Mécanisme de Kongsheng Zhenzhong Dan dans les voies liées à l’autisme : une étude basée sur la pharmacologie de réseau, le docking moléculaire et la validation expérimentale

Résumé

Cette étude intègre la pharmacologie des réseaux, le dockage moléculaire et la simulation de dynamique moléculaire (MD) pour élucider les composants actifs principaux et les cibles thérapeutiques de Kongsheng Zhenzhong Dan (KSZZD) dans le trouble du spectre autistique (TSA), identifie les résidus de liaison clés via le balayage de l’alanine et valide les effets dans un modèle de rat TSA induit par l’acide valproïque.

Résumé

Le trouble du spectre de l’autisme (TSA) est un trouble neurodéveloppemental complexe, et sa pathogenèse est étroitement liée à une neuroinflammation chronique. En tant que formule classique de la médecine traditionnelle chinoise (MTC), le Kongsheng Zhenzhong Dan (KSZZD) est utilisé pour les troubles neurodéveloppementaux et de la mémoire en raison de ses effets neuroprotecteurs rapportés, mais son mécanisme moléculaire spécifique dans le TSA reste incertain. Cette étude intègre la pharmacologie des réseaux, l’analyse du docking moléculaire et la simulation de la MD afin d’élucider systématiquement les composants actifs principaux et les cibles thérapeutiques candidates de la KSZZD pour le TSA, tant au niveau systémique qu’atomique. Par la suite, les résidus de liaison clés sont identifiés par balayage flexible de l’alanine, et les effets biologiques sont évalués à l’aide d’un modèle de rat TSA induit par l’acide valproïque (VPA). L’analyse de la pharmacologie des réseaux a révélé que la quercétine, un composant clé de la KSZZD, pourrait agir en partie en régulant la voie de signalisation inflammatoire médiée par le TNF-α. Les résultats d’amarrage moléculaire ont montré que les énergies de liaison des composants centraux de KSZZD à leurs cibles étaient toutes inférieures à -5,0 kcal/mol, parmi lesquelles la quercétine présentait la plus forte affinité de liaison au TNF (-8,52 kcal/mol). La simulation de MD suggérait que la quercétine pouvait maintenir une liaison stable à la poche active de TNF-α, et le balayage de l’alanine identifiait en outre GLU104 et GLN102 comme résidus aminés clés pour maintenir la stabilité structurelle du complexe. Des expériences in vivo ont démontré que l’intervention avec la quercétine améliorait significativement les comportements locomoteurs et exploratoires chez les rats TSA induits par l’APV, et réduisait efficacement les niveaux d’expression du TNF-α dans le tissu sérique et cérébral. Ces résultats suggèrent que la quercétine pourrait contribuer aux effets prédits de KSZZD, au moins en partie, par l’inhibition de la voie de signalisation TNF-α.

Introduction

Le trouble du spectre de l’autisme (TSA) est un trouble neurodéveloppemental complexe caractérisé par une communication sociale altérée, des intérêts restreints et des comportements stéréotypés^{répétitifs 1}. Le mécanisme pathologique du TSA est très complexe, impliquant l’interaction des variations génétiques, de la régulation épigénétique et des facteurs environnementaux, ce qui conduit finalement à une plasticité synaptique altérée et à une connectivité anormale des circuits^{neuronaux 2,3}. L’inflammation chronique du système nerveux central (SNC) joue un rôle central dans la pathogenèse du TSA, et les interventions ciblant la neuroinflammation se sont révélées des stratégies thérapeutiques prometteuses.

