Les réactifs et l'équipement utilisés sont listés dans le Tableau des matériaux.
Culture cellulaire
Des lignées cellulaires de carcinome adénocarcinomateux du poumon humain (LUAD) A549 et H358, ainsi que la lignée épithéliale bronchique immortalisée Beas-2b ont été utilisées. Les lignées A549 (KRAS G12S) et H358 (KRAS G12C ; déficiente en STK11) ont été choisies comme modèles couramment utilisés de LUAD présentant des fonds génétiques distincts porteurs de mutations KRAS, tandis que Beas-2b a été incluse comme témoin non cancéreux d'épithélium bronchique. Les cellules A549 et H358 ont été cultivées dans un milieu RPMI-1640, et les cellules Beas-2b dans un milieu DMEM ; chaque milieu contenait 10 % de sérum de veau fœtal et 1 % de pénicilline-streptomycine. Les cellules ont été cultivées à 37 °C dans une atmosphère humidifiée contenant 5 % de CO₂. Étant donné que les lignées cellulaires tumorales et la lignée épithéliale témoin étaient entretenues dans des milieux de culture différents, les comparaisons d'expression de base entre les lignées cellulaires ont été interprétées avec prudence.
Transduction par rétrovirus lentiviral et sélection stable des cellules
Des vecteurs rétroviraux lentiviraux portant le précurseur de l'hsa-miR-486-3p (LV-miR-486-3p) ou une séquence contrôle négative aléatoire (LV-NC) ont été utilisés dans un dispositif expérimental de gain de fonction stable. Les cellules A549 et H358 ont été semées dans des plaques de 6 puits à raison de 5 × 104 cellules par puits et cultivées pendant une nuit. Le jour suivant, les cellules ont été exposées au lentivirus à une multiplicité d'infection (MOI) de 10 en présence de 8 µg/mL de polybrene. Après 24 h, l'inoculum viral a été remplacé par un milieu complet frais. Les cellules transduites ont été sélectionnées avec 2 µg/mL de puromycine pendant 7 jours. Après sélection, les cellules survivantes ont été laissées en reprise et amplifiées pour les tests moléculaires et fonctionnels ultérieurs. Aucune branche avec un inhibiteur de miR-486-3p n'a été incluse, car la présente étude a été conçue spécifiquement pour évaluer les effets d'une surexpression forcée stable.
REMARQUE : Le MOI, la durée d'exposition à la polybrene et les conditions de sélection à la puromycine doivent être maintenues identiques entre les groupes LV-NC et LV-miR-486-3p afin de minimiser les différences liées au traitement concernant la viabilité cellulaire.
RT-qPCR
La RT-qPCR a été réalisée afin de déterminer les niveaux d'expression de miR-486-3p et de confirmer l'efficacité de la surexpression lentivirale dans les cellules A549 et H358. L'ARN total a été extrait à l'aide du réactif TRIzol conformément aux instructions du fabricant. La concentration et la pureté de l'ARN ont été évaluées par spectrophotométrie, un rapport A260/A280 compris entre 1,8 et 2,1 étant considéré comme acceptable. Pour l'analyse des ARNm, 1 µg d'ARN total a été rétrotranscrit en ADNc à l'aide d'un kit commercial de synthèse d'ADNc selon le protocole du fabricant. Pour l'analyse des microARN, la synthèse d'ADNc a été effectuée à l'aide d'un crible de transcription inverse spécifique du microARN, de type stem-loop. La PCR quantitative a été réalisée dans un volume réactionnel total de 20 µL contenant 10 µL de mélange maître 2× SYBR Green, 0,4 µM de chaque amorces et 2 µL de matrice d'ADNc. Le protocole d'amplification comprenait une étape initiale de dénaturation à 95 °C pendant 5 min, suivie de 40 cycles de dénaturation à 95 °C pendant 10 s et d'hybridation/extension à 60 °C pendant 30 s. Une analyse de courbe de fusion a ensuite été réalisée pour vérifier la spécificité de l'amplification. L'ARN nucléolaire petit U6 a servi de témoin interne pour la quantification des microARN, tandis que GAPDH a été utilisé comme gène de référence pour la normalisation des ARNm. Les niveaux d'expression relatifs ont été déterminés selon la méthode 2−ΔΔCq.
