Utilisation de scanners à plat pour collecter haute résolution temps-caduque Images de la réponse gravitropique Arabidopsis racine

Ce protocole décrit un procédé pour la collecte rapide d'images de jeunes plants d'Arabidopsis répondant à un stimulus de gravité en utilisant des scanners à plat disponibles dans le commerce. La méthode permet de peu coûteuse, la capture de gros volumes d'images haute résolution qui se prêtent à des algorithmes d'analyse en aval.

L’objectif général de cette vidéo est d’illustrer une méthode basée sur un scanner de capture d’image à haute résolution de la réponse du tropique racinaire dans l’opsis de la plante modèle. Pour commencer ce protocole, les graines du stock de graines désigné sont plantées sur des boîtes de Pétri contenant un milieu transparent Une fois que les graines ont germé pendant la période de temps désignée, des boîtes de Pétri sont retirées de la chambre de croissance, préparées pour le balayage, puis placées dans des scanners à plat orientés verticalement. Les plaques sont ensuite tournées à 90 degrés et numérisées pendant une période de temps déterminée.

Les images sont enregistrées sur l’ordinateur ou sur un périphérique de stockage de données et utilisées ultérieurement pour le traitement des images. Avant l’acquisition de l’image, préparez des plaques d’aga contenant les deux tissus végétaux numérisés en B. Tout d’abord, absorbez toute condensation accumulée sur le couvercle et les côtés de la plaque AGA avec une lingette kim.

Ensuite, appliquez une quantité généreuse de Triton X 100 pour éviter la condensation future. Enfin, terminez ce processus en enveloppant la plaque avec du ruban adhésif microporeux pour fixer le couvercle et permettre à la ventilation de commencer l’acquisition d’images. Configurez des dossiers pour enregistrer les images à l’emplacement souhaité.

Chaque nom de dossier est constitué d’une compilation de métadonnées relatives aux informations à analyser. Dans cet exemple, l’identifiant unique, l’âge, la taille et le stock de semence étaient des données incluses dans les noms de dossier. Ces métadonnées peuvent ensuite être copiées et collées dans un nom de dossier.

Ce protocole suppose que plusieurs scanners sont utilisés pour collecter les images et fournit des instructions pour connecter plusieurs scanners à un ordinateur. Pour cette raison, trois dossiers sont configurés pour l’enregistrement des images. L’étape suivante consiste à régler les minuteries pour une heure de collecte désignée.

Comme il y a encore pas mal de préparation à faire à ce stade, assurez-vous de régler les minuteries pour un peu plus de temps. Ensuite, allumez le premier scanner et ouvrez le programme de numérisation de vue. Sous l’onglet Entrée, réglez la source sur le scanner approprié et la liste déroulante Répétition automatique sur aucun sous l’onglet Recadrage.

Réglez la zone d’aperçu sur Maximum et appuyez sur Aperçu. Choisissez une zone de recadrage qui capturera la zone d’intérêt et définissez la zone d’aperçu sur Zone de recadrage. Ensuite, prévisualisez à nouveau l’image.

Pour enregistrer les données collectées à l’emplacement souhaité, appuyez sur l’onglet de sortie et recherchez les noms de dossiers précédemment définis qui correspondent à chaque scanner. Allumez le scanner suivant et répétez l’analyse de la vue. Configurez l’itinéraire pour les deux autres scanners, en vous assurant de choisir les bons dossiers dans lesquels enregistrer les données.

Il est également important de parcourir chaque onglet et de s’assurer que tous les paramètres du scanner sont ceux souhaités. Notre laboratoire a constaté que les paramètres suivants fonctionnent le mieux pour le type de collecte d’images effectuée. Cependant, différents types de collecte d’images peuvent nécessiter d’autres paramètres.

Une fois tous les paramètres cochés, choisissez l’onglet Saisie et réglez la liste déroulante Répétition automatique sur Continu sur les trois scanners. Placez les plaques préparées dans les scanners avec les semis orientés horizontalement et placez temporairement le côté en feutre de l’arrière-plan contre les plaques pour assurer la stabilité dans le scanner. Si vous effectuez ce protocole avec un partenaire, demandez à une personne de tourner les plaques de 90 degrés et de sentir immédiatement l’arrière-plan visible, l’autre personne appuie ensuite sur le bouton de numérisation et les deux fixent l’arrière-plan au scanner avec un cordon élastique.

Répète ce processus pour les scanners deux et trois. Chaque image devrait prendre environ deux à trois minutes pour être complètement numérisée. Les images finales apparaîtront comme indiqué. C’est une bonne idée de vérifier les dossiers dans lesquels les images sont enregistrées pour s’assurer qu’elles sont toutes correctement enregistrées.

Il est idéal de conserver les scanners dans une zone exempte de perturbations pour le balayage temporel désigné. Il est également prudent de tenir compte des conditions environnementales dans la zone de balayage pour assurer des réponses phénotypiques idéales. Les images suivantes sont des exemples de celles collectées à l’aide de la méthode décrite dans cette vidéo.

Les panneaux A et B et C et D sont les premières et dernières images d’une seule période de balayage. A et B affichent la zone numérisée dans son intégralité. Bien que C et D soient une région tronquée de la zone scannée montrant une seule plaque, plusieurs incohérences peuvent être observées.

La figure A montre la variation de la germination et de la trajectoire de croissance. L’image B montre que les plaques peuvent accumuler de la condensation, tandis que les images C et D sont considérées comme de bons résultats en raison de la croissance robuste des plantules et de la qualité de l’image tout au long de l’essai. La procédure décrite dans cet article s’inscrit dans son propre créneau dans le monde de l’imagerie radiculaire en ce sens qu’elle est à haut débit et à haute résolution tout en étant relativement abordable.

Un autre avantage de cette approche est qu’elle peut être facilement personnalisée pour répondre aux besoins d’imagerie d’un groupe de recherche particulier. La méthode est également en cours de personnalisation pour l’imagerie d’autres méthodes.