Name: Ciblées ARN Séquençage Assay pour caractériser lexpression génique et génomique Transformations (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-08-04T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 52 s
Description: Découvrez le séquençage ARN ciblé pour enrichir des transcrits spécifiques et analyser l'expression génique, les mutations et les fusions géniques. Cette méthode personnalisable offre une approche rentable en biologie moléculaire.

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Nous remercions tout particulièrement Ezra Lyon, Eliot Zhu, Michele Wing, Esko Kautto et Eric Samorodnitsky pour le soutien technique. Nous tenons également à remercier Jenny Badillo pour son soutien administratif à notre équipe. Nous remercions l’Ohio Supercomputer Center (OSC) de lui fournir de l’espace disque, de la capacité de traitement et du soutien pour exécuter nos analyses. Nous remercions le Comprehensive Cancer Center (CCC) du Wexner Medical Center de l’Université d’État de l’Ohio pour son soutien administratif à ce travail. S.R. et son équipe sont soutenus par l’American Cancer Society (MRSG-12-194-01-TBG), une bourse de jeune chercheur de la Prostate Cancer Foundation, le NHGRI (UM1HG006508-01A1), la Fore Cancer Research Foundation, l’American Lung Association et Pelotonia.

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<li>Kim, D., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TopHat-Fusion%3A+an+algorithm+for+discovery+of+novel+fusion+transcripts%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">TopHat-Fusion: an algorithm for discovery of novel fusion transcripts.</a> Genome Biol. 12, R72(2011).</li>
<li>Fernandez-Cuesta, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+fusion+genes+in+lung+cancer+using+breakpoint+assembly+of+transcriptome+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Identification of novel fusion genes in lung cancer using breakpoint assembly of transcriptome sequencing data.</a> Genome Biol. 16, 7(2015).</li>
<li>Shugay, M., Ortiz de Mendibil,, Vizmanos, I., L, J., Novo, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oncofuse%3A+a+computational+framework+for+the+prediction+of+the+oncogenic+potential+of+gene+fusions%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Oncofuse: a computational framework for the prediction of the oncogenic potential of gene fusions.</a> Bioinformatics. 29, 2539-2546 (2013).</li>
<li>Clark, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+gene+profiling+of+long+noncoding+RNAs+with+targeted+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Quantitative gene profiling of long noncoding RNAs with targeted RNA sequencing.</a> Nat Methods. 12, 339-342 (2015).</li>
<li>Cieslik, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+exome+capture+RNA-seq+for+highly+degraded+RNA+with+application+to+clinical+cancer+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">The use of exome capture RNA-seq for highly degraded RNA with application to clinical cancer sequencing.</a> Genome Res. , (2015).</li>
<li>Cabanski, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cDNA+hybrid+capture+improves+transcriptome+analysis+on+low-input+and+archived+samples%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">cDNA hybrid capture improves transcriptome analysis on low-input and archived samples.</a> J Mol Diagn. 16, 440-451 (2014).</li>
<li>Costa, C., Gimenez-Capitan, A., Karachaliou, N., Rosell, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+molecular+screening%3A+from+the+RT-PCR+to+the+RNA-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Transl+Lung+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Comprehensive molecular screening: from the RT-PCR to the RNA-seq.</a> Transl Lung Cancer Res. 2, 87-91 (2013).</li>
<li>Zhao, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+RNA-Seq+by+poly+%28A%29+capture%2C+ribosomal+RNA+depletion%2C+and+DNA+microarray+for+expression+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Comparison of RNA-Seq by poly (A) capture, ribosomal RNA depletion, and DNA microarray for expression profiling.</a> BMC Genomics. 15, 419(2014).</li>
</ol>

S.R. reçoit des fonds de Novartis et d’Ariad Pharmaceuticals pour la conduite d’essais cliniques. Les membres de la famille immédiate de S.R. possèdent des actions de Johnson and Johnson.

RNA-seq Capture est une stratégie intermédiaire entre RNA-seq et microarray approches pour l&#39;évaluation d&#39;une partie sélectionnée du transcriptome. Les avantages de la capture comprennent le coût, le délai d&#39;exécution rapide réduits sur un séquenceur de bureau, à haut débit, et la détection des altérations génomiques. Le procédé peut être adapté pour caractériser ARN non-codants 23, détecter seul nucléotide variantes 4-6, examiner épissage de l&#39; ARN, et d&#39;identifier les fusions ...