Kongsheng Zhenzhong Dan (KSZZD), une formule classique de la MTC, a été enregistrée pour la première fois dans Essential Prescriptions Worth a Thousand Gold for Emergencies. Il se compose de quatre herbes médicinales : carapace tortue, Os draconis, Polygalae Radix et Acori Tatarinowii Rhizoma. La KSZZD est traditionnellement utilisée pour tonifier le cœur et le rein, tranquilliser l’esprit et stabiliser l’âme. Cliniquement, il est couramment utilisé pour traiter le retard de développement intellectuel et les troubles de la mémoire⁴. Des études pharmacologiques modernes ont suggéré que la KSZZD et ses composants actifs exercent des effets neuroprotecteurs, anti-inflammatoires et antioxydants, et pourraient améliorer l’apprentissage, la mémoire et les comportements anxieux dans^{les modèles 5} de troubles neurodéveloppementaux. Notre analyse phytochimique a révélé que la quercétine et d’autres flavonoïdes sont les principaux composants actifs de cette formule, capables de pénétrer la barrière hémato-encéphalique et de présenter une activité anti-inflammatoire significative⁶. Cependant, le mécanisme par lequel ces composants actifs médiatisent les effets thérapeutiques de la KSZZD dans le TSA reste peu compris.

Avec le développement rapide de la biologie computationnelle, des techniques telles que la pharmacologie en réseau, l’amarrage moléculaire, la simulation de dynamique moléculaire et le calcul de la chimie quantique ont fourni des outils puissants pour élucider les interactions entre les composants actifs de la médecine traditionnelle chinoise et les cibles de maladies au niveau^atomique 7,8,9,10,11 . En intégrant des sources de données hétérogènes, la pharmacologie des réseaux permet la construction d’un réseau complexe et interactif de « voie composant-cible » du point de vue de la biologie des systèmes, identifiant ainsi de manière préliminaire les principaux nœuds biologiques pour l’intervention de la médecine traditionnelle chinoise dans les maladies.

Sur cette base, le docking moléculaire peut être utilisé pour simuler l’appariement géométrique et l’ajustement énergétique entre les composants et les protéines cibles, ainsi que pour prédire leurs modes de liaison et leurs activités potentielles. Par la suite, une simulation de dynamique moléculaire (MD) est réalisée pour étudier la fluctuation structurelle et la stabilité de liaison du complexe dans des conditions aqueuses et physiologiques. Combinée à la balayage alanine, la simulation de mutagenèse orientée sur le site est appliquée pour localiser avec précision les résidus de points chauds du cœur responsables du maintien de l’affinité de liaison, et pour clarifier le poids de contribution du pharmacophore au niveau des acides aminés. Enfin, la vérification basée sur des expériences pharmacologiques bien conçues peut révéler efficacement le mécanisme moléculaire sous-jacent aux effets thérapeutiques des composés de la médecine traditionnelle chinoise sur des maladies spécifiques.

En conséquence, cette étude vise d’abord à dépister les composants principaux et les cibles de la KSZZD dans le traitement du TSA via la pharmacologie en réseau. Par la suite, combiné à l’amarrage moléculaire, à la simulation dynamique moléculaire et au balayage flexible de l’alanine, les « résidus de points chauds » maintenant une stabilité complexe seront identifiés, et le schéma d’interaction dynamique entre la quercétine et le TNF-α sera évalué. Enfin, les résultats computationnels seront vérifiés expérimentalement dans un modèle de rat TSA induit par l’APV, en utilisant des évaluations du comportement animal, de l’histopathologie cérébrale et des niveaux d’expression des facteurs inflammatoires. Cette étude vise à explorer les mécanismes potentiels par lesquels les composants dérivés de la KSZZD pourraient affecter les voies inflammatoires liées à l’autisme dans une perspective multi-échelle, fournissant une base pour une investigation approfondie des interventions de la médecine traditionnelle chinoise dans les troubles neurodéveloppementaux.

Protocole

Analyse de pharmacologie de réseau

« Autisme » a été utilisé comme mot-clé pour rechercher dans la base de données GeneCards (https://www.genecards.org/) les cibles liées à^{l’autisme 12, 13, 14}. Les cibles récupérées dans les bases de données ont été fusionnées après la suppression des entrées dupliquées. Les cibles connues des composants actifs non capturés par les prédictions de la base de données ont été complétées sur la base des rapports de^{littérature 15}. Les cibles de la maladie et les cibles potentielles des composants du médicament ont été uniformément standardisées en symboles génétiques à l’aide de la base de données des protéines UniProt (https://www.uniprot.org/), et ces deux ensembles de cibles ont été cartographiés pour identifier les cibles thérapeutiques potentielles de la KSZZD pour l’autisme¹⁶.

