Développement historique et taxonomie
La démonstration par Yamagiwa et Ichikawa en 1915 du cancer de la peau induit par un carcinogène chez les lapins a établi le concept de modèle expérimental de tumeur24Les modèles syngéniques ont émergé au milieu du XXe siècle avec des lignées fondatrices telles que le carcinome pulmonaire de Lewis, le carcinome mammaire 4T1, le carcinome colorectal CT26 et le mélanome B16, qui conservent une utilité à l'ère actuelle de l'immuno-oncologie.25La découverte par Flanagan en 1966 de la souris nue athymique a fourni le premier hôte immunodéprimé capable de tolérer un tissu xénogénique.26, permettant à Rygaard et Povlsen d'obtenir la première greffe réussie d'une tumeur colorectale humaine en 196927. Le développement ultérieur de souches par l'intermédiaire de fonds génétiques SCID, NOD/SCID et dépourvus de la chaîne gamma commune du récepteur de l'IL-2 (Il2rg) a progressivement éliminé les barrières liées aux cellules T, aux cellules B et aux cellules NK28, établissant la taxonomie actuelle : CDX, PDX, variants orthotopiques et disséminés, xénogreffes dérivées d'organoïdes et xénogreffes humanisées6.
Le panel NCI-60, mis en place à la fin des années 1980 comme un criblage in vitro de 60 lignées cellulaires humaines cancéreuses couvrant neuf types de tissus, a institutionnalisé l'évaluation systématique des médicaments et a constitué le fondement de la pharmacologie préclinique basée sur des lignées cellulaires pendant plusieurs décennies, les composés actifs étant ensuite évalués dans des études CDX sous-cutanées chez des souris nues athymiques en utilisant des critères d'évaluation standardisés tels que le %T/C (pourcentage du volume tumoral traité par rapport au volume tumoral témoin), le retard de croissance tumorale et les décès liés au traitement, permettant ainsi la comparaison entre études29. Les modèles CDX restent la plateforme la plus largement utilisée et la plus rentable pour les tests d'efficacité préclinique ; les études CDX sous-cutanées atteignent leur point d'évaluation en 5 à 7 semaines (Figure 1) et jouent un rôle central dans le flux de développement des médicaments pour l'optimisation des doses, la caractérisation pharmacocinétique/pharmacodynamique (PK/PD), la quantification de l'inhibition de la croissance tumorale (TGI) et l'évaluation des critères d'efficacité liés à la survie (Figure 2).
D'un point de vue pratique, la taxinomie des modèles de xénogreffe est définie par trois variables : la source de la tumeur, le site d'implantation et le fond génétique de l'hôte. Les modèles CDX reposent sur des lignées cellulaires cancéreuses établies, disponibles en quantité stable et largement annotées sur les plans moléculaire et pharmacologique grâce à des ressources telles que l'Encyclopédie des Lignées cellulaires cancéreuses30. Les modèles PDX utilisent des fragments tumoraux prélevés directement sur des patients et greffés fraîchement afin de préserver l'histologie du donneur, l'architecture génomique et l'hétérogénéité intratumorale, bien que le stroma humain soit progressivement remplacé par un stroma murin au cours des passages successifs10. Le site d'implantation détermine le contexte biologique : la greffe sous-cutanée privilégie la simplicité technique, la reproductibilité et la mesure répétée au pied à coulisse ; l'implantation orthotopique restaure le microenvironnement spécifique à l'organe et favorise des schémas de métastases spontanées cliniquement pertinents ; l'injection intravasculaire (veine caudale, intracardiaque, intrasplénique) permet de générer des modèles de métastases expérimentales qui ciblent les étapes ultérieures de la cascade métastatique, telles que l'extravasation et la colonisation14 ; enfin, l'implantation sous la capsule rénale exploite un site fortement vascularisé qui améliore nettement les taux de prise des tumeurs difficiles à greffer31.
