Name: typage de Campylobacter jejuni Ssp. doylei Les isolats utilisant PhyloProteomics basés sur la spectrométrie de masse (MSPP) (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-30T12:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 43 s
Description: Découvrez le typage par phylo-protéomique basée sur la spectrométrie de masse (MSPP) pour Campylobacter jejuni ssp. doylei. Cette méthode rapide et économique permet d'analyser la parenté des souches bactériennes.

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Nous sommes reconnaissants à Hannah Kleinschmidt pour son excellent support technique. Cet article a été financé par le programme de soutien à l’Open Access de la Deutsche Forschungsgemeinschaft et le fonds de publication de la Georg August Universität Göttingen.

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<li>Bernhard, M., Weig, M., Zautner, A. E., Gross, U., Bader, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yeast+on-target+lysis+%28YOTL%29%2C+a+procedure+for+making+auxiliary+mass+spectrum+data+sets+for+clinical+routine+identification+of+yeasts%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yeast on-target lysis (YOTL), a procedure for making auxiliary mass spectrum data sets for clinical routine identification of yeasts.</a> J Clin Microbiol. 52 (12), 4163-4167 (2014).</li>
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</ol>

Les auteurs n’ont rien à divulguer.

L&#39;étape la plus critique dans la mise en place d&#39;un régime MSPP est la détermination génétique sans équivoque des identités biomarqueur d&#39;ions. S&#39;il est impossible d&#39;identifier un biomarqueur sans aucun doute, alors il devrait être exclu du régime 13. C. ssp. doylei régime jejuni comprend 14 ions de biomarqueurs différents. Ceux - ci sont 5 moins par rapport à C. ssp jejuni. schéma jejuni MSPP 13 ...

Au cours de la dernière décennie, laser assistée par matrice désorption ionisation spectrométrie à temps de vol de masse (MALDI-TOF MS) a avancé comme une méthode standard très apprécié pour le genre microbienne et l&#39; identification des espèces en microbiologie clinique 1, 2. L&#39;identification des espèces est basée sur l&#39;enregistrement des petites empreintes de protéines des cellules intactes ou des lysats cellulaires. La gamme typique de masse pour un spectromètre de masse utilisé en microbiologie clinique de routine est 2-20 kDa. En outre, les spectres résultant peut être utilisé pour distinguer les souches aux dessous-espèces et sous - espèces ci - dessous-niveau 3. Les premières études pionnières ont identifié des ions de biomarqueurs spécifiques pour un sous - groupe particulier de souches de Campylobacter jejuni 4, 5 Clostridium difficile, Salmonella enterica ssp. enterica sérotype Typhi 6, Staphylococcus aureus 7-9 et Escherichia coli 10-12. La combinaison de plusieurs masses de biomarqueurs variables correspondant aux isoformes alléliques offre la possibilité de sous-typage plus profond. Auparavant, nous avons mis en place avec succès une méthode pour convertir ces variations dans les profils de masse dans les relations phyloproteomic significatives et reproductibles appelés phyloproteomics basés spectrométrie de masse (MSPP) sur un C. ssp jejuni. collection isolat jejuni 13. MSPP peut être utilisé d&#39;une spectrométrie de masse équivalente à des techniques de typage à base de séquences d&#39;ADN comme le typage de séquence multilocus (MLST). Espèces de Campylobacter sont la principale cause de gastro - entérite bactérienne dans le monde entier 14, 15. En conséquence de sequela post-infectieuse campylobactériose, à savoir, le syndrome de Guillain - Barré, l&#39; arthrite réactive et la maladie inflammatoire de l&#39; intestin peut se produire 16. Les principales sources d&#39;infection sontla viande de bétail contaminé du poulet, de la dinde, du porc, des bovins, des moutons et des canards, le lait et l&#39; eau de surface 15, 17. Par conséquent, les études de surveillance épidémiologique régulière dans le contexte de la sécurité alimentaire sont nécessaires. MLST est le «gold standard» dans le typage moléculaire pour les espèces de Campylobacter 18. Parce que le Sanger séquençage méthode MLST base est un travail intensif, de temps et relativement coûteux, MLST typage est limitée à relativement petites cohortes isolées. Par conséquent, il existe un besoin de méthodes de typage moins coûteux et plus rapide. Ce besoin pourrait être satisfaite par des méthodes de spectrométrie de masse comme MSPP. Cet article présente un protocole détaillé pour MSPP-typage en utilisant une collection de Campylobacter jejuni ssp. Doylei isolats et la comparaison de son potentiel avec MLST.

