Toutes les procédures étaient conformes aux réglementations institutionnelles et nationales et ont été approuvées par le Comité d’éthique de l’Hôpital Populaire de Xingtai (n° 2024-124). L’exigence d’un consentement éclairé écrit a été levée car des données cliniques collectées de manière routinière et des échantillons résiduels étaient utilisés. Toutes les données ont été anonymisées avant l’analyse.
Conception de l’étude, cadre et schéma global
Cette étude a été menée sous forme de cohorte observationnelle unicentre destinée à évaluer les implications cliniques du MMP-12 sérique et de la tumeur CDH13, individuellement et en combinaison, pour le sous-typage moléculaire du cancer du poumon et la thérapie personnalisée. L’étude a été réalisée à l’hôpital populaire de Xingtai. Les patients éligibles pris en charge entre janvier 2021 et juin 2022 ont été identifiés, et 262 patients consécutifs remplissant les critères d’inclusion et d’exclusion prédéfinis ont été inscrits.
Le flux de travail global de l’étude est illustré à la Figure 1. Le schéma illustre l’ensemble du processus, de l’identification du patient à l’analyse, incluant le dépistage et l’inscription, la caractérisation clinique-pathologique de base et le profilage moléculaire issus de tests cliniques de routine, la collecte et le traitement du sérum avant traitement, la préparation du tissu tumoral pour l’immunohistochimie du CDH13, la quantification du MMP-12 sérique, le score immunoréactif du CDH13, la classification des voies thérapeutiques de première intention et des traitements ultérieurs, ainsi que le résultat longitudinal Détermination, incluant la réponse au traitement, la survie sans progression et la survie globale. Le schéma distingue les analyses diagnostiques et de sous-typage moléculaire des analyses de traitement et de résultats, et indique les moments où les biospécimens ont été collectés, les résultats moléculaires générés, la thérapie a été lancée et les évaluations de suivi ont été effectuées.
Dépistage des participants, critères d’éligibilité et abstraction des données cliniques
Les patients potentiellement éligibles ont été identifiés à partir du système d’information hospitalier et du registre de pathologie durant la période d’inscription prédéfinie (janvier 2021 à juin 2022). Le cancer du poumon primaire a été confirmé par histopathologie, complétée par une revue clinique multidisciplinaire lorsque cela est nécessaire. Des patients adultes consécutifs remplissant tous les critères d’éligibilité ont été inscrits. Les critères d’inclusion comprenaient un cancer du poumon primitif confirmé histologiquement, la disponibilité d’un échantillon sérique pré-traitement prélevé avant le début de tout traitement antitumoral (et avant l’intervention chirurgicale chez les patients subissant une résection frontale), la disponibilité de tissu tumoral suffisant pour l’immunohistochimie du CDH13, ainsi que la disponibilité des informations sur les sous-types moléculaires générées dans le cadre des soins cliniques de routine. Les patients présentant des antécédents documentés d’une autre tumeur maligne avant l’inscription, les patients avec un volume sérique insuffisant ou une intégrité de l’échantillon compromise, les patients sans tissu tumoral évaluable pour l’évaluation du CDH13, et les patients ayant reçu un traitement anticancéreux systémique avant la prise de sang au départ ont été exclus.
Les données clinicopathologiques et de traitement ont été extraites des dossiers médicaux électroniques à l’aide d’un formulaire standardisé de rapport de cas avec des définitions de variables prédéfinies et des règles de codage. Les variables enregistrées comprenaient la démographie (âge et sexe), l’exposition au tabagisme, le statut de performance du Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG), les comorbidités, les résultats d’imagerie de base, le sous-type histologique, le stade tumeur-ganglion-métastase (TNM) (selon le système de stadification utilisé en pratique clinique courante pendant la période d’étude), les paramètres de laboratoire de base, ainsi que des informations détaillées sur le traitement (y compris le schéma de première ligne, les dates de début, les modifications de dose et les transitions de traitement). L’exposition au tabagisme a été quantifiée en années-paquets comme suit : années-paquets = (cigarettes par jour ÷ 20) × années fumées. Lorsque l’historique du tabagisme est incomplet ou incohérent entre les registres, la variable tabagisme a été classée comme inconnue, et la source a été documentée comme une divergence dans le journal d’abstraction ; Les manquants ont été traités selon le plan d’analyse statistique prédéfini.
