Profilage d’accessibilité par chromatine chez les larves L4 de Caenorhabditis elegans

Jaqueline Hersch-González; Nallely Cano Domínguez; Victor Julian Valdes

doi:10.3791/69791

Article de méthode

Profilage d’accessibilité par chromatine chez les larves L4 de Caenorhabditis elegans

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DOI :

10.3791/69791

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17 avril 2026

Jaqueline Hersch-González¹ , Nallely Cano Domínguez¹ , Victor Julian Valdes¹

¹Departamento de Biología Celular y Desarrollo, Instituto de Fisiología Celular (IFC), Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM)

Dans cet article

Résumé

Ici, nous présentons un protocole ATAC-seq rapide et simple à implémenter dans un ver entier de Caenorhabditis elegans à étage L4 utilisant seulement 30 μL de pastille de ver.

Résumé

L’accessibilité à la chromatine joue un rôle essentiel dans la transcription, la réparation de l’ADN et la ségrégation des chromosomes. Les régions hyper-accessibles sont généralement corrélées à des promoteurs et des amplificateurs actifs, facilitant la liaison des facteurs de transcription et l’activité régulatrice. Le test pour la chromatine accessible à la transposase via séquençage (ATAC-seq) permet un profilage génomique de l’accessibilité à la chromatine avec très peu de cellules. Cependant, son application chez Caenorhabditis elegans est limitée par la riche cuticule collagène du nématode, qui complique la dissociation cellulaire. Ici, nous présentons un protocole optimisé pour effectuer ATAC-seq sur des vers entiers à l’étape L4. La procédure commence par des cultures synchronisées et implique la perturbation des cuticules, la dissociation enzymatique et la préparation à la suspension cellulaire. Les noyaux perméabilisés sont ensuite soumis à la transposition de Tn5, puis à une amplification par réaction en chaîne par polymérase (PCR) et à la purification des bibliothèques prêtes pour le séquençage de nouvelle génération (NGS). Ce protocole nécessite 30 μL de granule de vers, peut être réalisé en une seule journée, et génère entre 5 000 et 9 000 pics d’accessibilité dans la souche de référence Bristol N2. Ce flux de travail rationalisé peut être adapté à d’autres étapes du développement ou à des populations cellulaires purifiées par FACS. En réduisant les barrières techniques à l’ATAC-seq chez C. elegans, cette méthode élargit les possibilités d’étude de l’accessibilité de la chromatine à l’échelle du génome en réponse à des perturbations génétiques et environnementales dans un contexte d’organisme entier.

Introduction

Les génomes eucaryotes sont densément regroupés à l’intérieur du noyau cellulaire. Pour faire face aux contraintes spatiales, l’ADN est étroitement enveloppé autour des nucléosomes, des complexes multiprotéiques composés de huit histones très conservés dans différents^{phylums 1}. Les schémas d’accessibilité à la chromatine varient selon l’état cellulaire dans un tissu, et les schémas spécifiques aux^gènes ^2,3,4. L’accessibilité des nucléosomes est fortement corrélée à la transcription active, en particulier aux promoteurs....