Name: Une technique denrichissement Optimisé pour lisolement de Arthrobacter Bactériophage Espèces de léchantillon du sol Isole (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-04-09T15:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 24 s
Description: Découvrez un protocole d'enrichissement optimisé pour isoler des bactériophages infectant Arthrobacter à partir d'échantillons de sol. Cette méthode permet une isolation rapide et reproductible pour la recherche en virologie.

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Le financement pour le développement de ce protocole a été fourni par le Southeastern Pennsylvania Consortium pour l&#39;enseignement supérieur et le ministère de la Science Cabrini College. Financement et de soutien supplémentaires sont venus de l&#39;Université Arcadia et l&#39;Université Immaculata. Nous remercions tout particulièrement le Dr Karen Snetselaar à l&#39;Université Saint-Joseph pour prendre de bien vouloir les images microscope électronique de nos phages isolés. Un soutien supplémentaire a été fourni par les chasseurs Howard Hughes Medical Institute Science Education Alliance phages Advancing génomique et le programme (SEA-PHAGES) évolutive Science.

1. Préparation des cellules pour Arthobacter Phage Isolement <ul><li> Culture Arthrobacter sp. KY3901 colonies striées sur une Luria Bertaini (LB) plaque de gélose incubées à 30 ° C pendant 2-3 jours. Choisissez une colonie et utiliser une boucle stérile pour l&#39;ajouter à 250 ml de bouillon LB dans un flacon de culture perplexe et incuber dans un incubateur sous agitation à 225 tours par minute à 30 ° C. </li><li> Laisser environ 24 h de la croissance pour obtenir fin des cellules en phase stationnaire exponentielles / début pour des expériences d&#39;infection de phage. Surveiller l&#39;état de la croissance bactérienne étroitement pour empêcher les cellules de pénétrer dans le milieu à la fin l&#39;état stationnaire de croissance. NOTE: La croissance cellulaire devrait être composé d&#39;une densité optique OD 600 de 0,5-.0.7 pour les procédures d&#39;isolement et de purification de phages / étapes décrites ci-dessous. </li></ul> 2. Collecte des phages d&#39;échantillons de sol <ol><li> Rassemblez 200-400 g de sol de l&#39;emplacement souhaité. Remarque: Comme les bactéries dans le Arthrobagenre Cter sont des bactéries du sol et les communes qu&#39;ils phages qui les infectent peuvent être trouvés dans et sont omniprésents dans la plupart des types de sol. </li><li> Ajouter au moins 400 ml de tampon de phage (PB) [mM de NaCl 68 mM MgSO4 10, 10 mM de Tris-Cl (pH 7,5)] pour le sol et les mélanger dans un grand ballon suffisamment pour qu&#39;au moins 200 ml de PB est dans le surnageant et est apte à être extrait. </li><li> Mélanger par agitation ou remuant doucement jusqu&#39;à ce que le sol est suspendu et laisser les sédiments du sol pour se installer, généralement 30 min. </li><li> Passez le &quot;extrait de sol&quot; à travers un papier filtre par filtration par gravité pour éliminer les débris sédiments du sol. </li><li> Ajouter la poudre LB et mélanger pour obtenir une solution à 2% (4 g de poudre LB dans 200 ml d&#39;extrait sol). </li><li> Filtrer la solution à travers un filtre de 0,22 um par filtration sous vide pour obtenir un filtrat stérile. Si possible, passez à l&#39;étape 2.7 immédiatement. Si besoin est, magasin filtré échantillons à 4 ° C pendant jusqu&#39;à une semaine avant de continuer, cependant, le nombre de particules de phages viablessera réduite. </li><li> Aliquote multiples portions de 50 ml du mélange d&#39;extrait LB / sol stérilisée par filtration dans individuels de 250 ml stérilisés secouant flacons de culture dérouté aide de techniques aseptiques. Ajouter stérile 2,0 M CaCl 2 solution aux concentrations finales souhaitées (0-50 mm) depuis différents phages Arthrobacter croissent de manière optimale dans différentes conditions de CaCl 2. REMARQUE: On constate que