CDX et PDX : rôles complémentaires en oncologie préclinique
Des preuves croissantes indiquaient que les modèles CDX avaient une capacité limitée à prédire la réponse clinique aux médicaments, ce qui a conduit à une réévaluation des méthodologies précliniques en oncologie. Les lignées cellulaires cancéreuses établies, maintenues indéfiniment en culture artificielle, subissent une sélection clonale progressive, une divergence transcriptionnelle et une perte du contexte stromal et immunitaire par rapport aux tumeurs primitives dont elles sont issues. Les modèles PDX préservent l'histologie du donneur, l'architecture génomique et l'hétérogénéité intratumorale au fil des passages successifs10. En 2006, une plateforme PDX de cancer du pancréas a fourni la première démonstration de prédiction de la réponse au traitement guidée par biomarqueurs32. En 2011, la plateforme « xenopatient » a rassemblé 85 modèles PDX colorectaux annotés sur le plan moléculaire, reproduit les profils de réponse clinique au cérouximab et identifié l'amplification de HER2 comme mécanisme de résistance ciblable, validation ultérieurement confirmée dans les essais HERACLES33,34. Une étude marquante de 2015 a appliqué un dispositif d'essai clinique PDX (PCT) de type 1 × 1 × 1 sur environ 1 000 modèles et 62 régimes thérapeutiques, reproduisant des associations génotype-réponse et proposant de nouveaux mécanismes de résistance, établissant ainsi la pharmacologie à grande échelle sur modèles PDX comme une passerelle crédible vers la conception d'essais cliniques12.
Malgré ces progrès, les modèles CDX restent une référence pour l'évaluation préclinique précoce in vivo de thérapeutiques candidates, car ils sont rapides, expérimentalement propres et rentables : des lignées cellulaires authentifiées peuvent être manipulées génétiquement, amplifiées à grande échelle et implantées chez de larges cohortes appariées avec relativement peu de bruit biologique, permettant ainsi des mesures d'efficacité, de pharmacodynamique et de tolérabilité interprétables dans des délais inaccessibles aux modèles PDX ou aux systèmes humanisés. Des lignées canoniques telles que HCT116, A549 et U8735 sont associées à des décennies de littérature mécanistique et de ressources publiques en omique, et les variantes orthotopiques ou disséminées de CDX étendent leur utilité à l'étude du tropisme tissulaire, de la colonisation métastatique et des traitements spécifiques à un site, sans sacrifier leurs avantages opérationnels10. Pour des questions fondées sur des hypothèses centrées sur la dépendance à une cible, l'optimisation du schéma posologique, l'efficacité comparative ou la preuve de mécanisme, le CDX demeure la plateforme in vivo initiale appropriée. Ses limites reconnues, notamment la dérive clonale, l'absence de stroma humain et de compartiments immunitaires, ainsi qu'une valeur prédictive limitée au niveau de la population, définissent son utilisation correcte comme plateforme de triage rapide et d'étude mécanistique, plutôt que comme substitut aux résultats cliniques.
Établissement du modèle PDX : sources tumorales, implantation et biologie de l'attecissement
Du matériel tumoral viable est généralement obtenu par résection chirurgicale, mais aussi par biopsie carottée, épanchements malins ou aspirations médullaires dans les cas de malignités hématologiques31. La résection radicale fournit des volumes plus importants de tissu viable et architecturalement intact ; toutefois, les biopsies permettent d'obtenir un matériel adéquat lorsqu'elles sont dirigées vers des lésions métastatiques ou non résécables31,36. Le tissu doit être transporté dans un milieu tamponné froid et traité dans les ~24 h ; une ischémie chaude dépassant 2 h et des intervalles ex vivo supérieurs à 8–10 h réduisent progressivement l'efficacité d'engraftement. L'approbation du comité d'éthique institutionnel et un consentement éclairé écrit sont obligatoires.
