Toutes les procédures décrites ont été réalisées conformément aux directives éthiques des réglementations nationales suisses pour la recherche animale. Avant de commencer l’expérience, Hydra doit être nourrie normalement, 3 fois par semaine, pendant au moins 2 semaines. L’Hydre utilisée pour les expériences devrait être saine12, sans organes sexuels et sans bourgeonnement. L’hydre récemment bourgeonnée, qui peut être reconnue en raison de sa longueur plus courte comparée aux autres hydres de la colonie, doit également être évitée.
1. Préparation des sphéroïdes d’Hydre (Figure 1)
- Commencez par préparer une assiette avec un médium de dissociation (DM ; pour la recette, voir Tableau 1). Le MJ doit être à température ambiante pour l’expérience.
- Préparez le reste de l’espace de travail : placez le couvercle d’un bol de culture cellulaire de 10 cm sous le stéréoscope et remplissez-le d’une couche de milieu Hydra (HM ; pour la recette, voir Tableau 1). La plaque de culture cellulaire elle-même peut être utilisée pour collecter le tissu d’Hydra restant. Enfin, ramassez Hydra et placez-les dans un plat près du stéréoscope.
- Utilisez une pipette en verre Pasteur pour déplacer une Hydre vers le couvercle sous le stéréoscope. Il est recommandé d’émousser les pipettes Pasteur. Pour y parvenir, tenez rapidement leur pointe en feu.
- Souvent, Hydra flotte à la surface du milieu ; repipette l’Hydre jusqu’à ce qu’elle s’enfonce au fond du couvercle.
- Coupez l’hydre en deux en créant une coupe unique et droite entre les régions du corps B2 et B3 (Figure 1A,B). Soyez cohérent dans la partie du corps dont les sphéroïdes sont découpés, car cela influence fortement leur comportement.
REMARQUE : Si couper à une partie spécifique du corps n’est pas nécessaire, utilisez des sphéroïdes au centre de l’axe du corps. Pour les animaux ayant un phénotype fort (par exemple, ceux avec de nombreuses têtes ectopiques), cherchez des régions du corps qui ressemblent le mieux au centre de l’axe corporel.
- Attends que l’Hydre soit complètement détendue après la coupe. Si nécessaire, repipeter les parties flottantes du corps pour les faire couler à nouveau.
- Une fois que le tissu coupé en deux s’est relâché, l’extrémité coupée du tissu restera enflée. Réalisez une seconde coupe là où le gonflement s’arrête pour former un anneau de tissu (Figure 1C). Des anneaux de tissu peuvent être découpés de chacune des moitiés de l’Hydre .
- Retirez les extrémités restantes de la tête et des pieds du couvercle. Ces parties restantes du corps peuvent être laissées à se régénérer. Une fois que les hydres se sont correctement régénérés et nourris depuis au moins deux semaines, ils peuvent être réutilisés pour d’autres expériences.
- Ouvrez les anneaux de tissu. Découpez les anneaux ouverts en plusieurs morceaux de tissu (Figure 1D). Visez des morceaux de tissu rectangulaires de ~100-150 μm par ~300-500 μm.
REMARQUE : Le nombre de morceaux pouvant être coupés par anneau est variable. Par exemple, les Hydres de la souche 105 sont généralement beaucoup plus fines que celles de la souche AEP. Si un anneau de tissu est trop petit pour générer deux morceaux de tissu appropriés, coupez l’anneau ouvert pour obtenir un morceau de mouchoir de taille appropriée et jetez l’autre morceau plus petit.
- Déplacez les morceaux de tissu dans le DM à température ambiante. Minimisez la quantité de masse de mouchoir qui est déplacée avec les morceaux de tissu.
- Laissez les sphéroïdes se plier en MJ pendant 3-4 heures. Évaluez si les sphéroïdes se sont correctement repliés à l’état d’esprit. Les sphéroïdes repliés avec succès doivent avoir une forme arrondie et être entièrement recouverts par l’ectoderme (Figure 2A-D).
REMARQUE : Si plus de la moitié des sphéroïdes ne se sont pas encore pliés avec succès, laissez les sphéroïdes en DM pendant 30 minutes supplémentaires.
