Les analyses de randomisation mendélienne (MR) ont utilisé des données provenant d’un GWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/) accessible au public, qui avait déjà obtenu les approbations éthiques et éclairées nécessaires lors de la collecte initiale des données. Par conséquent, aucun consentement éthique ou éclairé supplémentaire n’était requis pour l’étude. Le logiciel et les bases de données utilisées sont listés dans le tableau des matériaux.
1. Données d’exposition
Les informations résumées GWAS sur l’apport relatif en macronutriments alimentaires en graisses, protéines, glucides et sucre ont été obtenues auprès de plus de 235 000 individus d’ascendanceeuropéenne 23. L’apport alimentaire de la veille (UKB) ou habituel (toutes les autres cohortes) a été recueilli à l’aide de questionnaires alimentaires complets. L’apport relatif de chaque macronutriment a été corrigé par l’apport total en énergie, permettant des effets non linéaires. En suivant des procédures strictes de contrôle qualité, la taille finale agrégée de l’échantillon est de 235 391 pour le sucre et de 268 922 pour les graisses, protéines etglucides 23. Les caractéristiques de base des participants inclus dans le GWAS concernant l’apport relatif en macronutriments alimentaires sont résumées dans le Tableau 1.
Les données d’association génétique pour les micronutriments proviennent d’une revue complète de la littérature existante et de la disponibilité de GWAS robustes dans les populations européennes. En résumé, les statistiques résumées du GWAS ont été incluses pour sept minéraux essentiels : calcium sérique, cuivre, fer, magnésium, phosphore, sélénium (mesuré dans des échantillons de sang ou d’ongles d’orteils), etzinc 24,25,26,27,28,29,30,31 , ainsi que sept vitamines, dont la 25-hydroxyvitamine D, la vitamine A1 (rétinol), la vitamine B6, la vitamine B9 (acide folique), la vitamine B12, la vitamine C et la vitamineE 32,33,34,35,36,37. Les caractéristiques de base des participants inclus dans le GWAS des micronutriments sont résumées dans le Tableau 1.
2. Données de résultats
Les données issues des résultats ont été obtenues à partir du projet IEU GWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/), développé à l’unité d’épidémiologie intégrative du MRC à l’Université de Bristol. Plus précisément, la myopie a été examinée comme issue à partir de données provenant de la source : ukb-b-6353 (n = 460 536), cataractes issues de la source : ebi-a-GCST90018814 (n = 491 877), glaucome provenant de la source : ebi-a-GCST90013865 (n = 406 927), et dégénérescence maculaire précoce liée à l’âge provenant de la source : ebi-a-GCST010723 (n = 105 248). Les caractéristiques de base des participants inclus dans le GWAS concernant la myopie et d’autres troubles oculaires majeurs sont résumées dans le tableau 2. Les définitions des phénotypes des maladies oculaires étaient basées sur les ensembles de données GWAS originaux. La myopie (ukb-b-6353) a été dérivée de la Banque biologique britannique et définie sur la base de l’utilisation auto-déclarée de lunettes ou de lentilles de contact, principalement pour la vision de loin (myopie). Les résultats de la cataracte et du glaucome ont été obtenus à partir de méta-analyses GWAS majeures basées sur des cas diagnostiqués cliniquement identifiés à travers les dossiers médicaux ou les statistiques des épisodes hospitaliers. La dégénérescence maculaire précoce liée à l’âge (DMLA) a été définie selon des critères diagnostiques standardisés utilisés dans les études originales du consortium GWAS. Les différences dans les définitions de phénotypes entre les études peuvent introduire une certaine hétérogénéité et doivent être prises en compte lors de l’interprétation des résultats.