la majorité des phages Arthrobacter sont identifiés par nous dans la plage de 1 mM à 2,5 mM, CaCl 2. Cependant, plusieurs des phages isolés ont augmenté par nous exclusivement à 0 mM CaCl2 .ou à de très hautes concentrations de CaCl 2. Procéder immédiatement à l&#39;étape 3.1. </li></ol> 3. Isolation Phage <ol><li> Ajouter 1 à 2,5 ml de retard fixe culture de bactéries en phase exponentielle / début de chacun des flacons. Pour une DO 600 de 0,5 à 0,7, utiliser 1 ml de cellules. Pour une DO 600 supérieure à une DO de 0,7 utiliser 2,5 ml decellules. REMARQUE: Les cellules en phase de croissance exponentielle donnent généralement plus de phages et des titres plus élevés que les cellules de la croissance de la phase stationnaire. </li><li> Secouez flacons à 250 tours par minute à 30 ° C pendant environ 24 heures dans un incubateur à agitation. </li><li> Après une période d&#39;incubation de 24 h retirer flacons enrichissement de l&#39;incubateur secouant et diluer les échantillons d&#39;enrichissement de dix fois dans le tampon de phage. </li><li> Mettre en place des tubes de culture avec 0,5 ml de retard fixe culture de bactéries en phase exponentielle / début et ajouter diverses quantités de la culture d&#39;enrichissement (5 ul à 500 ul d&#39;une dilution à 10 -1 PB) aux tubes de culture. NOTE: Il est conseillé de tester une large gamme de concentrations puisque chaque échantillon de sol génère différents titres de phages après enrichissement. </li><li> Ajouter CaCl 2 pour des tubes de culture pour rendre une concentration finale égale à la concentration présente dans le ballon de l&#39;enrichissement initial. Utilisez une gamme de différents CaCl 2 concentrations de sélectionner pour nombreux phages wCaCl 2 ième variable dépendances. REMARQUE: La plupart des phages seront isolés dans la plage de 1 à 2,5 CaCl 2 mm, mais il ya des phages isolés plus optimale partout 0-50 mM CaCl 2 concentrations. Pour cette raison, il est préférable de vérifier une gamme de CaCl 2 concentrations de maximiser le nombre de phages uniques Arthrobacter isolés. </li><li> Mélanger 4,5 ml d&#39;agar LB dans le tube de culture et versez le mélange sur une plaque de gélose LB. Agiter doucement pour répartir uniformément sur la plaque et permettre top agar se solidifier pendant environ 15 min. REMARQUE: Top agar peut être préparé en lots plus importants (250 ml) et top agar supplémentaire peut être conservé à température ambiante et réutilisé pour des expériences ultérieures pendant au moins deux semaines. Bien qu&#39;il existe différentes formules utilisées pour faire agar dessus, nous faisons top agar en utilisant 7g / L d&#39;agar mélangé avec LB. agar Placez dans un bain-marie à 60 ° pour conserver l&#39;état liquide au cours d&#39;une expérience. </li><li> Inverser til plaque et incuber à la température souhaitée (température à 30 ° C) O / N à 48 h. Vary ces conditions pour optimiser les phages présents. Phages plus isolées proviennent de plaques ont été incubées à 30 ° C à 1 à 2,5 mM CaCl concentration 2 après une période d&#39;incubation de 24 h. </li></ol> 4. Phage Purification <ol><li> Après un contrôle d&#39;incubation de 24 heures pour la formation de plaque sur des plaques. Continuer incubation jusqu&#39;à 72 heures si aucune plaques sont évidentes ou pour déterminer si des plaques supplémentaires apparaîtront. Si nécessaire, des plaques de magasins avec plaques putatifs pour jusqu&#39;à une semaine à 4 ° C avant de procéder. NOTE: Il ne est pas rare de trouver une variété de différentes morphologies de la plaque sur une plaque. Trouver plaques après 3 jours d&#39;incubation est possible, mais rare. </li><li> Purifier phages souhaités de plaques clairement isolé en utilisant la méthode de la plaque de série. Touchez une plaque avec un bâton en bois stérile. Streak la plaque en exécutant un bâton en bois à travers une flamme, allowing le bâton pour refroidir brièvement, puis frotter le bâton sur la plaque de