<table><tbody><tr><td>acétonitrile</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne</td><td>34967</td><td></td></tr><tr><td>Système Autoflex III TOF/TOF 200</td><td>Bruker Daltonics, Brême, Allemagne</td><td>GT02554 G201</td><td>Spectromètre de masse</td></tr><tr><td>norme d’essai bactérien BTS</td><td>Bruker Daltonics, Brême, Allemagne</td><td>604537</td><td></td></tr><tr><td>BioTools 3.2 SR1</td><td>Bruker Daltonics, Brême, Allemagne</td><td>263564</td><td>Progiciel</td></tr><tr><td>Étalon de test bactérien Bruker IVD</td><td>Bruker Daltonics, Brême, Allemagne</td><td>8290190</td><td>5 tubes</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat&nbsp ;</td><td>Belgique collection coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique</td><td>LMG8843</td><td>ATCC 49349 ; IMVS 1141 ; NCTC 11951 ; souche 093</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat&nbsp ;</td><td>Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique</td><td>LMG9143</td><td>Goossens Z90</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat&nbsp ;</td><td>Belgique coordination de la collecte de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique</td><td>LMG7790</td><td>ATCC 49350 ; CCUG 18265 ; Kasper 71 ; LMG 8219 ; NCTC 11847</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat&nbsp ;</td><td>Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique</td><td>LMG9243</td><td>Goossens N130</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat&nbsp ;</td><td>Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique</td><td>LMG8871</td><td>NCTC A603/87</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat&nbsp ;</td><td>Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique</td><td>LMG9255</td><td>Goossens B538</td></tr><tr><td>Campylobacter jejuni subsp. doylei isolat&nbsp ;</td><td>Belgique collecte coordonnée de micro-organismes/Laboratoire de microbiologie UGent BCCM/LMG Gand, Belgique</td><td>LMG8870</td><td>NCTC A613/87</td></tr><tr><td>Base de gélose Columbia&nbsp ;</td><td>Merck, Darmstadt, Allemagne</td><td>1.10455 .0500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Boussole pour FlexSeries 1.2 SR1</td><td>Bruker Daltonics, Brême, Allemagne</td><td>251419</td><td>Progiciel</td></tr><tr><td>de sang de mouton défibriné&nbsp ;</td><td>Oxoid Deutschland GmbH, Wesel, Allemagne</td><td>SR0051</td><td></td></tr><tr><td></td><td>éthanol Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne</td><td>02854 Acide</td> formique Fluka <td></td></tr><tr><td></td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne</td><td>F0507</td><td></td></tr><tr><td>Matrice HCCA</td><td>Bruker Daltonics, Brême, Allemagne</td><td>604531</td><td></td></tr><tr><td>Tissu en papier Kimwipes</td><td>Kimtech Science via Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne</td><td></td><td></td>Z188956</tr><tr><td>MALDI Biotyper 2.0</td><td>Bruker Daltonics, Brême, Allemagne</td><td>259935</td><td>Progiciel</td></tr><tr><td>Mât Cryobank flacons</td><td>Mast Diagnostica, Reinfeld, Allemagne</td><td>CRYO/B</td><td></td></tr><tr><td>MSP 96 cible en acier poli</td><td>Bruker Daltonics, Brême, Allemagne</td><td>224989</td><td></td></tr><tr><td>QIAamp DNA Mini Kit&nbsp ;</td><td>Qiagen, Hilden, Allemagne</td><td>51304</td><td></td></tr><tr><td>insuline humaine recombinante</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne</td><td>I2643</td><td></td></tr><tr><td>acide trifluoroacétique</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne</td><td>T6508</td><td></td></tr><tr><td>eau, biologie moléculaire</td><td>Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Allemagne</td><td>W4502</td><td></td></tr></tbody></table>

typage de<em&gt; campylobacter jejuni</em&gt; ssp.<em&gt; doylei</em&gt; les isolats utilisant phyloproteomics basés sur la spectrométrie de masse (mspp)

Subtyping of Campylobacter jejuni ssp. doylei Isolates Using Mass Spectrometry-based PhyloProteomics (MSPP)

