Cette étude a été examinée et approuvée par le Comité d'éthique de l'Hôpital populaire n°1 affilié, École de médecine de l'Université Westlake. Le numéro d'approbation était IIT-20230528-0108-01. Un consentement éclairé écrit a été obtenu auprès des participants recrutés de manière prospective avant le prélèvement sanguin. Pour les dossiers cliniques inclus de manière rétrospective et les échantillons résiduaires archivés collectés lors de soins de routine, le consentement éclairé a été dispensé par le comité d'éthique, car des données anonymisées ont été utilisées et aucune intervention supplémentaire n'a été réalisée.
Reproductibilité, contrôle des biais et intégrité des données
Les critères d'éligibilité, les moments de prélèvement sanguin, les règles d'adjudication des images, les définitions des sous-groupes, les prédicteurs candidats, les définitions des seuils, les règles de gestion des données manquantes et les procédures de validation ont été prédéfinis avant l'analyse statistique. Les échantillons sanguins ont été recueillis avant la confirmation par imagerie avec produit de contraste et avant tout traitement anti-tumoral. Les analyses de laboratoire ont utilisé des identifiants d'étude anonymisés, et les échantillons des cohortes d'apprentissage et de validation ont été analysés selon un ordre aléatoire. Le personnel de laboratoire était en insu du diagnostic final, de l'affectation à la cohorte, du stade selon la classification du Barcelona Clinic Liver Cancer (BCLC) et du statut négatif en alphafœtoprotéine (AFP). Le diagnostic et le stadification par imagerie ont été réalisés indépendamment des analyses de laboratoire. La saisie des données, la conversion des unités, l'affectation aux cohortes, le codage des exclusions, le codage des valeurs manquantes et les jeux de données statistiques ont été vérifiés par deux investigateurs avant l'ajustement du modèle. Les cohortes d'apprentissage et de validation ont été maintenues distinctes tout au long du criblage des variables, de l'ajustement du modèle, de la détermination des seuils et de la validation.
Population et conception de l'étude
Cette étude diagnostique à double cohorte a développé et validé un modèle multivarié pour la détection du carcinome hépatocellulaire utilisant la prothrombine anormale/protéine induite par PIVKA-II, l'AFP et des variables cliniques de routine. La cohorte d'apprentissage constituée de manière rétrospective comprenait des participants évalués entre le 1er janvier 2021 et le 31 décembre 2023. Cette cohorte a été utilisée pour le criblage des variables, l'ajustement du modèle, la dérivation des seuils de décision et la validation interne par rééchantillonnage bootstrap. La cohorte de validation recrutée de manière prospective comprenait des participants évalués entre le 1er janvier 2024 et le 31 décembre 2025. Cette cohorte a été utilisée uniquement pour des tests sur échantillons externes. Aucune nouvelle sélection de variables, aucun réajustement du modèle, mise à jour des coefficients, ré-optimisation des seuils ni recalibration fondée sur des sous-groupes n’a été effectuée dans la cohorte de validation. Le flux des participants, l'attribution aux cohortes, le prélèvement sanguin, le traitement du plasma, les tests de biomarqueurs, l'interprétation des images et le déroulement statistique sont présentés dans Figure 1.
Les participants ont été recrutés dans le cadre d'un parcours de surveillance ou de diagnostic de maladie hépatique à haut risque à l'Hôpital populaire affilié n°1 de Hangzhou, École de médecine de l'Université Westlake. Le statut à haut risque était défini par une infection chronique par l'hépatite B, une infection chronique par l'hépatite C, une cirrhose d'étiologie quelconque, ou une stéatose hépatique avec fibrose documentée, basée sur une évaluation clinique, des dossiers de laboratoire ou des examens d'imagerie antérieurs. Les participants éligibles étaient des adultes âgés de 18 ans ou plus ayant réalisé un prélèvement sanguin préalable à l'imagerie ainsi qu'une tomodensitométrie multiphasique avec produit de contraste et/ou une imagerie par résonance magnétique dynamique avec produit de contraste, dans un délai de 14 jours suivant le prélèvement sanguin. Les critères d'exclusion étaient un traitement antérieur du carcinome hépatocellulaire (CHC), incluant une résection, une ablation, une thérapie artérielle transcatéter ou une thérapie systémique ; l'administration de vitamine K dans les 7 jours précédant le prélèvement ; un traitement par antagoniste de la vitamine K ou tout autre traitement anticoagulant susceptible d'affecter l'interprétation de la coagulation ; une cholangite aiguë ou une obstruction biliaire au moment du prélèvement ; une grossesse ; l'absence de dosage de l'AFP, du PIVKA-II ou du diagnostic final par imagerie ; ainsi que la mauvaise qualité de l'échantillon sans possibilité de prélèvement de remplacement valide.
