Article de méthode

Séquençage de l’ARN unicellulaire pour le profilage des segments côliques ganglionnaires et aganglionars chez des patients atteints de la maladie de Hirschsprung

DOI :

10.3791/69825

⸱

22 mai 2026

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Gastrointestinal Surgery, The Second Affiliated Hospital of Zunyi Medical University

Dans cet article

Résumé

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Ce protocole décrit un flux de séquençage d’ARN unicellulaire pour analyser l’infiltration des cellules immunitaires et les différences transcriptionnelles spécifiques au type cellulaire entre les segments du côlon ganglionnaire et aganglionien dans la maladie de Hirschsprung.

Résumé

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

La maladie de Hirschsprung (HSCR) est un trouble congénital de la motilité intestinale caractérisé par l’absence de neurones entériques dans l’intestin distal. Comparé au séquençage à ARN en masse, le séquençage à ARN unicellulaire (scRNA-seq) permet un profilage de l’expression génique au niveau unicellulaire, résolvant l’hétérogénéité cellulaire masquée dans les analyses moyennes de population. Un flux de travail standardisé scRNA-seq a été mis en place pour caractériser le paysage transcriptionnel des segments ganglionnaires et aganglionars chez les patients atteints de HSCR. Des tissus du côlon ont été prélevés, et des colorations à l’hématoxyline et à l’éosine ont été réalisées pour identifier les régions ganglionnaires et aganglionares. Les tissus ont été dissociés enzymatiquement et mécaniquement en suspensions unicellulaires, suivies de filtration, d’évaluation de viabilité et de construction de bibliothèques transcriptologiques unicellulaires. Les bibliothèques qui passaient le contrôle qualité étaient séquencées, et les données brutes traitées pour la quantification des cellules et le filtrage de la qualité afin d’éliminer les cellules de faible qualité et les artefacts techniques. Après normalisation et réduction de dimensionnalité, les cellules ont été regroupées et annotées en fonction des gènes marqueurs établis. Des analyses en aval ont comparé la composition des types cellulaires entre les tissus ganglionnaires et aganglionars et identifié des gènes exprimés différemment au sein de sous-ensembles clés des cellules immunitaires. Les résultats révèlent des différences substantielles dans le microenvironnement immunitaire entre les segments ganglionnaires et aganglionars dans le HSCR.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

La maladie de Hirschsprung (HSCR) est l’un des troubles congénitaux de la motilité intestinale les plus courants, avec une incidence d’environ 1 naissance sur 5 000 dans le monde1. La maladie provient de l’incapacité des cellules de la crête neurale entérique (ENCC) à migrer dans l’intestin distal entre les semaines embryonnaires 5 à 12, ce qui entraîne l’absence de ganglions entériques dans les segmentsaffectés 2. Le segment aganglionien présente donc une contraction spastique persistante et un péristaltisme altéré, entraînant une dilatation intestinale proximale. Cliniquement, cela se manifeste par une obstruction fonctionnelle, provoquant constipation, distension abdominale et vomissements, et peut être mortel dans les cas graves. La résection chirurgicale du segment aganglionien reste le traitement principal du HSCR ; Cependant, une proportion importante des patients présente des complications postopératoires, notamment de la constipation, de l’entérocolite et de la saleté fécale, qui compromettent considérablement la qualitéde vie 3. De plus, le syndrome de l’intestin court (SBS) peut survenir après une résection intestinale prolongée, entraînant une absorption des nutriments altérée et des difficultés de gestion clinique accrues. Par conséquent, l’élucidation des mécanismes sous-jacents de la HSCR et l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques restent des besoins cliniques essentiels.

Ces dernières années, le séquençage à ARN unicellulaire (scRNA-seq) a été largement appliqué pour étudier les mécanismes moléculaires associés à la maladie. Contrairement au séquençage conventionnel à ARN en vrac, scRNA-seq permet l’analyse de l’expression génique à une seule résolution cellulaire, permettant d’identifier l’hétérogénéité cellulaire et les sous-populations rares masquées lors des analysesen masse 4. Par conséquent, scRNA-seq s’est imposé comme un outil puissant pour disséquer l’hétérogénéité cellulaire et la communication intercellulaire, faisant progresser la recherche en biologie et enmédecine 5. Cette approche a révélé de nouveaux mécanismes pathogènes et cibles thérapeutiques dans des maladies complexes, notamment la maladie d’Alzheimer6, la polyarthriterhumatoïde 7, le cancer dupoumon 8 et le diabètede type 2 9.