Le matériel tumoral est transformé en fragments de 1 à 3 mm3, en préservant l'architecture de la matrice extracellulaire et l'hétérogénéité spatiale, ou dissocié en suspensions monocellulaires pour le tri et l'inoculation normalisée par dose. La co-implantation avec Matrigel est fréquemment utilisée pour favoriser la vascularisation précoce ; son effet est variable et doit être indiqué car il modifie le contexte microenvironnemental31. Un supplément hormonal, sous forme de pastilles d'estradiol pour les tumeurs mammaires ER-positives et de dihydrotestostérone pour les tumeurs de la prostate, améliore l'attecement des tumeurs dépendantes des hormones. L'implantation sous-cutanée au niveau du flanc dorsal permet un suivi par pied à coulisse et une simplicité opérationnelle ; l'implantation orthotopique restaure le microenvironnement spécifique à l'organe ; tandis que l'implantation sous la capsule rénale maximise les taux d'attecement pour les types de tumeurs difficiles à greffer, notamment le cancer du poumon non à petites cellules (NSCLC) et le cancer de la prostate31.
L'engraftement dépend fortement du type de tumeur. Les tumeurs agressives, peu différenciées, résistantes aux traitements ou métastatiques s'engraftent plus facilement que celles qui sont indolentes ou bien différenciées ; les cancers du sein triple négatifs, les adénocarcinomes pancréatiques ductaux, les cancers ovariens séreux de haut grade et les leucémies aiguës réussissent systématiquement mieux que les tumeurs du sein de type luminal A et d'autres tumeurs à faible taux d'engraftement, et un engraftement réussi prédit lui-même un pronostic défavorable pour le patient dans les cas de cancer du sein triple négatif et de tumeurs pancréatobiliaires10. La souche hôte constitue un second facteur déterminant majeur : des souches hautement immunodéficientes telles que NSG et NOG ont remplacé les souris nues et SCID dans les cas difficiles ou hématologiques en raison de leur perméabilité plus étendue9.
Par convention, l'implantation initiale chez le patient est désignée F0 (ou P0), les passages sériels étant étiquetés F1, F2, et ainsi de suite. La cinétique de croissance se stabilise généralement après les premiers passages, et la plupart des programmes réservent les études pharmacologiques formelles aux échantillons F2 ou F3 afin de réduire la variabilité inter-souris, bien qu'aucun seuil universel n'existe ; la majorité des programmes définissent les premiers passages comme allant de F2 à F4, les échantillons au-delà de F5 présentant un risque croissant de surcroissance subclonale et de dérive transcriptionnelle, dont le taux dépend du type de tumeur. Étant donné que le numéro de passage influence à la fois la reproductibilité et la dérive biologique, l'historique des passages, la souche hôte, le site d'implantation et l'origine doivent être enregistrés pour chaque étude conformément à la norme de rapport PDX-MI19.
Souches d'hôtes immunodéficients
Les souris athymiques nues (Foxn1nu) n'ont pas de lymphocytes T matures mais conservent les lymphocytes B, les cellules NK et l'immunité innée. Les souris CB-17 scid, porteuses d'une mutation perte-de-fonction dans Prkdc, manquent de lymphocytes T et B en raison d'une recombinaison V(D)J défectueuse, mais conservent les cellules NK et développent avec l'âge des lymphocytes "fuitifs"9. La mutation scid sur fond NOD/ShiLtJ (NOD/SCID) ajoute des défauts de l'immunité innée, notamment une déficience du complément, une fonction altérée des macrophages et des cellules dendritiques, ainsi qu'une activité NK réduite. L'ajout d'une mutation nulle dans la chaîne gamma commune du récepteur de l'IL-2 (Il2rg), nécessaire à la signalisation des interleukines IL-2, IL-4, IL-7, IL-9, IL-15 et IL-21, élimine les cellules NK fonctionnelles et affaiblit fortement l'immunité innée résiduelle, conduisant aux modèles NSG (NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1wjI/SzJ) et NOG (NODShi.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1sug) ; le NSG porte une délétion complète d'Il2rg, tandis que le NOG exprime un récepteur tronqué capable de se lier aux ligands mais incapable de transmettre le signal. Les souris NSG et NOG permettent l'engraftement de tumeurs solides et d'hémopathies malignes et constituent les hôtes par défaut pour les travaux sur les modèles de xénogreffes dérivées de patients (PDX). La souche NRG (NOD.Cg-Rag1tm1Mom Il2rgtm1wjI) remplace la mutation Prkdc par une délétion de Rag1, préservant ainsi la compétence pour la réparation de l'ADN. La souche BRG (BALB/c-Rag2null Il2rgnull) offre une alternative sur fond BALB/c tolérante aux radiations, évitant l'allèle Sirpa spécifique à la souche NOD. Le rat SRG (double invalidation Rag2/Il2rg sur fond Sprague-Dawley) supporte les lignées cellulaires et les PDX qui se développent mal chez les NSG, notamment le cancer de la prostate VCaP avec un taux d'engraftement >90 %, et permet des prélèvements sanguins et tissulaires en série, des chirurgies orthotopiques et des études de pharmacocinétique physiologiquement pertinentes37.