Sur la base de données et plateforme d’analyse des systèmes de médecine traditionnelle chinoise (TCMSP, http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php), les composés bioactifs potentiels dans KSZZD et leurs cibles correspondantes ont été éliminés conformément aux critères de biodisponibilité orale (OB ≥ 0,30) et d’indice de ressemblance du médicament (DL ≥ 0,18)¹⁷. Les identifiants SMILES des composés ont été récupérés dans la base de données PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/), et Swiss Target Prediction (http://swisstargetprediction.ch/) a été utilisé pour explorer les cibles potentielles non incluses dans la plateforme^{TCMSP 18}. Par la suite, la base de données HERB (http://herb.ac.cn) a été utilisée pour un criblage complémentaire conformément à la règle des cinq de Lipinski, avec les critères suivants : poids moléculaire (MW ≤ 500 Da), coefficient de partage octanol-eau (AlogP ≤ 5), nombre de donneurs de liaisons hydrogène (Hdon ≤ 5), nombre d’accepteurs de liaisons hydrogène (Hacc ≤ 10) et nombre de liaisons rotatives (RBN ≤ 10). Ensuite, le dépistage cible a été effectué à l’aide de la base de données BATMAN-TCM (http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/) avec les critères suivants : seuil de score (≥0,84), score de toxicomaniabilité (≥0,10) et valeur P (≤0,05). Enfin, la base de données UniProt (https://www.uniprot.org) a été utilisée pour convertir les noms cibles sélectionnés en symboles géniques standards.

Les cibles qui se chevauchent entre les cibles de médicaments et celles pour l’autisme ont été identifiées à l’aide de l’outil en ligne Draw Venn Diagram (http://bioinformatics.psb.ugent.be). Ces cibles qui se chevauchent ont été importées dans la base de données STRING (https://string-db.org/) pour construire un réseau d’interaction protéine-protéine (PPI^{) 19}. L’espèce a été réglée sur Homo sapiens, et les interactions protéine-protéine avec des scores de confiance inférieurs à 0,40 ont été filtrées. Le réseau résultant a été importé dans le logiciel Cytoscape 3.10.0 pour l’analyse^{visuelle 16}, où les médicaments, composés et cibles étaient respectivement représentés par des losanges rouges, des cercles bleus et des triangles verts, et les poids des arêtes reflétaient la centralité des nœuds. Le plugin CytoNCA a ensuite été utilisé pour calculer les valeurs de centralité des degrés, classer les composés principaux et identifier les principaux composés principaux. L’analyse d’enrichissement bioinformatique des gènes cibles a été réalisée à l’aide de la plateforme^{Metascape 20}, incluant l’analyse GO (processus biologique, BP ; fonction moléculaire, MF ; composante cellulaire, CC) et l’analyse des voies KEGG.

Amarrage moléculaire

Les protéines réceptrices liées à l’autisme identifiées ci-dessus ont été prétraitées avant l’amarrage en réparant les résidus manquants, en optimisant l’état de protonation et en retirant les molécules d’eau cristalline pour maintenir l’intégrité structurelle des récepteurs. La méthode d’amarrage semi-flexible dans le module^{CDOCKER 21} a alors été employée. Les résidus situés à moins de 10 Å du ligand co-cristalin ont été définis comme la poche active, et la liaison au récepteur du ligand a été simulée dans cette région.

Les résultats de l’amarrage ont été évalués en utilisant l’énergie d’interaction CDOCKER comme indice clé, les valeurs d’énergie plus basses indiquant une liaison prédite plus stable entre le ligand et le récepteur. La fiabilité du mode d’amarrage a été évaluée en comparant la conformation de liaison spatiale du composant central à celle du ligand co-cristalin dans la poche active. Le complexe avec l’énergie de liaison optimale et l’interaction la plus forte a été choisi comme confirmation initiale pour la simulation de dynamique moléculaire ultérieure.

