Name: In Situ Caractérisation des Biofilms MR1 Shewanella oneidensis par SALVI et ToF-SIMS (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-08-18T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: Découvrez la culture de biofilms de Shewanella oneidensis MR-1 dans un réacteur microfluidique SALVI pour analyse par ToF-SIMS. Cette méthode permet la visualisation in situ des biofilms vivants dans leur état hydraté.

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Nous sommes reconnaissants à la Pacific Northwest National Laboratory (PNNL) la terre et des Sciences biologiques (EBD) mission réalisé laboratoire de recherche et développement (LDRD) Fonds d’amorçage pour la prise en charge. Accès instrumental a été fourni par une proposition d’utilisation générales de W. R. Wiley Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL). EMSL est une installation utilisateur scientifique national parrainée par la Office of Biological and Environmental Research (BER) à PPNL. Les auteurs remercient Dr Yuanzhao Ding pour preuve lire le manuscrit et fournir une rétroaction utile. PPNL est exploité par Battelle pour l’entité opérationnelle désignée en vertu du contrat DE-AC05-76RL01830.

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Les auteurs n’ont rien à divulguer.

Après inoculation à la phase logarithmique, il est important de tester le nombre de jours et de la température à laquelle le biofilm devrait croître avant qu’il soit sain et assez épais pour l’imagerie, comme indiqué au point 3.1. Cette procédure couvre spécifiquement cultivant un S. oneidensis MR1 biofilm à température ambiante ; Cependant, des températures ambiantes différentes peuvent influencer le taux de croissance. Par conséquent, il est essentiel d’utiliser l’imagerie optique pour comprendre si le biofilm est prêt...