Les systèmes xénogreffés humanisés rétablissent des souris gravement immunodéficientes avec des composants immunitaires humains avant ou simultanément à l'implantation de tumeurs38. Les trois formats principaux sont les hu-PBMC (injection de cellules mononucléées du sang périphérique adulte), les hu-CD34 (cellules souches hématopoïétiques humaines CD34⁺ administrées par voie intraveineuse après irradiation subléthale ou conditionnement au busulfan) et les modèles BLT (co-implantation de foie et de thymus fœtaux avec des cellules CD34⁺, produisant le développement lymphoïde le plus complet). Ces modèles permettent d'évaluer les inhibiteurs de points de contrôle immunitaires, les anticorps bispécifiques, les thérapies cellulaires et les mécanismes de résistance immuno-médiés38. Les conceptions autologues ou appariées au niveau du CMH associent le compartiment tumoral et le compartiment immunitaire provenant du même donneur. L'efficacité de la réconstitution dépend de la source du donneur, de la souche hôte, du régime de conditionnement et de la durée de l'étude ; les compartiments myéloïde, stromal et lymphoïde sont généralement incomplets ou déséquilibrés : les modèles hu-PBMC présentent une carence en cellules NK, en cellules B et en lignées myéloïdes, malgré un engraftement T-cellulaire robuste ; les modèles hu-CD34 permettent une production multilignée mais sous-représentent les cellules dendritiques conventionnelles et les macrophages tissulaires ; les modèles BLT assurent une éducation thymique T-cellulaire supérieure, mais restent sous-optimaux pour la réconstitution myéloïde. Les souris hu-PBMC atteignent rapidement une réconstitution T-cellulaire, mais développent une maladie du greffon contre l'hôte (GvHD) xénogénique en trois à six semaines, suite à la reconnaissance par les cellules T humaines du CMH murin ; les variants NSG dépourvus de CMH-I/II atténuent partiellement ce phénomène22. Les souris hu-CD34 permettent des études plus longues, mais nécessitent une période de réinstallation prolongée et ne reproduisent pas intégralement la biologie humaine des cellules myéloïdes, NK ou stromales.
Modèles orthotopiques et de métastases
Les xénogreffes sous-cutanées, bien qu'étant la plateforme préclinique de première intention, placent le tissu tumoral humain dans un contexte biologique qui s'écarte du microenvironnement organique d'origine. La composition de la matrice extracellulaire, l'architecture vasculaire, la tension en oxygène, les populations stromales et la signalisation paracrine de l'espace sous-cutané dorsal diffèrent de celles du sein, du pancréas, du péritoine, du côlon ou du poumon10. L'implantation orthotopique restaure le microenvironnement spécifique à l'organe et soutient généralement une vascularisation accrue ainsi qu'une métastase spontanée, reproduisant plus fidèlement la progression naturelle du cancer, au prix d'une complexité chirurgicale accrue et de la nécessité d'une surveillance basée sur l'imagerie39.