- Sélectionnez des sphéroïdes repliés d’un diamètre de 250 à 350 μm (Figure 2E-H). Évitez les sphéroïdes contaminés par des matériaux exogènes tels que les fibres plastiques. Déplacez les sphéroïdes sélectionnés sur HM avant de monter.
REMARQUE : Si l’expérience doit être réalisée dans un milieu supplémenté (par exemple, un traitement médicamenteux), déplacez immédiatement les sphéroïdes dans ce milieu à la place. Gardez à l’esprit qu’une fois que les sphéroïdes sont déplacés dans la HM, ils commenceront à osciller.

Figure 1 : Préparation des sphéroïdes Hydra. (A) Schéma montrant la génération des sphéroïdes d’Hydra. Les sphéroïdes brisent la symétrie en rétablissant un organisateur Wnt3+ qui pilote la formation, l’allongement et la différenciation des axes. (B) La première coupe est effectuée au milieu du corps, à la frontière entre les régions B2 et B3, comme indiqué dans (A). (C) Chaque moitié résultante est coupée à nouveau juste en dessous de la région gonflée. (D) Les anneaux de tissu produits sont ensuite découpés et divisés en 2 à 4 morceaux de tissu selon la taille de l’anneau. Barres d’échelle : 250 μm. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.
| Moyen | Composition | Température de stockage |
| Médium de dissociation (DM) | 3,6 mM de KCl, 6 mM de CaCl2, 1,2 mM de MgSO4, 6 mM de citrate de sodium, 6 mM de pyruvate de sodium, 4 mM de glucose et 12,5 mM de TES (pH 6,9) | 4 °C |
| Hydra medium (HM) | 1 mM de CaCl2, 0,2 mM de NaHCO3, 0,02 mM de KCl, 0,02 mM de MgCl2 et 0,2 mM de tris-HCl (pH 7,4) | Température ambiante |
Tableau 1 : Compositions de médias et stockage.

Figure 2 : Aperçu des sphéroïdes non dépliés et repliés. (A-D) Les sphéroïdes non repliés sont disposés du moins pli au presque entièrement replié. Les sphéroïdes non repliés sont reconnus par une région où l’ectoderme ne recouvre pas l’endoderme (indiquée par des pointes de flèches bleues). (E) Exemple d’un sphéroïde trop petit. (F-G) Sphéroïdes repliés de taille optimale (250-350 μm). (H) Exemple d’un sphéroïde trop grand. Les images ont été prises dans une plaque d’imagerie à fond de verre à 4 puits à l’aide du microscope hybride Revolve d’Echo (RVL2-K), en mode inversé avec un objectif 4,0x et une caméra à lumière à transmission (couleur). Barres d’échelle : 250 μm. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.
2. Stratégies de montage
REMARQUE : La combinaison de la disposition du microscope et de la conception expérimentale détermine la stratégie de montage la plus adaptée pour une expérience. Ici, nous décrivons une variété de techniques de montage pouvant être utilisées pour diverses applications.
- Montage dans des puits d’agarose (Figure 3A)
- Préparez de l’agarose à 1 % dans le mélange en faisant bouillir le mélange jusqu’à ce que l’agarose soit complètement dissous.
REMARQUE : Un stock d’agarose à 1 % peut être préparé à l’avance et conservé dans une bouteille en verre bien fermée pendant 1 mois. Nous conseillons de ne pas réchauffer l’agarose plus de 5 fois. Cependant, les puits d’agarose doivent être préparés le jour de l’expérience.
- Tant que l’agarose est encore liquide, recouvrir complètement le fond d’une plaque d’imagerie à fond de verre à 4 puits d’une couche de 2 mm d’épaisseur.
REMARQUE : D’autres plaques d’imagerie peuvent également être adaptées selon le système d’imagerie et le nombre de conditions à tester. Pour les expériences utilisant un traitement, veillez à compenser l’agarose. Des produits chimiques thermostables peuvent être directement mélangés à l’agarose. Préparez une solution d’agarose à 2 %, puis après l’ébullition, mélangez-la avec une solution 2x du produit chimique désiré. Couvrez l’agarose d’une solution 1x comme d’habitude. Si le produit chimique n’est pas thermostable, ajustez la concentration du produit chimique en tenant compte du volume d’agarose dans la plaque d’imagerie, et utilisez cette solution pour recouvrir l’agarose.
