Cette étude a été approuvée par le Comité d’éthique de l’Hôpital pour femmes et enfants de Jinhua (n° 2024KY099). Le consentement éclairé a été obtenu des tuteurs légaux des enfants.
Données des patients
Cette étude rétrospective a inclus des enfants atteints de pneumonie Mycoplasma pneumoniae (MPP) hospitalisés à l’Hôpital pour enfants affilié à l’Hôpital pour femmes et enfants de Jinhua de novembre 2022 à novembre 2023. La MPP a été diagnostiquée sur la base de symptômes respiratoires, d’imagerie thoracique et de tests positifs à l’ADN ou à l’ARN par Mycoplasma pneumoniae . La MPP générale (GMPP) désigne les enfants ayant répondu adéquatement à la thérapie standard aux macrolides, tandis que la RMPP a été définie comme une fièvre persistante, des symptômes aggravés ou des anomalies progressives par imagerie après au moins 7 jours de thérapie standard auxmacrolides 10. Les critères d’inclusion étaient l’âge <14 ans, l’infection confirmée par Mycoplasma pneumoniae , les symptômes respiratoires et les résultats d’imagerie compatibles avec une pneumonie. Les critères d’exclusion étaient infection mixte dans les 10 jours suivant le début de la maladie, leucémie, maladie pulmonaire chronique, immunodéficience, traitement immunosuppresseur antérieur, admission pendant la phase de rétablissement ou dossiers incomplets. La thérapie standard faisait référence à l’azithromycine 10 mg/kg une fois par jour, par voie orale ou intraveineuse, avec une dose maximale de 500 mg/jour. Les enfants ne remplissant pas les critères RMPP ont été classés comme MPP général (GMPP). Un total de 500 enfants éligibles ont été divisés au hasard en une cohorte d’entraînement (n = 375) et une cohorte de validation (n = 125) à l’aide de la version 4.1.2 du logiciel R (fonction : sample(), set.seed = 42). La cohorte de validation était réservée exclusivement à l’évaluation externe du modèle et n’a été utilisée à aucune étape de la construction du modèle. Les données des dossiers médicaux électroniques étaient extraites à l’aide d’un modèle d’extraction standardisé développé a priori. Les champs de données comprenaient la démographie, la présentation clinique, les valeurs de laboratoire, les résultats d’imagerie et les dossiers de traitement. Deux chercheurs formés ont extrait les données de manière indépendante, et les divergences ont été résolues par consensus. Les résultats de la tomodensitométrie pulracique ont été évalués par des radiologues aveugles aux regroupements cliniques et aux résultats de laboratoire. La fiabilité inter-évaluateur pour l’interprétation des images CT a été évaluée à l’aide de la statistique kappa de Cohen pour les résultats d’imagerie binaire (bouchons d’expectorations ou effondrement pleural : oui/non ; consolidation pulmonaire : oui/non). Enfin, 129 enfants ont été classés comme RMPP et 371 comme MPP général.
Variables
Les variables démographiques, cliniques, de laboratoire et d’imagerie ont été extraites des dossiers médicaux électroniques à l’aide d’un formulaire prédéfini. Les variables cliniques comprenaient l’âge, le sexe, la durée de la fièvre avant l’admission, la température corporelle maximale et l’hypoxémie. La durée de la fièvre était définie comme l’intervalle entre l’apparition de la fièvre et l’admission. La température corporelle maximale était la plus élevée enregistrée avant ou dans les 24 heures suivant l’admission. L’hypoxémie était définie comme une saturation périphérique en oxygène artériel <92 % dans l’air ambiant ou le besoin d’oxygène supplémentaire. Les variables de laboratoire comprenaient WBC, HB, PLT, CRP, ALB, ALT, CK-MB, LDH, D-dimer, IL-6, IL-8, IL-10, IL-17, PCT et NE %. Des échantillons de sang veineux à jeun ont été prélevés dans les 24 heures suivant l’admission, et le temps d’échantillonnage relatif à l’apparition de la fièvre et à l’initiation des antibiotiques a été enregistré lorsque disponible. Mycoplasma pneumoniae Des tests ADN ou ARN étaient utilisés pour la confirmation étiologique. Le test PCR quantitatif en temps réel par écouvillon de gorge pour l’ADN ou l’ARN de Mycoplasma pneumoniae s’est révélé positif. La charge quantitative ADN/ARN n’a pas été incluse car les données standardisées de charge n’étaient pas disponibles pour tous les patients. Le scanner thoracique effectué dans les 3 jours avant ou après l’admission a été examiné pour les bouchons d’expectorations, l’épanchement pleural et la consolidation pulmonaire. « Bouchons d’expectorations ou épanchement pleural » a été signalé positif lorsque l’un ou l’autre des résultats était présent. La consolidation pulmonaire a été définie comme une opacité parenchymateuse segmentaire ou lobaire lors du scanner. Un scanner CT à 256 tranches a été utilisé. Les enfants ont été placés en position couchée, et un scanner axial thoracique à faible dose a été effectué avec un détecteur de largeur appropriée en retenue de souffle ou pendant le sommeil. La couverture de l’échographie s’étendait de l’apex pulmonaire à la base pulmonaire pour couvrir l’ensemble du parenchyme pulmonaire. Les paramètres de balayage étaient réglés comme suit : tension de la lampe 100 kVp, épaisseur de tranche 5 mm, épaisseur de tranche de reconstruction 1,25 mm, matrice 512 × 512, temps de rotation du portique 0,28 s, indice de bruit 12. Les images ont été reconstruites à l’aide des algorithmes ASIR-V et DLIR. Chaque groupe contenait des images reconstituées avec des poids ASIR-V de 20 %, 50 % et 80 %, ainsi que des images DLIR-L, DLIR-M et DLIR-H. Les données d’image acquises étaient importées dans la station de travail. Toutes les images ont été examinées indépendamment en double aveugle par deux radiologues ayant plus de cinq ans d’expérience clinique. Ils ont évalué la présence de signes pulmonaires anormaux et résumé les principales caractéristiques d’imagerie. Pour les cas à interprétations divergentes, un consensus a été atteint par discussion mutuelle.