La population finale de l'étude comprenait 389 participants. La cohorte d'apprentissage comprenait 205 participants, dont 112 cas de CHC confirmés par imagerie et 93 témoins sans CHC. La cohorte de validation comprenait 184 participants, dont 58 cas de CHC confirmés par imagerie et 126 témoins sans CHC. Dans la cohorte d'apprentissage, les 93 témoins sans CHC comprenaient 30 témoins sains et 63 témoins atteints de maladie hépatique chronique. Dans la cohorte de validation, les 126 témoins sans CHC comprenaient 0 témoin sain et 126 témoins atteints de maladie hépatique chronique.
Le statut symptomatique n'a pas été attribué uniquement sur la base des antécédents d'hépatite ou d'une cirrhose compensée. Un participant était classé comme symptomatique uniquement lorsque le dossier préalable à l'imagerie mentionnait une douleur nouvelle ou aggravée au quadrant supérieur droit, une perte de poids inexpliquée, une distension abdominale, une jaunisse, des urines foncées ou une décompensation cliniquement documentée non expliquée par une autre cause confirmée. Les participants sans ces signes étaient classés comme asymptomatiques ou détectés par surveillance.
Adjudication diagnostique et stadification
Le statut final de CCH a été établi à l'aide d'une tomodensitométrie multiphasique avec produit de contraste et/ou d'une IRM dynamique avec produit de contraste réalisée dans le cadre des soins courants. L'imagerie devait inclure au moins une phase artérielle et une phase porto-veineuse ; les résultats de la phase de retard ont été pris en compte lorsqu'ils étaient disponibles. Une lésion a été classée comme CCH lorsque l'imagerie, réalisée sur un foie à risque, montrait un hypersignalement en phase artérielle avec un phénomène de washout en phase porto-veineuse et/ou en phase de retard, avec ou sans capsule rehaussée. Les participants dont les caractéristiques d'imagerie n'étaient pas compatibles avec un CCH et qui n'avaient pas non plus de diagnostic de malignité autre ont été classés comme non-CCH.
Les informations d'imagerie ont été extraites à l'aide d'un formulaire prédéfini enregistrant la modalité d'imagerie, les phases obtenues, l'hyperfixation en phase artérielle, le phénomène de washout, l'aspect de la capsule, le nombre de lésions, le diamètre maximal des lésions, l'invasion macrovasculaire et la dissémination extra-hépatique. Deux lecteurs formés ont extrait indépendamment les caractéristiques d'imagerie des comptes rendus radiologiques finals. Les désaccords ont été résolus par consensus en utilisant les mêmes critères prédéfinis. Lorsque les examens tomodensitométrique (TDM) et par résonance magnétique (IRM) étaient disponibles, la modalité présentant la caractérisation multiphasique la plus complète était retenue. Si les deux modalités étaient complètes, celle indiquée comme base de la décision clinique finale était utilisée.
Le stade BCLC a été attribué une fois le statut du carcinome hépatocellulaire (HCC) définitivement établi. Le stade précoce de l'HCC a été défini comme un stade BCLC 0–A. L'HCC négatif pour l'AFP a été défini par une AFP <20 ng/mL au prélèvement sanguin préalable à l'imagerie. Ces étiquettes de sous-groupes ont été utilisées pour l'évaluation des performances par sous-groupe, et non pour l'apprentissage du modèle ou l'éligibilité des participants.