- Laissez l’agarose prendre complètement. Ensuite, créez des puits dans l’agarose. Laissez au moins 10 mm d’agarose entre chacun des puits afin d’assurer leur intégrité structurelle.
- Tout en maintenant le piston enfoncé, poussez la pointe d’une pipette P1000 dans l’agarose jusqu’à ce qu’elle touche le bas de la plaque d’imagerie.
REMARQUE : La taille des puits d’agarose peut être ajustée, par exemple, en utilisant une pointe de taille différente ou un tampon. Il est important que les échantillons aient suffisamment d’espace pour se déplacer.
- Tenez la pipette bien droite vers le haut et alignez-la avec le bas de la plaque d’imagerie. Ensuite, agitez et faites tourner la pointe de la pipette pour couper l’agarose.
- Relâchez le plongeon de la pipette et retirez lentement la pointe de la pipette de l’agarose en la déplaçant droitement vers le haut.
- Répétez le processus de fabrication de puits jusqu’à ce que suffisamment de puits aient été créés. Si la pipette est retirée trop rapidement ou si l’agarose n’est pas complètement coupée avant le retrait, un peu d’agarose restera au fond du puits. Évitez d’utiliser ces puits car ils affecteront la qualité de l’imagerie.
- Couvrez l’agarose d’une fine couche de HM. Pour éviter l’évaporation du milieu, utilisez une plaque d’imagerie avec un couvercle.
- Libérez toute bulle d’air qui aurait pu se former dans les puits d’agarose en touchant les bulles d’air avec une pointe de pipette P20.
- Déplacez les sphéroïdes d’Hydra un par un dans la plaque d’imagerie. Si un sphéroïde ne tombe pas immédiatement dans un puits, dirigez-le dans la direction du puits en le poussant doucement avec la pipette.
REMARQUE : Deux sphéroïdes peuvent finir dans le même puits. Retirez les deux sphéroïdes par aspiration et essayez de les monter à nouveau. Sachez que la réaspiration des sphéroïdes peut endommager les sphéroïdes et/ou le puits d’agarose. Si cela arrive, continuez à utiliser différents puits et de nouveaux sphéroïdes.
- Imagez les échantillons avec un microscope inversé (Figure 4A).
- Montage dans des puits FEP (Figure 3B)
- Préparez des pipettes en verre personnalisées qui serviront à éliminer les bulles d’air des puits FEP (Figure supplémentaire 1).
- Chauffez une pipette Pasteur en verre dans une flamme à un endroit qui permet toujours de tenir l’extrémité de la pointe. Continuez à faire tourner la pipette pour une chauffe uniforme.
- Une fois que le verre commence à ramollir, étire rapidement la pointe de la pipette en la retirant du feu.
- Rompez la zone diluée pour créer une nouvelle pointe de pipette d’environ 0,4 à 0,5 mm. Touchez rapidement la pointe de la pipette dans la flamme pour l’atténuer ; Assurez-vous que cela ne ferme pas la pipette.
- Chauffez la pipette en verre Pasteur à l’endroit où elle s’écarte. Ne faites pas tourner la pipette, mais déplacez-la hors de la flamme lorsque la pointe commence à s’affaisser. Tenez la pipette horizontalement jusqu’à ce qu’elle ait durci en forme de L.
- Créez des chambres FEP en thermoformant sous vide du feuille FEP sur des moules en aluminiumpersonnalisés 6. Les dimensions des moules peuvent être adaptées pour s’adapter à différentes tailles d’échantillons ou chambres de microscope. Pour les sphéroïdes Hydra , les puits de 0,5 mm de diamètre sont les mieux adaptés.
- Découpez le papier FEP en feuilles de 15 x 15 cm. Serrez le papier FEP à l’intérieur de la thermoformeuse et chauffez-le pendant 8 minutes.
- Placez les moules en aluminium sous le papier aluminium. Sous vide, formez le papier autour des moules pendant 30 secondes.
- Découpez manuellement les chambres de la feuille FEP thermoformée.
- Rends la chambre FEP sans poussière avec de l’air comprimé. Remplissez la chambre FEP avec du HM.