Les techniques de PDX orthotopiques se sont étendues à divers types de tumeurs. Le PDX du cancer du sein est établi dans la couche adipeuse mammaire, permettant des métastases spontanées vers les poumons et les ganglions lymphatiques40. Le PDX du cancer colorectal implanté dans la paroi cæcale ou colique reproduit l'invasion locale et les métastases hépatiques39. Le PDX du cancer de l'ovaire administré par voie intrapéritonéale reproduit la dissémination péritonéale caractéristique des formes séreuses de haut grade41. Le PDX du carcinome adénocarcinomateux ductal du pancréas implanté dans le pancréas reproduit la réaction stromale désoplacique et l'invasion locale précoce32. Deux stratégies principales de modélisation des métastases sont utilisées : les modèles de métastases expérimentales, dans lesquels les cellules tumorales sont administrées par voie intravasculaire pour évaluer les étapes ultérieures de la cascade métastatique, telles que l'extravasation et la colonisation ; et les modèles de métastases spontanées, dans lesquels la tumeur primaire orthotopique se dissémine selon l'ensemble complet de la cascade14.
Normalisation, authentification et conception de l'étude
Quatre cadres de rapport et de conception d'étude définissent les expériences de xénogreffe. PDX-MI précise les métadonnées minimales requises pour les modèles dérivés de patients, y compris les informations sur le donneur, la source de la tumeur, la souche hôte, le site d'implantation, le numéro de passage, le taux d'engraftement, ainsi que la caractérisation histologique et moléculaire ; l'authentification par répétitions courtes en tandem (STR) est incluse dans le contrôle qualité du modèle afin de confirmer l'origine et détecter toute contamination croisée19. MISHUM étend des exigences analogues aux systèmes humanisés, en couvrant la source des cellules souches hématopoïétiques humaines ou des PBMC, le régime de conditionnement, la souche hôte, l'efficacité de reconstitution vérifiée par cytométrie en flux, et la surveillance du rejet greffon contre hôte (GvHD)20. OBSERVE (Oncology Best-practices: Signs, Endpoints and Refinements for In Vivo Experiments), un consensus EurOPDX/INFRAFRONTIER de 2024, fournit des recommandations spécifiques aux modèles de cancer chez les rongeurs en matière d'affinement et de bien-être, complétant ainsi les cadres plus généraux PREPARE et ARRIVE 2.023,42. Les recommandations consensuelles de 2024 du PDXNet du NCI abordent la conception des études, l'analyse de la croissance tumorale et la catégorisation des réponses dans les expériences de pharmacologie sur PDX, et mettent à disposition un ensemble public d'outils analytiques43.
Ces cadres ne sont pas entièrement harmonisés, et une étude moderne de xénogreffe peut devoir satisfaire simultanément aux exigences des recommandations PDX-MI, MISHUM, OBSERVE et PDXNet. En pratique, le numéro de passage, la formule de mesure de la tumeur, la source de l'hôte, la méthode d'authentification et la stratégie analytique préétablie sont souvent omis43. Un schéma de rapport unifié couvrant les systèmes CDX, PDX et humanisés demeure un besoin non comblé. Les référentiels publics de modèles PDX incluent le référentiel de modèles dérivés de patients du NCI (PDMR), le portail de données EurOPDX et PDX Finder, qui recensent collectivement plusieurs milliers de modèles accompagnés de données génomiques, histologiques et pharmacologiques afin de faciliter l'identification et l'acquisition des modèles18. Les études CDX exigent un profilage STR systématique et un contrôle de la contamination, tandis que les études PDX nécessitent un lien avec le cas du donneur, une confirmation moléculaire des caractéristiques conductrices lorsque cela est possible, et une documentation du contenu cellulaire humain par rapport au contenu murin au fil des passages19. L'estimation du volume tumoral reste incohérente entre les études, différentes formules étant appliquées sans divulgation explicite, ce qui modifie les estimations de l'effet du traitement et complique la comparaison entre études ; la standardisation des métriques de croissance, des seuils de réponse, des règles de censure et des formats de visualisation est donc tout aussi importante que la standardisation des méthodes d'engraftement43.