Prélèvement des échantillons et traitement du plasma
Du sang veineux périphérique a été prélevé le matin après un jeûne nocturne d'au moins 8 h, avant la confirmation par tomodensitométrie ou IRM avec produit de contraste et avant tout traitement anti-tumoral. Un volume total de 10 mL de sang veineux a été prélevé dans des tubes de prélèvement sanguin anticoagulés au K2-EDTA. Les tubes ont été retournés 8 à 10 fois immédiatement après le prélèvement, puis transportés au laboratoire à 4 °C. L'intervalle entre le prélèvement veineux et la centrifugation a été maintenu inférieur à 2 h et consigné dans le registre d'échantillonnage.
Le plasma a été séparé par centrifugation à 1 600 × g pendant 10 min à 4 °C à l’aide d’une centrifugeuse réfrigérée. Le surnageant plasmatique a été transféré dans des tubes microcentrifuge de 1,5 mL sans nucléase et aliquoté en portions de 0,5 à 1,0 mL. Les aliquots ont été stockés à -80 °C jusqu’au moment des analyses. Avant la mesure des biomarqueurs, un aliquot a été décongelé une seule fois à température ambiante, entre 20 et 25 °C, pendant 20 à 30 min, puis mélangé doucement par retournement, et analysé dans les 2 heures suivant la décongélation complète. Les échantillons présentant une coagulation visible, une hémolyse modérée à sévère ou une lipémie marquée ont été rejetés conformément aux critères prédéfinis d’acceptation en laboratoire. Pour la cohorte de validation prospective, un prélèvement sanguin répété a été effectué avant la confirmation par imagerie, lorsque cela était cliniquement réalisable.
Mesure de l'AFP et de la PIVKA-II
L'AFP et la PIVKA-II ont été mesurées à l'aide d'immunodosages par chimiluminescence électrochimique sur un analyseur d'immunodosage automatisé. L'AFP a été enregistrée en ng/mL et la PIVKA-II en mAU/mL. Les résultats ont été exportés directement à partir du système d'information du laboratoire.
Chaque lot analytique comprenait des étalons spécifiques au test et au moins deux niveaux de contrôle interne de la qualité. L'acceptation du lot exigeait que tous les résultats du contrôle de qualité se situent dans la plage de contrôle prédéfinie par le laboratoire. Les objectifs de précision analytique étaient un coefficient de variation intra-série ≤10 % et un coefficient de variation inter-série ≤15 % pour l'AFP et la PIVKA-II. Si le contrôle de qualité échouait ou si une dérive du lot était détectée, le lot était rejeté, l'analyseur était recalibré, et le lot était répété si un volume d'échantillon suffisant restait disponible. En cas de résultat unique invraisemblable ou hors plage, deux mesures de répétition étaient effectuées à partir de la même aliquote décongelée, lorsque cela était possible, et la moyenne des deux valeurs de répétition acceptées était utilisée. Si la répétition des tests échouait ou si le volume d'échantillon était insuffisant, le résultat était marqué comme invalide et traité conformément à la règle de gestion des données manquantes.
Extraction systématique des variables cliniques
Les variables cliniques de routine ont été extraites du même rendez-vous clinique que le prélèvement sanguin pré-imagerie d'AFP/PIVKA-II. Les variables candidates comprenaient l'âge, le sexe, l'alanine aminotransférase, l'aspartate aminotransférase, l'albumine, la bilirubine totale, le ratio normalisé international (INR), le temps de prothrombine et le nombre de plaquettes. Lorsque plusieurs valeurs étaient disponibles dans la fenêtre pré-imagerie, la valeur la plus proche du moment du prélèvement d'AFP/PIVKA-II a été sélectionnée. Les unités ont été standardisées avant l'analyse. L'âge a été enregistré en années ; le sexe a été codé comme suit : femme = 0 et homme = 1 ; le nombre de plaquettes a été enregistré en ×10⁹/L ; l'albumine en g/L ; la bilirubine totale en μmol/L ; l'AFP en ng/mL ; et le PIVKA-II en mAU/mL.
