture terrestre) de parcs gérés par le Département des parcs et loisirsde New York 27, qui fournit un habitat et des refuges importants pour des centaines d’espècessauvages 28, 29. La ville est située le long de la voie migratoire de l’Atlantique, une trajectoire migratoire pour des millions d’oiseaux30,31, et a récemment été recolonisée par plusieurs espèces de mésomammifères, notamment le coyote de l’Est (Canis latrans x Canis lycaon)32, la moufette rayée (Mephitis mephitis)33, et le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus)34.

Alors que New York investit dans la regreenisationde 35, la fréquence des interactions homme-faune devrait augmenterde 36. Bien que l’augmentation de la biodiversité urbaine puisse être le signe d’un écosystème sain37 et redonner un sens de la nature à la vie urbaine38, les interactions avec la faune urbaine peuvent également entraîner la transmission de pathogèneszoonotiques 11,39. Les mammifères adaptés aux zones urbaines, comme le raton laveur commun (Procyon lotor), sont des espèces d’intérêt à cet égard, car ils peuvent être plus tolérants à l’urbanisation que d’autres mammifères plus grands40,41 et peuvent faciliter la transmission de pathogènes zoonotiques dans les zonesurbaines. Le cerf de Virginie est une autre espèce d’intérêt, car leur présence dans les espaces verts urbains a été observée comme augmentant l’abondance des tiques et augmentant le risque de maladie deLyme 25,43.

Dans les limites de la ville de New York, un programme robuste de surveillance vectorielle est géré par le Département de la Santé ; Cependant, les tiques ne sont pas aussi largement étudiées dans les espaces verts urbainsles plus urbains de la ville 44, 45, 46. Les efforts de surveillance des tiques au niveau des comtés adjacents varient en intensité: 47,48, ce qui rend les comparaisons entre limites municipales difficiles. De nombreuses études ont été menées sur les dangers urbains transmis parles tiques 17, 18, 43, 46, 49 et la faune33, 34, 50, 51 dans les limites de la ville, fournissant des informations précieuses sur la manière dont les tiques, les agents pathogènes transmis par les tiques et la faune peuvent réagir et utiliser les environnements urbains. Cependant, les effets de l’urbanisation sur les dangers transmis par les tiques et les communautés fauniques s’étendent au-delà du cœur d’une ville à travers les gradientsd’urbanisation 15, 52, 53, 54. À la connaissance des auteurs, il n’existe aucun système de surveillance urbaine des tiques pour surveiller comment les tiques et leurs animaux hôtes émergent dans des environnements à travers les gradients d’urbanisation. Pour aider les New-Yorkais à répondre aux dangers émergents transmis par les tiques et à coexister avec la faune, un groupe diversifié de partenaires new-yorkais a travaillé au développement d’un système de surveillance urbaine des tiques et de la faune (TWUSS) sur un gradient d’urbanisation allant de New York à Long Island, NY.

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Figure 1. Étapes pour concevoir, mettre en œuvre et maintenir le système de surveillance urbaine des tiques et de la faune. Des flèches de rétroaction sont affichées entre la sélection potentielle de l’espace vert, l’autorisation du site et la sélection des sites de collecte de tiques et de caméras pour la faune. Figurine créée avec BioRender. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.

Avant la création du TWUSS, un comité consultatif a été formé composé de partenaires clés en gestion de la faune et d’experts en écologie des dangers transmis par les tiques, qui ont apporté leurs analyses et retours sur la conception du transect (Figure 1). Des réunions mensuelles ont été organisées pour définir les objectifs du projet, convenant que l’objectif scientifique principal était d’inclure des sites couvrant un gradient d’urbanisation, de connectivité d’habitats et de taille de parcelle. L’inclusion de plusieurs conseillers a intégré une connaissance locale approfondie de la région. Par exemple, les retours entre partenaires ont permis de planifier la possibilité que le réseau capture la dynamique de l’expansion et de la propagation des coyotes sur LongIsland 32. Les retours des partenaires facilitaient également l’inclusion de sites où les managers étaient connus pour être prêts à fournir l’accès, où les groupes communautaires pouvaient aider avec des caméras pour la faune et/ou le tagage photo, et où les membres de l’équipe avaient des liens personnels permettant l’accès aux sites.

Les pièges photo pour la faune (également appelés caméras de piste ou de chasse ; ci-après appelées caméras pour la faune) ont été largement adoptées comme méthode non invasive et relativement peu coûteuse pour collecter des données sur la faune, transformant la manière dont les études fauniques sont régulièrementréalisées 55,56. Les caméras de la faune permettent de collecter de grandes quantités d’images qui ne seraient pas possibles avec les méthodes traditionnelles d’observation sur le terrain57. Le Réseau d’Information sur la Faune Urbaine (UWIN) a développé un design de transect de piégeage par caméra pour la faune, qui est partagé entre les villes partenaires membres du monde entier pour surveiller la répartition locale de la faune sur les gradientsurbains 58. Le design du transect UWIN a été adapté, et des caméras fauniques ont été associées à des collections de tiques pour créer le TWUSS (Figure 1). Les « tiques traînées » étaient utilisées pour l’échantillonnage des tiques comme méthode standard pour estimer les densités de tiques59. Le stade de vie nymphal des tiques a été ciblé pour un échantillonnage, car elles sont le principal vecteur des agents pathogènes transmis par les tiques pour l’humain. L’échantillonnage des tiques a donc été réalisé de fin mai à fin juillet, en accord avec l’activité maximale de la tique nymphale I. scapularis dans le nord-est de l’US60.

Pour qu’un partenaire municipal rejoigne le réseau UWIN, la principale exigence est d’établir au moins un transect pouvant accueillir 25 à 30 sites de stations de caméras pour la faunesauvage : 58 ; il n’y a pas d’exigence de longueur minimale, et le transect n’a pas besoin de suivre une ligne droite. Selon les exigences du réseau UWIN, des stations de caméras pour la faune peuvent être installées dans n’importe quelle zone utilisée par la faune, y compris les jardins58. Cependant, le TWUSS se concentre sur les espaces verts publics ou semi-publics, y compris les parcs municipaux, cimetières, réserves forestières, parcours de golf ou grands jardins, pour placer des caméras fauniques afin de capturer la répartition des espèces ciblées plus sensibles, telles que le cerf de Virginie et lesmouffettes 6. Le transect de NYC mesure 55 km de long et 4 km de large, divisé en dix segments de 5 km de long. Quatre stations de caméras pour la faune ont été installées dans chaque segment en 2022, pour un total de 40 sites d’échantillonnage de la faune, couvrant Brooklyn jusqu’au comté de Nassau, NY. En 2023, un segment supplémentaire a été ajouté à Staten Island, NY. Pour les collectes de tiques, les parcours de golf ont été exclus en raison de leur utilisation d’insecticides et de gestion active des tiques, ce qui pourrait interférer avec les données61, ce qui a conduit à ce que 29 sites de caméras fauniques deviennent également des sites de collecte de tiques.