Fidélité génomique, évolution clonale et interprétation translationnelle
Les PDX conservent les mutations conductrices et les profils de nombre de copies plus fidèlement que les CDX au cours des premiers passages, ce qui soutient leur utilisation pour le développement de biomarqueurs, les études de résistance et la modélisation co-clinique44. Toutefois, une évolution tumorale spécifique à la souris, un remplacement du stroma et un reprogrammation épigénétique surviennent au cours des passages, et certaines discordances apparentes reflètent un échantillonnage sous-clonal de tumeurs spatialement hétérogènes plutôt qu'une dérive induite par le modèle45. Les premiers passages offrent une correspondance biologique plus forte que les matériaux largement passagés, bien que les deux soient façonnés par les pressions sélectives liées au site d'implantation, à l'immunité de l'hôte et aux traitements antérieurs45. Deux principes pratiques en découlent : les modèles PDX doivent être caractérisés de manière longitudinale plutôt que supposés statiques, et l'intégration du séquençage, de l'histopathologie, du profilage transcriptionnel et de la réponse au traitement est recommandée lorsque le choix du modèle a des conséquences importantes en aval44.
Modèles de souris humanisées et applications en immuno-oncologie
Les systèmes humanisés reconstitués avec des PBMC humains, des HSC CD34⁺ ou des tissus BLT permettent de pallier l'incapacité des hôtes PDX conventionnels à modéliser un microenvironnement immunitaire humain intact. Les modèles hu-PBMC permettent une reconstitution rapide des lymphocytes T, mais sont limités par une maladie du greffon contre l'hôte xénogénique (GvHD) apparaissant en trois à six semaines ; les modèles hu-CD34 nécessitent 8 à 16 semaines pour une reconstitution multilignée, mais permettent des études plus longues9. L'introduction de transgènes codant pour des cytokines humaines a encore amélioré la reconstitution de lignées immunitaires spécifiques. Les souris NSG-SGM3 (transgéniques pour l'IL-3, le GM-CSF et le SCF humains) favorisent le développement des cellules myéloïdes et des mastocytes46. Les souris MISTRG (humanisées pour le M-CSF, l'IL-3, le GM-CSF, le SIRPα et la thrombopoïétine) et les souris MISTRG6 (en plus humanisées pour l'IL-6) sur un fond génétique Rag2⁻/⁻ Il2rg⁻/⁻ produisent la reconstitution myéloïde, des cellules NK et des macrophages tissulaires la plus complète actuellement disponible, et permettent l'engraftement de cellules souches et progénitrices hématopoïétiques dérivées de moelle osseuse adulte que d'autres souches ne parviennent pas à accueillir47. Les souris NOG-EXL (transgéniques pour l'IL-3 et le GM-CSF humains sur fond NOG) permettent une reconstitution myéloïde et des mastocytes à des concentrations plus faibles de cytokines que les NSG-SGM3, ce qui se traduit par une meilleure survie à long terme et un syndrome d'activation macrophagique moins sévère, les rendant plus adaptées aux études prolongées d'humanisation et de tumeurs. Les souris humanisées engreffées avec des lymphocytes T humains permettent de modéliser le syndrome de libération de cytokines (CRS), offrant ainsi la possibilité de caractériser précliniquement le profil de sécurité des activateurs bispécifiques des lymphocytes T, des anticorps ciblant le CD3 et des autres biomédicaments activateurs des lymphocytes T. Aucune souche n'est universellement supérieure ; le choix dépend de la lignée immunitaire étudiée et de la durée de l'expérience.