MALDI-TOF MS offre la possibilité de différencier certaines bactéries non seulement au niveau des espèces et sous-espèces, mais même au-dessous, au niveau de la souche. isoformes alléliques des ions de biomarqueurs détectables se traduisent par des changements de masse spécifiques isolés. phyloproteomics basée sur la spectrométrie de masse (MSPP) est une nouvelle technique qui combine les spectrométriques de masse détectables masses de biomarqueurs dans un système qui permet la déduction des relations phyloproteomic de isoler des changements de masse spécifiques par rapport à un génome séquencé souche de référence. Les séquences d&#39;acides aminés déduites sont ensuite utilisées pour calculer dendrogrammes à base de RRMS. Nous décrivons ici le flux de travail de MSPP en tapant un ssp Campylobacter jejuni. Doylei collection isolat de sept souches. Les sept souches étaient d&#39;origine humaine et multilocus sequence typing (MLST) ont démontré leur diversité génétique. MSPP-typage a donné lieu à sept types de séquence MSPP différents, reflétant suffisamment leur phyrelations logenetic. C. jejuni ssp doylei régime MSPP comprend 14 ions de biomarqueurs différents, la plupart du temps des protéines ribosomiques dans la gamme de masse de 2 à 11 kDa.. MSPP peut en principe, être adapté à d&#39;autres plates-formes de spectrométrie de masse avec une gamme étendue de masse. Par conséquent, cette technique a le potentiel de devenir un outil utile pour le typage microbien de niveau de la souche.

Auparavant, nous avons réussi à établir un régime MSPP pour C. ssp jejuni. jejuni 13. Ici, nous avons cherché à étendre la méthode à la fratrie sous - espèce C. ssp jejuni. doylei. Dans ce cadre spécifique, sept C. ssp jejuni. doylei isolats ont été acquis de la collection belge de micro - organismes / Laboratoire de microbiologie UGent BCCM / LMG Gand, Belgique. Les sept souches utilisées pour le...

Mass phyloproteomics la spectrométrie (MSPP) a été utilisé pour taper une collection de Campylobacter jejuni ssp. Doylei isolats au niveau de la souche par rapport à multilocus sequence typing (MLST).

typage de<em&gt; Campylobacter jejuni</em&gt; Ssp.<em&gt; doylei</em&gt; Les isolats utilisant PhyloProteomics basés sur la spectrométrie de masse (MSPP)

MALDI-TOF MS offers the possibility to differentiate some bacteria not only at the species and subspecies level but even below, at the strain level. ...

L'objectif général de cette procédure de spectrométrie de masse, appelée MSPP ou Phyloprotéomique basée sur la spectrométrie de masse, est de sous-typiser les bactéries au niveau de la souche. Cette méthode peut être utilisée pour répondre à des questions clés dans les domaines de la microbiologie, de l'épidémiologie et de l'hygiène. Par exemple, elle peut être utilisée pour analyser des situations de flambée épidémique en visualisant les liens phyloprotéomiques.Par rapport à d'autres méthodes de typage, le MSPP est peu coûteux par échantillon et très rapide. Les infections nosocomiales constituent un problème d'importance croissante, et nous espérons que notre schéma de MSPP pourra être étendu au typage épidémiologique d'autres bactéries, voire de champignons. Notre schéma de MSPP permet de comprendre les liens de parenté entre souches ; ainsi, pour prédire des phénotypes pertinents, tels que la résistance aux médicaments ou même la virulence, il est pertinent de l'appliquer lorsque ces phénotypes sont corrélés à des génotypes spécifiques.Pour commencer cette procédure, préparez deux tubes de solution matricielle en dissolvant 2,5 milligrammes de HCCA dans 250 microlitres d'un mél

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Génétique

Composés de capture sont trifonctionnel petites molécules afin de réduire la complexité du protéome par fonctionnels réversibles petite molécule de protéine d'interaction suivie par la photo-réticulation et de purification. Ici, nous utilisons un composé de capture avec...

Profilage de la méthyltransférase et autres S-Adénosyl- L-Homocystéine protéines liant par spectrométrie de masse de captation composé (CDSM)

La purification par affinité des protéines marquées en combinaison avec la spectrométrie de masse (APMS) est une méthode puissante pour la cartographie systématique des réseaux d'interactions protéiques et d'enquêter sur le fondement mécaniste des processus biologiques. Ici, nous décrivons un peptide optimisé séquentielle d'affinité (SPA) procédure APMS développé pour la...