Le TWUSS se distingue des autres systèmes de surveillance des tiques par la conception du transect à gradient d’urbanisation et par l’association des méthodes standardisées de collecte de données sur les tiques et la faune 26,62,63. De nombreuses institutions gouvernementales et non gouvernementales sont engagées dans la surveillance des tiques64. Cependant, la plupart des efforts de surveillance des tiques ont pour objectif limité la détection de la présence de tiques et reposent sur des méthodes de surveillance passives et nonstandardisées 62, 63, 65. Les méthodes de surveillance passive (c’est-à-dire les rapports de ticks sur des plateformes scientifiques communautaires) sont avantageuses par rapport aux méthodes de surveillance active par leur faible coût et leur effort relatif pour maintenir62,66, mais ne permettent pas une compréhension approfondie des tendances spatiales ettemporelles 63. En 2020, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) ont publié un guide complet sur la surveillance active des tiques qui inclut des instructions détaillées pour effectuer des traînées contre les tiques, mais ne contient que des indications générales sur la sélection du site59, une étape cruciale pour évaluer le risquede tiques 67. De plus, les méthodes actuelles de surveillance des tiques incluent rarement un suivi en appariement de la faune, malgré le fait que l’écologie des tiques soit étroitement liée à leurs hôtesfauniques 68,69. L’Urban Wildlife Institute a déployé de grands efforts pour standardiser la surveillance de la faune à travers les gradients d’urbanisation grâce à la création del’UWIN 58, et il existe un potentiel d’élargir ces réseaux pour centrer les objectifsOne Health 70. En combinant des méthodes standardisées de collecte des tiques et de suivi de la faune sur un gradient d’urbanisation, le TWUSS permet des comparaisons significatives entre la dynamique des populations de tiques et de la faune lorsque les efforts de surveillance active ont étélimités 22.

Le design TWUSS est le plus adapté aux zones urbaines où la faune, les tiques et les agents pathogènes qu’elles transmettent sont présents, une aire de répartition en expansion ou une apparition64,70. Une limitation clé à noter inclut la dépendance aux autorisations du partenaire et l’effort important nécessaire pour maintenir le transect. Ici, nous présentons le processus pour établir une collaboration transdisciplinaire afin de concevoir, mettre en œuvre et maintenir un système jumelé de caméras de piégeage et de surveillance des tiques pour la faune.

Protocole

Des autorisations ont été obtenues auprès des organismes compétents pour l’accès aux sites, l’installation de caméras pour la faune et la réalisation de collectes de tiques sur chaque site.

1. Visualisation et délimitation du gradient initial de transect

REMARQUE : Bien qu’il existe de nombreuses façons de quantifier l’urbanisation71, les composantes structurelles de la surface imperméable et de la densité d’habitation, associées à la couverture forestière, sont les indicateurs les plus couramment utilisés dans les études sur l’urbanisation et la faune et/ou les tiques 25,72,73.

  1. Utilisez ArcGIS Pro ou tout autre logiciel SIG préféré pour visualiser les métriques d’urbanisation de la région d’étude. Utilisez le pourcentage de densité de surface et de logement imperméable pour catégoriser l’urbanisation et le pourcentage de couverture de la canopée arbétique afin de visualiser la verdure et la qualité de l’habitat faunique74.
    1. Obtenez le pourcentage de fichiers raster de surface imperméable à partir de la base de données nationale de couverture terrestre (NLCD) la plus récente publiée75. Pour la densité de logements, utilisez les données du recensementaméricain 13 ou le jeu de données76 sur la densité de logements de Silvis. Obtenez le pourcentage de couverture de la canopée arborée à partir duNLCD 75.
    2. Stockez tous les jeux de données dans un dossier projet sur un disque local ou serveur. Ajoutez chaque couche de données au projet en utilisant le bouton Ajouter des données dans l’onglet Carte . Sélectionnez chaque couche de données dans le dossier projet et ajoutez-la une à la fois, en répétant ce processus pour toutes les couches de données.
    3. Pour le raster de surface imperméable, réglez la symbologie sur « bacs » (catégories) d’intensité urbaine (catégories) selon les catégoriesstandardisées 77 : haute intensité urbaine (>80 % surfaces imperméables), intensité urbaine moyenne (50 %-79 % surfaces imperméables), faible intensité urbaine (20 %-49 % surfaces imperméables) et espaces ouverts (>20 %). Pour appliquer cette symbologie, faites un clic droit sur le calque raster dans le volet Contenu, sélectionnez Symbology, changez la symbologie primaire en Classify, et définissez les classes selon les catégories d’intensité urbaine spécifiées.
    4. Pour la couche de fichier shapefile de densité de logement, fixez la symbologie pour les catégories d’intensité urbaine standardisées de densité du logementà 78 : urbaine (>1 000 maisons parkm2), suburbaine (147,06-1 000 maisons parkm2) et exurbaine (6,18-147,05 maisons parkm2). Pour appliquer cette symbologie, faites un clic droit sur le calque dans le panneau Contenu, sélectionnez Simbologie, changez la symbologie primaire en Valeurs uniques, et assignez des classes correspondant aux catégories de densité de logement spécifiées.
    5. Pour la couche de couverture de la canopée arbre, gardez la symbologie sur une plage continue de 0 à 100 %.
  2. Identifier où existe un gradient d’urbanisation dans la région pour le placement préliminaire d’un transect de 4 km de large incluant chaque catégorie d’urbanisation, tel que défini aux étapes 1.1.3 et 1.1.4. (Figure 2).
    REMARQUE : S’il n’existe pas de gradient linéaire d’urbanisation clair pour le placement des transects, le transect peut être décomposé en segments de 5 km de long pour former un transect non linéaire qui capture néanmoins les différents niveaux d’urbanisation et contient au minimum quatre sites par segment.
  3. Positionner le transect pour satisfaire les conditions suivantes tout en capturant adéquatement le gradient :
    1. Capturez les espaces verts d’intérêt et assurez-vous que les stations de caméras pour la faune peuvent être placées à au moins 1 km les unes des autres afin d’être considérées comme spatialement indépendantes pour les méso-mammifères urbains et les oiseauxcourants 79,80 (Figure 2).
    2. Positionnez le transect pour couvrir des espaces verts intéressants pour les collaborateurs ou des espaces de haute qualité (>38 % de couverture de la canopéearbréculaire 81) qui maintiendront l’hétérogénéité interne au fragment dans la couverture verte (c’est-à-dire un grand parc boisé dans les segments les plus urbains).
    3. Sélectionnez le bouton Mesurer dans l’onglet Carte pour aider à déterminer la position et la distance du transect.
      REMARQUE : Assurez-vous qu’il y ait plus de quatre emplacements minimum par segment à choisir lors de la détermination exacte de la ligne de transect, car certains espaces potentiels peuvent être ou devenir inutilisables pour plusieurs raisons (par exemple, pas de permission de pose de caméras pour la faune ou habitat inadapté lors de la vérification au sol).