Simulation de dynamique moléculaire

Sur la base des résultats du docking moléculaire, une simulation de dynamique moléculaire a été réalisée pour explorer le mécanisme de liaison entre le complexe de quercétine et le TNF-α. Cette approche simule le mouvement moléculaire et les interactions au niveau atomique et analyse les changements dynamiques des protéines, des ligands et de l’environnement environnant, fournissant ainsi des informations sur le changement conconformationnel moléculaire, la stabilité de liaison et la dynamique protéine-ligand. Le complexe récepteur-ligand a été solvé à l’aide du modèle hydrique TIP3P, avec une distance tampon d’au moins 12 Å entre le complexe et la frontière du système afin d’assurer une solvatation complète et de réduire les effets de bord. La concentration ionique a été fixée à 0,154 M, et des ions Na⁺ et Cl⁻ ont été ajoutés pour neutraliser la charge du système. Pour améliorer la précision de la simulation, le champ de force protéique Amber14SB²² a été adopté, qui décrit efficacement les interactions intermoléculaires non liées et les modes de liaison et est particulièrement adapté aux études du complexe protéine-ligand²³.

Pour la minimisation initiale de l’énergie, la méthode de descente la plus raide a été exécutée sur 5000 étapes pour éliminer les contacts déraisonnables et les conformations à haute énergie, en utilisant un seuil de convergence de 10 kJ/mol/nm afin d’assurer la relaxation des paramètres du champ de force. La méthode du gradient conjugué a ensuite été exécutée pendant 2 000 étapes afin d’optimiser davantage l’état thermodynamique et d’assurer^{la stabilité du système 24}.

Pendant l’équilibrage, la simulation d’ensemble NVT a d’abord été réalisée à 100 ps avec un pas de temps de 2 fs. Le système a été progressivement chauffé à 300 K afin de réduire l’influence de la structure initiale et d’atteindre un équilibre thermodynamique. L’ensemble a ensuite été basculé en NPT, et un équilibrage supplémentaire de 100 ps a été effectué à une pression constante de 1 bar pour stabiliser la densité et la pression. Cette étape a été utilisée pour amener le système à un état thermodynamique stable avant la simulation^{de production 25}. La simulation formelle de dynamique moléculaire a été réalisée sur 20 ns, avec une température maintenue à 300 K, une pression de 1 bar, et un pas de temps de 2 fs. La trajectoire était sauvegardée tous les 10 ps. Pour garantir la stabilité et la précision de la simulation, des paramètres physiques, y compris la température, la pression et le volume, étaient régulièrement surveillés afin de confirmer qu’ils restaient dans les plages attendues.

Balayage flexible alanine

Sur la base de la conformation stable obtenue par simulation de dynamique moléculaire, un balayage de l’alanine a été effectué sur tous les résidus d’acides aminés dans un rayon de 3 Å autour de l’interface de liaison au ligand. Dans cette procédure, les résidus cibles sont systématiquement remplacés par de l’alanine, tronquant ainsi la chaîne latérale tout en préservant la conformation de la chaîne principale et en supprimant les interactions spécifiques médiées par la chaîne latérale. Le poids de contribution de chaque résidu à l’affinité de liaison a été quantifié en calculant le changement d’énergie libre de liaison entre les complexes de type sauvage et mutant. Contrairement aux modèles statiques traditionnels, cette étude a introduit un mécanisme de relaxation flexible en chaîne latérale, permettant à l’environnement autour du site de mutation de subir une relaxation structurelle et de simuler de manière plus réaliste la réponse dynamique de l’interface de liaison. Cette analyse visait à identifier des résidus de points chauds candidats qui maintiennent une stabilité complexe, fournissant une empreinte énergétique pour l’optimisation des composés principaux ciblant les protéines liées à l’autisme.

Expériences animales

Animaux expérimentaux

Des rats Sprague-Dawley (SD) de grade SPF en bonne santé (trois mâles et trois femelles, âgés de 3 mois), nés et élevés dans des conditions identiques, ont été sélectionnés. La température de la pièce était contrôlée entre 18 et 22 °C, l’humidité relative était maintenue entre 60 % et 70 %, et le cycle lumineux était de 12 h : 12 h (lumière : sombre). Toutes les opérations expérimentales animales ont été approuvées par le Comité d’éthique des animaux expérimentaux du First People’s Hospital of Zunyi (Approbation n° : LunShen (2025)-2-362).