gélose dans le mouvement doux comme le montre la figure 1. Répétez cette aide d&#39;un bâton propre pour chaque passage. </li><li> Vous pouvez également utiliser le dosage traditionnelle plaque de titre pour isoler plaques de phages individuels. La plaque de dosage titre exige l&#39;utilisation de plusieurs réactifs tels que l&#39;agar LB et LB agar supérieur et des matériaux tels que des boîtes de Pétri pour l&#39;isolement de la plaque de phage. Nous avons eu beaucoup de succès en utilisant la méthode de la plaque de série, mais il est techniquement plus facile à isoler plaques individuelles en utilisant le test de la plaque titre. </li><li> Une fois que la plaque de gélose LB est striée au moins trois fois, marquer la zone avec la plus faible concentration de particules de phage putatifs et appliquer doucement 0,5 ml d&#39;Arthrobacter et 4,5 ml de top agar fondu LB (contenant la même concentration de chlorure de calcium comme la plaque mère ) et lui permettre de se répandre uniformément sur la plaque. </li><li> Inversez et incuber la plaque O / N. Répétez la plaque de sérietechnique pendant au moins trois itérations pour assurer une espèce de phage pur est isolé. plaques de conserver à 4 ° C pour jusqu&#39;à une semaine selon les besoins entre les stries sans perte significative de la viabilité du phage. </li><li> Une fois plaques souhaités ont été cultivées et isolé sur la plaque de série finale, touchez une plaque bien isolée avec une pointe de micropipette et remettre en suspension dans 100 pi de PB. Série diluer cette solution à 10 0 à la dilution 10 -8 en passant 20 pi de l&#39;échantillon dans 180 pl de PB frais. </li><li> Ajouter 10 ul de chaque dilution de 0,5 ml de cultivé Arthrobacter dans un tube de culture pendant 5 à 10 min à la température ambiante et la plaque en mélangeant les bactéries infectées avec 4,5 ml de top agar LB fondu contenant la même concentration de CaCl 2 utilisé pour isoler les phages de l&#39;échantillon de sol d&#39;origine. Enregistrer toutes les dilutions faites à 4 ° C jusqu&#39;au lendemain. </li><li> Déterminer la dilution en série de phage nécessaire pour faire un modèle Web en utilisant le titre de plaque traditionnelledire. Le but de l&#39;essai de plaque de titrage est de déterminer le titre de phage nécessaire pour obtenir une plaque-modèle Web. Identifier une plaque de motif de forme Web comme la plupart du temps mais dépourvu de bactéries contenant des restes de bactéries qui ne ont pas encore été lysées par les phages. Ajouter 5 ml de la culture exponentielle / début fin Arthrobacter fixe à une culture de 50 ml flacon stérile. <ol><li> Ajouter 100 ul de la dilution (qui a donné un motif de bande de la culture de Arthrobacter) dans le flacon de culture et de permettre aux phages pour infecter les cellules bactériennes pendant 5 à 10 min à température ambiante. Mélanger avec le dessus de la gélose LB fondu contenant la même concentration de CaCl 2 comme initialement utilisé pour identifier le phage et la plaque 5 ml de ce mélange sur 10 plaques LB frais. Laisser solidifier et incuber les plaques inversées à 30 ° C. </li></ol></li><li> Le lendemain, inonder les plaques modèles Web avec 5 ml de PB et stocker O / N à 4 ° C ou 4 heures à température ambiante. </li><li> Filtrer le lysat de phage à travers un filtre à seringue de 0,22 umet stocker à 4 ° C. Utilisez ce phage finale stock pour des expériences supplémentaires tels que des images de microscopie électronique de particules de phage, phage isolement de l&#39;ADN génomique pour l&#39;analyse de restriction enzyme ADN et le séquençage génomique en utilisant des procédures standard. Pour le stockage à long terme du stock de phages, ajouter un montant égal du lysat de phage glycérol stérile dans de petites fioles pour le stock archivage à -80 ° C. NOTE: Pour ceux qui ne expérience avec ces techniques de phage, une grande ressource est le site de www.phagesdb.org accessible en ligne. </li></ol>

