Name: PCR multiplex pour le typage des staphylocoques Cassette Chromosome Mec types I (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-09-05T15:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 3 s
Description: Apprenez le typage SCCmec des souches MRSA par PCR multiplex pour la microbiologie clinique. Cette méthode simplifie le criblage épidémiologique des Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline.

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Nous remercions T. Ito, K. Hiramatsu, R. Daum, H. de Lencastre et D. Coleman pour l’aimable cadeau de quelques souches de référence utilisées dans cette étude. Ce travail a été en partie financé par le Centre de résistance aux antimicrobiens (CAR), les Services de santé de l’Alberta à Calgary, les Services de laboratoire de Calgary et l’Université de Calgary.

<ol><li>IWG-SCC. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Classification+of+staphylococcal+cassette+chromosome+mec+%28SCCmec%29%3A+guidelines+for+reporting+novel+SCCmec+elements%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrobial+Agents+and+Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">Classification of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec): guidelines for reporting novel SCCmec elements.</a> Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 53 (12), 4961-4967 (2009).</li>
<li>Ito, T., Hiramatsu, K., Tomasz, A., de Lencastre, H., Perreten, V., Holden, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Guidelines+for+Reporting+Novel+mecA+Gene+Homologues%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrobial+Agents+and+Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">Guidelines for Reporting Novel mecA Gene Homologues.</a> Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 56 (10), 4997-4999 (2012).</li>
<li>Okuma, K., Iwakawa, K., Turnidge, J. D., Grubb, W. B., Bell, J. M., O'Brien, F. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissemination+of+new+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus+clones+in+the+community%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Dissemination of new methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones in the community.</a> Journal of Clinical Microbiology. 40 (11), 4289-4294 (2002).</li>
<li>Kondo, Y., Ito, T., Ma, X. X., Watanabe, S., Kreiswirth, B. N., Etienne, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combination+of+multiplex+PCRs+for+staphylococcal+cassette+chromosome+mec+type+assignment%3A+rapid+identification+system+for+mec%2C+ccr%2C+and+major+differences+in+junkyard+regions%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrobial+Agents+and+Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">Combination of multiplex PCRs for staphylococcal cassette chromosome mec type assignment: rapid identification system for mec, ccr, and major differences in junkyard regions.</a> Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 51 (1), 264-274 (2007).</li>
<li>Oliveira, D. C., de Lencastre, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+PCR+strategy+for+rapid+identification+of+structural+types+and+variants+of+the+mec+element+in+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrobial+Agents+and+Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">Multiplex PCR strategy for rapid identification of structural types and variants of the mec element in methicillin-resistant Staphylococcus aureus.</a> Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 46 (7), 2155-2161 (2002).</li>