Dans cette étude, scRNA-seq a été appliqué pour caractériser le paysage transcriptionnel des cellules immunitaires et les schémas d’infiltration dans les tissus du colon ganglionnaire et aganglionien chez des patients atteints de HSCR. Le flux de travail comprenait trois étapes majeures : préparation et évaluation de la qualité des suspensions unicellulaires, construction de bibliothèques d’ARN à cellule unique 3′, et analyse bioinformatique en aval. Les échantillons de tissu ont été conservés dans une solution dédiée à une seule cellule immédiatement après la résection et ont été dissociés enzymatiquement en suspensions unicellulaires dans les 48 heures. La viabilité cellulaire dépassait 80 %, et la concentration finale de la cellule était ajustée à 700–1 500 cellules/μL avant la préparation de la bibliothèque. L’infiltration des cellules immunitaires entre les segments ganglionnaires et aganglionards a été comparée, et des sous-populations de cellules immunitaires présentant des différences transcriptionnelles marquées ont été identifiées. Ces analyses délimitent les altérations des cellules immunitaires associées à la pathologie du colon dans le HSCR.

Accès restreint. Veuillez vous connecter ou commencer un essai pour afficher ce contenu.

Protocole

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Cette étude a été approuvée par le Comité d’éthique institutionnelle de l’hôpital affilié de l’Université Médicale de Zunyi (Approbation n° : KYLL-2024-030). L’étude est conforme à la Déclaration d’Helsinki. Le consentement éclairé (oral et écrit) a été obtenu de tous les participants et de leurs tuteurs. Le tableau 1 présente les informations sur les patients atteints de HSCR.

Collectez les tissus du côlon, y compris les segments ganglionnaires et aganglionars, auprès de patients diagnostiqués et subissant une chirurgie au Département de chirurgie pédiatrique de l’Hôpital affilié de l’Université Médicale de Zunyi. Inclure les segments ganglionnaires et aganglionars de deux patients masculins atteints de HSCR. Des informations cliniques détaillées sont fournies dans le Tableau 1. Tous les réactifs, produits chimiques, équipements et logiciels sont listés dans le tableau des matériaux.