2. Sélection potentielle des espaces verts : Identifier les espaces verts potentiels pour la mise en place de caméras fauniques et les collections de tiques dans la zone d’étude

  1. Identifiez chaque espace vert à l’intérieur de la limite du transect en téléchargeant le fichier shapefile de la Protected Areas Database of the United States (PAD-US) et en l’ajoutant à la carte en suivant l’étape 1.1.2. 82.
  2. Calculez la taille (surface) et le pourcentage de couverture de la canopée arbétique dans chaque espace vert à partir de la couche de données de couverture arbétique.
    1. Dans l’onglet Analyse , sélectionnez le bouton Outils pour ouvrir le panneau de géotraitement .
    2. Pour calculer la taille de chaque espace vert, utilisez l’outil Calculer les attributs de géométrie . Sélectionnez le calque d’espace vert comme Caractéristiques d’entrée, puis créez un nouveau champ pour la taille et sélectionnez Zone comme propriété. Sélectionnez l’unité de zone et le système de coordonnées souhaités, puis appuyez sur Run pour que l’outil termine l’action.
    3. Pour calculer le pourcentage de couverture de la canopée arbrénée dans chaque espace vert, utilisez l’outil de statistiques zonales . Sélectionnez le calque d’espace vert comme Données de Zone d’entrée ou de zone de caractéristiques, puis sélectionnez le nom ou l’identifiant unique de chaque espace vert comme champ de zone et la couche de couverture de la canopée en tant que Raster de valeurs d’entrée. Ensuite, sélectionnez Moyenne comme type de statistiques et appuyez sur Run pour que l’outil termine l’action.
  3. Pour les sites de placement de caméras pour la faune :
    1. Certains parcs municipaux, terrains de golf, cimetières et réserves/zones naturelles pour les sites de caméras de la faune, car ils occupent souvent la plupart des espaces verts dans les zones métropolitaines et sont couramment utilisés comme sites de caméras pour des études liées àl’UWIN 6.
    2. Fixez la symbolique du pourcentage de couche de couverture de la canopée arbaire en suivant l’étape 1.1.3., en classant les zones de chaque segment du transect comme densément boisées (>38 % couverture de la canopée arboire) ou légèrement boisées (<38 % couverture de la canopée arbétique)81 afin de tenir compte de la variation de la qualité de l’habitat selon les emplacements de la caméra de la faune dans letransect 83. Dans chaque segment de transect, identifiez deux espaces verts avec des zones densément boisées et deux avec des zones légèrement boisées comme sites potentiels de placement de caméras pour la faune (Figure 3).
  4. Pour les collections de tiques, filtrez les parcs à usage public, les réserves naturelles et les jardins afin d’inclure uniquement les espaces verts d’une superficie de ≥5 hectares et une couverture totale de la canopée arbétique de ≥20 %, afin de garantir que les méthodes d’échantillonnage des tiques puissent inclure au moins 800 m d’habitat forestierde sentiers 25, 59, 84.
    REMARQUE : Évitez de choisir des parcours de golf pour les sites de collecte des tiques en raison de l’utilisationd’insecticides 61.

3. Autorisation de site

  1. Identifiez les contacts pour chaque espace vert sélectionné en utilisant des moteurs de recherche internet ou des réseaux partenaires pour obtenir l’accès au site et l’autorisation de placer des caméras fauniques et de réaliser des collectes de tiques.
    1. Créez et distribuez un aperçu d’une page du projet aux contacts identifiés par email ou téléphone. Les livrables présentés dans ce résumé d’une page pourraient inclure l’accès à des photos via un projet Wildlife Insights page85, des rapports annuels sur les caméras animalières, ainsi que les informations résultantes sur les populations locales de tiques. Pour les parcs et espaces naturels publics utilisés dans le transect, obtenez des permis auprès des parcs ou services municipaux concernés. Obtenez une autorisation écrite (c’est-à-dire une confirmation par e-mail) pour tous les espaces privés utilisés dans le transect sans procédure officielle d’autorisation.

