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DOI: 10.3791/54131-v
Rohit R. Jadhav1, Yao V. Wang1, Ya-Ting Hsu1, Joseph Liu1, Dawn Garcia2, Zhao Lai2, Tim H. M. Huang1, Victor X. Jin1
1Department of Molecular Medicine,University of Texas Health Science Center at San Antonio, 2Greehey Children's Cancer Research Institute,University of Texas Health Science Center at San Antonio
Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.
This article presents a protocol for investigating genome-wide DNA methylation in large clinical patient cohorts using MBDCap-seq technology. The method aims to uncover key insights into the epigenetic landscape and its implications for patient diagnosis and therapy.
Nous présentons ici un protocole pour enquêter sur génome large méthylation de l'ADN dans les études de patients cliniques à grande échelle de dépistage en utilisant le séquençage de l'ADN méthyl-Binding Capture (MBDCap-seq ou MBD-seq) la technologie et de la bioinformatique ultérieures analyse pipeline.
L’objectif global de cette technique est d’étudier systématiquement le paysage de méthylation de l’ADN à l’échelle du génome dans de grandes cohortes de patients. Cette méthode peut aider à répondre à des questions clés dans le domaine de l’épigénétique, en particulier en ce qui concerne les régions du paysage de la méthylation de l’ADN qui sont déréglementées chez les patients. Le principal avantage de cette technique est qu’un grand nombre de patients peuvent être examinés de manière rentable.
Cette technologie peut avoir des implications positives dans le traitement et le diagnostic du patient, car nous pouvons étudier les biomarqueurs existants et identifier de nouveaux biomarqueurs. Bien que cette méthode puisse fournir des informations sur une cohorte de patients, elle peut également être appliquée à d’autres systèmes tels que la méthylation de l’ADN dans des cellules dérivées de lignées cellulaires cultivées à partir d’échantillons dérivés de souris. M. Joseph Liu, un technicien de notre laboratoire, fera la démonstration de cette procédure avec le Dr Ya-Ting Hsu.
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