Accouplement animal, identification de la gestation et regroupement

Tous les rats ont été nourris de façon adaptative dans un environnement SPF pendant une semaine après l’achat. Une rat femelle et un rat mâle étaient enfermés ensemble à 18h00 chaque après-midi. L’examen du plug vaginal a été effectué à 8h00 le lendemain matin (12 h après la mise en cage). La présence d’un plug vaginal était considérée comme un accouplement réussi, et le même jour était désigné comme jour gestationnel 0,5 (GD0,5). Les rats enceintes étaient hébergés individuellement dans des cages séparées. Le poids corporel des rats enceintes était mesuré et enregistré quotidiennement. Le poids corporel des rats enceintes augmentait continuellement, avec un gain quotidien moyen de 2 à 5 g, et le poids total pouvait augmenter d’environ 30 % avant l’accouchement. Après environ 10 jours de grossesse, une bosse asymétrique typique en forme de poire de l’abdomen était visible, et des masses dures de fœtus pouvaient être palpées, ce qui se distinguait de la circonférence abdominale uniforme et molle causée par l’obésité.

Établissement de modèles et mise en place du groupe de contrôle :

Pour le groupe modèle, deux rats enceintes ont été sélectionnées au hasard et injectées par voie intrapéritonéale avec une solution de VPA (600 mg/kg) une fois le jour gestationnel 12,5 (GD12,5). L’APV a été administrée par une injection intrapéritonéale unique à une dose de 600 mg/kg le jour gestationnel 12,5. Ce protocole a été sélectionné sur la base des travaux fondamentaux de Schneider et^{Przewłocki 26}, qui ont établi que l’exposition à l’APV à ce moment gestationnel spécifique reproduit à la fois les caractéristiques neuroanatomiques et comportementales du TSA humain. Ce protocole est depuis devenu le modèle standard et a été constamment validé dans des études pharmacologiques récentes utilisant les mêmes paramètres²⁷. Pour le groupe témoin à vide de vide, une rat enceinte a été sélectionnée et injectée intraperitonéalement avec un volume égal de 0,9 % de solution physiologique normale au même moment. Les rats enceintes accouchaient naturellement, et le jour de naissance de la progéniture était enregistré comme jour 0 postnatal (PND0). Tous les rats descendants ont été sevrés et hébergés séparément selon leur sexe dans le cadre de la PND21.

Regroupement et intervention de la descendance

Sur PND28, 12 petits mâles ont été sélectionnés au hasard parmi la descendance de rats gestants exposés à la VPA (6 dans le groupe modèle et 6 dans le groupe d’intervention avec quercétine), et 6 petits mâles ont été sélectionnés au hasard parmi la descendance de rats gestants exposés normalement au sérum physiologique (6 dans le groupe blanc). Il a été assuré qu’il n’y ait pas de différence significative de poids corporel entre les chiots de chaque groupe. Les descendants nés de rats enceintes traités avec une solution saline normale ont été assignés au groupe blanc, ceux nés de rats enceintes traités avec VPA au groupe modèle, et ceux nés de rats enceintes traités avec VPA au groupe d’intervention à quercétine.

Une intervention continue a été réalisée pendant 4 semaines à partir de la DPN28. Pour le groupe d’intervention à quercétine, la suspension de quercétine a été administrée de façon intragastrique à une heure fixe chaque jour à une dose de 100 mg/kg/jour. Cette dose a été sélectionnée sur la base des preuves intégrées suivantes : (i) une étude antérieure sur la variation des doses identifiait 100 mg/kg comme dose optimale pour soulager les comportements anxieux et réduire les cytokines pro-inflammatoires dans un modèle de rat neuroinflammatoire induit par le^{LPS 28} ; (ii) la quercétine à 50 mg/kg a démontré la prévention des déficits d’interactions sociales et des lésions cérébrales oxydatives dans un modèle²⁹ chez un rat autiste prénatal induit par l’APV ; et (iii) la quercétine orale a récemment démontré la réduction des niveaux de TNF-α cérébraux et l’amélioration des comportements de type autistique dans un modèle de rat autistique induit par l’acide^{propionique 30}. Collectivement, ces validations indépendantes soutiennent la sélection de 100 mg/kg afin d’assurer un engagement robuste de la voie inflammatoire médiée par le TNF-α dans le modèle actuel postnatal de TSA induit par l’APV. Pour les groupes blanc et modèle, un volume égal de 0,5 % de solution saline normale CMC-Na a été administré intragastriquement chaque jour. Tous les animaux avaient un accès libre à la nourriture et à l’eau pendant la période d’intervention, et leur poids corporel était mesuré chaque semaine pour ajuster le volume d’administration en fonction de leur poids.