Biofilms bactériens sont associés à la surface des communautés qui ont évolué au fil du temps comme un moyen de défense aux bactéries pour survivre variant des stimuli physiques et mécaniques indésirables, dans lequel les cellules sont capables de fixer et de survivre dans de nombreux environnements possibles. 1 , 2 les Biofilms sont largement étudiées et ont des applications dans de nombreux domaines tels que la biomédecine, de génie biomédical, de l’agriculture et de recherche industrielle et de développement. 1 , 2 comprendre la cartographie chimique de ces communautés microbiennes complexes, y compris leurs auto-produit substances polymériques extracellulaires (EPS) et leur environnement local eau-cluster, est essentiel pour obtenir un précis et détaillé représentation de leurs activités biologiques. 2
Biofilms exister et se développer au sein d’un état fortement hydraté. Cela représente un grand défi en utilisant des techniques d’analyse de surface axée sur le vide comme la spectrométrie de masse à ions secondaires de temps de vol (ToF-SIMS) en raison des difficultés dans l’étude des liquides volatils dans le vide. Ainsi, les techniques d’analyse de surface axée sur le vide sont limitaient presque exclusivement à l’étude des échantillons de biofilm à seulement leur état séché. Toutefois, étudier un biofilm dans son état séché inhibe l’enquête précise de son microenvironnement vrai biologique. Il provoque souvent des changements drastiques à la morphologie de l’intégrité et le biofilm EPS, qui a été démontrée après avoir comparé les résultats spectraux biofilm sec aux études in situ liquide. 3 , 4 cet article présente une solution pour l’étude des biofilms dans leur état naturel hydratée grâce à l’utilisation de notre système d’analyse à l’Interface liquide de vide (SALVI),5,6 un réacteur microfluidique qui contient le liquide sous sa membrane silicium mince de nitrure (NAS) dans un MICROCANAL de polydiméthylsiloxane (PMDS), offrant ainsi un accès direct au faisceau sonde ionique secondaire tout en conservant l’intégrité structurale de la matrice liquide sous vide chambre. 7 , 8
S. oneidensis MR-1 muté pour exprimer la protéine de fluorescence verte (GFP) a été choisie comme organisme modèle dans cet exemple de procédure de biofilm en raison de sa polyvalence métabolique et l’utilisation commune en microbiologie environnementale et appliquée, qui reposait lourdement sur sa capacité unique pour la réduction de métal et de transfert d’électron extracellulaire. 9 , 10 , 11 en outre, la présence de GFP tolérée pour facile biofilm-épaisseur continue par l’intermédiaire de la microscopie en fluorescence, à l’aide d’un filtre de fluorescéine isothiocyanate (FITC). Nos études antérieures ont montré des preuves de cette bactérie favorisant l’attachement à la fenêtre de péché en l’utilisant dans operando imagerie de fluorescence pour la croissance de biofilm d’une épaisseur de jusqu'à une centaine de micromètres. 4 , 12 alors que cet article discutera seulement la confirmation de la présence de biofilm par microscopie à fluorescence, la SALVI est compatible avec d’autres méthodes d’imagerie optiques comme la Super-résolution imagerie de fluorescence (c.-à-d., structurée illumination microscopie (SIM)9) et confocale microscopie à balayage laser (CLSM) imagerie4). Imagerie optique peut servir à mesurer l’épaisseur du biofilm et obtenir une image 3D de la forme du biofilm, tel qu’il apparaît, confirmant son épaisseur et son attachement à la fenêtre de péché. 9 tandis que GFP a été utilisé dans l’analyse de SIMS, s. oneidensis sans GFP a été utilisé pour la courbe de croissance, comme cette seule mesure requise de la densité optique et ne nécessitait pas de toute imagerie de fluorescence. En général, la différence entre la GFP tag et espèces non balisés dans la courbe de croissance sont insignifiante. En outre, alors que ce protocole utilise S. oneidensis MR-1 GFP comme un organisme modèle pour décrire la procédure, cette procédure est conçue pour une souche bactérienne pouvant être requises pour la culture au sein de SALVI. Bien que, compte tenu des connaissances de la souche bactérienne nécessaire, certaines conditions de croissance tels que temps, température et oxygène environnement peuvent doivent être modifiées pour tenir compte de la souche de la bactérie à utiliser. Pour le milieu de croissance, cette procédure utilise « nanofils » bouillon de medium, trypticase soja (TSB) sans dextrose et gélose trypticase soja (TSA) sans dextrose pour la culture. La composition du milieu « nanofils » a été spécialement formulée pour la croissance et pour la surveillance des prolongements de la membrane et le périplasme S. oneidensis qui semblent prendre la forme de petits fils et la composition du milieu a été établi dans des recherches antérieures. 13 , 14
Notre protocole précédent sur in situ liquide ToF-SIMS a illustré l’avantage que SALVI a à offrir pour l’immobilisation de la protéine et l’attachement pour le péché, mais aussi un protocole détaillé sur la réduction des données et analyse ToF-SIMS. 12 plutôt que de répéter les étapes de réduction de données, ce document servira à plutôt se concentrer sur l’approche unique de mise en place et en cultivant des biofilms dans notre microchannel SALVI, ainsi que les mesures d’imagerie pour détecter la présence de biofilm et épaisseur préalable à l’analyse de ToF-SIMS. Alors que les biofilms ont été jusque-là limités aux séchées uniquement des échantillons au sein de la chambre du vide basé sur des techniques d’analyse surfaces, EPS et biofilm cartographie chimique détaillée des biofilms vivants peut maintenant être obtenue in situ en raison de cette nouvelle capacité.