<li>Milheirico, C., Oliveira, D. C., de Lencastre, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Update+to+the+multiplex+PCR+strategy+for+assignment+of+mec+element+types+in+Staphylococcus+aureus%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrobial+Agents+and+Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">Update to the multiplex PCR strategy for assignment of mec element types in Staphylococcus aureus.</a> Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 51 (9), 3374-3377 (2007).</li>
<li>Milheirico, C., Oliveira, D. C., de Lencastre, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+PCR+strategy+for+subtyping+the+staphylococcal+cassette+chromosome+mec+type+IV+in+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus%3A+%27SCCmec+IV+multiplex%27%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Antimicrobial+Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">Multiplex PCR strategy for subtyping the staphylococcal cassette chromosome mec type IV in methicillin-resistant Staphylococcus aureus: 'SCCmec IV multiplex'.</a> Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 60 (1), 42-48 (2007).</li>
<li>Zhang, K., McClure, J. A., Elsayed, S., Louie, T., Conly, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+multiplex+PCR+assay+for+characterization+and+concomitant+subtyping+of+staphylococcal+cassette+chromosome+mec+types+I+to+V+in+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Novel multiplex PCR assay for characterization and concomitant subtyping of staphylococcal cassette chromosome mec types I to V in methicillin-resistant Staphylococcus aureus.</a> Journal of Clinical Microbiology. 43 (10), 5026-5033 (2005).</li>
<li>Zhang, K., McClure, J. A., Conly, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+multiplex+PCR+assay+for+typing+of+staphylococcal+cassette+chromosome+mec+types+I+to+V+in+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Probes%22%5BJournal%5D)">Enhanced multiplex PCR assay for typing of staphylococcal cassette chromosome mec types I to V in methicillin-resistant Staphylococcus aureus.</a> Molecular and Cellular Probes. 26 (5), 218-221 (2012).</li>
<li>de Lamballerie, X., Zandotti, C., Vignoli, C., Bollet, C., de Micco, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+one-step+microbial+DNA+extraction+method+using+%22Chelex+100%22+suitable+for+gene+amplification%5BTitle%5D)+AND+%22Research+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A one-step microbial DNA extraction method using "Chelex 100" suitable for gene amplification.</a> Research in Microbiology. 143 (8), 785-790 (1992).</li>
<li>Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agarose+gel+electrophoresis+for+the+separation+of+DNA+fragments%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments.</a> J. Vis. Exp. (62), e3923(2012).</li>
<li>McClure, J. A., Conly, J. M., Elsayed, S., Zhang, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+PCR+assay+to+facilitate+identification+of+the+recently+described+Staphylococcal+cassette+chromosome+mec+type+VIII%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Probes%22%5BJournal%5D)">Multiplex PCR assay to facilitate identification of the recently described Staphylococcal cassette chromosome mec type VIII.</a> Molecular and Cellular Probes. 24 (4), 229-232 (2010).</li>
<li>Zhang, K., McClure, J. A., Elsayed, S., Conly, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+staphylococcal+cassette+chromosome+mec+type%2C+tentatively+designated+type+VIII%2C+harboring+class+A+mec+and+type+4+ccr+gene+complexes+in+a+Canadian+epidemic+strain+of+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrobial+Agents+and+Chemotherapy%22%5BJournal%5D)">Novel staphylococcal cassette chromosome mec type, tentatively designated type VIII, harboring class A mec and type 4 ccr gene complexes in a Canadian epidemic strain of methicillin-resistant Staphylococcus aureus.</a> Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 53 (2), 531-540 (2009).</li>
</ol>