Test en champ ouvert

Après 4 semaines d’intervention (environ PND56), un test en champ ouvert a été réalisé pour évaluer l’activité spontanée et les niveaux d’anxiété. Le test en champ ouvert (OFT) est une expérience comportementale classique permettant d’évaluer les comportements liés à l’anxiété chez les animaux d’expérimentation. Les indicateurs mesurés étaient la capacité de mouvement spontané des rats en environnement ouvert et le temps passé au centre du champ ouvert. L’appareil OFT pour rats mesurait 30 cm de hauteur, 50 cm de long et 50 cm de large en bas, avec des parois intérieures blanches, et était artificiellement divisé en 16 petites grilles, dont 4 à l’intérieur et 12 à l’extérieur. Le site expérimental a été maintenu silencieux pour éviter toute stimulation sonore susceptible d’affecter la précision des résultats expérimentaux. Chaque rat était placé au centre du fond de la boîte, et l’enregistrement vidéo ainsi que le chronométrage étaient effectués simultanément. Le champ de vision de la caméra couvrait tout le champ ouvert et enregistrait les mouvements spontanés des rats ainsi que le nombre de croisements entre les grilles. Chaque test durait 5 minutes, après quoi l’enregistrement vidéo était arrêté. La paroi intérieure et le fond de la boîte ouverte ont été essuyés avec 75 % d’alcool pour éviter que les excréments et les odeurs corporelles laissés par un animal n’affectent les résultats des tests du suivant. L’opération a été répétée après le remplacement des rats jusqu’à ce que tous les rats aient terminé le test.

Méthode de détection pathologique

Après fixation à 4 % de paraforméldéhyde, le tissu cérébral a été soumis à une déshydratation en gradient à l’aide d’un déshydrateur entièrement automatique : 75 % d’éthanol pendant 2 heures, 85 % d’éthanol pendant 1 heure, 95 % d’éthanol pendant 1 heure, et I-IV absolu pendant 20 minutes chacun. Les tissus ont ensuite été dégagés avec l’agent de dégagement I pendant 25 minutes et l’agent de dégagement II pendant 30 minutes, suivis d’une incorporation de paraffine. Les sections d’une épaisseur de 5 μm ont été décirées avec la solution de décirage I et II pendant 30 minutes chacune et réhydratées avec de l’éthanol dégradé. Les coupes ont été colorées à l’hématoxyline pendant 5 à 10 minutes, différenciées à l’alcool à l’acide chlorhydrique pendant 3 s, puis contre-colorées à l’eau alcaline pour devenir bleues. Ils ont ensuite été contre-colorés avec de l’éosine soluble en alcool pendant 3 minutes, déshydratés avec de l’éthanol gradient, dégagés, couverts avec un milieu de montage neutre, et observés au microscope.