<table><tbody><tr><td>ToF-SIMS</td><td>IONTOF</td><td>TOF. Résolution SIMS 5</td><td>: >10 000 m/&Delta ; m pour résolution de masse ; >4 000 m/&Delta ; Système</td></tr><tr><td>d’analyse à l’interface du vide liquide (SALVI)</td><td>Pacific Northwest National Laboratory</td><td>N/A</td><td>SALVI est un outil d’analyse unique, autonome et portable qui, pour la première fois, permet à des instruments scientifiques basés sur le vide tels que la spectrométrie de masse d’ions secondaires à temps de vol (ToF-SIMS) d’analyser les surfaces liquides à l’état naturel au niveau moléculaire.</td></tr><tr><td>-80&deg ; C Freezer</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>N/A</td><td>U410 Congélateur à ultra-basse température économe en énergie de qualité supérieure</td></tr><tr><td>4 ° C Réfrigérateur</td><td>BioCold Scientific</td><td>N/A</td><td>COLDBOX1</td></tr><tr><td>Orbital Shaker</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>N/A</td><td>Innova 4900 Agitateur environnemental à plusieurs niveaux, réglé à 30 degrés Celsius pour la culture de bouteilles de sérum et de flacons, réglé à 150 tr/min.</td></tr><tr><td>Pousse-seringue</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-74905-02</td><td>Pousse-seringue Cole-Parmer, perfusion uniquement, commande à écran tactile 74905-02, utilisé pour injecter du liquide dans le système de tuyauterie et SALVI à un débit constant.</td></tr><tr><td>Incubateur</td><td>Barnstead International</td><td>LT1465X3</td><td>Incubateur Lab-Line, réglé à 30 degrés Celsius pour la culture sur plaques.</td></tr><tr><td>Autoclave</td><td>Getinge</td><td>533LS</td><td>Utilisé pour stériliser les raccords PEEK, les systèmes de tubulures, les flacons de sérum et le fluide. Modèle 533LS Spectrophotomètre de stérilisateur à vapeur sous vide</td></tr><tr><td></td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>4001-000</td><td>Spectrophotomètre GENESYS 20 pour lectures OD600 de cuvettes pour les courbes de croissance.</td></tr><tr><td>Armoire de sécurité biologique</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>1385</td><td>Série 1300 AZ Microscope à fluorescence de l’armoire de sécurité biologique</td></tr><tr><td></td><td>Nikon</td><td>N/A</td><td>Microscope à fluorescence Nikon OPTIPHOT-2 avec caméra et alimentation à lampe au mercure à très haute pression.</td></tr><tr><td>pH-mètre</td><td>Mettler Toledo</td><td>51302803</td><td>Utilisé pour tester le pH du " nanofils" Moyen après finition et avant autoclavage.</td></tr><tr><td>Union PEEK</td><td>Valco</td><td>ZU1TPK</td><td>Pour connecter l’entrée et la sortie de SALVI, la seringue au système de tuyauterie et l’entrée de la SALVI à la chambre d’égouttage du système de tuyauterie.</td></tr>La <tr><td>platine d’échantillonnage à 5 axes</td><td>IONTOF</td><td>N/A</td><td>est fabriquée par nos soins pour le montage de SALVI en ToF-SIMS.</td></tr><tr><td>Système de purification d’eau Barnstead Nanopure</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>D11921</td><td>Module de filtration par osmose inverse ROpure LP (D2716)</td></tr><tr><td>Pipette</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>21-377-821</td><td>Plage : 100 à 1 000 &micro ;L.</td></tr><tr><td>Pointe de pipette</td><td>Neptune</td><td>2112.96.BS</td><td>1 000 & micro ; Pointes de pipette L</td></tr><tr><td>Poignée de lame de rasoir</td><td>Stanley</td><td>N/A</td><td>Grattoir à lame de rasoir Stanley Bostitch avec 5 lames à simple tranchant, utilisé pour couper des tubes en PTFE</td></tr><tr><td>Seringue</td><td>BD 309659</td><td></td><td>1 mL</td></tr><tr><td>Seringue</td><td>BD</td><td>309657</td><td>3 mL</td></tr><tr><td>Seringue</td><td>BD</td><td>309646</td><td>5 ml ; Utilisé pour la fabrication de la seringue à chambre d’égouttement</td></tr><tr><td></td><td>BD</td><td>309604</td><td>10 mL</td></tr><tr><td>Seringue</td><td>BD</td><td>302830</td><td>20 mL</td></tr><tr><td>Pipette jetable</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>13-678-11</td><td>25 mL Fisherbrand&trade ; Pipettes sérologiques jetables en polystyrène stérile avec bande de loupe, pour le remplissage de flacons de sérum.</td></tr><tr><td>Remplisseuse de pipettes électrique</td><td>Pipet-aid</td><td>P-57260</td><td>Pression sous vide Remplisseuse de pipette sérologique électrique</td></tr><tr><td>Flacon de sérum</td><td>Sigma</td><td>33109-U</td><td>Contient environ 69 ml de liquide pour la croissance de la culture, optimal pour l’utilisation de 20 ml de culture par bouteille.</td></tr><tr><td>Tube de culture anaérobie</td><td>VWR</td><td>89167-178</td><td>Tubes anaérobies, 18 x 150 mm, fournis avec un bouchon en caoutchouc butyle bleu de 20 mm et un joint en aluminium.</td></tr><tr><td>Bouchon en caoutchouc</td><td>Sigma</td><td>27235-U</td><td>Bouchon en silicone, utilisé pour sceller les flacons de sérum et pour créer le système de tubulure/chambre d’égouttement.