Aucun conflit d’intérêts n’a été déclaré.

Le test PCR multiplex décrit ici fournit une méthode simple et fiable pour classer les types et les principaux sous-types deSCC mec I-V dans les staphylocoques, avec discrimination simultanée du SARM de la MSSA. Le test est robuste, facilement réalisé en une seule réaction PCR et les résultats sont faciles à interpréter. Le test a des limites en ce sens qu’il cible des loci individuels au sein de chaque typede mec SCC, mais n’offre pas de typage complexe complet de ccr et de mec , et n...

An erratum was issued for: <a href="https://www.jove.com/video/50779/multiplex-pcr-assay-for-typing-staphylococcal-cassette-chromosome-mec">Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus</a>.&#160; There was a&#160;typo&#160;in Table 1.
In Table 1, the Oligonucleotide sequence for Type III-F5 was updated from:
TTCTCATTGATGCTGAAGCC
To:
GAAACTAGTTATTTCCAACGG

An erratum was issued for: <a href="https://www.jove.com/video/50779/multiplex-pcr-assay-for-typing-staphylococcal-cassette-chromosome-mec">Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus</a>.&#160; There was a&#160;typo&#160;in Table 1.

Erratum: Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus

Staphylococcus aureus r

<table><tbody><tr><td>Gélose tryptique de soja</td><td>Fisher (BD)</td><td>CA90002-700 (236920)</td><td></td></tr><tr><td>Eau distillée stérile</td><td>Life Technologies</td><td>10977-015</td><td></td></tr><tr><td>Platinum Taq : avec 10x tampon PCR et 50 mM MgCl2</td><td>Life Technologies</td><td>10966-034</td><td></td></tr><tr><td>100 mM dNTP</td><td>Life Technologies</td><td>10297-018</td><td></td></tr><tr><td>Base Tris</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6066</td><td></td></tr><tr><td>Acide borique</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>B7901</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Life Technologies</td><td>15576-028</td><td></td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Life Technologies</td><td>16500-500</td><td></td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>Life Technologies</td><td>15514-011</td><td></td></tr><tr><td>Bleu de bromophénol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>B8026</td><td></td></tr><tr><td>1Kb+ Échelle d’ADN</td><td>Life Technologies</td><td>10787-026</td><td></td></tr><tr><td>Bromure d’éthidium</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7637</td><td></td></tr><tr><td>1.5ml Tubes à microcentrifuger </td><td>VWR (Axygen Scientific)</td><td>10011-700</td><td></td></tr><tr><td>Bâtonnets de culture</td><td>VWR</td><td>CA10805-018</td><td></td></tr><tr><td>Tubes PCR</td><td>Diamed</td><td>AD0210-FCN (nouveau # : DIATEC420-1250)</td><td></td></tr><tr><td>Centrifugeuse</td><td>Eppendorf</td><td>5417c</td><td></td></tr><tr><td>Bloc chauffant</td><td>VWR</td><td>13259-030 / 13259-286</td><td></td></tr><tr><td>Thermocycleur</td><td>Applied Biosystems (2720)</td><td>4359659</td><td></td></tr><tr><td>Chambre d’électrophorèse sur gel submersible horizontale avec moule en gel</td><td>BioRad</td><td>170-4469</td><td></td></tr><tr><td>Alimentation</td><td>BioRad</td><td>164-5050</td><td></td></tr><tr><td>Agitateur à bascule</td><td>VWR</td><td>40000-300</td><td></td></tr><tr><td>Moléculaire Imager Gel Doc System</td><td>BioRad</td><td>1708170</td><td></td></tr></tbody></table>

pcr multiplex pour le typage des staphylocoques cassette chromosome mec types i 

Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus

Staphylococcique Cassette Chromosome mec (CSC MEC) typage mol

Ce M-PCR mis à jour permet de déterminer (classer) les types SCCmec I à V, ainsi que les principaux sous-types de SCCmec IV. Le test cible des loci uniques et spécifiques des éléments SCCmec I, II, III, IVa, IVb, IVc, IVd, IVE et V, tout en détectant simultanément le gène mecA. Une identification préliminaire des SCCmec VI et VIII est également possible, mais nécessiterait des analyses supplémentaires pour confirmation. Figure 3 illustre des exemples représent...

Nous faisons la démonstration d’un test PCR multiplex simple pour le dépistage et le typage rapides des types I-V du chromosome à cassette staphylococcique (SCCmec) pour le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline, et nous fournissons certaines des étapes essentielles et des nuances procédurales qui le rendent efficace pour adapter ce test à chaque laboratoire.

PCR multiplex pour le typage des staphylocoques Cassette Chromosome Mec types I 

Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) typing  is a very important molecular tool for understanding the epidemiology and  clonal strain ...

L'objectif général de cette procédure est de déterminer le type SCC MEC de souches de staphylocoque doré résistant à la méthicilline, ou isolats de MRSA, en utilisant un test de PCR multiplex. Cela est réalisé en premier lieu en isolant l'ADN des souches, au moyen d'une technique d'extraction rapide et simple impliquant le chauffage des cellules bactériennes dans l'eau. La deuxième étape consiste à réaliser un test de PCR multiplex afin d'amplifier des cibles spécifiques à chacun des types SEC ME.Ensuite, les produits de PCR sont séparés par électrophorèse sur gel AROS. La dernière étape consiste à colorer le gel pour visualiser l'ADN et analyser les données. En définitive, la combinaison unique de produits de PCR spécifiques obtenus avec cet essai de PCR multiplexe est utilisée pour déterminer les types SE cmec des isolats MRS A. Le principal avantage de cette technique par rapport aux méthodes existantes, telles que les schémas traditionnels de typage S CEC, qui ciblent individuellement les complexes géniques CCR et MEC et nécessitent plusieurs tubes de PCR distincts, est qu'elle simplifie considérablement la charge de travail et peut être réalisée dans un seul tube de PCR.Ces pr

multiplex-pcr-assay-for-typing-staphylococcal-cassette-chromosome-mec

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