Name: C. elegans 추적 및 행동 측정 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-11-17T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 36 s
Description: 배우세요 C. elegans의 고속 추적 현미경 시스템과 차원 축소 기법을 활용한 행동 정량화 방법을. LabVIEW와 MATLAB 기반 소프트웨어로 복잡한 이미지 데이터를 분석하여 유전자 및 신경 기능 연구에 활용할 수 있습니다.

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1. 추적 현미경에 대한 설명 <ol><li> 한천 플레이트는 섬유 광원에 의해 조명과 카메라와 이미징 있습니다. 이 시스템은 X, Y 번역 단계에 장착된다. </li><li> 무대는 스테퍼 모터 컨트롤러에 연결되어있는 표준 스테퍼 모터에 의해 이동된다. </li><li> 컨트롤러와 카메라가 컴퓨터에 연결되어 LabVIEW로 작성된 사용자 정의 프로그램에 의해 제어됩니다. </li><li> 카메라는 이미지 한천 플레이트의 표면을과 가벼운 배경에 어두운 물체를 식별 할 수 있습니다. </li><li> 컴퓨터 프로그램이 실시간으로 객체를 수량화 할 수 있도록 이미지 화질이 조정됩니다. 게인, 밝기, 카메라의 셔터 속도는 흰색 배경에 검은 물체를 제공하기 위해 조정할 수 있습니다. </li><li> 자동 보정 과정에 대한 보정 마크는 웜 곡괭이로 한천 표면을 농담으로 구성되어 있습니다. </li><li> 추적 프로그램에 의해 사용되는 필터링, 바이너리 이미지를 확인하실 수 있습니다. </li><li> 그래서ftware는 테스트 개체에게 고정 된 거리를 이동하여 보정 행렬을 계산하는 자동 보정 기능이 있습니다. </li><li> 픽셀 거리가 보정 매트릭스하여 스테퍼 모터에 의해 촬영 단계로 조정됩니다. </li><li> 보정 한 후, 시스템은 갈 준비하고 배율이 변경되지 않는 한 또는 카메라 위치를 변경하는 경우 recalibrated 할 필요가 없습니다. </li></ol> 2. 추적 접시와 C. 준비 추적에 대한 elegans <ol><li> 구리 반지가 벌레를 마차를 둥글게 둘러 친 진과 접시의 가장자리로 마이그레이션에서 그들을 유지하는 데 사용됩니다. 구리는 지역 화학 장벽을 제공하며 실험 (&lt;1 시간)의 기간 동안 달리 웜의 움직임에 영향을주지 않습니다. 열 블록 또는 이와 동등한에 배치하여 먼저 링을 가열. </li><li> 신선한 한천 플레이트로 장소 링 (1.7 % Bacto 한천, 0.25 % Bacto-펩톤, 0.3 % NaCl, 1 MM CaCl 2, 1 MM MgSO 4, 25 MM 인산 칼륨 버퍼, 5 μg / ML콜레스테롤)과 한천 표면에을 삽입 할 약간 아래로 누르십시오. </li><li> 식품 잔류 물을 닦아야 일부 NGM 버퍼 (0.3 % NaCl, 1 MM CaCl 2, 1 MM MgSO 4, 25 MM의 칼륨 인산 버퍼)로 가득 한천 플레이트에 L4 단계 또는 젊은 성인 웜를 선택합니다. 웜은 몇 분 동안 수영을 보자. </li><li> 조심스럽게 링의 중심 근처의 추적 플레이트에 하나의 웜을 배치합니다. 그리고 웜 추적기로 판을 놓습니다. </li></ol> 3. 웜 추적 <ol><li> LabVIEW 프로그램을 실행하고 필요한 경우 (이미지에 대한 위치, 이미지, 측정, 카메라 설정의 종류) 옵션을 선택합니다. </li><li> 조이스틱이 웜의 이미지까지 현미경을 이동 사용하면 시야 (컴퓨터 화면)에 있습니다. 추적 프로그램을 참여하려면 &quot;트랙&quot;을 누르십시오. </li><li> 컴퓨터 프로그램은 실제로 같이 바이너리 필터링 이미지의 움직임을 측정하고 실시간으로이 이미지에 대한 측정을 할 수 있습니다 </li><li> 고물에웜의 로컬 형상 변경 사항이 상세하게 볼 수있는 동안 글로벌 궤도의 재건을 추적 어,이 스테퍼 모터의 움직임에서 만들어 질 수있다. </li></ol> 4. 데이터 분석 <ol><li> 웜의 모양을 매개 변수화 할 수 skeletonizing 스크립트 (MATLAB)를 실행합니다. (그림 2) </li><li> skeletonized 데이터 eigenmodes을 계산합니다. (그림 3,4) </li><li> 그림 5를 표시합니다. 그림 범례 또는 대리인 결과를 읽어 보시기 바랍니다. </li></ol>