Le séquençage entier du transcriptome ou de l’ARN (RNAseq) est une méthode de séquençage non biaisée permettant d’évaluer tous les produits ARN. L’objectif du RNAseq ciblé (Capture) est une évaluation ciblée des transcrits sélectionnés avec une sensibilité accrue, une plage dynamique, un coût ou une échelle réduits et un débit accru par rapport au RNAseq standard. À l’instar du RNAseq standard, les approches d’enrichissement ciblé peuvent être utilisées pour évaluer l’expression des gènes, plusieurs espèces d’ARN telles que l’ARNm, le microARN (miARN), lncRNA1, d’autres ARN non codants2, les fusions de gènes3 et les mutations4-6.
La capture implique l’hybridation d’oligonucléotides complémentaires pour enrichir les banques d’ADNc pour le séquençage. La raison d’être de la capture par séquençage de l’ARN est similaire à celle des approches de microréseaux où des oligonucléotides ou des sondes complémentaires sont hybridés à des échantillons, puis mesurés pour leur abondance relative. Pour les technologies de microréseaux, l’expression est basée sur le signal relatif mesuré pour les transcrits se liant à ces sondes. Les microréseaux sont donc limités par la portée, le bruit de fond potentiel dû à la liaison non spécifique et l’hybridation croisée des sondes. De plus, les puces ont une plage dynamique limitée pour les transcrits faibles et fortement exprimés par rapport au RNAseq1. Les microréseaux sont largement utilisés en raison de leur coût réduit et de leur capacité de débit élevée par rapport au RNAseq. 
Ici, nous démontrons une méthode de capture RNAseq qui offre un terrain d’entente entre les approches RNAseq et les approches de microréseaux pour évaluer le transcriptome. RNAseq Capture a un débit intermédiaire, une plage dynamique et une sensibilité supérieures, et est mis à l’échelle pour un délai d’exécution rapide sur les séquenceurs de bureau. RNAseq Capture nécessite également des ressources de calcul réduites en termes d’espace de stockage et de traitement des données.