Détection des niveaux de TNF-α dans le sérum et le tissu cérébral

Après la dernière administration, le sang de l’aorte abdominale a été prélevé sur des rats et centrifugé à 3 000 r/min à 4 °C pendant 15 minutes, et le surnageant sérique a été prélevé. Parallèlement, les tissus hippocampiques et corticaux ont été disséqués, et du PBS prérefroidi a été ajouté à un ratio de 1:9 pour une homogénéisation mécanique. L’homogénéat a ensuite été centrifugé à 12 000 r/min à 4 °C pendant 20 minutes pour collecter le surnageant. La méthode BCA a été utilisée pour la quantification des protéines tissulaires. Conformément aux instructions du kit ELISA, les échantillons à tester et les anticorps biotinylés ont été ajoutés à la microplaque en séquence. Après incubation et lavage, le complexe avidin-peroxydase a été ajouté et incubé. Après un autre lavage, une solution de substrat a été ajoutée pour le développement des couleurs, la réaction a été interrompue par une solution d’arrêt, et l’absorbance a été mesurée à 450 nm à l’aide d’un lecteur de microplaques. Les concentrations de TNF-α dans le sérum (pg/mL) et le tissu cérébral (pg/mg prot) ont été calculées à l’aide de la courbe standard.

Analyse statistique

La fonction RANDBETWEEN dans Microsoft Excel servait à randomiser les rats et à générer des nombres aléatoires pour leur allocation. Toutes les données expérimentales de cette étude ont été exprimées en moyenne ± écart-type (DS). Avant l’analyse statistique, le test de normalité (test de Shapiro-Wilk) et le test d’homogénéité de variance (test de Levene) ont d’abord été réalisés sur les données de chaque groupe. Pour les données conformes à la distribution normale et à l’homogénéité de la variance, une analyse unidirectionnelle de la variance (ANOVA unidirectionnelle) a été utilisée. Si la différence était statistiquement significative, la méthode LSD a été utilisée pour les comparaisons multiples. Une valeur de *p < 0,05, **p < 0,01 et ***p < 0,001 a été considérée comme statistiquement significative.

Résultats

Analyse des résultats d’une étude de pharmacologie en réseau sur le KSZZD dans le traitement de l’autisme

Un total de 15 770 cibles liées à l’autisme ont été récupérées dans la base de données GeneCards. Des cibles avec un score de pertinence ≥ 4,21 ont été sélectionnées comme cibles potentielles pour l’autisme, ce qui a abouti à 1014 cibles de maladies. Les 827 cibles du KSZZD ont été croisées avec les 1 014 cibles pour l’autisme, et 125 cibl...

Discussion

Une question cruciale est de savoir pourquoi la quercétine, plutôt que d’autres composants principaux, a été sélectionnée pour une validation expérimentale et si elle peut représenter les effets holistiques de KSZZD. Cette sélection s’est basée sur les lignes de preuve convergentes suivantes : (i) dans un modèle prénatal de rats induit par l’APV, la quercétine a significativement empêché les déficits d’interactions sociales et les lésions cérébrales^{oxydatives 29} ;...