<ol><li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-79 (1974).</li>
<li>de Bono, M., Maricq, A. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuronal+substrates+of+complex+behaviors+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Neuronal substrates of complex behaviors in C. elegans.</a> Annu. Rev. Neurosci. (28), 451-501 (2005).</li>
<li>Pierce-Shimomura, J. T., Morse, T. M., Lockery, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+fundamental+role+of+pirouettes+in+Caenorhabditis+elegans+chemotaxis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Neurosci%22%5BJournal%5D)">The fundamental role of pirouettes in Caenorhabditis elegans chemotaxis.</a> J. Neurosci. 19 (21), 9557-9569 (1999).</li>
<li>Gray, J. M., Hill, J. J., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+circuit+for+navigation+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">A circuit for navigation in Caenorhabditis elegans.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (9), 3184-3191 (2005).</li>
<li>Baek, J. H., Cosman, P., Feng, Z., Silver, J., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+machine+vision+to+analyze+and+classify+Caenorhabditis+elegans+behavioral+phenotypes+quantitatively%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Neurosci.+Methods%22%5BJournal%5D)">Using machine vision to analyze and classify Caenorhabditis elegans behavioral phenotypes quantitatively.</a> J. Neurosci. Methods. 118 (1), 9-21 (2002).</li>
<li>Stephens, G. J., Johnson-Kerner, B., Bialek, W., Ryu, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dimensionality+and+Dynamics+in+the+Behavior+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput.+Biol%22%5BJournal%5D)">Dimensionality and Dynamics in the Behavior of C. elegans.</a> PLoS Comput. Biol. 4 (1), e1000028(2008).</li>
<li>Stephens, G. J., Johnson-Kerner, B., Bialek, W., Ryu, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((From+modes+to+movement+in+the+behavior+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">From modes to movement in the behavior of C. elegans.</a> PLoS One. 5 (11), e13914(2010).</li>
<li>Feng, Z., Cronin, C. J., Wittig, J. H. Jr, Sternberg, P. W., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+imaging+system+for+standardized+quantitative+analysis+of+C.+elegans+behavior%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">An imaging system for standardized quantitative analysis of C. elegans behavior.</a> BMC Bioinformatics. (5), 115(2004).</li>
<li>Ramot, D., Johnson, B. E., Berry, T. L. Jr, Carnell, L., Goodman, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Parallel+Worm+Tracker%3A+A+Platform+for+Measuring+Average+Speed+and+Drug-Induced+Paralysis+in+Nematodes%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The Parallel Worm Tracker: A Platform for Measuring Average Speed and Drug-Induced Paralysis in Nematodes.</a> PLoS One. 3 (5), e2208(2008).</li>
<li>Swierczek, N. A., Giles, A. C., Rankin, C. H., Kerr, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+behavioral+analysis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">High-throughput behavioral analysis in C. elegans.</a> Nat. Methods. 8 (7), 592-598 (2011).</li>
<li>Leifer, A. M., Fang-Yen, C., Gershow, M., Alkema, M. J., Samuel, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optogenetic+manipulation+of+neural+activity+in+freely+moving+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Optogenetic manipulation of neural activity in freely moving Caenorhabditis elegans.</a> Nat. Methods. 8 (2), 147-152 (2011).</li>
<li>Stirman, J. N., Crane, M. M., Husson, S. J., Wabnig, S., Schultheis, C., Gottschalk, A., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+multimodal+optical+control+of+neurons+and+muscles+in+freely+behaving+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Real-time multimodal optical control of neurons and muscles in freely behaving Caenorhabditis elegans.</a> Nat. Methods. 8 (2), 153-158 (2011).</li>
<li>Ben Arous, J., Tanizawa, Y., Rabinowitch, I., Chatenay, D., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+imaging+of+neuronal+activity+in+freely+behaving+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci+Methods%22%5BJournal%5D)">Automated imaging of neuronal activity in freely behaving Caenorhabditis elegans.</a> J Neurosci Methods. 187 (2), 229-234 (2010).</li>
<li>Wittenburg, N., Baumeister, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Thermal+avoidance+in+Caenorhabditis+elegans%3A+an+approach+to+the+study+of+nociception%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Thermal avoidance in Caenorhabditis elegans: an approach to the study of nociception.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (18), 10477-10482 (1999).</li>
</ol>