</td></tr><tr><td>Joint de sertissage en aluminium (sans septum)</td><td>Sigma</td><td>27227-U</td><td>Joint en aluminium pour le haut de la bouteille de sérum à utiliser avec la sertisseuse de bouteille de sérum.</td></tr><tr><td>Serum Bottle Aluminum Seal</td><td>Crimper Wheaton</td><td>224307</td><td>sertisseuse de 30 mm avec joint standard.</td></tr><tr><td>Tube en PTFE</td><td>Supelco</td><td>58697-U</td><td>1,58 mm OD x 0,5 mm ID Tube en téflon PTFE de 50 pieds, utilisé pour créer le système de tubes.</td></tr><tr><td>Cuvettes jetables</td><td>GMBH</td><td>759085D</td><td>1,5 ml pour utilisation avec spectrophotomètre.</td></tr><tr><td>Aiguille</td><td>BD</td><td>303015</td><td>22G ; utilisée pour l’injection de sérum en flacon.</td></tr><tr><td>Aiguille</td><td>BD</td><td>305120</td><td>23G ; utilisée pour le poinçonnage d’un bouchon en caoutchouc pour créer un système de tuyau d’égouttement.</td></tr><tr><td>Shewanella oneidensis MR-1 avec GFP</td><td>N/A</td> N<td>/A</td><td>Matthysse AG, Stretton S, Dandie C, McClure NC, & Goodman AE (1996) Construction de vecteurs GFP pour utilisation dans les bactéries à Gram négatif autres qu’Escherichia coli. 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Scientific</td><td>S271-3</td><td>Utilisé pour " nanofils" et utilisé pour fabriquer une solution minérale utilisée pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Lactate de sodium</td><td>Sigma</td><td>L-1375</td> sirop à <td>60 % (p/p) @ pur à 98 %, d = 1,3 g/mL, 7M, utilisé pour « nanofils" medium {Hill, E.A. 2007}Bicarbonate</td></tr> <tr>de <td>sodium</td><td>Sigma</td><td>S-5761</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution ferrique de NTA, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acide nitrilotriacétique Sel trisodique</td><td>Sigma</td><td>N-0253</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution ferrique de NTA, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Chlorure de fer (III)</td><td>Sigma</td><td>451649</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution ferrique de NTA, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sulfate de magnésium</td><td>Sigma</td><td>208094</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sulfate de manganèse (II) monohydraté</td><td>Sigma</td><td>M-7634</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sulfate de fer(II) Heptahydrate</td><td>Sigma</td><td>215422</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}Chlorure</td></tr> de <tr><td>calcium dihydraté</td><td>Sigma</td><td>223506</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour « nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}Chlorure</td></tr> <tr>de <td>cobalt(II)</td><td>Sigma</td><td>60818</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Chlorure de zinc</td><td>Sigma</td><td>229997</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sulfate de cuivre(II) Pentahydrate</td><td>Sigma</td><td>C-8027</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sulfate d’aluminium et de potassium dodécahydrate</td><td>237086</td><td></td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acide borique</td><td>Sigma</td><td>B-6768</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Molybdate de sodium Dihydrate</td><td>Sigma</td><td>331058</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Chlorure de nickel(II)</td><td>Sigma</td><td>339350</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sodium Tungstate Dihydrate</td><td>Sigma</td><td>14304</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution minérale, utilisé pour " nanofils" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>D-Biotin</td><td>Sigma</td><td>47868</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acide folique</td><td>Sigma</td><td>F-7876</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}Chlorhydrate</td></tr> <tr>de <td>pyridoxine</td><td>Sigma</td><td>P-9755</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Riboflavine (B2)</td><td>Sigma</td><td>47861</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}Chlorhydrate</td></tr> <tr>de <td>thiamine</td><td>Sigma</td><td>T-4625</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acide nicotinique</td><td>Sigma</td><td>N4126</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acide D-pantothénique Sel hémicalcique</td><td>Sigma</td><td>21210</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Vitamine B12</td><td>Sigma</td><td>V-2876</td><td>Utilisé pour faire une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acide 4-aminobenzoïque</td><td>Sigma</td><td>A-9878</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acide thioctique</td><td>Sigma</td><td>T-1395</td><td>Utilisé pour fabriquer une solution vitaminique, utilisé pour " nanofils" moyen {Hill, E.A. 2007}</td></tr></tbody></table>