Analyse statistique
Les analyses statistiques ont été réalisées à l’aide de la version 4.1.2 du logiciel R. Les variables catégorielles sont présentées comme n ( %) et comparées à l’aide du test du chi-carré ou du test exact de Fisher. Les variables continues sont exprimées en moyenne ± écart-type ou médiane (intervalle interquartile), selon la distribution. La normalité a été évaluée à l’aide du test de Shapiro-Wilk. Les variables normalement distribuées ont été comparées à l’aide du test t des échantillons indépendants, et les variables à distribution anormale à l’aide du test U de Mann-Whitney. Avant la construction du modèle, la comparabilité de base entre les cohortes d’entraînement et de validation a été confirmée à l’aide de tests χ2 ou Mann-Whitney U pour tous les prédicteurs candidats, sans différences significatives entre les cohortes (tous les P > 0,05). Dans la cohorte d’entraînement, les variables avec P < 0,05 en régression logistique univariée ont été saisies dans la régression logistique multivariée. La multicolinéarité a été évaluée à l’aide de facteurs d’inflation de la variance (VIF) calculés avec le package « voiture » ; tous les prédicteurs sélectionnés avaient un FIV < 5, indiquant qu’aucune multicolinéarité substantielle n’indiquait. L’hypothèse de linéarité pour la LDH a été examinée en utilisant une transformation logarithmique et des splines cubiques restreintes (en utilisant le package « rms » avec 3 nœuds placés aux 10e, 50e et 90e percentiles) ; la forme linéaire était conservée lorsque l’ajustement du modèle ne s’améliorait pas (test du rapport de vraisemblance : P > 0,05 pour le terme spline non linéaire, soutenant la spécification linéaire). Un nomogramme a été construit à partir du modèle multivariable final utilisant le package « rms » (versions 6.3-0 ; fonctions : lrm pour la régression logistique, Predict pour la prédiction de valeur, et nomogramme pour la représentation graphique). La discrimination a été évaluée à l’aide des courbes caractéristiques de fonctionnement du récepteur, de la surface sous la courbe et de l’indice C avec des intervalles de confiance à 95 % (package « pROC »). L’étalonnage a été évalué à l’aide de courbes d’étalonnage avec 1 000 reéchantillons bootstrap. (package « RMS » : Calibre Function). Le seuil optimal de prédiction a été déterminé indépendamment au sein de chaque cohorte en utilisant l’indice de Youden via le package pROC : 0,222 dans la cohorte d’entraînement et 0,247 dans la cohorte de validation. Le seuil dérivé de la formation (0,222) a également été appliqué à la cohorte de validation pour la comparaison de performance entre cohortes, conformément à la pratique interne standard de validation. L’intervalle de confiance à 95 % pour la probabilité prédite, par exemple, a été calculé à l’aide d’erreurs standard basées sur un modèle sur l’échelle logit. L’analyse de la courbe de décision a été utilisée pour évaluer le bénéfice net à travers les probabilités seuils (package « rmda » : fonctions decision_curve et plot_decision_curve). Un P bilatéral < 0,05 était considéré comme statistiquement significatif. Les scripts R complets, y compris le prétraitement des données, la construction de modèles, la validation et la génération de nomogrammes, sont disponibles auprès de l’auteur correspondant sur demande.
Les données manquantes étaient minimes (toutes les variables <2 % manquantes) et traitées par imputation médiane pour les variables continues et par modération pour les variables catégorielles avant l’analyse. Tous les prédicteurs catégoriels étaient codés comme variables indicatrices binaires (0/1). Les prédicteurs continus (durée de la fièvre, température de pointe, LDH) ont été conservés dans leurs unités cliniques d’origine sans catégorisation. Aucune sélection de variables basée sur le criblage univarié n’a été effectuée avant la modélisation multivariée ; au contraire, tous les candidats cliniquement pertinents identifiés dans la littérature ont été considérés, et ceux avec un taux de P < 0,05 dans l’analyse univariée de la cohorte d’entraînement ont été avancés vers le modèle multivarié.
Implémentation de la calculatrice web
Le nomogramme dynamique basé sur le web a été déployé à l’aide du package « brillant » (version 1.7.4) dans R. L’interface utilisateur était construite avec shiny ::fluidPage(), shiny ::sidebarLayout(), et shiny ::sliderInput() pour les variables continues (durée de fièvre, température de pic, LDH) et shiny ::selectInput() pour les variables binaires (bouchons d’échats ou effondrement pleural, consolidation pulmonaire, hypoxémie). La logique serveur invoquait la fonction predict() du modèle lrm adapté pour calculer les estimations individuelles des risques, les probabilités résultantes étant rendues via renderPlot() et renderText(). L’application était hébergée sur ShinyApps.io (https://predictrmpp.shinyapps.io/RMPP/).