관심 없음 충돌이 선언 없습니다.

운동과 자연 행동의 연구는 데이터 감소 기술과 파트너의 비 침습적 추적 기술이 필요합니다. 여기 C.에 대한 자세한 이미지를 기록 추적 시스템을 사용하기 쉬운을 증명 한 는 한천 플레이트의 표면에 크롤링으로 elegans 행동. 이러한 이미지에 포함 된 정보의 양이 광대 높은 차원이며, 그래서 우리는 네 개의 근본적인 조치로 데이터의 차원을 줄이기 위해 방법을 개발했습니다. 이러한 조치는 포괄적이며 웜의 행동에 대해 해석하기 쉽습니다. 이 작품의 경우는 순방향 및 역방향의 undulatory주기의 서로 다른 점을 눈으로 할 어려운 조치에 우선적으로 국가 사이의 그 웜 전환을 보여줍니다. 이 작품은 측정 할 수 있습니다 또는 neuronal acti을 조절 시스템도 낮은 배율 8,9,10에서 웜의 동작을 측정하기 위해 개발 된 시스템을 추적에 보완하며,유전자 인코딩 시약에게 11,12을 사용하여 vity. ...

<table border="1"><tbody><tr><td> 부분의 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td><td> 코멘트 (선택 사항) </td></tr><tr><td> CCD 카메라 </td><td> Basler </td><td> A601f </td><td></td></tr><tr><td> 렌즈 </td><td> 에드먼드 광학 </td><td> MMS 시리즈 </td><td></td></tr><tr><td> 섬유 조명 </td><td> Dolan 제너 </td><td> DC-950H </td><td></td></tr><tr><td> 번역 단계 </td><td> Deltron </td><td> LS3-4 </td><td></td></tr><tr><td> 스테퍼 모터 </td><td> 미국 디지털 </td><td> MS23C </td><td></td></tr><tr><td> 스테퍼 모터 드라이브 </td><td> 도마뱀 붙이 </td><td> G201 </td><td></td></tr><tr><td> 스테퍼 모터 제어 </td><td> SimpleStep </td><td> SSXYZ </td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td> 모든 프로그래밍 코드는 사용할 수 있습니다. 해당 작성자에게 요청 이메일을 보내 주시기 바랍니다. </td></tr></tbody></table>