REMARQUE : En général, les chambres FEP ne possèdent pas de couvercle. Cela signifie qu’une partie du milieu s’évaporera pendant l’imagerie. Si l’évaporation du milieu pose problème, concevez une chambre qui puisse être fermée
- Libérez les bulles d’air des puits à l’aide des pipettes en verre préparées précédemment. Utilisez un mouvement de cuillère pour pousser la bulle d’air hors du puits avec la pointe de la pipette.
- Une fois tous les puits débarrassés de bulles, déplacez les sphéroïdes de l’Hydre un par un dans la chambre FEP. Si un sphéroïde ne tombe pas dans un puits, poussez-le doucement vers l’intérieur avec une pipette.
REMARQUE : Si deux sphéroïdes tombent dans le même puits, retirez-les tous par aspiration par pipette et remontez-les. La conception des puits FEP déterminera quel type de microscope doit être utilisé pour l’imagerie. En général, les microscopes avec un ou plusieurs objectifs de détection positionnés horizontalement sont adaptés (Figure 4B).
- Montage incrusté dans l’agarose dans des capillaires en verre (Figure 3C)
- Préparez 1 % d’agarose à faible point de fusion dans l’HM en faisant bouillir le mélange jusqu’à ce que l’agarose à faible point de fusion soit complètement dissous. Déplacez 1 mL d’agarose liquide dans un tube de microcentrifuge.
REMARQUE : Un stock d’agarose à faible point de fusion à 1 % peut être préparé à l’avance et conservé dans une bouteille en verre bien fermée pendant 1 mois. Si nécessaire, l’agarose peut être maintenue à l’état liquide en la maintenant à 37 °C. Cependant, ne chauffez pas activement l’agarose dès que les échantillons sont ajoutés. Envisagez de compléter l’agarose par un traitement (voir étape 2.1.2 du protocole) ou des billes fluorescentes à cette étape. Les perles peuvent être utilisées pour la reconstruction multivue.
- Déplacez 2 à 4 sphéroïdes dans l’agarose. Insérer complètement une tige de piston dans un capillaire en verre ; La tige du piston devrait s’ajuster parfaitement.
- Insérez l’extrémité du capillaire dans l’agarose et, en tirant lentement vers le haut la tige du piston, tirez l’agarose vers le haut dans le capillaire. Commencez par aspirer de l’agarose sans sphéroïdes, puis sans arrêt, chargez les sphéroïdes incrustés dans l’agarose dans le capillaire.
REMARQUE : Pour obtenir de meilleurs résultats d’imagerie, les sphéroïdes individuels doivent être bien séparés et situés au bas de la colonne d’agarose (Figure 3C).
- Retirez le capillaire de l’agarose et nettoyez l’extérieur avec du papier de soie. Maintenez le capillaire horizontal et faites-le pivoter jusqu’à ce que l’agarose soit durci ; Cela aidera à maintenir les sphéroïdes au centre de la colonne d’agarose.
- Placez les capillaires remplis d’agarose dans la HM pour garder les échantillons hydratés. Les échantillons montés dans des capillaires vitreux doivent être imagés au microscope avec un ou plusieurs objectifs de détection positionnés horizontalement (Figure 4C).

Figure 3 : Montage des sphéroïdes Hydra pour l’imagerie en direct. (A) Puits d’agarose avec (deux chambres centrales) et sans sphéroïdes (chambres extérieures). (B) Sphéroïdes montés dans des puits FEP. (C) Sphéroïdes incrustés dans l’agarose et montés dans un capillaire en verre. Pour l’imagerie, la colonne d’agarose est légèrement poussée hors du capillaire vitreux. Par conséquent, les sphéroïdes doivent être positionnés près du bas de la colonne d’agarose (pointes de flèches vertes), tout en restant bien séparés. Les sphéroïdes situés trop loin du fond (pointe de flèche rouge) ne peuvent pas être imagés efficacement. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.

Figure 4 : Schémas des montages d’imagerie adaptés aux stratégies de montage décrites. (A) Sphéroïdes montés dans des puits d’agarose et imagés sur un microscope confocal à disque tournant inversé. (B) Sphéroïdes montés dans une chambre FEP et imagés à l’aide d’un microscope à fluorescence à feuilles lumineuses, adapté à l’imageriemulti-puits 6. Pour plus de clarté, le second objectif de détection, positionné en face de l’objectif de détection 1, n’est pas affiché. (C) Un sphéroïde intégré dans de l’agarose et monté dans un capillaire de verre pour la microscopie à fluorescence en feuilles lumineuses à l’aide d’un microscope avec une configuration alternative à (B). Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figurine.