Des vérifications d'intervalle, des vérifications d'unités et des vérifications de valeurs invraisemblables ont été effectuées après l'extraction. Les valeurs signalées ont été vérifiées par rapport aux documents sources. Une valeur n'était exclue que lorsque le document source confirmait un problème de qualité de l'échantillon, une erreur de conversion d'unité ou un écart de traitement. Les valeurs extrêmes vérifiées ont été conservées. Le dictionnaire de variables définissait la structure du jeu de données, les noms des variables, les unités, les règles de codage, les règles de transformation et les codes des valeurs manquantes.
Définition du prédicteur et sélection des variables
Les prédicteurs candidats ont été définis avant le développement du modèle. Les biomarqueurs principaux étaient l'AFP et la PIVKA-II. Les candidats cliniques de routine étaient l'âge, le sexe, l'alanine aminotransférase, l'aspartate aminotransférase, l'albumine, la bilirubine totale, l'INR ou le temps de prothrombine, et le nombre de plaquettes. L'AFP et la PIVKA-II ont été transformées selon le logarithme naturel. Les valeurs inférieures à la limite de déclaration du test ont été remplacées par la moitié de la limite inférieure de déclaration avant transformation.
Les comparaisons univariées entre les participants atteints de CHC et ceux sans CHC dans la cohorte d'entraînement ont utilisé des tests t pour échantillons indépendants pour les variables approximativement distribuées de façon normale, des tests de Mann-Whitney U pour les variables continues asymétriques, et des tests χ2 ou des tests exacts de Fisher pour les variables catégorielles. Les variables ayant une valeur P < 0,10 lors du dépistage univarié ont été prises en compte pour la modélisation multivariée. La multicolinéarité a été évaluée à l'aide du facteur d'inflation de la variance (VIF), et un VIF >5 a été considéré comme indiquant une colinéarité préoccupante. Lorsque deux variables étaient fortement colinéaires, la variable offrant une interprétabilité clinique plus claire et une meilleure performance incrémentielle du modèle était conservée.
Le modèle final de régression logistique multivariée a été élaboré uniquement à partir de la cohorte d'apprentissage. Les variables ln(AFP) et ln(PIVKA-II) ont été intégrées de force dans le modèle. Les prédicteurs supplémentaires ont été sélectionnés par élimination descendante guidée par le critère d'information d'Akaike. Après sélection descendante, les variables retenues étaient ln(AFP), ln(PIVKA-II), l'âge, le sexe, l'albumine, l'INR et le compte des plaquettes.
Développement du modèle et calcul du score de risque
Le modèle diagnostique a été ajusté à l'aide d'une régression logistique multivariée avec le statut de CCH comme variable binaire de sortie. La probabilité prédite de CCH a été calculée à partir du prédicteur linéaire η en utilisant l'équation suivante :
p(HCC)=1/[1+exp(-η)]
η = -4,862 + 0,247×ln(AFP) + 0,712×ln(PIVKA-II) + 0,018×âge + 0,331×sexe - 0,062×albumine + 0,554×INR - 0,004×numération plaquettaire
L'AFP a été mesurée en ng/mL, la PIVKA-II en mAU/mL, l'âge en années, le sexe a été codé comme suit : femme = 0 et homme = 1, l'albumine a été mesurée en g/L, l'INR était sans unité, et le compte des plaquettes a été mesuré en ×109/L. Des logarithmes naturels ont été utilisés pour l'AFP et la PIVKA-II. Un nomogramme a été généré à partir des mêmes coefficients ajustés. La probabilité prédite, et non l'échelle de points du nomogramme, a été utilisée pour l'analyse de la caractéristique de fonctionnement du récepteur (ROC), l'analyse de calibration, l'analyse de la courbe de décision et la validation.
Définitions des seuils et gestion des limites
Les seuils de la PIVKA-II ont été indiqués en fonction de l'objectif analytique. Le seuil clinique établi pour la PIVKA-II était de 40,0 mAU/mL. Le seuil de Youden pour la cohorte d'apprentissage était de 45,0 mAU/mL. Le seuil à spécificité fixe a été déterminé en choisissant le seuil le plus proche d'une spécificité de 90 % dans la cohorte d'apprentissage ; cela a donné une valeur de 38,0 mAU/mL pour la PIVKA-II. Un seuil apparent de 37,5 mAU/mL, utilisé uniquement pour la validation, a été considéré comme exploratoire et n'a pas été retenu comme seuil principal de validation.