Les séquences des amorces pour les miARN étaient les suivantes : amorce de transcription inverse en boucle-stémie, 5′-GTCGTATCGACTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCAGTCGATACGAC
ATCCTG-3′ ; amorce avant miR-486-3p, 5′-CGCGGGGCAGCTCAGTA-3′ ; amorce arrière universelle, 5′-ACTGCAGGGTCCGAGGTATT-3′ ; amorce avant U6, 5′-CTCGCTTCGGCAGCACA-3′ ; et amorce arrière U6, 5′-AACGCTTCACGAATTTGCGT-3′. Les séquences des amorces pour WNT5B, DVL1, CTNNB1, BCL2 et GAPDH, ainsi que les longueurs des amplicons et les efficacités d'amplification, sont indiquées dans Tableau 1. L'expression des ARNm a été normalisée par rapport à GAPDH, tandis que l'expression du miR-486-3p a été normalisée par rapport à U6. Chaque expérience comprenait trois réplicats biologiques indépendants, avec trois réplicats techniques par réplicat biologique.
Immunotransfert
Après la sélection de 7 jours par la puromycine et une période de récupération, les cellules ont été lysées dans un tampon RIPA contenant des inhibiteurs de protéase. La concentration en protéines a été déterminée à l’aide d’un dosage protéique BCA. Des quantités équivalentes de protéines (20 µg par piste) ont été séparées sur des gels de SDS-PAGE à 10 % et transférées sur des membranes PVDF par transfert humide à 300 mA pendant 120 min. Les membranes ont été bloquées avec du lait écrémé à 5 % préparé dans une solution saline tamponnée au Tris contenant 0,1 % de Tween-20 (TBST), pendant 1 h à température ambiante. Les membranes ont été incubées toute la nuit à 4 °C avec des anticorps primaires dirigés contre WNT5B (1:1 000), DVL1 (1:1 000), β-catenin (1:1 000), BCL-2 (0,5 µg/mL) ou β-actin (1:5 000). Les fabricants et les numéros de catalogue de tous les anticorps sont indiqués dans le tableau des matériaux. Après trois lavages de 10 min avec du TBST, les membranes ont été incubées avec un anticorps secondaire IgG de chèvre anti-lapin conjugué à la peroxydase de raifort (HRP), dilué à 1:5 000, pendant 1 h à température ambiante. Les membranes ont ensuite été lavées trois fois avec du TBST, et les bandes protéiques ont été visualisées à l’aide d’un substrat chimiluminescent et capturées à l’aide d’un système de documentation et d’imagerie de gels. L’intensité des bandes a été quantifiée à l’aide du logiciel ImageJ. L’abondance de chaque protéine cible a été normalisée par rapport au signal correspondant de β-actin provenant du même échantillon biologique. Seules les expositions se situant dans la plage linéaire de détection, non saturée, ont été utilisées pour l’analyse densitométrique. Trois expériences biologiques indépendantes ont été réalisées.
Essai Cell Counting Kit-8
Des cellules A549 et H358 transduites de façon stable avec LV-NC ou LV-miR-486-3p ont été ensemencées dans des plaques de 96 puits à raison de 1,5 × 104 cellules/puit dans 100 µL de milieu complet. Après une nuit d’attachement, le milieu a été remplacé et l’absorbance à 0 h a été mesurée immédiatement après l’ajout du réactif du kit de comptage cellulaire (Cell Counting Kit-8). Aux temps 0 h, 24 h, 48 h, 72 h et 96 h, 10 µL de réactif ont été ajoutés par puit, puis incubés pendant 1 h à 37 °C avant la lecture de l’absorbance à 450 nm. Pour l’analyse cinétique révisée, chaque groupe a été normalisé à sa propre valeur à 0 h avant représentation graphique. Trois expériences biologiques indépendantes ont été réalisées, et les puits techniques au sein de chaque expérience ont été moyennés avant l’analyse statistique.
Dosage de formation de colonies
Des cellules A549 et H358 sélectionnées de façon stable ont été préparées sous forme de suspensions monocellulaires à raison de 5 × 102 cellules/mL. Un millilitre de suspension cellulaire a été semé par puits dans une plaque 6 puits, puis complété par 3 mL de milieu complet. Les cellules ont été cultivées pendant 14 jours, avec un renouvellement du milieu tous les 5 jours. Les colonies ont été lavées au PBS, fixées pendant 20 minutes avec du paraformaldéhyde 4 %, colorées à la violet de crésyl pendant 20 minutes, rincées puis séchées à l’air. Les colonies comprenant au moins 50 cellules ont été dénombrées à l’aide d’ImageJ. Trois expériences biologiques indépendantes ont été réalisées.