c. elegans 추적 및 행동 측정

C. elegans Tracking and Behavioral Measurement

우리는 C.의 locomotory 동작을 수량화하기 위해 계측, 이미지 처리 및 데이터 분석 기술을 개발했습니다 elegans는 한천 플레이트의 표면에 크롤링 있습니다. 행동, C.의 유전자, 생화학, 그리고 neuronal 기초 연구에 대한 이 현미경 의무, 유전자 다루기 쉬운이며, 택시, 학습, 사회 상호 작용 1,2 등의 복잡한 행동의 수를 보여주기 때문에 elegans는 이상적인 유기체입니다. 그들은 한천 플레이트에 크롤링하는 웜의 움직임을 추적에 따라 행동 분석은 감각 동작 3, 운동 4, 및 일반 mutational phenotyping (5)의 연구에 특히 유용했습니다. 우리 시스템은 웜이 더 기계적 자극이 웜에 전송되지 않습니다 보장 고정 한천 플레이트에 크롤링으로 카메라와 조명 시스템을 이동하여 사용할 수 있습니다. 우리의 추적 시스템은 사용하기 쉬운이며, 반자동 보정 기능이 포함되어 있습니다. 차모든 동영상 추적 시스템의 llenge는 차원 본질적으로 높은 데이터의 엄청난 금액을 생성하는 것입니다. 우리 영상 처리 및 데이터 분석 프로그램은 종합적으로 만 3-4 치수 6,7의 기능으로 웜 동작을 재구성 독립적 인 구성 요소의 집합으로 웜 모양을 줄임으로써 이러한 문제를 처리합니다. 과정의 예를 들어 우리는 웜이 위상 특정 방식으로의 반전 상태를 입력하고 종료 보여준다.

예 : foraging, C. elegans 전환 앞으로의 자주 전진 상태로 돌아 가기 전에 reorientation을 (오메가 턴) 수행, 운동을 반대로합니다. 이 전환을 정량화하는 것은 운동의 foraging 패턴을 이해하고 또한 웜의 모터 제어에 중요합니다. 운동 행동의 미묘한 세부 사항을 공개 할 수있는 능력은 우리의 추적 장치를 사용하여 볼 수 있습니다. 예를 들어 우리는 반대로 ~ 30 분의 한천 플레이트에 자유롭게 크롤링 웜의 고해상도 이미지를 캡처하여 전환을 전달 반대로 앞으로 좀 봐. 실행됩니다. eigenmode 분석 (그림 3) 우리가 웜의 undulatory 운동의 위상을 측정 할 수 있습니다. 차례로 위상 측정은 우리가 웜과 전환 (그림 4) 바꿀 수있는 앞으로의 속도를 계산 할 수 있습니다. 웜의 속도와 단계의 공동 확률을하려함으로써, 우리는 그 트랜스 볼 수 있습니다순방향 ...

우리는 기록하고 계량화 할 수있는 비디오 속도 추적 현미경 시스템을 개발 한<em&gt; C. elegans</em높은 해상도와 높은 속도로&gt; 동작. 우리는 또한 완전히 웜의 모양을 설명하는 측정의 기본 집합에 웜 이미지의 차원을 줄이기 위해 계산 방법을 개발했습니다.

C. elegans 추적 및 행동 측정

우리는 C. elegans가 ... 위를 기어갈 때의 이동 행동을 정량화하기 위한 계측 장비, 이미지 처리 및 데이터 분석 기술을 개발하였습니다.