<table><tbody><tr><td>Thermomixeur R</td><td>Eppendorf</td><td>21516-166</td><td></td></tr><tr><td>Centrifugeuse 5417R</td><td>Eppendorf</td><td>5417R</td><td></td></tr><tr><td>miRNeasy Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>217004</td><td></td></tr><tr><td>Biologie moléculaire Éthanol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>E7023-6X500ML</td><td></td></tr><tr><td>Thermoblock 24 x 1,5 ml</td><td>Eppendorf</td><td>21516-166</td><td></td></tr><tr><td>Kit de réactifs MiSeq v2 (300- cycles)</td><td>Illumina</td><td>MS-102-2002</td><td></td></tr><tr><td>Séquenceur de bureau MiSeq</td><td>Illumina</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PhiX Control v3</td><td>Illumina</td><td>FC-110-3001</td><td></td></tr><tr><td>TruSeq Kit d’ARN total torsadé avec RiboZero Gold SetA</td><td>Illumina</td><td>RS-122-2301</td><td></td></tr><tr><td>25 rxn xGen&reg ; Bloqueur universel Oligo - TS-p5</td><td>IDT</td><td>127040822</td><td></td></tr><tr><td>25 rxn xGen&reg ; Bloqueur Universel Oligo - TS-p7(6nt)</td><td>IDT</td><td>127040823</td><td></td></tr><tr><td>25 rxn xGen&reg ; Bloqueur Universel Oligo - TS-p7(8nt)</td><td>IDT</td><td>127040824</td><td></td></tr><tr><td>Agencourt&reg ; AMPure&reg ; XP - Perles de purification PCR&nbsp ;</td><td>Beckman-Coulter</td><td>A63880</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads&reg ; M-270 Streptavidin</td><td>Life Technologies</td><td>65305</td><td></td></tr><tr><td>COT ADN humain, qualité fluorométrique, 1 mg</td><td>Roche Applied Science</td><td>05480647001</td><td></td></tr><tr><td>Qubit&reg ; Tubes de dosage&nbsp ;</td><td>Life Technologies</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>Qubit&reg ; dsDNA HS Assay</td><td>Kit Life Technologies</td><td>Q32851</td><td></td></tr><tr><td>SeqCap&reg ; Kits d’hybridation et de lavage EZ&nbsp ; (24 ou 96 réactions)</td><td>Roche NimbleGen&nbsp ;</td><td>05634261001 ou 05634253001</td><td></td></tr><tr><td>Fluorimètre Qubit&reg ; 2.0</td><td>Life Technologies</td><td>Q32866</td><td></td></tr><tr><td>10 x 2 ml IDTE pH 8.0 (1x TE Solution)</td><td>IDT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tween20 BioXtra</td><td>Sigma</td><td>P7949-500ML</td><td></td></tr><tr><td>Nuclease Free</td><td>Water Life Technologies</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>C1000 Touch&trade ; Thermocycleur avec 96&ndash ; Well Fast Rection Module</td><td>Biorad</td><td>185-1196</td><td></td></tr><tr><td>SeqCap EZ Kits d’hybridation et de lavage</td><td>Roche Applied Science</td><td>05634253001</td><td></td></tr><tr><td>SuperScript II Reverse Transcription 200 U/&#956 ; l</td><td>Life Technologies</td><td>18064-014</td><td></td></tr><tr><td>D1000 ScreenTape</td><td>Agilent Technol. Inc.</td><td>5067-5582</td><td></td></tr><tr><td>Agencourt RNAClean XP - 40 ml</td><td>Beckman Coulter Inc</td><td>A63987</td><td></td></tr><tr><td>RNA ScreenTape</td><td>Agilent Technol. Inc.</td><td>5067-5576</td><td></td></tr><tr><td>Échelle de ruban d’écran d’ARN</td><td>Agilent Technol. Inc.</td><td>5067-5578</td><td></td></tr><tr><td>Tampon d’échantillonnage RNA ScreenTape</td><td>Agilent Technol. Inc.</td><td>5067-5577</td><td></td></tr><tr><td>Hydroxyde de sodium</td><td>Sigma</td><td>72068-100ML</td><td></td></tr><tr><td>DynaBeads MyOne Streptavidin T1</td><td>Life Technologies</td><td>65602</td><td></td></tr><tr><td>DYNAMAG -96 SIDE EACH</td><td>Life Technologies</td><td>12331D</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Sigma</td><td>C2432-1L</td><td></td></tr><tr><td>KAPA HotStart ReadyMix</td><td>KAPA Biosystems</td><td>KK2602</td><td></td></tr><tr><td>Spectrophotomètre NanoDrop 2000</td><td>Thermo Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>My Block Mini Dry Bath</td><td>Benchmark</td><td>BSH200</td><td></td></tr><tr><td>D1000 Réactifs</td><td>Agilent Technol. Inc.</td><td>5067- 5583</td><td></td></tr><tr><td>Vacufuge Plus</td><td>Eppendorf</td><td>022829861&nbsp ;</td><td></td></tr></tbody></table>

ciblées arn séquençage assay pour caractériser l&#39;expression génique et génomique transformations

Targeted RNA Sequencing Assay to Characterize Gene Expression and Genomic Alterations

séquençage de l&#39;ARN (RNA-seq) est une méthode polyvalente qui peut être utilisée pour détecter et caractériser l&#39;expression des gènes, des mutations, des fusions de gènes, et ARNs non codants. Norme exige RNA-seq 30-100000000 séquençage lit et peut inclure plusieurs produits d&#39;ARN tels que l&#39;ARNm et ARN non codantes. Nous démontrons comment ciblée RNA-seq (capture) permet une étude ciblée sur les produits d&#39;ARN sélectionnés à l&#39;aide d&#39;un séquenceur de bureau. RNA-seq capture peut caractériser les transcriptions annotées, faibles, ou exprimés de façon transitoire qui pourraient autrement être manquées en utilisant des méthodes traditionnelles RNA-seq. Nous décrivons ici l&#39;extraction d&#39;ARN à partir de lignées cellulaires, l&#39;ARN ribosomique, l&#39;épuisement de la synthèse d&#39;ADNc, la préparation de bibliothèques de codes à barres, l&#39;hybridation et la capture des produits de transcription cibles, et le séquençage multiplex sur un séquenceur de bureau. Nous présentons également le pipeline d&#39;analyse informatique, qui comprend l&#39;évaluation du contrôle de la qualité, l&#39;alignement, la détection de la fusion, l&#39;expression du gène de quantification et d&#39;identification de simple nucdes variants de leotide. Ce dosage permet un séquençage de transcription ciblé pour caractériser l&#39;expression des gènes, des fusions de gènes et des mutations.