REMARQUE : Une suspension uniforme de cellules isolées et une perturbation minimale de la plaque pendant l'établissement des colonies sont nécessaires pour éviter un regroupement artificiel des cellules.
Test de migration cellulaire
Des cellules A549 et H358 transduites de manière stable ont été ensemencées dans des plaques de 6 puits et cultivées jusqu'à la formation d'une monocouche confluente. Une estafilade droite a été réalisée à l'aide d'un embout de pipette stérile de 10 µL, les cellules détachées ont été éliminées, et les mêmes champs marqués ont été photographiés à 0 h, 24 h, 48 h et 72 h. La surface de la lésion a été mesurée à l'aide d'ImageJ, et la fermeture de la plaie a été calculée selon la formule suivante : (surface à 0 h − surface au temps indiqué) / surface à 0 h × 100 %. Trois expériences biologiques indépendantes ont été réalisées. Aucun inhibiteur pharmacologique de la prolifération n'a été utilisé ; par conséquent, ce test a été interprété comme une mesure de la fermeture de la plaie plutôt qu'un indicateur spécifique de migration.
REMARQUE : Les rayures doivent être produites avec une largeur et une pression constantes, et les mêmes champs doivent être suivis tout au long du cours du temps.
Test d'invasion cellulaire
Des tests d'invasion Transwell ont été réalisés à l'aide d'inserts en membrane de polycarbonate à 24 puits, dotés de pores de 8 µm de diamètre. La surface supérieure de chaque insert a été recouverte de 100 µL de matrice membranaire basale Matrigel diluée au sérum libre de DMEM selon un rapport de 1:8, afin d'obtenir une concentration finale approximative en protéines de 1 mg/mL, puis incubée à 37 °C pendant 4 h. Les cellules A549 et H358 ont été reprises dans un milieu RPMI-1640 sans sérum à des densités respectives de 8 × 105 cellules/mL et de 4 × 105 cellules/mL. Un aliquot de 200 µL de la suspension cellulaire a été ajouté dans la chambre supérieure, correspondant à 1,6 × 105 cellules A549 ou à 8 × 104 cellules H358 par insert. La chambre inférieure a été remplie de 500 µL de milieu RPMI-1640 contenant 20 % de sérum bovin fœtal servant de chimiopréférent. Après une incubation de 48 h à 37 °C dans une atmosphère humide contenant 5 % de CO₂, les cellules non envahissantes restant sur la surface supérieure de la membrane ont été délicatement retirées à l’aide d’un coton-tige. Les cellules ayant traversé la membrane ont été fixées pendant 20 min avec du paraformaldéhyde 4 %, puis colorées pendant 20 min à température ambiante avec du violet de crésyl 0,1 %. Cinq champs microscopiques choisis aléatoirement ont été photographiés pour chaque insert, et le nombre de cellules ayant envahi a été quantifié à l’aide du logiciel ImageJ. Le nombre moyen de cellules comptées dans les cinq champs a été considéré comme une seule valeur par insert, et c’est l’insert, et non le champ microscopique individuel, qui a été pris comme unité expérimentale. Trois expériences biologiques indépendantes ont été réalisées.
REMARQUE : Retirer délicatement et uniformément les cellules non envahissantes afin d'éviter d'endommager la membrane ou de déloger les cellules qui ont migré vers sa surface inférieure.
Analyse statistique
Les données sont présentées comme la moyenne ± SD, et n indique le nombre d'expériences biologiques indépendantes, sauf indication contraire. Les réplicats techniques ou les différents champs microscopiques provenant d'une même unité expérimentale ont été moyennés avant les tests inférentiels. Pour la comparaison entre les trois lignées cellulaires, une analyse de variance à un facteur suivie de comparaisons par paires ajustées selon Tukey a été utilisée. Pour les cinétiques de CCK-8 et de fermeture de la plaie, une analyse de variance à deux facteurs avec mesures répétées a été employée afin d'évaluer les effets du traitement, du temps et de l'interaction traitement-par-temps, suivie de comparaisons ajustées selon Šídák à chaque point temporel. Les comparaisons entre deux groupes ont été analysées à l'aide d'un test t de Student non apparié bilatéral. tests t. Les analyses statistiques et la visualisation des données ont été effectuées à l'aide d'un logiciel d'analyse statistique et de graphisme. Exacte pLes valeurs sont indiquées dans les panneaux des figures ou dans les tableaux de données brutes. La signification statistique a été définie comme étant p < 0.05; *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0,001 et ****p < 0.0001.