La microscopie intravitale permet la visualisation directe des processus cellulaires dynamiques à l’intérieur de tissus intacts. Cependant, son application à Mycobacterium tuberculosis (Mtb) a été limitée par les exigences de confinement de niveau de biosécurité 3 (BSL-3) et les défis techniques liés à la stabilisation du poumon pour l’imagerie à haute résolution. Ici, nous présentons un protocole qui combine la fenêtre thoracique pour l’imagerie à haute résolution du poumon murin (WHRIL) avec mc27902, une souche de MTB triple auxotrophe génétiquement définie, approuvée pour une utilisation dans des conditions BSL-2. Nous décrivons également la génération de mc28471, un dérivé exprimant tdtomato de mc27902, sa préparation à l’infection intraveineuse et son application à l’imagerie intravitale chez la souris reporter. Ce système permet la visualisation en temps réel de la dynamique précoce de l’infection, incluant l’entrée rapide des bactéries dans la vasculature pulmonaire, l’agrégation, la diffusion dans le parenchyme pulmonaire et l’absorption des macrophages dans le même microenvironnement pulmonaire pendant les trois premiers jours après l’infection. En permettant l’imagerie longitudinale des bacilles et des interactions hôte-pathogène à résolution unicellulaire, cette approche surmonte les principales limites associées aux modèles conventionnels d’imagerie et à haute confinement. Ce protocole offre une plateforme pratique compatible BSL-2 pour l’imagerie intravitale en temps réel des mycobactéries atténuées dans le poumon et établit une base pour des études mécanistes de la physiologie bactérienne, de la reconnaissance de l’hôte et de l’élimination par le système immunitaire.