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
0.5% CMC-Na solution saline normale	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Véhicule utilisé pour les groupes vide/modèle et suspension de quercétine.
Saline normale à 0,9%	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Véhicule pour les injections maternelles du groupe témoin vide.
Paraformaldéhyde à 4% dans PBS	Thermo Scientific Chemicals	J61899.AK	Utilisé pour la fixation des tissus cérébraux.
Alcool à 75%	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Utilisé pour nettoyer l'appareil de champ ouvert entre les animaux.
Éthanol absolu	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Utilisé pour la déshydratation des tissus avant l'encapsulation.
Eau alcaline	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Utilisé pour bleuir les sections colorées à l'hématoxyline.
Champ de force protéique Amber14SB	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Champ de force protéique utilisé pour les simulations de dynamique moléculaire.
Base de données BATMAN-TCM	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Base de données de criblage cible en ligne : http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/
Kit d'analyse de protéines BCA	Thermo Scientific	23225	Utilisé pour la quantification des protéines des homogénéisés tissulaires.
Réactif de bleuissement	Thermo Scientific Richard-Allan Scientific	7301	Utilisé après la coloration à l'hématoxyline pour bleuir les noyaux.
Module CDOCKER	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Module d'amarrage semi-flexible utilisé pour l'amarrage moléculaire.
Réactif de clarification/déparaffination	Thermo Scientific Richard-Allan Scientific	Clear-Rite 3, 6901	Peut être utilisé pour la clarification et la déparaffination dans les flux de travail d'histologie.
Plugin CytoNCA	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Plugin Cytoscape utilisé pour l'analyse de centralité de degré.
Logiciel Cytoscape	Non spécifié dans le manuscrit	Version 3.10.0	Utilisé pour la visualisation de réseau et l'analyse des interactions protéine-protéine.
Logiciel Discovery Studio	Non spécifié dans le manuscrit	Versions 2019 et 2021	Utilisé pour le prétraitement des récepteurs, l'amarrage et le balayage d'alanine.
Outil en ligne de dessin de diagramme de Venn	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Outil en ligne pour les diagrammes de Venn : http://bioinformatics.psb.ugent.be
Éosine-Y (alcoolique)	Thermo Scientific Richard-Allan Scientific	7111	Utilisé pour la contre-coloration cytoplasmique dans la coloration H&E.
Déshydrateur entièrement automatique	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Utilisé pour la déshydratation progressive des tissus cérébraux fixés.
Base de données GeneCards	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Base de données en ligne utilisée pour récupérer les cibles liées à l'autisme : https://www.genecards.org/
Logiciel GraphPad Prism	Non spécifié dans le manuscrit	Version 9.5	Utilisé pour l'analyse statistique et la représentation graphique.
Solution de coloration à l'hématoxyline	Thermo Scientific Richard-Allan Scientific	7211	Utilisé pour la coloration nucléaire dans la coloration H&E.
Base de données HERB	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Base de données en ligne utilisée pour le criblage complémentaire de composés : http://herb.ac.cn
Alcool chlorhydrique	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Utilisé pour la différenciation pendant la coloration H&E.
Plateforme Metascape	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Plateforme en ligne utilisée pour l'analyse d'enrichissement GO et KEGG.
Lecteur de microplaques	Thermo Scientific	Multiskan FC, 51119000	Utilisé pour la lecture de l'absorbance à 450 nm.
Microscope	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Utilisé pour observer les sections cérébrales colorées H&E.
Logiciel Microsoft Excel	Microsoft	Non spécifié	Utilisé pour aléatoirer les rats avec la fonction RANDBETWEEN.
Médium de montage	Thermo Scientific Richard-Allan Scientific	4111	Utilisé pour le recouvrement et le montage permanent des sections colorées.
Appareil de test en champ ouvert	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Boîte de 50 cm × 50 cm × 30 cm utilisée pour les tests comportementaux.
Paraffine	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Utilisé pour l'encapsulation en paraffine des tissus cérébraux.
Phosphate-buffered saline (PBS), pH 7.4	Gibco	10010023	Utilisé comme tampon pré-refroidi pour l'homogénéisation des tissus.
Impression digitale d'interaction PLIP	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Utilisé pour l'analyse d'empreinte d'interaction protéine-ligand.
Base de données PubChem	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Base de données en ligne utilisée pour récupérer les identifiants SMILES : https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
Quercétine	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	Administré par gavage à 100 mg/kg/jour.
Kit ELISA TNF-α de rat	Invitrogen	ERA56RB	Convient pour la détection du TNF-α dans le sérum et l'homogénéisé tissulaire.
Centrifugeuse réfrigérée	Thermo Scientific	Sorvall ST 16R, 75004383	Utilisé pour la centrifugation du sérum et de l'homogénéisé tissulaire.
Logiciel Schrödinger Suite	Schrödinger, LLC	Version 2024	Utilisé pour construire le système de simulation de dynamique moléculaire.
Rats Sprague-Dawley de qualité SPF	Non spécifié dans le manuscrit	Non spécifié	3 rats mâles et 3 rats femelles utilisés pour l'établissement du modèle animal.
Logiciel SPSS	Non spécifié dans le manuscrit	Version 25.0	Utilisé pour l'analyse statistique.
Plateforme SRplot	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Plateforme en ligne utilisée pour la visualisation : https://www.bioinformatics.com.cn/
Base de données STRING	Non spécifié dans le manuscrit	Version 12.0	Utilisé pour construire le réseau d'interactions protéine-protéine : https://string-db.org/
Plateforme SwissTargetPrediction	Non spécifié dans le manuscrit	Non applicable	Plateforme en ligne utilisée pour la prédiction de cibles : http://swisstargetprediction.ch/