Pour le modèle combiné, le seuil binaire principal a été dérivé à partir de la cohorte d'entraînement en utilisant l'indice de Youden et appliqué sans modification à la cohorte de validation. L'AFP a utilisé le seuil clinique établi de 20,0 ng/mL pour la définition du sous-groupe AFP-négatif et la comparaison avec la pratique courante. Les seuils optimaux d'AFP utilisés dans l'analyse ROC ont été indiqués séparément du seuil clinique. Les seuils ont donc été rapportés selon leur objectif analytique plutôt que d'être considérés comme des seuils interchangeables.
Performance, étalonnage et validation du modèle
La discrimination a été évaluée à l'aide de courbes caractéristiques de fonctionnement du récepteur et de la surface sous la courbe. Les AUC ont été indiquées avec des intervalles de confiance à 95 %. Les comparaisons des AUC ont utilisé le test de DeLong. Les performances de classification ont été exprimées en termes de sensibilité, spécificité, valeur prédictive positive, valeur prédictive négative et exactitude aux seuils prédéfinis.
La calibration a été évaluée à l'aide de l'ordonnée à l'origine de calibration, de la pente de calibration, du score de Brier et du test d'ajustement de Hosmer–Lemeshow. Les graphiques de calibration ont comparé les probabilités prédites et observées de carcinome hépatocellulaire (CHC) dans les groupes de risque. La validation interne a utilisé 1 000 rééchantillonnages bootstrap dans la cohorte d'entraînement afin d'estimer la AUC corrigée pour l'optimisme et la pente de calibration corrigée pour l'optimisme. La cohorte de validation a été utilisée uniquement pour l'évaluation externe des performances. Aucune mise à jour des coefficients, aucun réajustement du modèle, aucune ré-optimisation du seuil ni aucune recalibration fondée sur des sous-groupes n'a été effectuée dans la cohorte de validation.
L'utilité clinique a été évaluée à l'aide d'une analyse de courbe décisionnelle sur des probabilités seuils allant de 0,05 à 0,50. Le bénéfice net a été comparé pour l'AFP seule, la PIVKA-II seule, le modèle basé sur les variables cliniques et le modèle combiné.
Traitement des données manquantes et analyse de sensibilité
L'analyse principale a utilisé une modélisation sur cas complets pour les participants dont toutes les variables étaient conservées dans le modèle final. Les valeurs manquantes ont été résumées pour chaque prédicteur candidat. Si la proportion de données manquantes dépassait 5 % pour l'un des prédicteurs retenus, une imputation multiple par équations enchaînées a été réalisée comme analyse de sensibilité, en incluant dans le modèle d'imputation l'issue, tous les prédicteurs retenus et l'indicateur de cohorte. Les variables présentant plus de 20 % de données manquantes n'étaient pas éligibles à la modélisation multivariée. Les coefficients du modèle, la surface sous la courbe (AUC), la pente de calibration et les métriques de classification obtenus à partir de l'analyse sur données imputées ont été comparés aux résultats obtenus sur cas complets.
Logiciels et reporting reproductible
Toutes les analyses ont été effectuées à l'aide de R version 4.3.2 et de RStudio version 2023.12.1. La régression logistique a été réalisée à l'aide du package stats de base. L'analyse ROC et les comparaisons selon la méthode de DeLong ont été effectuées à l'aide de pROC version 1.18.5. L'analyse de calibration a été réalisée à l'aide des packages rms version 6.7-1 et ResourceSelection version 0.3-6. La validation par bootstrap a utilisé 1 000 rééchantillonnages avec une graine aléatoire fixe de 70558. L'analyse de la courbe de décision a été effectuée à l'aide de rmda version 1.6. L'imputation multiple, si nécessaire, a été réalisée à l'aide de mice version 3.16.0. Le script d'analyse a reproduit le flux des participants, les coefficients du modèle, les courbes ROC, les métriques de calibration, la validation par bootstrap, l'analyse de la courbe de décision, les analyses basées sur des seuils de coupure et les tableaux statistiques.