in situ caractérisation des biofilms mr1 shewanella oneidensis par salvi et tof-sims

In Situ Characterization of Shewanella oneidensis MR1 Biofilms by SALVI and ToF-SIMS

Biofilms bactériens sont associés à la surface des communautés qui sont largement étudiées pour comprendre leurs auto-produit substances polymériques extracellulaires (EPS) et leurs rôles en microbiologie environnementale. Cette étude décrit une méthode pour cultiver le biofilm attachement au système pour l’analyse à l’Interface liquide de vide (SALVI) et réaliser in situ une cartographie chimique d’un biofilm vivant par spectrométrie de masse à ions secondaires de temps de vol (ToF-SIMS). Ceci est fait par le biais de la mise en culture des bactéries dans le chenal SALVI avec notre configuration spécialisé tant à l’extérieur, ainsi que par le biais de techniques d’imagerie optiques pour détecter la présence de biofilm et l’épaisseur avant l’analyse par ToF-SIMS. Nos résultats montrent les pics caractéristiques du biofilm Shewanella dans son état naturel hydraté, mettant en valeur son environnement de cluster eau localisée, ainsi que les EPS fragments qui sont radicalement différents de même du biofilm déshydraté État. Ces résultats démontrent la capacité de la percée de SALVI qui permet pour l’imagerie de biofilm in situ avec un instrument d’imagerie chimique axée sur le vide.

Ces résultats représentatifs servent à montrer comment le profil chimique du biofilm ci-joint peut être identifié et interprété, obtenus par le biais de ToF-SIMS. Après traçage des spectres de masse d’acquisition de données de ToF-SIMS, a souligné brièvement dans la section procédures, identification des pics devrait être effectuée afin d’affecter des identités à chaque valeur de m/z respectifs. Ceci est possible grâce à l’analyse documentaire approfondie sur la spectrométrie de masse sur...

Cet article présente une méthode pour cultiver un biofilm pour in situ de microanalyse ions secondaires de temps de vol pour la cartographie chimique à l’état hydraté, activée par un réacteur de la microfluidique, système d’analyse à l’Interface liquide de vide. La MR de Shewanella oneidensis -1 avec la protéine fluorescente verte a été utilisé comme modèle.

In Situ Caractérisation des Biofilms MR1 Shewanella oneidensis par SALVI et ToF-SIMS

Bacterial biofilms are surface-associated communities that are vastly studied to understand their self-produced extracellular polymeric substances (EPS) ...

L'objectif général de cette procédure est de cultiver des bactéries dans le système pour une analyse à l'interface liquide-vide, ou SALVI, afin d'observer ultérieurement les biofilms dans leur état hydraté naturel à l'aide de techniques basées sur le vide, telles que la spectrométrie de masse d'ions secondaires par temps de vol. Nous présentons une méthode qui permet de répondre à des questions clés en microbiologie environnementale en visualisant la distribution chimio-spatiale des biofilms vivants par spectrométrie de masse d'imagerie, comme la SIMS. Le principal avantage de cette technique est que nous pouvons introduire des biofilms vivants dans un spectromètre de masse et de nombreuses autres plateformes analytiques afin d'obtenir des mesures multiplexées.Bien que Shewanella oneidensis soit utilisée dans cette vidéo, cette méthode peut également être appliquée aux enceintes anaérobies pour la croissance de biofilms. Cette dernière nécessite un environnement de culture plus rigoureux. La démonstration visuelle de cette méthode est essentielle, car les étapes de montage du tubing sont difficiles à apprendre.Un positionnement précis du tube et des précautions sont nécessaires lor

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JoVE Journal

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Les biofilms formés sur les surfaces dentaires sont très complexes et constamment exposés à innée et exogènes aux défis environnementaux, qui modulent leur architecture, la physiologie et du transcriptome. Nous avons développé une boîte à outils pour examiner la composition, l'organisation structurelle et l'expression des gènes des biofilms buccaux, qui peut être adapté à d'autres domaines de la recherche biofilm.