Collecte, traitement et stockage des spécimens
Le sang veineux périphérique a été prélevé au départ avant l’initiation de tout traitement antitumoral. Le sérum a été séparé par centrifugation à 1 500 × g pendant 10 minutes à température ambiante. Le surnageant sérique était transféré dans des cryoviaux à faible liaison sans perturber la couche cellulaire. Le sérum a été aliquoté en portions de 200 à 500 μL pour minimiser les cycles de gel-dégel, et les aliquotes ont été stockées à −80 °C jusqu’à l’analyse par lots. L’intervalle entre la collecte de sang et la congélation pour chaque échantillon a été enregistré, et les échantillons dont le temps de prélèvement jusqu’à la congélation dépassait 2 h ont été exclus.
Des procédures pré-analytiques prédéfinies de contrôle qualité ont été appliquées en documentant l’hémolyse et la lipémie lors du traitement. Les spécimens visiblement hémolysés ont été exclus de la quantification ELISA. Les aliquotes séroniques ont été décongelées sur glace immédiatement avant le test, mélangées par inversion douce, puis centrifugées à 2 000 × g pendant 5 minutes pour éliminer les particules si nécessaire. L’agitation vigoureuse et le vortex ont été évités pour éviter la formation de bulles et les artefacts optiques lors des mesures d’absorption.
Acquisition et préparation des tissus tumoraux
Des tissus tumoraux issus de procédures diagnostiques de routine (biopsie, bronchoscopie, biopsie par aiguille du noyau ou résection chirurgicale) ont été obtenus. Le tissu était fixé dans du formol neutre tamponné selon la pratique pathologique standard et intégré dans la paraffine. Des coupes (3–4 μm) étaient préparées sur des lames chargées pour l’immunohistochimie. Les lames non colorées étaient conservées dans un environnement sec à température ambiante et colorées dans un intervalle prédéterminé afin de minimiser la dégradation des antigènes. Un journal de chaîne de garde a été maintenu, reliant les identifiants des échantillons aux codes d’étude désidentifiés. Le pathologiste effectuant le score CDH13 était aveuglé sur les valeurs sériques de MMP-12, le sous-type moléculaire, le traitement et les résultats.
Quantification sérique de la MMP-12 par test immunosorbent lié aux enzymes (ELISA)
Le sang veineux périphérique a été prélevé avant toute thérapie antitumorale, idéalement dans les 7 jours précédant la biopsie ou le début du traitement. Le MMP-12 sérique a été mesuré à l’aide d’un kit ELISA MMP-12 humain commercial. Chaque aliquote sérique était décongelée une fois sur glace, délicatement mélangée, puis testée en double selon les instructions du kit. Une courbe standard était générée sur chaque plaque en utilisant des dilutions sérielles de l’étalon recombinant fourni, et l’absorbance était lue à 450 nm avec une correction de référence à l’aide d’un lecteur de microplaques. Les concentrations ont été calculées en ajustant une courbe standard de régression logistique à quatre paramètres. Pour garantir la robustesse analytique, des sérums de contrôle qualité interne (QC) ont été inclus sur chaque plaque et surveillés pour la précision intra-et inter-essais (coefficients de variation de la cible compatibles avec la validation de l’essai). Si les résultats descendaient en dessous de la limite inférieure de quantification, la moitié de cette limite était attribuée à l’analyse statistique ; Si les résultats dépassaient la limite supérieure, la mesure était répétée après dilution appropriée. Pour minimiser les effets de lot, des échantillons ont été attribués de manière aléatoire entre les plaques, et un ensemble identique de sérum QC a été inclus sur chaque plaque pour suivre la variabilité entre plaques. Le personnel de laboratoire effectuant l’ELISA était aveugle face aux regroupements cliniques et aux résultats.