1. Coloration à l’hématoxyline et à l’éosine

  1. Collecte et fixation des tissus
    1. Fixez les échantillons de tissu intestinal dans une solution de fixation au paraformdéhyde à 4 % pendant au moins 24 heures.
      ATTENTION : Le paraformoldéhyde est toxique et libère des vapeurs de formaldéhyde. Effectuez toutes les procédures dans une hotte chimique et utilisez un équipement de protection individuelle approprié.
    2. Réduisez les mouchoirs à environ 5 × 5 × 2mm 3 à l’aide d’un scalpel. Placez les mouchoirs dans des cassettes d’insertion et rincez sous l’eau du robinet courante pendant 24 heures.
      REMARQUE : Retirez les bords de tissu et préparez des blocs avec au moins une surface plane. Si c’est irrégulier, placez un mouchoir entre les papiers filtrants après le rinçage.
  2. Déshydratation à l’éthanol graduée
    1. Immergez les tissus séquentiellement dans des solutions d’éthanol : 70 % d’éthanol pendant la nuit, 80 % d’éthanol pendant 3 heures, 90 % d’éthanol pendant 2 heures, 95 % d’éthanol I pendant 2 heures, 95 % d’éthanol II pendant 1 heure, 100 % d’éthanol I pendant 1 heure, et 100 % d’éthanol II pendant 30 minutes.
      REMARQUE : Diluez de l’éthanol (≥99,7 %) avec de l’eau ultrapure aux concentrations indiquées.
      ATTENTION : Effectuer la manipulation de l’éthanol dans une hotte chimique.
    2. Retirez le panier de déshydratation et évacuez soigneusement entre les étapes.
  3. Dégagement
    1. Transférez les tissus dans le xylène pendant 30 secondes pour obtenir de la transparence.
  4. Infiltration et plongement par paraffine
    1. Faites fondre la cire de paraffine à 60 °C un jour à l’avance. Soumettez la cire fraîche à trois cycles de congélation-dégel pour éliminer les bulles. Filtrez la paraffine fondue à travers du papier filtre après le troisième cycle.
    2. Infiltrez les tissus dans la cire de paraffine pure (cire de paraffine I) pendant 1 heure.
    3. Infiltrez les tissus dans un mélange de paraffine (cire de paraffine II ; cire pure de paraffine : cire d’abeille = 8:1) pendant 2 heures.
      REMARQUE : Faites fondre complètement la cire d’abeille et filtrez-la avant utilisation.
    4. Verser de la cire de paraffine II dans des moules d’enrobage. Placez les blocs de tissu à la verticale et à plat, insérez des étiquettes, puis laissez solidifier.
  5. Coupe sectionnée
    1. Coupez les blocs de paraffine pour obtenir des surfaces lisses sans couper dans le tissu.
    2. Montez des blocs sur un microtome. Ajustez l’orientation et enlevez l’excès de paraffine. Découpez les sections en série à 4 μm d’épaisseur. Faites flotter les sections sur un bain-marie à 50 °C et transférez-les sur des lames en verre.
    3. Des lames sèches dans un four à 60 °C pour éliminer l’humidité résiduelle.
      REMARQUE : Sections sèches de 12 à 48 heures.
  6. Déparaffinisation
    1. Effectuer l’incubation séquentielle : xylène I (15 min), xylène II (15 min), 100 % éthanol I (5 min), 100 % éthanol II (5 min), 90 % éthanol (5 min), 80 % éthanol (5 min), 70 % éthanol (5 min) et eau distillée (5 min).
  7. Coloration à l’hématoxyline
    1. Colorez les sections à l’hématoxyline pendant 50 s.
    2. Rincez sous l’eau du robinet courante pendant 10 minutes.
  8. Coloration par éosine
    1. Colorez les sections avec de l’éosine pendant 40 secondes.
  9. Déshydratation
    1. Immergez les sections séquentiellement dans 95 % d’éthanol I (30 s), 95 % d’éthanol II (30 s), 100 % d’éthanol I (30 s) et 100 % d’éthanol II (30 s).
  10. Dégagement
    1. Transférez les sections dans le xylène I pendant 10 minutes et le xylène II pendant 10 minutes.
  11. Montage et observation
    1. Ajoutez un support de montage. Couvrez-le d’une gaine en verre et enlevez les bulles d’air.
    2. Laissez le support de montage se solidifier. Examinez les sections au microscope optique.