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<li>Bolger-Munro, M., Cheung, K., Fang, A., Wang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((T4+Bacteriophage+Average+Burst+Size+Varies+with+Escherichia+coli+B23+Cell+Culture+Age%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Experimental+Microbiology+and+Immunology%22%5BJournal%5D)">T4 Bacteriophage Average Burst Size Varies with Escherichia coli B23 Cell Culture Age.</a> Journal of Experimental Microbiology and Immunology. 17, 115-119 (2013).</li>
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 <a target="_blank" href="http://www.microbelibrary.org/library/laboratory-test/3020-luria-broth-lb-and-luria-agar-la-media-and-their-uses-escherichia-coli">http://www.microbelibrary.org/library/laboratory-test/3020-luria-broth-lb-and-luria-agar-la-media-and-their-uses-escherichia-coli</a> (2013).</li>
</ol>

Auteurs déclarent aucun intérêt financier concurrentes.

Malgré de nombreuses tentatives antérieures afin d&#39;isoler les phages capables d&#39;infecter des hôtes Arthrobacter, nous avons eu peu de succès en utilisant des procédures d&#39;enrichissement standard. La méthode généralisée de l&#39;enrichissement bactérienne développé et adapté par van Twest et Kropinski 10 pour enrichir phages partir d&#39;échantillons environnementaux demeure la base de la majorité des procédures d&#39;enrichissement. Les résultats d&#39;études précédentes suggèrent que les...

L&#39;omniprésence des espèces Arthrobacter dans des environnements de sol offre un grand nombre et la diversité des phages susceptibles d&#39;être isolé de cette espèce de bactéries hôtes. Bactériennes membres de la famille Acintobacteriaceae sont les plus notables pour leurs voies cataboliques de dégrader des composés récalcitrants comme l&#39;atrazine et d&#39;autres pesticides et herbicides 1,2,3. Bien que la plupart des recherches ont été faites en utilisant des souches environnementales de Arthrobacter, isolats cliniques de ce genre se trouve dans le sang, l&#39;urine, les yeux, et de nombreuses autres sources humaines tout une hétérogénéité phylogénétique 4. Bien qu&#39;il existe un corps plutôt vaste de la recherche sur les bactéries Arthrobacter, seules quelques études signalent sur ​​les phages capables d&#39;infecter les membres de ce genre diversifié. Fait intéressant cependant, le travail fait précédemment sur ​​Arthrobacter phages touches sur plusieurs sujets distincts clés tels que le typage du sol &lt;em&gt; espèces Arthrobacter 5, les utilisations industrielles dans le but de réduire la mousse délétère dans les usines de traitement des boues activées 6, et le travail en soulignant recombinaison spécifique de site et les gènes de l&#39;intégrase 7. Divers protocoles de technique d&#39;enrichissement ont été employées pour générer des isolats de phage pur dans les espèces Arthrobacter. Les premières procédures comprennent incubations de sol avec des agents toxiques ajoutés comme les sels de nicotine pour des périodes de plus d&#39;un an donnant lieu à 8 phages capables de ne infecter A. globiformis. Des études effectuées en utilisant le sol percole avec des matières organiques labiles semblent produire des phages détectables par des techniques d&#39;analyse plaque, en omettant longues périodes d&#39;incubation 8. Fait intéressant cependant, une technique qui ressemble à ensemencement direct a été utilisé dans le passé donnant lieu à plusieurs phages tout en ayant un taux de réussite particulièrement faible par les enquêteurs 5, citant des études passées avec faibles taux de réussite <sjusqu&#39;à&gt; 8. Dans l&#39;ensemble, les techniques d&#39;isolation utilisés dans le passé ont été remarquables pour avoir peu d&#39;efficacité dans la pratique malgré les genre Arthrobacter représentant le sol aérobie la plus courante isoler dans la nature 4,9, Van Twest et Kropinski 10 méthodes d&#39;enrichissement présents pour isoler les phages de l&#39;eau et du sol adapté de techniques antérieures utilisées pour enrichir isolats bactériens environnementaux, mais ces techniques d&#39;enrichissement se est avéré inefficace à isoler phages Arthrobacter. Le but de la méthode décrite ici est de montrer &quot;preuve de concept&quot; que les méthodes d&#39;enrichissement début peuvent être adaptés pour isoler cohérente et efficace phages Arthrobacter, surmonter les défis techniques associés à isoler précédentes phages de ce genre bactérien.