Une analyse boîte à outils de l&#39;évaluation biochimique, structurel et transcriptomique globale des biofilms buccaux médiée par Streptococcus mutans

Nous fournissons un simple, méthode semi-quantitative pour étudier la formation de...

Une approche semi-quantitative pour évaluer la formation de biofilms utilisant le développement des colonies ridée

Source : Tokunou, Y. et al., Détection électrochimique de l’effet isotopique cinétique du deutérium sur le transport extracellulaire d’électrons chez Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)Cette vidéo démontre l’assemblage et le fonctionnement d’un modèle de réacteur électrochimique conçu pour simuler la formation de biofilms sur les surfaces d’électrodes. La stimulation électrochimique contrôlée favorise l’adhésion microbienne, conduisant au développement progressif d’un biofilm...

Développement d’un biofilm monocouche bactérien à l’aide d’un réacteur électrochimique

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Eaux usées dérivées électroactifs microbiennes biofilms: croissance, l&#39;entretien et la caractérisation de base

Les biofilms ont des interactions complexes avec leur environnement. Pour étudier de manière exhaustive les interactions biofilm-environnement, nous présentons ici une série de méthodes permettant de créer un environnement chimique hétérogène pour le développement de biofilms, de quantifier la vitesse d’écoulement locale et d’analyser le transport de masse dans et autour des colonies de biofilms.

Méthodes de caractérisation de la Co-développement de biofilms et Habitat Hétérogénéité

Cette étude présente le développement de méthodologies reproductibles pour étudier les inhibiteurs de biofilm et leurs effets sur la multicellularité de Bacillus subtilis.

Méthodologies pour l&#39;étude<em&gt; B. subtilis</em&gt; biofilms comme un modèle pour Caractériser Inhibiteurs biofilm petites molécules

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La Formation de Biofilm induite sur les sels biliaires chez les agents pathogènes entériques : Techniques d’Identification et de Quantification

Nous présentons ici un protocole d’expériences électrochimiques cellule entière pour étudier la contribution du transport de protons au taux de transport des électrons extracellulaire par les cytochromes de la membrane externe complexes de Shewanella oneidensis MR-1.

Électrochimique détection de cinétique effet isotopique sur extracellulaire Transport d’électrons dans Shewanella oneidensis MR-1

Nous proposons un protocole optimisé de microscopie électronique à balayage pour visualiser des échantillons hautement hétérogènes et délicats contenant de la biomasse végétale et fongique, ainsi que du microbiote et du biofilm. Ce protocole permet de décrire les dimensions spatiales de l’organisation du microbiote.

Microbiote des jardins de fourmis attines : visualisation d’un paysage microbien par microscopie électronique à balayage

Cet article présente un protocole complet pour PmbExM, une technique de microscopie à expansion conçue spécifiquement pour les biofilms de Proteus mirabilis . PmbExM utilise un traitement enzymatique par étapes des échantillons de biofilm pour obtenir une expansion isotrope de 4,3 fois, permettant une analyse en super-résolution de l’organisation spatiale des structures cellulaires et subcellulaires au sein de ces communautés microbiennes sessiles.

Imagerie super-résolution du biofilm de Proteus mirabilis par microscopie à expansion

Découvrez la culture de biofilms de Shewanella oneidensis MR-1 dans un réacteur microfluidique SALVI pour analyse par ToF-SIMS. Cette méthode permet la visualisation in situ des biofilms vivants dans leur état hydraté.

In Situ Caractérisation des Biofilms MR1 Shewanella oneidensis par SALVI et ToF-SIMS

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