Tumeur CDH13 immunohistochimie et évaluation immunoréactive
L’immunohistochimie du CDH13 a été réalisée sur des sections tumorales fixées au formol, enfouies dans la paraffine, à l’aide d’un anticorps primaire anti-CDH13 validé. Les complexes antigène–anticorps ont été détectés par un système de détection polymère, et la coloration a été visualisée avec la 3,3′-diaminobenzidine (DAB). Un flux de coloration identique a été appliqué à tous les échantillons étudiés ; Les lames étaient traitées par lots, et les contrôles appropriés étaient inclus.
Les blocs de paraffine étaient sectionnés à 3–4 μm, déparaffinés en xylène, puis réhydratés par éthanol gradué en eau distillée. La récupération de l’épitope induite par la chaleur a été réalisée dans un tampon de citrate (10 mM, pH 6,0) à l’aide d’un four micro-ondes à 95–100 °C pendant 15 minutes, suivie d’un refroidissement à température ambiante pendant 20 minutes. L’activité endogène de la peroxydase a été éteinte avec du peroxyde d’hydrogène à 3 % pendant 10 minutes à température ambiante, et le blocage des protéines a été effectué avec une solution sérique normale pendant 20 minutes à température ambiante. Les césariennes ont été incubées avec l’anticorps primaire anti-CDH13 pendant la nuit à 4 °C. Après le lavage, le réactif secondaire de détection à base de polymère a été appliqué pendant 20 à 30 minutes à température ambiante, suivi d’une visualisation avec le chromogène 3,3′-DAB pendant 3 à 5 minutes sous surveillance microscopique. Les coupes ont été contre-colorées à l’hématoxyline, déshydratées par de l’éthanol gradué, nettoyées au xylène, puis montées avec un support permanent.
Des contrôles de qualité internes étaient inclus à chaque passage de teinture. Une section tissulaire connue pour CDH13 positive a été traitée en parallèle comme témoin positif, et l’anticorps primaire a été omis dans le témoin négatif. Une série n’a été acceptée que lorsque le témoin positif a montré le motif de coloration attendu avec une intensité appropriée, et que le témoin négatif n’a montré aucune coloration spécifique. La coloration était répétée lors de runs avec un arrière-plan excessif, des échecs de contrôle ou un signal non spécifique compromettant l’interprétation.
L’expression de CDH13 a été quantifiée à l’aide d’un score immunoréactif (IRS) dérivé de l’intensité de coloration et de la proportion de cellules tumorales positives. Deux pathologistes formés ont évalué toutes les lames indépendamment tout en étant aveugles aux mesures des biomarqueurs sériques, au sous-type moléculaire, au traitement et aux résultats. Les scores discrepants ont été résolus par un examen conjoint au microscope à plusieurs têtes, et l’IRS jugé a été enregistré. L’intensité de coloration était attribuée à 0 (sans coloration), 1 (faible), 2 (modérée) ou 3 (forte). La proportion de cellules tumorales positives était attribuée à 0 (0 %), 1 (1–10 %), 2 (11–50 %), 3 (51–80 %) ou 4 (81–100 %). L’IRS a été calculé comme suit : IRS = score d’intensité × score proportionnel. Les valeurs de l’IRS variaient de 0 à 12. Une faible expression de CDH13 a été définie comme IRS ≤ 3, sur la base d’un seuil couramment utilisé pour le score immunoréactif. L’IRS a été conservé à la fois comme variable continue et catégorie dichotomisée pour les analyses en aval, incluant la comparaison de sous-groupes et la modélisation combinée de biomarqueurs. L’accord interobservateur a été évalué dans un échantillon aléatoire prédéfini comprenant 30 % des cas à l’aide d’une statistique kappa pondérée, et la procédure d’échantillonnage, l’estimation d’accord et les décisions d’adjudication ont été documentées dans une piste d’audit.