A soulignant schématique des étapes clés dans RNA-seq capture est représenté sur la figure 1. Quatre lignes de cellules cancéreuses avec des mutations connues ont été utilisés pour démontrer l&#39;efficacité de la technique RNA-seq Capture (K562 avec ABL1 fusion, LC2 avec RET fusion, EOL1 avec PDGFRalpha fusion et RT- 4 avec FGFR3 fusion). Les quatre échantillons ont été regroupés et séquencés avec 2x 100 pb lit sur un séquenceur de bu...

Nous décrivons une méthode ciblée basée sur le séquençage de l’ARN qui comprend la préparation de banques d’ADNc indexées, l’hybridation et la capture avec des sondes personnalisées et l’analyse de données pour interroger les transcrits sélectionnés pour l’expression génique, les mutations et les fusions de gènes. Le RNAseq ciblé permet une évaluation rapide et rentable des transcrits sélectionnés sur un séquenceur de bureau.

Ciblées ARN Séquençage Assay pour caractériser l&#39;expression génique et génomique Transformations

RNA sequencing (RNAseq) is a versatile method that can be utilized to detect and characterize gene expression, mutations, gene fusions, and noncoding ...

L'objectif général de ce test est d'enrichir les transcrits ciblés pour le séquençage de nouvelle génération. Ce test de séquençage ciblé de l'ARN est une procédure en plusieurs étapes qui commence par l'épuisement de l'ARN ribosomique à partir de l'ARN total, suivi d'une fragmentation chimique et de la synthèse d'ADN complémentaire, de la préparation de bibliothèques avec codes-barres, de l'hybridation et de la capture des transcrits ciblés, du séquençage multiplexé, et se termine par l'analyse des données. Cette vidéo démontrera les procédures d'hybridation, de capture ciblée et d'amplification par PCR après capture pour quatre échantillons.Ainsi, cette méthode peut aider à répondre à des questions clés en biologie moléculaire, comme l'identification de fusions géniques, de variations de nucléotide unique, d'expressions géniques relatives et d'épissages alternatifs impliquant des transcrits ciblés. Le principal avantage de cette technique est qu'elle peut être personnalisée pour n'importe quels gènes d'intérêt. Pour commencer la procédure d'hybridation, sortir du congélateur à 20 degrés Celsius et décongeler sur de la glace les éléments suivants : sondes hydratées personnalisées, ADN Cot-1, oligonucléotides bloquants universels et oligonucléotides bloquants spécifiques à l'adaptateur.Dans un tube basse fixation de 1,5 millilitre, mélanger 500 nanogrammes d'échantillons d'ADN, 5 microlitres d'ADN Cot-1, un microlitre d'oligonucléotides bloquants universels, 0,5 microlitre d'oligonucléotides bloquants spécifiques à l'adaptateur hexanucléotide et 0,5 microlitre d'oligonucléotides bloquants spécifiques à l'adaptateur octanucléotide. Placer le tube contenant l'échantillon dans un concentrateur sous vide, avec le bouchon ouvert et orienté dans le sens opposé à la rotation. Sécher le contenu à 45 degrés Celsius pendant 20 minutes, ou jusqu'à évaporation complète du liquide.Ensuite, resuspendre le contenu sec avec 8,5 µL de tampon d'hybridation 2x, 3,4 µL du composant d'hybridation A et 1,1 µL d'eau sans nucléase. Laisser 10 minutes pour la resuspension, en vortexant toutes les 2,5 minutes. Transférer le matériau resuspendu dans un tube PCR de 0,2 mL et incuber dans un thermocycleur à 95 °C pendant 10 minutes.Retirez le tube d'échantillon d'hybridation du thermocycleur et ajoutez deux microlitres de sondes personnalisées remises en suspension à une concentration de 1,5 picomole par microlitre. Incubez la réaction d'hybridation toute la nuit à 65 degrés Celsius. L'étape suivante après l'hybridation multiplexée est la capture de l'ARN ciblé à l'aide de billes paramagnétiques couplées à la streptavidine.Retirer un flacon de billes de quatre