2. Séquençage de l’ARN unicellulaire

  1. Préparation de la suspension à cellule unique
    1. Réduisez les tissus intestinaux en ~1mm 3 fragments à l’aide de ciseaux.
    2. Incubez des fragments de tissu dans le Médium Eagle modifié (DMEM) de Dulbecco contenant 1 mg/mL de collagénase II et 0,1 mg/mL de DNase I à 37 °C pendant 30 minutes avec une légère agitation sur une plateforme basculante (60 tr/min).
    3. Interrompez la digestion en ajoutant un volume égal de DMEM froid contenant 10 % de sérum bovin fœtal (FBS).
    4. Filtrez la suspension à travers un filtre à cellules de 70 μm. Centrifugez à 300 × g pendant 5 minutes à 4 °C.
    5. Écartez le surnageant et conservez la pastille cellulaire. Lavez une fois avec du sérum tamponné phosphate (PBS) contenant 0,04 % d’albumine sérique bovine (BSA).
    6. Dissociez les agas cellulaires par pipetage doux pour obtenir une suspension unicellulaire.
    7. Filtrez la suspension à travers un filtre à cellules de 40 μm.
    8. Centrifugez à 300 × g pendant 5 minutes à 4 °C. Jetez le surnageant et récupérez la boule.
    9. Resuspendre les cellules dans le DMEM contenant 10 % de FBS et 1 % de pénicilline–streptomycine (P/S).
    10. Déterminez la viabilité et la densité cellulaires en utilisant l’exclusion du bleu de trypan. Utilisez des échantillons avec une viabilité >80 % et ajustez la concentration à 700–1 500 cellules/μL.
      REMARQUE : Mélangez la suspension cellulaire avec le bleu de trypan (1:1) et comptez les cellules viables à l’aide d’un hémocytomètre.
  2. Préparation de la bibliothèque
    1. Chargez environ 15 000 cellules par course pour la préparation de la bibliothèque.
      REMARQUE : Dans les microgouttelettes de billes en émulsion en gel (GEM), l’ARNm s’hybride en oligonucléotides poly(dT) sur des billes de gel.
    2. Effectuer la transcription inverse et amplifier l’ADNc par PCR (95 °C pendant 10 minutes ; 40 cycles de 95 °C pendant 15 s, 60 °C pendant 35 s, 72 °C pendant 25 s ; extension finale à 72 °C pendant 25 s). Utilisez de l’ADNc amplifié pour la construction de bibliothèques scRNA-seq 3′.
      REMARQUE : Un surplomb CCC est ajouté lors de la synthèse de l’ADNc et s’associe à la séquence oligonucléotide à commutation de gabarit (TSO).
    3. Briser les émulsions et récupérer de l’ADN intégré à partir des GEMs.
  3. Contrôle qualité des bibliothèques et séquençage
    1. Quantifier l’expression génique et évaluer la répartition de la taille des fragments.
    2. Effectuer une quantification précise à l’aide d’un instrument qPCR fluorescent.
      REMARQUE : Assurez-vous de concentrer la bibliothèque ≥10 nM.
    3. Bibliothèques de séquences utilisant un instrument de séquençage.
      REMARQUE : Structure de lecture : Lecture 1 (26 pb), Lecture 2 (91 pb), indice i7 (8 pb) ; Profondeur de cible ~50 000 lectures par cellule.
  4. Contrôle qualité des données
    1. Alignez les lectures brutes à la base de données de référence. Effectuez le comptage UMI et générez une matrice cellule par gène.
    2. Importez les résultats au format AnnData (Données annotées) pour l’analyse en aval.
    3. Effectuez un filtrage QC basé sur les UMI, le nombre de gènes et les lectures mitochondriales.
      REMARQUE : Retirer les doublets (Scrublet) ; Excluez les cellules avec <200 ou >5 000 gènes, total_counts >40 000 ou mt_ratio >20 %.
  5. Réduction de dimensionnalité et annotation
    1. Normaliser le nombre d’identifiants moléculaires uniques (UMI) à 10 000 par cellule.
    2. Identifier les gènes très variables.
    3. Effectuer l’analyse des composantes principales (ACP).
    4. Construisons un graphe k plus proche voisin.
    5. Effectuez l’intégration UMAP.
    6. Cluster de cellules utilisant l’algorithme de Leiden dans Scanpy (v1.9.3).
      REMARQUE : Utilisez sc.pp.neighbors et sc.tl.leiden (résolution = 0,5).
    7. Annoter les types cellulaires à l’aide d’un outil conçu pour l’annotation automatisée et à haute précision des types cellulaires dans les données de séquençage d’ARN à cellule unique (scRNA-seq).
  6. Analyse différentielle
    1. Effectuer une analyse différentielle de l’expression génique dans R (v4.2.2) à l’aide de Seurat (v4.3.0).
      REMARQUE : Utilisez la fonction FindMarkers avec le test de somme des rangs de Wilcoxon.
    2. Effectuez une analyse d’enrichissement GO à l’aide de clusterProfiler (v4.8.1) avec enrichGO.
      REMARQUE : Inclut les catégories CC, MF et BP.
    3. Effectuer une analyse d’enrichissement des voies KEGG à l’aide de clusterProfiler (v4.8.1) avec enrichKEGG10.

3. Élimination des déchets

  1. Collectez séparément les déchets contenant du paraformoldéhyde et du xylène.
  2. Neutralisez les solutions acides lorsque cela est approprié ou jetez-les comme déchets dangereux.
  3. Respectez les réglementations institutionnelles sur la santé et la sécurité environnementales (EHS).

Accès restreint. Veuillez vous connecter ou commencer un essai pour afficher ce contenu.