<table><tbody><tr><td>LB Bouillon en poudre</td><td>Fisher</td><td>BP9722-2</td><td>Il est préférable de les commander en gros.</td></tr><tr><td>Gélose</td><td>granulée Fisher</td><td>BP1423-2</td><td>Il est préférable de les commander en gros.</td></tr><tr><td>0,22 um filtres à seringue</td><td>Fisher</td><td>09-719A</td><td></td></tr><tr><td>0,22 um filtres buchner</td><td>Fisher</td><td>430320</td><td>Plus de 50 ml de liquide peuvent être obtenus en échangeant soigneusement le tube récepteur.</td></tr><tr><td>Eppendorf Tubes</td><td>Fisher</td><td>05-408-129</td><td></td></tr><tr><td>5 ml pipettes individuelles</td><td>Fisher</td><td>13-678-11D</td><td></td></tr><tr><td>50 ml tubes coniques</td><td>Fisher</td><td>76002844</td><td></td></tr><tr><td>15 ml tubes coniques</td><td>Fisher</td><td>76002845</td><td></td></tr><tr><td>10 ml pipettes individuelles</td><td>Fisher</td><td>13-676-10J</td><td></td></tr><tr><td>25 ml pipettes individuelles</td><td>Fisher</td><td>13-676-10K</td><td></td></tr><tr><td>Whatman papier filtre qualitatif</td><td>Fisher</td><td>1001-824</td><td></td></tr></tbody></table>

une technique d&#39;enrichissement optimisé pour l&#39;isolement de<em&gt; arthrobacter</em&gt; bactériophage espèces de l&#39;échantillon du sol isole

An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates

L’isolement des bactériophages à partir d’échantillons environnementaux est effectué depuis des décennies en utilisant les principes énoncés par les pionniers de la microbiologie. L’isolement des phages infectant les hôtes d’Arthrobacter a été limité, peut-être en raison du faible taux de réussite de nombreuses techniques d’isolement précédentes, ce qui a entraîné une sous-représentation d’un groupe de phages d’Arthrobacter disponibles pour l’étude. La technique d’enrichissement décrite ici, contrairement à beaucoup d’autres, utilise un extrait filtré exempt de bactéries contaminantes comme base pour la croissance des bactéries indicatrices, Arthrobactersp. KY3901, plus précisément. En éliminant d’abord les bactéries du sol, les phages cibles ne sont pas gênés par la concurrence avec les bactéries du sol indigènes présentes dans les échantillons de sol initiaux. Cette méthode d’enrichissement a permis d’obtenir des dizaines de phages uniques provenant de plusieurs types de sols différents et même de produire différents types de phages à partir du même isolat d’échantillon de sol enrichi. L’utilisation de cette procédure peut être étendue à la plupart des milieux aérobies riches en nutriments pour l’isolement des phages dans une grande diversité de bactéries hôtes intéressantes.