4. Sélection des sites de collecte des caméras fauniques et des tiques

  1. Pour la sélection du site des caméras pour la faune, générez un point aléatoire à l’intérieur de chaque limite d’espace vert afin de déterminer les emplacements potentiels des caméras pour la faune.
    1. Ouvrez le volet de géotraitement et sélectionnez l’outil Créer des points aléatoires . Choisissez le calque d’espace vert comme classe de caractéristique contraignante et sélectionnez Exécuter.
    2. Pour les espaces verts suffisamment grands pour inclure deux stations de placement de caméras pour la faune, générez simultanément deux points aléatoires avec une séparation minimale de 1 km en sélectionnant la distance minimale autorisée comme 1 km.
    3. Générer de nouveaux points aléatoires s’ils ne se trouvent pas dans un habitat peu boisé ou densément boisé (Figure 3). Ces points générés aléatoirement peuvent subir de légères modifications lors des visites sur le site, et il y aura probablement des retours sur l’emplacement des caméras fauniques selon ce que les propriétaires jugent acceptable.
  2. Pour les sites de collecte des tiques, sélectionnez des emplacements pour les traîner dans un rayon de 500 m autour de la caméra faunique le long de trois types de transects différents : 1) bord de sentier, 2) forêt intérieure, et 3) bordure de pelouseforestière 25 (Figure 4). Assurez-vous que huit transects complets de 100 m peuvent être traînés.
    1. Utilisez des images satellites ou des cartes de sentiers disponibles pour chaque espace vert afin d’identifier deux transects potentiels de 100 m de chaque type de transect.
    2. Sélectionnez deux transects supplémentaires dans chaque type d’habitat pour parcourir 800 m, en veillant à ce que chaque traînée soit espacée de ≥10 m les uns des autres.
    3. Si aucune bordure de pelouse forestière n’est présente, choisissez 200 m supplémentaires comme transects intérieurs et de sentiers.
  3. Calculez le pourcentage de couverture de la canopée arbétique, le pourcentage de surface imperméable et la densité des abris dans un rayon de 2 km autour de chaque site de pose de caméra faunique sur le transect.
    1. Ajoutez les coordonnées de chaque emplacement de piège caméra à la carte du projet ArcGIS en utilisant le bouton Ajouter des données . Dans le panneau Géotraitement d’ArcGIS Pro, sélectionnez l’outil Tampon par paires . Sélectionnez la couche de points piège caméra comme fonction d’entrée et réglez la distance à 2 km. Cliquez sur Exécuter pour créer le tampon.
    2. Utilisez l’outil de statistiques zonales décrit à l’étape 2.2.3. pour calculer le pourcentage de couverture de la canopée arbétique, le pourcentage de surface imperméable et la densité de logement dans les 2 km de tampon autour de chaque piège photographique.
    3. Vérifiez que tous les niveaux d’urbanisation sont représentés et que le gradient d’urbanisation est suffisamment capté par le placement de caméras de faune et de sites de collecte des tiques dans chaque segment de transect (Figure 5).
      REMARQUE : Les étapes 5 et 6 impliquent un travail de terrain nécessaire, ce qui peut exposer les membres de l’équipe de terrain aux dangerset risques 86. La sécurité sur le terrain est essentielle à la réussite. Suivez les consignes de sécurité établies pour planifier un travail de terrain sûr etefficace 86.

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Figure 3. Exemple d’un segment de 5 km du transect TWUSS. La figure montre le transect TWUSS (ligne pointillée grise) avec quatre sites de caméras fauniques (cercles noirs) placés dans des espaces verts (contours noirs) et la zone d’échantillonnage à tick drag (cercles rouges) autour des caméras fauniques. La couche de base représente la couche de couverture arborée reclassée comme densément boisée (verte) ou légèrement (blanche) pour représenter la qualité locale de l’habitat. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.

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Figure 4. Exemple de configuration d’un site de collecte de tiques montrant une caméra faunique jumelée et des transects de traînée de tiques. Le point noir central représente la position de la caméra de la faune dans une partie densément boisée de l’espace vert ; La ligne rouge pointillée indique un rayon de 500 m autour de la caméra dans lequel les ralentissements sont effectués ; les lignes rouges continues de 100 m représentent chaque type de transect, indiquées « Forêt/bord de pelouse », « Intérieur » et « Sentier ». Les images satellites de Google Earth sont utilisées comme carte de base. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.

5. Déploiement de la caméra de la faune sauvage

  1. Effectuez les étapes préparatoires suivantes plusieurs semaines avant le déploiement d’une caméra faune :
    1. Faites l’inventaire du matériel et ayez suffisamment de caméras pour la faune, cartes mémoire, serrures et boîtes à serrure pour chaque déploiement.
    2. Préparez suffisamment de piles neuves pour que chaque caméra animalière soit complètement remplacée. La plupart des modèles de caméras animaliers nécessitent 6 à 8 piles AA.
    3. Pour chaque déploiement ultérieur de caméra faunique, vérifiez que toutes les données de la saison précédente ont été téléchargées depuis les cartes mémoire et sauvegardées.
    4. Créez une étiquette avec une brève description du projet et des coordonnées pertinentes (par exemple, une adresse e-mail permanente du projet). Imprimez l’étiquette et fixez-la solidement sur le dessus de chaque boîte verrouillée de caméra animalière à l’aide de ruban adhésif transparent (voir Fichier supplémentaire 1).
    5. Étiquetez chaque caméra animalière avec un numéro d’identification unique et étiquetez une carte SD avec le même ID, idéalement liée au nom du site.
    6. Fixez la date et l’heure pour chaque piège photo pour la faune.
    7. Ajustez les paramètres de la caméra animalière comme suit : multi-prise (3 photos), délai de l’appareil photo (30 s), durée de fonctionnement des unités (24 h), qualité d’image / taille de l’image (minimum 16 MP).
      REMARQUE : Voir la référence87 pour plus de détails sur les réglages recommandés pour les caméras animalières.
  2. Lors des visites sur le site, sélectionnez des arbres adaptés pour la mise en place de la caméra de la faune dans un rayon de 50 m du point généré aléatoirement pour cet espace.
    1. Placez la caméra de la faune à hauteur de genou (~50 cm) dans un endroit invisible depuis les sentiers et orientez-la à l’écart de la circulation humaine (par exemple, sentiers, allées) afin de minimiser la détection humaine. Ne placez pas les caméras orientées directement vers l’est ou l’ouest pour éviter l’éblouissement du soleil.
    2. Retirez les gros brins d’herbe, feuilles ou autres objets qui pourraient interférer avec les capteurs de la caméra (distance de détection de 80 pieds) par temps de vent. Cela réduit également les fausses déclencheurs de caméra.
    3. Vérifiez que la caméra de la faune est alignée parallèlement au sol.
  3. Déployer des caméras fauniques pendant une durée de ≥28 jours à chaque emplacement durant les mois de janvier, avril, juillet et octobre afin de capturer la variation saisonnière de l’utilisation et de l’occupation de l’habitat faunique58.

6. Collections de ticks via le tick drag

REMARQUE : Échantillonnez chaque site 2 à 3 fois entre fin mai et fin juillet afin d’obtenir des réplications autour de la période de recherche de nymphes de la tique à pattes noires dans le nord-est des États-Unis (ajustez la période selon d’autres régions et/ou espèces de tiques et les stades de vie d’intérêt), avec une distance totale de 800 m lors de chaque visite du site. Les 800 m complets n’ont pas besoin d’êtreconsécutifs de 25,59.