표형 분석. *C. elegans*의 이동 능력은 *C. elegans*의 행동에 관여하는 유전자와 뉴런을 발견하는 데 중요한 도구입니다. *C. elegans*는 체형을 변화시켜 전진 및 후진 운동, 그리고 다양한 유형의 회전과 같은 정형화된 이동 행동을 보입니다. 이러한 움직임을 긴 거리에서 높은 공간 및 시간 해상도로 정량화하기 위해, 우리는 한천 배지 표면을 기어가는 *C. elegans*의 움직임을 포착하는 웜 트래커(worm tracker)를 구축하였습니다.저희는 또한 LabVIEW와 MATLAB으로 작성한 맞춤형 프로그램을 사용하여 이러한 움직임을 정량적으로 분리하고 분석하는 소프트웨어를 개발했습니다. 모든 비디오 추적 시스템의 과제는 매우 고차원적인 방대한 양의 데이터를 생성한다는 점입니다. 저희의 이미지 처리 및 데이터 분석 프로그램은 벌레의 형태를 일련의 독립 성분으로 환원함으로써 이 문제를 해결하였으며, 이를 통해 벌레의 행동을 단 3~4차원의 함수로 포괄적으로 재구성하였습니다.한천 배지는 파이버 광원에 의해 조명되며 카메라로 촬영됩니다. 이 시스템은 XY 이동 스테이지에 장착되어 있습니다. 스테이지는 스테퍼 모터 컨트롤러에 연결된 표준 스테퍼 모터에 의해 이동합니다.컨트롤러와 카메라는 컴퓨터에 연결되어 있으며 LabVIEW로 작성된 맞춤형 프로그램으로 제어됩니다. 카메라는 한천 배지 플레이트의 표면을 촬영하여 밝은 배경 위의 어두운 객체를 식별합니다. 자동 보정 과정을 위한 보정 마크는 한천 표면을 찔러서 만듭니다.웜 픽(worm pick)을 사용하여 컴퓨터 프로그램이 실시간으로 객체를 정량화할 수 있도록 이미지 품질을 조정합니다. 카메라의 게인(gain), 밝기 및 셔터 속도를 조정하여 흰색 배경에 어두운 객체가 나타나도록 설정할 수 있습니다. 추적 프로그램에서 사용하는 필터링된 이진 이미지를 확인합니다.이 소프트웨어에는 테스트 객체를 일정 거리만큼 이동시켜 캘리브레이션 행렬을 계산하는 자동 캘리브레이션 기능이 있습니다. 캘리브레이션 행렬을 통해 픽셀 단위의 거리가 스테퍼 모터의 이동 단계(step)로 보정됩니다.보정이 완료되면 시스템을 사용할 준비가 되며, 배율을 변경하거나 카메라 위치를 조정하지 않는 한 다시 보정할 필요가 없습니다. 벌레들이 플레이트 가장자리로 이동하는 것을 막고 한곳으로 모으기 위해 구리 링을 사용합니다. 먼저 구리 링을 히트 블록 또는 그와 동등한 장치 위에 올려

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연구원들은 벌레가 감지하고 반응하는 전기장을 적용하여 예쁜꼬마선충에서 주문형 움직임을 유발할 수 있습니다. 이 비디오는 전기 전술 거동을 소개하고 미세 유체 장치에서 수행되는 샘플 프로토콜을 보여줍니다.

Electrotaxis Assay: 예쁜꼬마선충(C. elegans)의 이동을 관찰하는 방법

이 비디오는 경기장에서 웜의 움직임을 기록하기 위해 비디오 및 추적 소프트웨어를 사용하는 방법을 설명합니다. 예제 프로토콜은 에탄올 노출이 웜 이동에 미치는 영향을 측정합니다.

C. 예쁜꼬마선충 이동 추적: 웜의 이동을 평가하는 방법

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방사형 운동 분석법을 사용한 예쁜꼬마선충 모델의 운동 손상 평가

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의 로코 속도에 에탄올의 효과를 측정하는 분석<em&gt; 예쁜 꼬마 선충</em

여기에서는 예쁜꼬마선충의 발달 과정을 추적하고 정량화하는 방법을 보여줍니다. 제시된 방법은 쉽게 구현할 수 있는 오픈 소스 도구를 기반으로 합니다. 3D 세포 모양 모델을 재구성하는 방법, 세포 내 구조를 수동으로 추적하는 방법, 피질 수축 흐름을 분석하는 방법을 보여줍니다.

의 발달 프로세스 추적 및 정량화<em&gt; C. 엘레</em&gt; 오픈 소스 도구를 사용하여

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