Pour démontrer la reproductibilité de la technique d&#39;enrichissement amélioré pour phages Arthrobacter, 30 échantillons de sol différents ont été utilisés à différents moments et les lieux au cours du printemps et de l&#39;été 2014. Parmi ces échantillons 30 de sol phages Arthrobacter uniques ont été obtenus à partir de 22 échantillons de sol prélevés en utilisant cet enrichissement procédure. La procédure d&#39;enrichissement donné norme phages uniques à partir de trois de ces mêmes échantillons de...

Nous présentons un protocole d’enrichissement pour l’isolement des bactériophages infectant des bactéries du genre Arthrobacter. Ce protocole d’enrichissement produit des résultats rapides et reproductibles pour l’isolement et l’amplification des phages d’Arthrobacter à partir d’isolats de sol.

Une technique d&#39;enrichissement Optimisé pour l&#39;isolement de<em&gt; Arthrobacter</em&gt; Bactériophage Espèces de l&#39;échantillon du sol Isole

Bacteriophage isolation from environmental samples has been performed for decades using principles set forth by pioneers in microbiology. The isolation of ...

L'objectif général de cette procédure est d'isoler des phases de bactéries arthrobacter à partir d'échantillons de sol en utilisant un protocole d'enrichissement. Cela est réalisé en premier lieu en prélevant des échantillons de sol et en isolant des particules de phage viables à partir des micro-organismes du sol contaminants. La deuxième étape consiste à infecter des cellules bactériennes hôtes arthrobacter avec les particules de phage isolées.Ensuite, les cellules bactériennes infectées sont ensemencées sur des géloses en boîtes de Pétri pour identifier les phages par la formation de plaques. La dernière étape consiste à purifier les phages souhaités à partir de plaques clairement isolées en utilisant la méthode de la stries. En définitive, cette technique d'enrichissement est optimisée pour l'isolement relativement aisé de phages d'Arthrobacter à partir de la souche Arthrobacter KY 3 9 0 1.Le principal avantage de cette technique par rapport aux méthodes d'enrichissement existantes réside dans l'ajout d'un échantillon de sol finement filtré à une culture pure de bactéries hôtes, afin d'éviter la croissance de bactéries concurrentes. Bien que cette méthode se soit révélée effica

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Environnement

Source : Watson, D. C., et.al. Isolement et purification évolutifs des vésicules extracellulaires d’Escherichia coli et d’autres bactéries. J. Vis. Exp. (2021)Cette vidéo démontre l’isolement et la concentration de vésicules extracellulaires (VE) dérivées de la membrane externe de bactéries génétiquement modifiées. Le processus implique la culture des bactéries pour libérer des VE, suivie d’étapes de centrifugation et de filtration séquentielles pour éliminer les cellules et les débris. Enfin,...

Isolement et enrichissement de vésicules extracellulaires dérivées de la membrane externe à partir de bactéries

Source : Cross, T., et al., Une technique d’enrichissement optimisée pour l’isolement des espèces de bactériophages arthrobacters à partir d’isolats d’échantillons de sol. J. Vis. Exp.(2015)Cette vidéo montre la préparation d’une culture bactérienne pour la production de bactériophages. Il couvre les étapes d’inoculation d’une bactérie du sol dans une fiole déflectée, la promotion d’une croissance uniforme par aération et secouement, et la surveillance de la densité cellulaire à l’aide de...