  1. Complétez les étapes suivantes au début de la saison de champ avant de commencer la collecte des tiques :
    1. Préparez tous les matériaux nécessaires pour le traînage des tiques.
      1. Tout en portant des gants de laboratoire jetables (c’est-à-dire en latex ou en nitrile), remplissez 2 à 3 fioles de 1,5 mL par transect prévu avec un volume minimum de 500 μL d’EtOH à 85 % ou de bouclier ARN/ADN.
        REMARQUE : Utilisez 85 % d’EtOH pour la conservation des tiques et des agents pathogènes bactériens, et utilisez un bouclier ARN/ADN si la conservation de l’ARN est d’intérêt (c’est-à-dire les virus transmis par les tiques)88. Assurez-vous d’un stockage adéquat de l’EtOH en respectant les consignes de sécurité des laboratoires institutionnels.
      2. Imprimez suffisamment de fiches techniques pour chaque transect prévu (voir Fichier supplémentaire 2).
      3. Placez tous les matériaux de collecte des tiques (pinces, marqueurs permanents, fioles préparées, ruban plastique transparent pour une collecte abondante de larves, ustensiles d’écriture pour prendre des notes) dans une banane pour les utiliser sur le terrain. Préparez un sac banane par collecteur de données de terrain.
    2. Estimez la longueur de pas de chaque collecteur de données de terrain en faisant parcourir trois fois par le collecteur un transect de 10 m et en calculant la longueur moyenne du pas.
    3. Prenez les précautions suivantes pour votre sécurité personnelle lors de la collecte des tiques :
      1. Préparez des vêtements à manches longues de couleur claire pour le terrain (c’est-à-dire des combinaisons blanches) afin d’améliorer la visibilité des tiques de détection sur le personnel.
      2. Au moins 24 heures avant la collecte des tiques de champ, traiter les vêtements et chaussures avec des produits insecticides contenant 0,5 % de perméthrine59 et laisser sécher à l’air. Suivez les consignes du fabricant pour la réapplication si nécessaire.
        REMARQUE : Évitez d’utiliser des insecticides sur la peau, car cela pourrait risquer un transfert d’insecticides vers le tissu anti-tiques et diminuer l’activité destiques 89.
      3. Avant d’arriver sur le site, rentrez un pantalon dans leschaussettes 59.
      4. Tout au long du protocole de collecte des tiques, vérifiez les vêtements et la peau pour détecter des tiques et retirez immédiatement toutes les tiques attachées à l’aide de la pince59.
  2. Suivez les étapes suivantes pour effectuer chaque tick drag :
    1. Prévoyez 30 min-1 h par transect de 100 m, bien que le temps exact requis dépendra de la densité de tiques89.
      REMARQUE : Évitez de prélever des tiques lorsque la végétation est humide, car cela humidifierait le tissu de traînée et gênerait l’attachement de latique 89.
    2. Notez ce qui suit sur la fiche technique : 1) l’heure de la journée, 2) les conditions météorologiques (température, vent et humidité relative) à l’aide d’un météoromètre, et 3) les coordonnées de latitude/longitude au début du transect à l’aide d’un téléphone ou d’un autre appareil GPS avec une précision minimale de 10 m.
    3. Étalez le tissu de frottement en velours côtelé blanc ou en flanelle de 1 m × 1 m sur le sol, en veillant à ce que le tissu soit complètement déplié et que la plus grande surface possible touche le sol forestier ou lapelouse 59.
    4. Marchez lentement 10 m en traînant le tissu derrière lui, puis arrêtez-vous et inspectez le tissu pour détecter des tiques. 89
    5. Examinez attentivement le tissu pour détecter des tiques. Placez le tissu sous une lumière adéquate, scannez systématiquement le tissu de gauche à droite et de haut en bas, et observez les mouvements.
      REMARQUE : Les traînées doivent être effectuées en transects de 100 m et les tissus de traînée doivent être vérifiés à intervalles de 10 m afin d’éviter que les tiques ne rampent ou ne tombent dutissu 59.
    6. Collectez toutes les tiques présentes avec des pinces et placez-les dans les fioles de conservation de 1,5 mL contenant 85 % d’EtOH ou de protection ARN/ADN. Utilisez un flacon différent pour chaque transect de 100 m, étiqueté avec un numéro de transect unique.
      1. Si des larves abondantes sont présentes sur le tissu, collectez-les à l’aide du ruban adhésif transparent89.
    7. Notez le nombre de tiques collectées tous les 10 m le long du transect de 100 m sur la fiche technique, en identifiant l’espèce et le stade de vie lorsque possible.
    8. Notez le type principal de végétation (par exemple, principalement la litière de feuilles, herbacées non entretenues ou herbes entretenues) par segment de 10 m (voir Fichier supplémentaire 2).
    9. À la fin de chaque transect de 100 m, vérifiez chaque côté du tissu pour détecter des tics et notez l’heure de fin ainsi que les coordonnées GPS avant de passer au transect suivant.

7. Identification des tiques

  1. Utilisez un microscope disséquant pour identifier l’espèce et le stade de vie de toutes les tiques collectées, en suivant les clés taxonomiques des tiques communes dans l’étude 90,91,92,93.
  2. Séparer les espèces et les stades de vie d’intérêt (par exemple, nymphes I. scapularis ) dans de nouveaux flacons remplis à 85 % d’EtOH ou d’ARN/ADN et marqués avec le numéro de transect associé.
  3. Créez un tableau Excel pour saisir les informations d’identification des tiques pour chaque fiole collectée et traitée.
    1. Liez le tableau d’identification des tiques à la fiche technique du champ par identifiant de transect.

8. Photomarquage et analyse par caméra de la faune

  1. Téléchargez des photos de chaque caméra faune et de chaque déploiement saisonnier dans une base de données locale ou en ligne pour le marquage photo (par exemple, Wildlife Insights ou Zooniverse). Utiliser une plateforme qui supprime automatiquement les images des personnes peut aider à éviter tout problème de confidentialité.
  2. Assurez-vous que les métadonnées des photos téléchargées incluent des informations sur le site et la période de collecte.
  3. Identifiez toutes les photos en identifiant les espèces animales à l’aide d’une base de données en ligne conçue pour la recherche sur le piégeage photographique de la faune (par exemple, Wildlife Insights) ou en utilisant tout autre logiciel conservant les métadonnées photo.

9. Entretien et résultats de rapport du transect

  1. Établir des objectifs de gestion à long terme des transects, des participants et un leadership.
  2. Créer et maintenir une base de données (comme un dossier de disque partagé) contenant des documents contenant des informations pertinentes sur le site, y compris les coordonnées de placement des caméras fauniques, les coordonnées de glissée à tick, les informations d’accès au site, les contacts des gestionnaires de terrains et les données traitées.
  3. Maintenez un tableau maître reliant les informations du site (c’est-à-dire les métriques d’urbanisation), le nombre de ticks par espèce par stade de vie collecté, ainsi qu’une liste des espèces uniques de faune enregistrées sur chaque site par saison et par année de projet.
    1. Créez des rapports de fin d’année adaptés à chaque gestionnaire de terrain et/ou participant local, incluant des résumés de caméras et de données sur les tiques pour maintenir l’engagement des participants dans le projet.