degrés Celsius et l'équilibrer à température ambiante pendant 30 minutes. Préparer des solutions de travail 1x de tous les tampons nécessaires. Prélever 140 microlitres de tampon de lavage 1x dans un tube frais de 1,5 millilitre.Chauffer ce tampon aliquoté et la totalité du tampon strictif 1x à 65 degrés Celsius dans un bloc chauffant pendant au moins deux heures. Aliquoter la quantité appropriée de billes dans un tube de 1,5 millilitre. Placer dans le support de séparation magnétique et jeter le surnageant.Ajouter le tampon de lavage des billes et vortexer pendant 10 secondes. Placer le tube dans le support de séparation magnétique pendant deux à cinq minutes ou jusqu'à ce que le surnageant soit clair. Jeter le surnageant.Répétez pour un total de deux lavages. Après l’élimination du tampon de lavage des billes, ajoutez un volume égal de tampon de lavage des billes par rapport au volume initial de départ. Resuspendez et transférez dans un tube PCR de 0,2 millilitre.Placer le tube sur le support magnétique pendant deux à cinq minutes ou jusqu'à ce que le surnageant soit clair. Jeter le surnageant. Placer le tube contenant les billes dans un bloc chauffant miniaturisé à 65 degrés Celsius.Transférez l'échantillon d'hybridation dans le tube contenant les billes, pipetez 10 fois de haut en bas pour mélanger, puis incubez à 65 degrés Celsius pendant 45 minutes. Toutes les 15 minutes, vortexez l'échantillon et centrifugez-le pendant quatre secondes à l'aide d'une mini-centrifugeuse de table à vitesse fixe. Une fois l'incubation de 45 minutes terminée, retirez le tube de capture du bloc chauffant.Ajouter 100 microlitres de tampon de lavage 1x préchauffé dans le tube, puis vortexer pendant 10 secondes pour homogénéiser. Transférer le mélange dans un nouveau tube de 1,5 millilitre à faible rétention. Placer le tube sur le support magnétique et laisser deux à cinq minutes pour la séparation, ou jusqu'à ce que le surnageant soit clair.Jetez le surnageant. Ajoutez 200 microlitres de tampon de lavage strict 1x préchauffé et pipetez de haut en bas 10 fois pour mélanger. Incubez à 65 degrés Celsius pendant cinq minutes.Placer le tube sur le support magnétique et laisser deux à trois minutes pour la séparation. Jeter le surnageant. Répéter le lavage rigoureux une fois, pour un total de deux lavages.Ajouter 200 microlitres de tampon de lavage 1x à température ambiante et vortexer pendant deux minutes pour homogénéiser. Placer le tube dans le support magnétique, laisser deux à cinq minutes pour la séparation, puis éliminer le surnageant. Ajouter 200 microlitres de tampon de lavage 1x à température ambiante et vortexer pendant une minute pour homogénéiser.Placer le tube dans le support de séparation magnétique pendant deux à cinq minutes, puis éliminer le surnageant. Ajouter 200 microlitres de tampon de lavage 1x à température ambiante et vortexer pendant 30 secondes pour homogénéiser. Placer le tube dans le support de séparation magnétique pendant deux à cinq minutes, puis éliminer le surnageant.Enfin, retirez le tube du support de séparation magnétique et ajoutez 20 microlitres d'eau sans nucléase pour resuspendre les billes. Mélangez soigneusement en pipetant dix fois vers le haut et vers le bas. Avant de préparer l'amplification par PCR après capture, retirez les billes paramagnétiques de quatre degrés Celsius et laissez-les équilibrer à température ambiante pendant 30 minutes.Retirer le mélange PCR prêt 2x avec départ chaud et le mélange d'amorces PCR du congélateur à -20 °C, les faire décongeler à température ambiante, puis les placer sur de la glace. Préparer un mélange maître d'amplification de bibliothèque en combinant 27,5 µL de mélange PCR prêt 2x avec départ chaud, 2,75 µL d'amorce PCR un et 2,75 µL d'amorce PCR deux. Mettre en place la réaction