La configuration la plus fidèle est le PDX humanisé autologue, dans lequel des cellules hématopoïétiques et un tissu tumoral provenant du même patient sont greffés conjointement, éliminant ainsi toute incompatibilité du CMH entre les compartiments immunitaire et tumoral47. Chiorazzi et ses collègues ont démontré en 2023 que les modèles PDX MISTRG6 autologues génèrent des populations immunitaires humaines innées et adaptatives qui pénètrent dans le microenvironnement tumoral, recréent les programmes d'activation et d'épuisement des lymphocytes T CD8⁺, et produisent une signature myéloïde pro-tumorale induite par le VEGF-A, dont l'inhibition supprime la croissance tumorale accrue, validant ainsi cette configuration comme une plateforme d'évaluation des immunothérapies47. Phoon et ses collègues ont étendu cette approche au mélanome, montrant que les modèles PDX humanisés par PBMC autologues reproduisent la variabilité interindividuelle de la réponse au blocage des points de contrôle immunitaire et aux cytokines IL-2 modifiées48,49. Une approche autologue parallèle, le transfert adoptif de lymphocytes intra-tumoraux (TIL) dérivés du patient et expansés ex vivo dans des souris porteuses de tumeurs PDX appariées, a été utilisée pour modéliser l'efficacité de la thérapie par TIL dans le mélanome et d'autres tumeurs solides50. L'interprétation des études d'immunothérapie dans les systèmes humanisés nécessite toutefois une certaine prudence : plusieurs anticorps dirigés contre les points de contrôle immunitaires (par exemple, anti-CTLA4, anti-PD1) présentent une réactivité croisée restreinte selon les espèces, la fonction des cellules dendritiques et la présentation de l'antigène restent incomplètes dans la plupart des souches humanisées, et des structures telles que les organes lymphoïdes tertiaires et les centres germinatifs pleinement fonctionnels sont rarement reconstitués51.
Thérapie par cellules CAR-T et modèles de xénogreffe
La thérapie par cellules CAR-T a obtenu plusieurs approbations réglementaires pour les malignités hématologiques, et l'évaluation par xénogreffe chez des souris immunodéficientes porteuses de tumeurs CDX ou PDX constitue la plateforme préclinique standard pour les produits CAR-T humains avant leur translation clinique52. Le déficit immunologique des hôtes de type NSG exclut l'activation des macrophages, la présentation croisée par les cellules dendritiques et la suppression médiée par les lymphocytes T régulateurs du système expérimental, et les xénogreffes murines n'ont pas permis de prédire les toxicités systémiques induites par les cytokines observées ultérieurement chez les patients52. Une revue systématique et une méta-analyse publiées en 2025, portant sur 422 essais cliniques et 3 157 études précliniques, ont révélé que les signaux d'efficacité préclinique observés dans les modèles de xénogreffe CAR-T sont largement homogènes, indépendants de l'antigène et ne permettent pas de distinguer entre les constructions CAR qui réussissent ou échouent par la suite dans les essais cliniques53. En 2025, Fløe et ses collègues ont montré que les différences au niveau de l'espèce en matière de signalisation des cytokines, de densité antigénique, de répertoire des récepteurs des lymphocytes T et de communication croisée entre tumeur et système immunitaire limitent la capacité de translation des données de xénogreffe CAR-T, et que les modèles syngéniques sont utilisés dans environ 4 % des études précliniques CAR-T publiées52,53. Le syndrome de libération de cytokines (CRS) et le syndrome de neurotoxicité associé aux cellules immunitaires effectrices (ICANS) ne sont pas reproduits dans les xénogreffes NSG standard. Des études mécanistiques menées sur des hôtes NSG-SGM3 ont indiqué que le CRS est principalement induit par l'IL-1 et l'IL-6 d'origine monocytaire, l'IL-1 et l'IL-6 étant différentiellement nécessaires pour le CRS et la neurotoxicité. De plus, la neutralisation du GM-CSF réduit le CRS et l'inflammation neurologique tout en préservant l'activité antitumorale des cellules CAR-T. Ces voies sont modélisées dans des configurations d'xénogreffes humanisées autologues ou transgéniques pour les cytokines, et non dans les xénogreffes conventionnelles basées sur le NSG. Les modèles murins syngéniques de CAR-T offrent une plateforme complémentaire permettant d'évaluer les interactions des cellules CAR-T avec un système immunitaire hôte intact, au prix d'une dépendance à la biologie cible murine plutôt qu'humaine. L'évaluation basée sur les xénogreffes a permis la translation clinique de la thérapie CAR-T ciblant le CD19, où l'activité contre les modèles de LAL-B et de LNH-B chez les hôtes NSG a correspondu à des réponses cliniques durables54.