Sous-typage moléculaire et classification des traitements
Les informations sur les sous-types moléculaires ont été obtenues à partir d’essais cliniques de routine réalisés sur le tissu tumoral diagnostique. Les résultats ont été obtenus par des tests cliniquement validés mis en œuvre en soins standards, incluant des tests ciblés basés sur la PCR, des panels de séquençage de nouvelle génération ciblés, l’immunohistochimie et l’hybridation in situ par fluorescence. Pour chaque patient, le type de test, la source de l’échantillon, la déclaration d’adéquation du spécimen et la date de rapport ont été enregistrés. Les patients ont été classés selon le statut d’altération du conducteur actionnable, incluant les mutations activant l’EGFR, les réarrangements ALK, les réarrangements ROS1, les mutations KRAS, les mutations BRAF, les modifications sautées de l’exon MET 14, les réarrangements RET, les altérations ERBB2 et les fusions NTRK. Le score de proportion tumorale de-L1 a été enregistré là où il a été réalisé, et l’expression de-L1 a été catégorisée selon les strates utilisées en pratique courante pendant la période d’étude. Toutes les catégories de sous-typage moléculaire étaient pré-spécifiées avant analyse. Lorsque plus d’une altération exploitable était rapportée, les patients étaient assignés selon une règle de classification hiérarchique prédéfinie prioritant les modifications ayant des implications thérapeutiques dirigées par le génotype établies dans l’ordre suivant : mutations EGFR, réarrangements ALK, réarrangements ROS1, mutations BRAF, modifications sautées de l’exon MET 14, réarrangements RET, modifications ERBB2, fusions NTRK et mutations KRAS.
Les informations sur le traitement étaient extraites des dossiers médicaux, y compris le programme de première ligne, les dates de début et d’arrêt, ainsi que les lignes de traitement ultérieures. La prise en charge initiale a été classée en catégories de traitement mutuellement exclusives définies a priori : thérapie ciblée dirigée par le génotype, thérapie basée sur les inhibiteurs de points de contrôle immunitaires, thérapie basée sur la chimiothérapie, et gestion multimodale intégrant chirurgie et traitement systémique périopératoire selon le cas. La date d’indice a été définie comme la date de début du traitement systémique de première ligne ; Pour les patients traités par résection initiale, la date d’indice était la date de l’opération, et la thérapie systémique ultérieure était classée comme adjuvante selon le dossier clinique. Pour les analyses portant sur la thérapie personnalisée, les patients ont été stratifiés conjointement par sous-type moléculaire et catégorie de traitement, et les concentrations sériques de MMP-12 ainsi que l’expression tumorale de CDH13 ont été comparées entre la maladie positive et négative par conduite, ainsi qu’entre les groupes de traitement ciblés et inhibiteurs de points de contrôle immunitaires.
Définitions des résultats et suivi
La date d’indice a été définie comme la date d’initiation du traitement antitumoral de première ligne. Pour les patients pris en charge par résection chirurgicale initiale, la date d’indice était définie comme la date de l’opération ; Les thérapies systémiques ultérieures ont été classées comme adjuvantes ou palliatives selon le dossier médical. Chaque patient a été suivi depuis la date d’index jusqu’au décès, la date du dernier contact confirmé, ou la date de censure administrative, selon la première éventualité. La durée du suivi était enregistrée en mois, et pour chaque point de départ, l’indicateur d’événement ainsi que l’événement correspondant ou la date de censure étaient conservés. Les résultats ont été déterminés par une abstraction structurée du dossier médical électronique, incluant les rapports de radiologie, la documentation de la clinique d’oncologie, les dossiers hospitaliers et le suivi téléphonique lorsque nécessaire. Un formulaire de rapport de cas prédéfini a été utilisé, et des règles uniformes de hiérarchie des sources ont été appliquées. Lorsque les dates ou classifications différaient entre les dossiers, les divergences étaient résolues en priorisant les rapports de radiologie contemporains et les notes de décision de traitement ; La valeur finale jugée et ses sources d’appui ont été documentées. Un journal de suivi enregistrant les dates d’imagerie, les transitions de traitement, les hospitalisations et les tentatives de contact a été tenu afin de minimiser les pertes lors des relances et d’assurer la traçabilité.
La réponse tumorale a été évaluée chez les patients atteints de maladie mesurable selon la version 1.1 de RECIST. La meilleure réponse globale a été classée comme réponse complète, réponse partielle, maladie stable ou maladie progressive. Le taux de réponse objective était défini comme une réponse complète ou partielle, et le taux de contrôle de la maladie comme une réponse complète, partielle ou stable de la maladie. Les dates de réponse et de progression ont été attribuées sur la base des premières preuves documentées.