dans un tube PCR en ajoutant 20 µL de billes contenant l'ADN capturé à 30 µL du mélange maître d'amplification de bibliothèque.Fermer correctement le tube et mélanger en vortexant. Centrifuger le tube pendant quatre secondes à l’aide d’une centrifugeuse miniaturisée à vitesse fixe réglée à six fois G. Placer le tube dans le thermocycleur et lancer l’amplification PCR en utilisant le programme PCR suivant : une dénaturation initiale à 98 degrés Celsius pendant 45 secondes, suivie de 10 à 12 cycles comprenant une dénaturation à 98 degrés Celsius pendant 15 secondes, un recuit à 65 degrés Celsius pendant 30 secondes et une extension à 72 degrés Celsius pendant 60 secondes.Un dernier cycle d'extension à 75 degrés Celsius pendant 60 secondes, puis maintenir à quatre degrés Celsius. Une fois la PCR terminée, retirer l'échantillon du thermocycleur. Ajouter 75 microlitres de billes paramagnétiques, bien mélanger et incuber à température ambiante pendant 15 minutes.Placer le tube dans le porte-tubes magnétique à température ambiante pendant deux à trois minutes, puis éliminer le surnageant. Laver les billes sur l'aimant en ajoutant 200 microlitres d'éthanol à 80 pour cent, en incubant pendant 30 secondes, puis en éliminant le surnageant. Répéter afin d'effectuer un total de deux lavages.Après avoir éliminé le surnageant du deuxième lavage à l'éthanol, incubez à température ambiante pendant cinq à dix minutes pour permettre aux billes de sécher, mais ne les desséchez pas excessivement jusqu'à fissuration. Resuspendez les billes dans 22 microlitres de Tris-EDTA pH 8,0 et laissez trois minutes pour l'élution. Placez l'échantillon sur l'aimant pendant trois à cinq minutes.Enfin, transférez 20 microlitres du produit éluté dans un tube stérile de 1,5 millilitre à faible rétention, en veillant à ne pas transférer de billes. Une comparaison de l'expression génique entre la méthode de capture et le séquençage ARN non ciblé dans quatre lignées cellulaires cancéreuses a révélé que la méthode de capture enrichissait les gènes ciblés, indiqués en bleu, de 10 à 1000 fois par rapport aux gènes non ciblés, indiqués en gris. De plus, le pourcentage de lectures cartographiées sur les régions ciblées était plus élevé dans les bibliothèques de séquençage ARN par capture par rapport aux bibliothèques non ciblées.Une évaluation des mesures de contrôle de qualité a montré que le séquençage par capture et le séquençage ARN non ciblé présentent des performances équivalentes en termes d'alignement sur le transcriptome et de taille principale de l'insert. À l'aide de la méthode de capture, un pourcentage plus élevé de régions exoniques et un pourcentage plus faible de régions introniques ont été séquencés. Comme prévu, le séquençage ARN non ciblé a généré plus de 50 fois plus de lectures de séquençage au total par échantillon que la méthode de capture.Grâce à la méthode de capture, le pourcentage de séquences d'ARN ribosomique présent dans chaque échantillon était plus faible. Enfin, les comparaisons des variants nucléotidiques uniques identifiés dans les régions chevauchantes de la capture et du séquençage ARN pour chacune des quatre lignées cellulaires démontrent une forte concordance des variations entre la capture et le séquençage ARN au sein de la région cible. Une fois maîtrisée, cette technique peut être réalisée en trois à quatre jours si elle est effectuée correctement.Lors de cette procédure, il est important de travailler rapidement lors de la capture des cibles hybridées et de veiller à ce que la réaction reste à 65 degrés Celsius. Après son développement, cette technique a permis aux chercheurs du domaine de la biologie moléculaire d'étudier les transcrits d'intérêt de manière hautement performante et rentable.

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