Préparation d’une culture bactérienne du sol pour une infection bactériophage

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp.(2015)This video demonstrates the isolation of bacteriophages from a soil sample. A soil sample is collected and suspended in a phage buffer and allowed to settle the sediment. The extract is filtered, and nutrients are added. A vacuum filtration is done to remove microbial contaminants. The filtrate with phages is aliquoted into flasks, and...

Isolation of Bacteriophages from a Soil Sample

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the isolation of Arthrobacter bacteriophages from a soil sample using enrichment and plaque assay techniques. It highlights the infection, amplification, and visualization of phages as clear lysis zones formed on a bacterial lawn.

Isolation of Arthrobacter Bacteriophages from a Soil Sample

Source : Bou Khalil, J. Y.,et al. Une stratégie rapide pour l'isolement de nouveaux Faustovirus à partir d'échantillons environnementaux en utilisant Vermamoeba vermiformis. J. Vis. Exp. (2016)Ce vidéo montre l'enrichissement de virus géants à partir d'un échantillon d'eau environnementale en utilisant une co-culture basée sur les amibes afin de permettre la détection et l'analyse en aval.

Enrichissement d'échantillons d'eau environnementaux en virus géants à base d'amibes

Nous démontrons une méthode pour recueillir les bactéries magnétotactiques Tout Terrain (VTT) qui peuvent être appliquées dans les eaux naturelles. VTT peuvent être isolées et enrichies à partir des échantillons de sédiments à l'aide d'une configuration relativement simple qui tire parti du magnétisme de la bactérie naturelle. VTT isolé peut ensuite être examiné en détail en utilisant à la fois la lumière et la microscopie électronique.

Collecte, l&#39;isolement et l&#39;enrichissement des bactéries présentes naturellement magnétotactique de l&#39;Environnement

Une nouvelle méthode d’extraction semi-automatisée d’ADN hybride destinée à être utilisée avec des échantillons de volaille environnementaux a été mise au point et a démontré des améliorations par rapport à une méthode d’extraction mécanique et enzymatique courante en termes d’estimations quantitatives et qualitatives des communautés bactériennes totales.

Une méthode hybride d&#39;extraction d&#39;ADN pour l&#39;évaluation qualitative et quantitative des communautés bactériennes de la volaille Échantillons de production

Les colonies fongiques entomopathogènes sont isolées à partir d’échantillons de sol tropical à l’aide d’appâts Tenebrio , d’appâts Galleria , ainsi que de milieux artificiels sélectifs, c’est-à-dire de gélose de dextrose de pomme de terre enrichie en extrait de levure complété par du chloramphénicol, du thiabendazole et du cycloheximide (milieu CTC).

Comparaison des méthodes d’isolement des champignons entomopathogènes à partir d’échantillons de sol

Ici, nous présentons une technique simple pour évaluer la résistance aux antimicrobiens environnementaux (RAM) en augmentant la proportion d’ADN extracellulaire de faible poids moléculaire. Un traitement antérieur avec 20 à 30 % de PEG et 1,2 M de NaCl permet de détecter à la fois les gènes génomiques et les gènes AMR transférés horizontalement. Le protocole se prête à un processus sans kit avec une optimisation supplémentaire.

Amélioration de l’extraction de l’ADN de faible poids moléculaire des eaux usées pour une évaluation complète de la résistance aux antimicrobiens 

Nous décrivons ici des méthodes d’échantillonnage dans les zones euphotiques des écosystèmes marins et d’eau douce pour isoler les cyanophages (et leurs hôtes) et des processus de post-échantillonnage qui enrichissent les génotypes uniques et caractérisent la dynamique d’interaction virus-hôte.

Échantillonnage environnemental des microbes photosynthétiques et de leurs virus : du champ au laboratoire

Découvrez un protocole d'enrichissement optimisé pour isoler des bactériophages infectant Arthrobacter à partir d'échantillons de sol. Cette méthode permet une isolation rapide et reproductible pour la recherche en virologie.

Une technique d'enrichissement Optimisé pour l'isolement de

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