Développement pharmaceutique, découverte de biomarqueurs et traduction assistée par l'intelligence artificielle
Les modèles PDX visent à prédire les réponses cliniques aux médicaments avec une fidélité supérieure à celle des modèles CDX ou GEMM. L'essai clinique PDX (PCT) de Novartis de 2015 mené par Gao et ses collègues a appliqué un plan expérimental 1 × 1 × 1 à environ 1 000 modèles PDX, 62 régimes thérapeutiques et six indications, permettant d'identifier des associations génotype-réponse ainsi que des mécanismes de résistance établis et nouveaux12. L'application du concept 1 × 1 × 1 au niveau du patient individuel est limitée par un délai de mise en place de 3 à 6 mois, ce qui place généralement les décisions guidées par les modèles PDX en deuxième ou troisième ligne de traitement10. Les études PDX ont contribué à l'identification de biomarqueurs cliniques validés, notamment la mutation de KRAS comme prédicteur de la résistance aux anti-EGFR dans le cancer colorectal, les mutations activatrices d'EGFR et la mutation T790M pour le choix des inhibiteurs de tyrosine kinase dans le cancer pulmonaire non à petites cellules (NSCLC), l'amplification d'HER2 dans les cancers du sein et gastrique, ainsi que la résistance au platine dans le cancer de l'ovaire10.
De grandes bases de données sur la réponse aux médicaments chez les modèles PDX ont permis l'application de méthodes d'apprentissage automatique à la prédiction de la réponse thérapeutique. En 2025, Yang et ses collègues ont décrit TRANSPIRE-DRP, un cadre d'apprentissage profond utilisant un apprentissage par adaptation de domaine non supervisé afin de traduire les données transcriptomiques PDX en prédictions de réponse au niveau du patient, évalué pour le céfuximab, le paclitaxel et la gemcitabine55. En 2024, Tosca et ses collègues ont publié un cadre de modélisation translationnelle qui a permis de ramener à l'échelle humaine les taux de croissance tumorale PDX selon une relation allométrique, afin de prédire le temps de doublement du volume tumoral et la survie sans progression dans des populations de patients non traités, couvrant onze types de cancers solides, avec 91 % des médianes prédites du temps de doublement du volume tumoral situées à moins d'un facteur 1,5 des observations cliniques56. Des défis non résolus persistent : un biais de sélection dans les biobanques en faveur des tumeurs greffables, une validation clinique prospective limitée, et l'absence de voie réglementaire définie pour les preuves précliniques issues de l'intelligence artificielle33,55.
Les plates-formes de xénogreffe répondent à différentes questions translationnelles selon les stades de développement, sans se concurrencer pour un rôle unique. Les modèles CDX restent centraux pour les travaux mécanistiques précoces et le criblage à haut débit ; les modèles PDX offrent la fidélité génomique et l'hétérogénéité interindividuelle nécessaires à la validation des biomarqueurs et à la modélisation des réponses cliniques ; les configurations humanisées et autologues humanisées permettent de répondre à des questions spécifiques aux immunothérapies, que les xénogreffes conventionnelles ne peuvent aborder ; enfin, les plates-formes basées sur les organoïdes augmentent le débit ex vivo lorsque le tissu est limité ; ces plates-formes soutiennent collectivement l'évaluation préclinique de thérapeutiques anticancéreuses nouvelles, établies ou alternatives57,58,59. Des cadres d'intelligence artificielle et d'apprentissage automatique tels que TRANSPIRE-DRP et les modèles translationnels PK/PD relient désormais les données de réponse aux médicaments dans les modèles PDX aux prédictions de réponse au niveau du patient, mais leur utilité clinique dépend de la qualité et de la standardisation de l'annotation des modèles sous-jacents. Les principales questions non résolues concernent la validité prédictive, la reproductibilité des rapports, la représentativité des biobanques et le statut réglementaire des preuves précliniques issues de l'IA. Les progrès dépendront moins de l'introduction de nouvelles catégories de modèles que d'une utilisation rigoureuse des modèles existants, soutenue par des métadonnées harmonisées, une évaluation longitudinale de la fidélité et une intégration transparente entre plates-formes.