Résultats

La ligne de transect a été placée pour capter un gradient d’urbanisation s’étendant sur trois comtés, de New York à Long Island, NY (Figure 2).

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Figure 2. Cartes du transect sur le gradient d’urbanisation. (A) L’intensité de l’urbanisation représentée par le pourcentage de surface imperméable du NLCD. (B) Densité de logements basée sur les unités de blocs de recensement. (C) Pourcentage de couverture de la canopée arbétique dérivé des données NLCD. (D) Images satellites montrant le transect utilisé pour la collecte des tiques et le déploiement des caméras de la faune. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.

Tous les sites de collecte des caméras et tiques pour la faune du transect de NYC (n = 44 et n = 38, respectivement) ont été placés dans des parcs publics (n = 21, n = 23), des parcours de golf (n = 6, n = 0), des cimetières (n = 5, n = 3), des réserves naturelles (n = 9, n = 9) et des jardins publics (n = 3, n = 3) (Tableau 1).

Type d’espace vertNombre de sites de pièges photographiquesNombre de sites de collecte de tiques
Parc public2123
Réserve naturelle99
Jardin public33
Cimetière53
Parcours de golf60
Total des sites4438

Tableau 1 : Résumé du nombre de sites de collecte de caméras et de tiques pour la faune par type d’espace vert.

Le calcul du pourcentage de couverture de la canopée arbétique, du pourcentage de surface imperméable et de la densité des habitations dans un rayon de 2 km autour de chaque site de placement de caméras fauniques a montré que le placement de la caméra faunique dans chaque segment de transect capturait efficacement la moyenne et la dispersion (quatre sites) dans les métriques urbaines le long du gradient d’urbanisation de New York à Long Island, NY (Figure 5). Puisque deux sites densément boisés et deux sites légèrement boisés ont été sélectionnés dans chaque segment de transect, la variation du pourcentage de couverture de la canopée arborée dans un rayon de 100 m de chaque caméra faunique a montré que la qualité de l’habitat local autour de chaque caméra ne différait pas beaucoup (faibleR2) sur le gradient d’urbanisation (Figure 5D).

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Figure 5. Caractéristiques environnementales autour des caméras de la faune sur le transect. Quatre caméras de la faune sont placées dans chaque segment de transect de 5 km (1-10) d’ouest en est, et le pourcentage (A) de couverture superficielle imperméable, (B) de densité d’habitation et (C) de couverture de la canopée arborée sont affichés dans un rayon de 2 km autour de chaque piège photographique pour la faune. (D) La couverture de la canopée arborée dans un rayon de 100 m autour de la caméra de la faune représente la diversité de la qualité du microhabitat dans les espaces verts choisis. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.

Depuis le lancement du système TWUSS au printemps 2022 jusqu’à l’été 2023, la collecte de données sur le terrain a permis 4 928 jours de piégeage photographique animalier et de 3 421 tiques nymphales à pattes noires, 575 tiques nymphales à l’étoile solitaire et 329 tiques nymphales à longues cornes sur tous les sites (Tableau 2).

Espèces de tiques nymphalesNombre total collecté
Amblyomma americanum (étoile solitaire)575
Haemaphysalis longicornis (Corne longue)329
Ixodes scapularis (Pattes noires)3421
Toutes les tiques nymphales4325

Tableau 2 : Résumé des collections de tiques nymphales par espèce sur les 38 sites et deux années d’échantillonnage (2022-2023).

D’après les photos prises avec la photo de la faune, 34 espèces uniques ont été identifiées sur toutes les caméras (voir le Fichier Supplémentaire 3 pour la liste complète des espèces), dont 16 espèces de mammifères et 16 espèces d’oiseaux (Figure 6). Des caméras pour la faune ont été configurées pour cibler l’activité des méso-mammifères, et les sept espèces méso-mammifères suivantes ont été observées : coyote de l’Est (Canis latrans var.), renard roux (Vulpes vulpes), raton laveur (Procyon lotor), opossum de Virginie (Didelphis virginiana), mouffette rayée (Mephitis mephitis), cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) et marmotte (Marmota monax).

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Figure 6. Une collection d’images représentatives capturées à travers le transect, incluant des méso-mammifères, petits mammifères, oiseaux, animaux domestiques et humains. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.

Grâce à la mise en œuvre du protocole TWUSS, le premier intersecte jumelé de surveillance urbaine du risque de tiques et de la faune a été établi sur un gradient d’urbanisation. Une étude précédemment publiée issue de ce système de surveillance a relié les indicateurs d’urbanisation à travers le gradient, les données sur les hôtes clés de la tique (cerf de Virginie) provenant des caméras fauniques, et les données de collecte des tiques afin d’identifier les effets en cascade de l’urbanisation sur l’occupation des hôtes et l’intensité du risquede tiques 25. Cette étude a révélé qu’une connectivité accrue des espaces verts, une couverture accrue de la canopée arborée et une diminution hiérarchique de la surface imperméable augmentaient hiérarchiquement la probabilité d’occupation du cerf de Virginie, ce qui prédisait significativement l’abondance des tiques nymphales I. scapularis dans chaque espace vert (Figure 7, Tableau 3)25.

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Figure 7. Le graphique modèle représentatif résulte de la conception jumelée de caméra faunique et de transect de collecte de tiques. (A) La connectivité fonctionnelle comme le facteur le plus fort de la probabilité d’occupation du cerf de Virginie. (B) Le nombre de tiques nymphales à pattes noires comme fonction importante de l’occupation des cerfs de Virginie. Pour la parcelle A, le modèle d’occupation a été généré à partir de photos de cerfs de Virginie prises avec des caméras de faune prises entre 2022 et 2023. Pour le graphique B, les points indiquent le nombre de ticks collectés sur le terrain en 2022-2023 pour 1600m2 d’échantillonnage, et la ligne de régression ainsi que l’erreur standard représentent la prédiction négative du modèle binomial. L’axe des y est limité à <300 ticks pour la visualisation. Figure adaptée et reproduite avec la permission de Lilly et al. 202525 Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Type de modèleVariable de réponseComposante modèleEstimationSEzP( >|z|)
Modèle d’occupation en une saisonOccupation des cerfs(Interception)3.041.791.70.09
Connectivité fonctionnelle11.094.082.72< 0,01
Modèle d’occupation en une saisonOccupation des cerfs(Interception)−1,531.04−1,480.14
Pourcentage de couverture de la canopée arborée6.152.272.7< 0,01
Modèle d’occupation en une saisonOccupation des cerfs(Interception)−1,260.91−1,390.16
Surface imperméable en pourcentage−5,852.24−2,62< 0,01
Modèle linéaire à effets mixtes généralisés binomiaux négatifs. Le site et l’année ont été inclus comme effets aléatoires.Abondance de la tique nymphale à pattes noires(Interception)−9,040.81−11.17< 0,001
Occupation des cerfs4.430.577.79< 0,001
Dans l’espace vert, le pourcentage de couverture de la canopée arborée0.030.012.330.02