Résultats

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

La coloration de l’hématoxyline et de l’éosine (HE) (Figure 1) a révélé des différences histologiques distinctes entre les segments ganglionnaires et aganglionars. Comparés aux segments ganglionnaires, les segments aganglionards présentaient une exfoliation muqueuse accrue, une réduction marquée des cellules gobelets et des neurones sous-muqueuss, ainsi que des frontières floues entre les couches muqueuse et musculaire. Dans un sous-ensemble de sections, la ...

Accès restreint. Veuillez vous connecter ou commencer un essai pour afficher ce contenu.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Le séquençage à ARN unicellulaire a été appliqué pour profiler les caractéristiques transcriptionnelles des tissus du côlon réséqués chirurgicalement (segments ganglionnaires et aganglionars) chez des patients atteints de maladies de Hirschsprung 4,5. Une attention particulière a été portée à la stratégie de dissociation tissulaire, car les paramètres de dissociation influencent la récupération cellulaire, la représentation des t...

Accès restreint. Veuillez vous connecter ou commencer un essai pour afficher ce contenu.

Déclarations de divulgation

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Les auteurs n’ont rien à divulguer.

Remerciements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Ce travail a été soutenu par le projet Guizhou Science and Technology (Guizhou Science and Technology Cooperation - Fondation - ZK - [2024] General 344) (à X.F. Yang) et le contrat du projet Science et Technologie Zunyi (Coopération Science et Technologie) (Zunyi Science and Technology Cooperation HZ (2023) n° ). (à Y. Qu).

Accès restreint. Veuillez vous connecter ou commencer un essai pour afficher ce contenu.