Identification des complexes protéiques dans<em&gt; Escherichia coli</em&gt; En utilisant séquentielle Purification par affinité peptide en combinaison avec la spectrométrie de masse en tandem

Nous présentons un protocole visant à quantifier avec précision les protéines avec étiquetage isobare, vaste fractionnement, outils bioinformatiques et mesures de contrôle de la qualité en combinaison avec la chromatographie liquide couplée à un spectromètre de masse à haute résolution.

Profilage de Proteome profonde en étiquetage isobare, vaste chromatographie en phase liquide, spectrométrie de masse et Quantification assistée par logiciel

Nous présentons ici un protocole visant à contrôler le montage et le démontage de la toxine du charbon à l’aide de biolayer l’interférométrie (BLI). Suite de montage/démontage sur la surface du biocapteur, les complexes de protéine importante sont dispensés de la surface pour la visualisation et l’identification des composantes des complexes à l’aide de la microscopie électronique et microanalyse, respectivement.

Analyse des Complexes protéiques dynamique assemblés sur et libéré de Biolayer interférométrie biocapteur à l’aide de la spectrométrie de masse et de microscopie électronique

Bien que la culture des selles pour Campylobacter soit imprécise, elle est toujours considérée comme l’étalon-or pour l’identification. Les méthodes pour déterminer la limite de détection et de survie dans les médias de transport de C. jejuni dans les selles humaines sont décrites et comparées à une nouvelle immunoassay avec une meilleure précision.

Méthodes de culture pour déterminer la limite de détection et de survie dans les médias de transport de Campylobacter Jejuni dans les spécimens fécals humains

La méthylation de l’arginine (R) est une modification post-traductionnelle généralisée régulant de multiples voies biologiques. La spectrométrie de masse est la meilleure technologie pour établir le profil global du R-méthyl-protéome, lorsqu’elle est couplée à des approches biochimiques pour l’enrichissement peptidique modifié. Le flux de travail conçu pour l’identification à haut niveau de confiance de la R-méthylation globale dans les cellules humaines est décrit ici.

Une approche protéomique basée sur la spectrométrie de masse pour l’analyse globale et à haut niveau de confiance de la R-méthylation des protéines

Nous présentons ici un protocole pour l’identification rapide des protéines produites par des bactéries pathogènes séquencées génomiquement en utilisant la spectrométrie de masse en tandem MALDI-TOF-TOF et l’analyse protéomique descendante avec un logiciel développé en interne. Les ions protéiques métastables se fragmentent en raison de l’effet acide aspartique et cette spécificité est exploitée pour l’identification des protéines.

Identification des protéines d’immunité antibactérienne chez Escherichia coli à l’aide de MALDI-TOF-TOF-MS/MS et d’une analyse protéomique descendante

La faisabilité de stratégies de séquençage du génome entier (SGE) à l’aide d’instruments de paillasse a simplifié l’interrogation du génome de chaque microbe pertinent pour la santé publique en laboratoire. Une adaptation méthodologique du flux de travail pour le séquençage bactérien est décrite et un pipeline bioinformatique pour l’analyse est également présenté.

Caractérisation d’une souche pathogène d’Escherichia coli dérivée d’Oreochromis spp. Fermes utilisant le séquençage du génome entier

Campylobacter est la principale cause de gastro-entérite bactérienne d’origine alimentaire dans le monde. Bien que les établissements aient adopté des mesures pour réduire la prévalence dans leurs installations, les produits contaminés atteignent systématiquement les consommateurs. La technique mise au point au cours des douze dernières années vise à remédier aux limites des méthodes existantes d’isolement et de détection de Campylobacter spp. dans la viande crue.

Détection et isolement de Campylobacter spp. à partir de viande crue

Ce protocole permet une évaluation rapide et rentable de la composition microbienne des produits laitiers en combinant la culturomique avec la SM MALDI-TOF. Il fournit des résultats de taxonomie comparables au séquençage de l’ARNr 16S avec un délai d’exécution plus court que les méthodes de culture traditionnelles.

Évaluation de l’innocuité microbienne des laiteries à l’aide du profilage protéomique bactérien via l’approche MALDI

Découvrez le typage par phylo-protéomique basée sur la spectrométrie de masse (MSPP) pour Campylobacter jejuni ssp. doylei. Cette méthode rapide et économique permet d'analyser la parenté des souches bactériennes.

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