Tableau 3 : Résultats représentatifs du modèle issus de la conception jumelée de la caméra de la faune et du transect de collecte de tiques. Les résultats du modèle d’occupation montrant les principaux prédicteurs de l’occupation des cerfs ; Des résultats négatifs du modèle linéaire généralisé à effets mixtes binomiaux montrant l’abondance des tiques nymphales à pattes noires en fonction à la fois de l’occupation des cerfs et du pourcentage de couverture de la canopée arborée dans l’espace vert. Table adaptée et reproduite avec la permission de Lilly et al. 202525

Fichier supplémentaire 1. Exemple d’étiquette de boîte à verrouillage pour caméra de faune. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.

Dossier supplémentaire 2. Exemple de fiche technique de collecte de ticks. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.

Dossier supplémentaire 3. Liste des 34 espèces uniques capturées par les caméras de la faune du Transect de la faune de New York et identifiées visuellement par des chercheurs. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.

Discussion

Grâce à l’initiation de TWUSS, ce protocole démontre comment concevoir un transect de surveillance apparié des tiques et de la faune qui capture un gradient d’urbanisation. Les résultats représentatifs de ce système ont permis d’identifier les facteurs de risque de tiques à l’échelle du paysage et à l’habitat de la faune dans les zonesurbaines 25. Les données clés sur les hôtes tiques issues de la conception de la caméra faunique jumelée ont également été utilisées pour identifier des zones à New York qui pourraient être récemment à risqueélevé 25. Cela souligne l’importance de la surveillance continue des tiques et de la faune dans les villes à mesure que l’urbanisation augmente à l’échelle mondiale, soulignant la nécessité de conceptions et méthodologies de surveillancestandardisées 70. La reproduction du TWUSS dans les villes où des dangers transmis par les tiques émergent permettrait une comparaison à grande échelle des indicateurs du paysage urbain qui déterminent la répartition des tiques et des hôtesfauniques 25,70.

Le transect TWUSS couvre divers types d’espaces verts, pratiques de gestion et juridictions de gestion des terres, avec 20 groupes différents de gestion des terres nécessitant des autorisations de pose de caméras pour la faune et de collecte de tiques. Ainsi, le TWUSS repose sur la participation de collaborateurs divers, et les preuves suggèrent que l’engagement local des participants peut améliorer le succès à long terme des systèmes de surveillance des tiques94,95 ainsi que des efforts de conservation de la faune et de la biodiversité, y compris dans les contextesurbains 96,97,98,99 . La collaboration avec les parcs municipaux et les services de santé a contribué à augmenter la signalisation dans les espaces verts où les tiques à pattes noires ont été collectées, ainsi qu’à une surveillance vectorielle ciblée par le service municipal de santé, où des dangers transmis par les tiques ont été nouvellement identifiés.

Avec la quantité importante de données collectées s’accompagne de la grande tâche de traitement des données, d’identification des tiques et d’identification des espèces animales photographiées. Le maintien d’une base de données de projet partagée organisée (étape 9.2) contenant toutes les informations et données du projet a été essentiel au succès du TWUSS depuis que les responsabilités de gestion de projet ont changé de mains au fil de sa création. De plus, la classification des tiques et les données photographiques peuvent être un moyen efficace pour les jeunes chercheurs et bénévoles de s’engager dans le projet et d’accroître l’intérêt à la fois pour les espèces sauvages et les dangers liés aux tiques présents dans leurs espaces verts locaux. Grâce au TWUSS, des opportunités éducatives pour les élèves ont été intégrées au projet grâce à la participation au traitement des données par transect. Au cours des deux années suivant le lancement de TWUSS, plus de 30 jeunes chercheurs (étudiants de licence et de master) ont contribué à la classification des images et à l’identification des tiques, et pour beaucoup d’entre eux, il s’agissait de leur première expérience de recherche. En plus de créer des opportunités pour les étudiants universitaires, plusieurs initiatives d’engagement communautaire ont été menées avec l’Académie des sciences de New York et les Girl Scouts. Grâce à ces activités de sensibilisation, les chercheurs actifs impliqués dans le transect sont associés à des organisations communautaires pour faciliter l’apprentissage pratique et l’enthousiasme autour des tiques locales et de la faune urbaine. Grâce à ces projets, les jeunes bénévoles ont appris à placer des caméras pour la faune, à collecter des données et à résumer leurs observations.

À l’avenir, il existe un potentiel pour d’autres transects à New York. À mesure que le TWUSS continue de croître, le volume massif de données d’images collectées par chaque caméra animalière peut limiter les progrès de la recherche en raison du processus lent de classificationd’image à 100. Les avancées technologiques récentes, notamment l’intégration d’algorithmes d’apprentissage automatique pour traiter les données des caméras de la faune, peuvent aider à réduire cedécalage temporel fondamental. Le TWUSS utilise une plateforme en ligne (étape 8.1) qui emploie des modèles d’apprentissage automatique pour la classification initiale des images et a simplifié la gestion, l’analyse et le partage des données de pièges photographiques pour la faune provenant du TWUSS.

En plus de ces résultats positifs, le TWUSS a fait face aux défis du travail de terrain urbain, tels que le vandalisme ou le vol de caméras pour la faune. Au cours des deux premières années de collecte des données (avril 2022-janvier 2024), quatre caméras fauniques ont été volées et trois ont été endommagées (c’est-à-dire complètement ou partiellement détruites), ce qui a conduit à un taux de remplacement des caméras fauniques de 2 % par déploiement, ce qui est cohérent avec d’autres études sur la fauneurbaine 58. Adapter l’étiquette de la boîte à verrouillage des caméras pour animaux sauvages (étape 5.1.4) et veiller soigneusement à ce que les caméras pour animaux sauvages soient placées (étape 5.2.1) à l’écart de l’activité humaine intense et des sentiers ont été des étapes clés pour réduire le vol et le vandalisme. Un dépannage supplémentaire pourrait être nécessaire à l’avenir en déplaçant la caméra animalière vers un nouvel arbre de placement ou en retirant un site si le vol et le vandalisme deviennent ingérables.