La survie sans progression (SFF) était définie comme l’intervalle entre la date d’indice et la première apparition de la progression ou de décès de la maladie d’une cause quelconque, selon la première occurrence. La progression a été déterminée principalement à partir des rapports radiologiques qui documentent la progression selon RECIST 1.1. Lorsque la radiologie n’est pas disponible au moment de la détérioration clinique, la progression documentée par le clinicien a été acceptée si elle est explicitement liée à une aggravation de la charge tumorale et entraîne un changement dans la prise en charge des anticancéreux. Les patients sans événement à la date de la dernière évaluation objective ont été censurés, confirmant l’absence de progression. Si une nouvelle ligne de traitement systémique était lancée sans documentation explicite de progression, l’imagerie était examinée et la documentation clinique contemporaine était fournie. Si la progression ne pouvait pas être confirmée, les patients étaient censurés lors de la dernière évaluation radiographique avant un changement de traitement, et la règle de décision appliquée était enregistrée.
La survie globale (OS) était définie comme l’intervalle entre la date indice et le décès pour toutes causes diverses. L’état vital a été déterminé à l’aide de dossiers hospitaliers et de notes de suivi ambulatoires, complétés par une confirmation téléphonique structurée lorsque nécessaire. La date du décès était enregistrée telle qu’indiquée dans le dossier médical ou, lorsqu’elle n’était pas disponible, comme la date confirmée par la famille lors du suivi des contacts, avec des documents justificatifs consignés dans le journal de suivi. Les patients vivants à la date du dernier contact confirmé ont été censurés.
Un flux de travail de suivi standardisé, aligné sur les parcours de soins routiniers, a été mis en place. Lors de la thérapie systémique active, des évaluations cliniques à chaque cycle de traitement ont été documentées, et des réévaluations radiographiques à intervalles réguliers déterminées par le protocole clinique ont été enregistrées, avec la modalité et la date d’imagerie enregistrées pour chaque évaluation. Après la fin de la thérapie de première intention ou pendant la surveillance postopératoire, les visites de suivi et les évaluations par imagerie étaient enregistrées selon le calendrier institutionnel. Lorsque le suivi en personne n’a pas pu être réalisé, un suivi téléphonique structuré a été effectué pour confirmer la poursuite du traitement, documenter les hospitalisations à intervalles, confirmer l’état de la maladie tel que documenté par imagerie externe, le cas échéant, et confirmer le statut de survie. Toutes les visites manquées, les tentatives injoignables et les raisons de l’arrêt du suivi ont été documentées. Avant de classer un patient comme perdu pour le suivi, un contact a été tenté au moins 2 fois supplémentaires à différents jours, et chaque tentative a été enregistrée.
La séparation procédurale entre l’évaluation par biomarqueurs et l’accertain des résultats a été maintenue. Le personnel effectuant la mesure du MMP-12 sérique et le score CDH13 était aveugle face aux résultats cliniques. L’abstraction des résultats a été réalisée sans accès aux résultats des biomarqueurs lorsque cela était possible. Un processus d’adjudication en deux étapes a été appliqué pour les critères de progression et de réponse. Un abstracteur formé attribuait la classification des événements et les dates selon les règles prédéfinies, après quoi un clinicien senior examinait indépendamment les devoirs. Les divergences ont été résolues par un examen conjoint du rapport radiologique original, des notes d’oncologie et du calendrier du traitement, et une trace d’audit de toutes les décisions d’adjudication a été maintenue.
Des vérifications de cohérence ont été effectuées pour identifier des séquences invraisemblables, y compris des événements daté avant la date d’index, des transitions de traitement sans évaluations correspondantes ou des dates de décès sans documentation justificative. Les cas signalés ont été rapprochés en revenant aux documents sources et en mettant à jour le jeu de données avec une note de correction datée précisant la raison du changement et les preuves à l’appui.
Analyse statistique
Les analyses statistiques ont été réalisées en utilisant SPSS (version 26.0) et R (version 4.3.0). Les variables continues étaient présentées comme moyenne ± écart-type ou médiane (intervalle interquartile), selon le cas, et les variables catégorielles étaient présentées comme des comptes et des pourcentages. Les comparaisons de groupe utilisaient des tests paramétriques ou non paramétriques selon le cas, avec des tests chi-carrés ou de Fisher exacts pour les données catégorielles. Tous les tests étaient bidirectionnels, P < 0,05 étant considérés comme statistiquement significatifs.