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article
NomEntrepriseNuméro de catalogueCommentaires
Cire d’abeilleSinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.8012-89-3  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/8012-89-3
Cire d’abeilleSinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.8012-89-3  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/8012-89-3
Albumine sérique bovineThermofisher30066575  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/30066575 ? SID=srch-SRP-30066575
Albumine sérique bovineThermofisher30066575  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/30066575 ? SID=srch-SRP-30066575
CellTypistN/ANAhttp://celltypist.org/tutorials/onlineguide
CellTypistN/ANAhttp://celltypist.org/tutorials/onlineguide
Package de profileur de clusterBioconducteurv4.8.1https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html
Package de profileur de clusterBioconducteurv4.8.1https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html
Colaganase IIThermofisher17101015  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/17101015 ? SID=srch-srp-17101015
Colaganase IIThermofisher17101015  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/17101015 ? SID=srch-srp-17101015
Verre de couvertureCITOTEST80340-0130  ; https://cn.citotest.com/pd40971476.html
Verre de couvertureCITOTEST80340-0130  ; https://cn.citotest.com/pd40971476.html
Lame de microtome jetableFeatherS-35  ; https://www.feather.co.jp/en/m_Products/pathology01.html
Lame de microtome jetableFeatherS-35  ; https://www.feather.co.jp/en/m_Products/pathology01.html
DNase IThermofisher18047019  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/18047019 ? SID=srch-srp-18047019
DNase IThermofisher18047019  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/18047019 ? SID=srch-srp-18047019
Four de séchageBORUKDHG-9140A  ; http://www.shboruike.com/sys-pd/84.html
Four de séchageBORUKDHG-9140A  ; http://www.shboruike.com/sys-pd/84.html
Dulbecco » s Eagle Medium modifiéThermofisher12491015  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/12491015
Dulbecco » s Eagle Medium modifiéThermofisher12491015  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/12491015
Alcool éthyliqueSinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.10009218  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/10009218
Alcool éthyliqueSinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.10009218  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/10009218
Sérum bovin fœtalThermofisherA5669801https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/A5669801
Sérum bovin fœtalThermofisherA5669801https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/A5669801
Kit de coloration à l’hématoxyline et à l’éosineBeyotimeC0105S  ; https://m.beyotime.com/mobilegoods.do?method=code& ; code=C0105S
Kit de coloration à l’hématoxyline et à l’éosineBeyotimeC0105S  ; https://m.beyotime.com/mobilegoods.do?method=code& ; code=C0105S
Acide chlorhydriqueSinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.10011028  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/10011028
Acide chlorhydriqueSinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.10011028  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/10011028
Lame de microscopeCITOTEST80302-3111  ; https://cn.citotest.com/pd530614548.html
Lame de microscopeCITOTEST80302-3111  ; https://cn.citotest.com/pd530614548.html
Milieu de montageBeyotimeC0173-100ml  ; https://m.beyotime.com/mobilegoods.do?method=code& ; code=C0173-100ml
Milieu de montageBeyotimeC0173-100ml  ; https://m.beyotime.com/mobilegoods.do?method=code& ; code=C0173-100ml
Microscope optiqueNikonECLIPSE SI  ; https://www.microscope.healthcare.nikon.com/ja_JP/products/upright-microscopes/eclipse-si
Microscope optiqueNikonECLIPSE SI  ; https://www.microscope.healthcare.nikon.com/ja_JP/products/upright-microscopes/eclipse-si
Cire de paraffine & nbsp ;Sinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.8002-74-2  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/8002-74-2
Cire de paraffine & nbsp ;Sinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.8002-74-2  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/8002-74-2
Solution de fixation au paraformoldéhydeBeyotimeP0099-3L  ; https://m.beyotime.com/mobilegoods.do?method=code& ; code=P0099-3L
Solution de fixation au paraformoldéhydeBeyotimeP0099-3L  ; https://m.beyotime.com/mobilegoods.do?method=code& ; code=P0099-3L
Pénicilline & ndash ; StreptycineThermofisher15140122  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/15140122 ? SID=srch-srp-15140122
Pénicilline & ndash ; StreptycineThermofisher15140122  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/15140122 ? SID=srch-srp-15140122
Solution saline tamponnée phosphateThermofisher10010023  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/10010023
Solution saline tamponnée phosphateThermofisher10010023  ; https://www.thermofisher.cn/order/catalog/product/10010023
Papier filtre qualitatifSolarbioYA0166https://www.solarbio.com
Papier filtre qualitatifSolarbioYA0166https://www.solarbio.com
Logiciel RFondation R pour l’informatique statistiquev4.2.2https://www.r-project.org/
Logiciel RFondation R pour l’informatique statistiquev4.2.2https://www.r-project.org/
Microtome rotatifLeicaLeica RM2125 RTShttps://www.leicabiosystems.com/en-jp/histology-equipment/microtomes/histocore-biocut/
Microtome rotatifLeicaLeica RM2125 RTShttps://www.leicabiosystems.com/en-jp/histology-equipment/microtomes/histocore-biocut/
ScanpyDéveloppement communautairev1.9.3https://scanpy.readthedocs.io/en/latest/?utm_source=chatgpt.com
ScanpyDéveloppement communautairev1.9.3https://scanpy.readthedocs.io/en/latest/?utm_source=chatgpt.com
SeuratCRANv4.3.0https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html
SeuratCRANv4.3.0https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html
Déshydrateur tissulaireWuhan Junjie Electronics Co., LTDJT-12H  ; http://www.whjjbl.com/front/page/126495/product_id/46166.html
Déshydrateur tissulaireWuhan Junjie Electronics Co., LTDJT-12H  ; http://www.whjjbl.com/front/page/126495/product_id/46166.html
Machine d’incorporation de tissusWuhan Junjie Electronics Co., LTDJB-L8  ; http://www.whjjbl.com/front/page/126495/product_id/46064.html
Machine d’incorporation de tissusWuhan Junjie Electronics Co., LTDJB-L8  ; http://www.whjjbl.com/front/page/126495/product_id/46064.html
Bleu de Trypan  ;SolarbioC0040https://www.solarbio.com/haveRegion?id=48&all=0&key=%20Trypan%20Blue
Bleu de Trypan  ;SolarbioC0040https://www.solarbio.com/haveRegion?id=48&all=0&key=%20Trypan%20Blue
XylèneSinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.10023418  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/10023418
XylèneSinopharm Chemical Reagent CO., Ltd.10023418  ; https://www.reagent.com.cn/ProductSearch/10023418

Réimpressions et autorisations

Demander l’autorisation de réutiliser le texte ou les figures de cet article JoVE

Demander une autorisation

Mots-clés

Single Cell RNA SequencingHirschsprung DiseaseGanglionic ColonAganglionic ColonGene Expression ProfilingEnteric NeuronsCell Type CompositionImmune MicroenvironmentTissue DissociationDifferential Gene Expression

Articles connexes