3. Microscopie confocale à disque tournant
- Imagez les échantillons sur un microscope inversé équipé d’un disque tournant. Réglez la température de la chambre du microscope à 18-21 °C. Si le microscope ne peut pas être refroidi, refroidissez plutôt la pièce.
- Choisissez un objectif avec un champ de vision qui couvre l’ensemble de l’échantillon. Pour les échantillons montés dans des puits d’agarose, le champ de vision devrait idéalement couvrir l’ensemble du puits.
REMARQUE : L’utilisation d’un objectif sec est préférée, surtout pour les jeux de données en accéléré avec plusieurs échantillons.
- Placez le porte-échantillon dans l’étage du microscope. Allumez la lumière transmise et réglez le temps d’exposition.
- Sélectionnez la longueur d’onde du laser, la puissance du laser et le temps d’exposition pour les fluorophores présents dans l’échantillon. Choisissez une combinaison de puissance laser et de temps d’exposition aussi faible que possible pour réduire le risque de phototoxicité mais suffisamment élevée pour obtenir un bon rapport signal sur bruit.
REMARQUE : Les échantillons vivants peuvent bouger significativement lors de l’imagerie. Dans la mesure du possible, effectuer l’acquisition simultanée de fluorescence et de lumière transmise, ou fluorescence à double laser, à l’aide de deux caméras. Si plus de deux canaux sont imagés, il faut privilégier l’acquisition simultanée des canaux là où le chevauchement précis est le plus important.
- Trouvez tous les échantillons et réglez-les en plusieurs positions d’imagerie. Pour chaque échantillon, créez une pile z à partir du plan le plus proche de l’objectif et se terminant au premier plan flou. Pour les sphéroïdes Hydra , une taille de pas de 2 μm est recommandée.
REMARQUE : La création d’une pile z n’est pas toujours nécessaire. Par exemple, lorsqu’on examine le comportement oscillatoire des sphéroïdes d’Hydra en régénération, un seul plan focalisé sur le plan équateur des échantillons est suffisant. Lorsque les échantillons d’Hydra auront correctement coulé au fond du puits d’agarose et qu’un objectif approprié aura été choisi, cet avion devrait être à la portée de travail de l’objectif.
- Définir les paramètres du time-lapse. Un temps de 60 à 70 heures avec imagerie toutes les 10 minutes convient pour imager la régénération complète des sphéroïdes d’Hydra . Commencez à faire des imageries.
4. Microscopie à fluorescence à feuilles lumineuses
- Imagez les échantillons avec un microscope à feuilles lumineuses avec des objectifs de détection positionnés horizontalement.
- Avant de commencer, alignez la feuille lumineuse créée par les objectifs d’illumination. Réglez la température de la chambre du microscope à 18-21 °C. Si le microscope ne peut pas être refroidi, refroidissez plutôt la pièce.
- Choisissez un objectif de détection qui peut tenir l’échantillon complet dans son champ de vision. Lorsque les échantillons ont de la place pour bouger, choisissez un objectif de détection qui y convient.
- Placez le porte-échantillon dans le microscope. Si les échantillons sont montés dans un capillaire en verre, poussez le piston vers le bas jusqu’à ce que les échantillons soient hors du verre pour ne faire une image que via l’agarose (Figure 3C).
- Configurez les réglages du microscope pour la lumière transmise, la fluorescence, les positions multiples et le time-lapse comme décrit à la section 3 (microscopie confocale à disque tournant).
- Si le microscope n’est pas équipé de multiples objectifs de détection, configurez la détection multivue pour détecter l’échantillon sous plusieurs angles. Lorsque plus de la moitié de l’échantillon peut être détectée dans une pile z, deux vues séparées par un angle de 180° suffisent. Sinon, utilisez trois à cinq vues.
- Configurez des piles z avec une taille de pas appropriée, pour les sphéroïdes Hydra une taille de pas de 2 μm est conseillée. La pile z doit couvrir complètement l’échantillon. Lors de l’imagerie d’échantillons en mouvement libre dans des puits FEP, créez une pile z qui recouvre l’ensemble du puits. Commencez à faire des imageries.