Les covariables ont été sélectionnées a priori sur la base de leur pertinence clinique et des preuves antérieures, et le même ensemble de covariables a été appliqué entre des modèles apparentés pour soutenir la comparabilité. Les variables d’ajustement principales comprenaient l’âge, le sexe, l’exposition au tabagisme, le stade TNM, le statut de performance ECOG et le sous-type histologique, avec un ajustement supplémentaire pour le groupe traité lorsque la cible d’analyse est un sous-type moléculaire dans les populations traitées. La multilinéarité a été évaluée à l’aide de facteurs d’inflation de la variance, et la collinéarité problématique a été traitée à l’aide de règles prédéfinies de réduction des variables. Des rapports de cotes ajustés avec intervalles de confiance à 95 % et des valeurs P bilatérales ont été rapportés. Le nombre de covariables incluses dans les modèles logistique multivariable et de régression de Cox a été prédéfini et restreint par rapport au nombre d’événements de résultat afin de minimiser le risque de surapprentissage. Le ratio événements par variable est resté acceptable (≥10) pour tous les modèles. Pour les résultats de sous-types moléculaires multi-catégories, des modèles de régression logistique multinomiaux ont été ajustés, soit un ensemble de comparaisons logistiques binaires utilisant une catégorie de référence prédéfinie a été effectué, et la stratégie de modélisation a été clairement énoncée.
La survie sans progression et la survie globale ont été analysées à l’aide des estimations de Kaplan–Meier, et les courbes de survie ont été comparées à l’aide du test log-rank. Les associations entre biomarqueurs et résultats ont été quantifiées à l’aide de la régression des allocations proportionnelles de Cox, rapportant des rapports de risque avec des intervalles de confiance à 95 %. Des modèles de Cox multivariés ont été construits à partir de covariables clinicopathologiques prédéfinies, incluant le sous-type moléculaire et la catégorie de traitement, afin d’évaluer les implications pour une thérapie personnalisée. L’hypothèse des risques proportionnels a été vérifiée à l’aide de diagnostics de résidus de Schoenfeld et de graphiques log-minus-logaritmique de survie. Si l’hypothèse des aléas proportionnelles était violée pour une covariable, la question était traitée en utilisant une approche prédéfinie telle que la stratification sur cette covariable ou l’inclusion d’un terme d’interaction dépendant du temps, et la spécification finale du modèle était rapportée.
Les données manquantes étaient traitées selon une stratégie prédéfinie. Lorsque les manquants étaient minimes, des analyses complètes de cas étaient réalisées ; sinon, une imputation multiple avec des équations enchaînées était utilisée, incluant toutes les variables des modèles analytiques. Dix ensembles de données imputés ont été générés, et des estimations regroupées ont été calculées selon les règles de Rubin. Pour les analyses impliquant plusieurs comparaisons de sous-types ou de multiples points de démarche, le taux de fausses découvertes était contrôlé à l’aide d’une procédure prédéfinie, ou les analyses étaient clairement désignées comme exploratoires afin d’assurer la transparence concernant la multiplicité.
L’ensemble de données d’analyse a été verrouillé avant l’ajustement du modèle, et un dictionnaire de données complet a été maintenu définissant chaque variable, unité, schéma de codage et plage autorisée. Des échantillons de contrôle qualité en double sur les plaques d’essai ont été inclus pour quantifier la variabilité entre plaques et surveiller la dérive. Pour la notation en immunohistochimie, la grille d’évaluation, les procédures d’aveuglement et l’évaluation d’accord interobservateur ont été documentées, et des journaux d’adjudication ont été conservés pour les cas discrepants. Des vérifications programmées de plage et des vérifications de cohérence logique entre des variables clés, notamment la date d’index, la date de collecte de l’échantillon, la date de début du traitement et les dates des résultats, ont été mises en place. Tous les scripts statistiques et journaux de sortie contrôlés par version ont été préservés pour permettre une réplication complète du flux de travail analytique.