Les caméras de la faune comme celles utilisées dans le TWUSS sont souvent optimisées pour capturer des mammifères moyens et grands55, laissant ainsi une lacune dans la surveillance de la communauté des petits mammifères et aviaires. Les petits mammifères sont les hôtes réservoirs dominants pour de nombreux agents pathogènes transmis par les tiques23 et par conséquent, l’ajout d’un piégeage ciblé à des vivants sur un sous-ensemble de sites sur le gradient d’urbanisation permettrait une surveillance plus complète de l’hôte des tiques et de la communauté pathogène. De même, bien que de nombreuses espèces d’oiseaux aient été détectées sur les images capturées, les caméras de faune ne peuvent pas surveiller avec précision la diversité des oiseaux, dont certaines sont des hôtes-réservoirs pour les tiques102. Il est donc également suggéré d’ajouter des décomptes de points aviaires, des filets de brume ou une surveillance audio passive.

En conclusion, l’expérience de conception et de mise en œuvre du TWUSS met en lumière certains défis, opportunités et bonnes pratiques pour développer un projet de recherche en écologie urbaine jumelée des tiques et de la faune avec un groupe diversifié de participants à l’échelle de la ville. Chaque caméra faunique placée et chaque tique collectée dans le transect TWUSS est le résultat d’une relation établie et maintenue entre les chercheurs et le personnel du service des parcs locaux, les responsables de cantons, les gestionnaires de terres de la réserve naturelle, les gardiens du terrain de golf, le personnel du cimetière et bien d’autres individus ayant des investissements et des intérêts variés pour les dangers transmis par les tiques et la faune urbaine. Construire des relations de recherche collaborative réussies et l’engagement des participants demande du temps et des efforts, qui doivent être intégrés dans la conception et la mise en œuvre des projets d’écologie urbaine au sein desvilles 96, 103, 104, 105. À mesure que les villes du monde entier s’étendent, des projets collaboratifs comme le TWUSS peuvent aider les gens à répondre aux dangers zoonotiques émergents tout en coexistant avec la faune en milieu urbain.

Déclarations de divulgation

Les auteurs n’ont aucun conflit d’intérêts à déclarer.

Remerciements

Ce travail a été soutenu par la bourse de recherche supérieure de la National Science Foundation (bourse #10328000) et par le programme Coupled Natural Human Systems 2/Dynamics of Integrated Socio-Environmental Systems (CNH2/DISES) de la National Science Foundation (Prix #1924061). Le financement a également été assuré par les Centers for Disease Control and Prevention en soutien au Centre régional d’excellence en maladies transmises par les vecteurs : Centre d’enseignement et d’évaluation (NEVBD-TEC) (Prix #NU50CK000633). Son contenu relève uniquement de la responsabilité des auteurs et ne reflète pas nécessairement les opinions officielles des Centers for Disease Control and Prevention, du Department of Health and Human Services ou de la National Science Foundation.

Nous tenons également à remercier le soutien apporté par l’Urban Wildlife Information Network, avec un remerciement particulier au Dr Seth Magle, au Dr Mason Fidino et à Kimberly Rivera pour la mise en place de notre transect de piège photographique pour la faune. Nous remercions les membres du laboratoire d’éco-épidémiologie ainsi que les étudiants de Columbia et Barnard College qui ont aidé à conseiller, mettre en place, travailler sur le terrain, identifier les tiques et/ou faire des photos, notamment le Dr Meredith VanAcker, le Dr Nichar Gregory, Sung-Joo Lee, Alexis Angulo, Hanna Chen, Molly Durawa, Rebecca Garcia, Aidyn Levin, Jake Miller, Safa Muhammad, Devorah Gordin et Adara Anisman. Nous remercions également la ville de New York Parks & Recreation, le comté de Nassau, la ville de North Hempstead, North Shore Land Alliance, le New York State DEC, les parcs d’État de New York, le cimetière Green-Wood, le cimetière Evergreens, le cimetière Maple Grove, Old Westbury Gardens, SUNY Old Westbury, ainsi que les gestionnaires de parcours de golf engagés en écologie pour leur accès à la recherche dans leurs espaces verts. Cette recherche a été menée sur les terres autochtones des Lenape, Matinecock, Merrick, Nissaquogue et Massapequas.

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article
NomEntrepriseNuméro de catalogueCommentaires
1x1 m white corduroy or flannel drag clothEcoloogy Supplies0015TPossibilité d'acheter des produits préfabriqués ou de construire suivant les directives définies par le CDC 2020 ou Salomon et al. 2020.
32+ GB SD memory cardSanDiskSDSDXXO-032G-GN4INPour le stockage des photos
Batteries (most cameras require AA)DuracellMN1500B20 Pour alimenter les caméras
Camera adjustable locking cableMoultrie (Python brand)MCA-21667Pour sécuriser les caméras
Camera security boxBrowningBTC-SB-SMPour sécuriser les caméras
Camera trap mounting strapMoultrieMCA-12667Pour placer les caméras
Clear plastic packing tapeNANAPour étiqueter les boîtes de verrouillage des caméras de la faune et pour la collecte d'une grande quantité de larve. Toute marque fonctionne.
Dissecting microscopeAmScopeSM-1BSX-64SPour identifier les tiques
DNA/RNA SheildZymo researchR1100-250Pour le stockage des tiques
Eppendorf Safe-Lock Tubes 1.5 mL - MicrotubeFisher scientific05-402-94Vials de 1,5 ml pour le stockage des tiques
Ethanol 200 proofThermo scientificT038181000Pour le stockage des tiques
Fanny packNANAPour contenir/organiser le matériel de collecte de tiques sur le terrain. Toute marque fonctionne.
Fine tipped permanent markersStaedtler55580-PK10Pour étiqueter les tubes à tiques
ForcepsFisher scientific12-000-121Pour collecter les tiques sur le tissu et les identifier sous un microscope 
GIS SoftwareNANAArcGIS, QGIS ou R peuvent être utilisés selon les préférences de l'utilisateur
Kestrel 3000 Weather MeterKestrel Meters830Pour mesurer les conditions climatiques / météorologiques
Motion-triggered camera trap (Browning strike force pro recommended)BrowningBTC-5PX-1080Pour photographier la faune 
Writing utensil (pen or pencil)NANAPour remplir les fiches de données. Toute marque fonctionne.

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