3. Sélection des variables instrumentales
Des polymorphismes mononucléotides (SNPs) associés à des expositions à signification génomique (P < 5 × 10⁻8) ont été sélectionnés comme variables instrumentales. Des SNP indépendants ont été sélectionnés comme variables instrumentales avec un seuil r2 de < 0,001, basé sur leur distance à moins de 10 000 kb dans les données européennes 1000G, en utilisant le package « TwoSampleMR » R. La force des instruments sélectionnés a été évaluée à l’aide de la statistiqueF 38. Une statistique F supérieure à 10 est généralement considérée comme indicative de variables instrumentalesfortes 39. Toutes les analyses ont été harmonisées pour assurer l’alignement des allèles d’effet entre les ensembles de données d’exposition et de résultats.
4. Estimations de randomisation mendélienne
Pour estimer la relation causale entre les macronutriments et micronutriments alimentaires ainsi que la myopie et d’autres troubles oculaires majeurs, le paquet « TwoSampleMR » R a été appliqué pour l’analyse IRM. Des variantes génétiques associées à chacun des macronutriments et micronutriments alimentaires ont été utilisées comme variables instrumentales pour examiner leur relation causale avec la myopie et d’autres troubles oculaires majeurs. L’analyse de la RM repose sur trois hypothèses clés : (1) l’hypothèse de pertinence, selon laquelle les variants génétiques sont fortement associés à l’exposition ; (2) l’hypothèse d’indépendance, selon laquelle les variantes sont indépendantes des facteurs de confusion ; et (3) l’hypothèse de restriction d’exclusion, selon laquelle les variants n’influencent le résultat que par l’exposition de l’intérêt. Plusieurs méthodes IRM ont été mises en œuvre, notamment la pondération inverse de la variance (IVW), la médiane pondérée, le mode pondéré et le MR-Egger, la IVW servant d’approche principale et les autres méthodes utilisées pour évaluer la robustesse des résultats. La méthode IVW fournit l’estimation causale la plus précise lorsque toutes les variables instrumentales sont valides ou lorsque la pléiotropie horizontale est équilibrée entre variantes. L’estimateur à médiane pondérée peut générer des estimations cohérentes même si jusqu’à 50 % des instruments génétiques sont invalides. La méthode de régression MR-Egger permet de détecter la pléiotropie directionnelle en estimant un terme d’interception qui reflète l’effet pléiotrope moyen à travers les variantes génétiques. Initialement, des estimations causales ont été calculées à l’aide de modèles de TVV à effets fixes, et des modèles de TVV à effets aléatoires ont été employés lorsque l’hétérogénéité significative a été détectée (p < 0,05). Pour tenir compte des comparaisons multiples entre plusieurs expositions et résultats, une correction du taux de fausses découvertes (FDR) a été appliquée selon la méthode de Benjamini–Hochberg. La signification statistique a été définie comme P ajustée FDR < 0,05, tandis que P < 0,05 était considérée comme nominalement significative. Toutes les analyses ont été réalisées dans R (version 4.1.2). Pour clarifier le cadre analytique, une représentation schématique de la conception et des hypothèses de la RM est présentée à la Figure 1.
5. Analyses d’hétérogénéité et de sensibilité
Pour évaluer la robustesse des résultats de l’IRM, des tests d’hétérogénéité ont été réalisés afin de détecter d’éventuelles incohérences entre les variables instrumentales. L’hétérogénéité a été évaluée à l’aide de la statistique Cochran Q, où une valeur P de < 0,05 indiquait une hétérogénéité significativede 40. Des analyses de sensibilité ont également été réalisées pour évaluer la pléiotropie potentielle, où des variants génétiques peuvent influencer le résultat par des voies biologiques autres que l’exposition d’intérêt. La pléiotropie directionnelle a été évaluée à l’aide du test d’interception de régressionMR-Egger 41. De plus, la méthode Mendelian Randomization Pleiotropy RESidual Sum and Outlier (MR-PRESSO) a été appliquée pour identifier et éliminer les valeurs potentielles pleiotropes (p < 0,05) et pour fournir des estimations causales corrigées lorsque nécessaire41.