Name: Protocole de laboratoire pour les Analyses de contenu Gut génétiques de macroinvertébrés aquatiques Using Group-specific ADNr amorces (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-10-05T12:55:00.000+00:00
Duration: 10 min 17 s
Description: Découvrez une méthode génétique pour analyser le contenu stomacal des macroinvertébrés aquatiques. Cette approche améliore l'étude de l'écologie trophique et des interactions alimentaires dans les écosystèmes.

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Nous remercions Silke Classen de l’Institut de recherche pour l’analyse de l’écosystème et évaluation (gaiac), RWTH Aachen pour son aide dans la mise en place des amorces spécifiques utilisés dans le présent protocole. Nous remercions également Peter Martin et Laura Schynawa de l’Université de Kiel pour la coopération dans les expériences des acariens de l’eau. Nous remercions également les assistants de laboratoire technique pour garder le laboratoire fonctionne bien et préparer le registre des sociétés et des numéros de catalogue. Ce travail a été soutenu par la Fondation de recherche allemande (DFG ; projet GE 2219/3-1).

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<li>Deagle, B. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+scatology+as+a+tool+to+study+diet%3A+analysis+of+prey+DNA+in+scats+from+captive+Steller+sea+lions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Molecular scatology as a tool to study diet: analysis of prey DNA in scats from captive Steller sea lions.</a> Mol Ecol. 14 (6), 1831-1842 (2005).</li>
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</ol>

Les auteurs n’ont rien à divulguer.

Nous présentons ici une méthode simple et rentable pour PCR-based détermination des interactions prédateur-proie des échantillons sur le terrain via des amorces spécifiques à un groupe pour les régions d’ADNr, qui peuvent être combinées avec d’autres analyses non moléculaire des échantillons mêmes. Cependant, il y a plusieurs étapes cruciales au sein du protocole. Tout d’abord, il est essentiel d’assurer la spécificité des amorces utilisées. Deuxièmement, il est essentiel d’éviter la contamination et la perte du contenu ...

Interactions prédateur-proie, qui constituent la majorité des interactions trophiques et dynamique du réseau trophique, sont des aspects essentiels pour caractériser les flux de matière et d’énergie tout au long de la chaîne alimentaire au sein et entre les écosystèmes, qui est l’un des principaux objectifs de l’écologie 1. la détermination de la source et flux de carbone et des nutriments sont faire avancer la compréhension de la connectivité écologique entre les écosystèmes2. Cependant, les écosystèmes, comme les rivières et leurs bassins versants, ne sont pas seulement liées par les flux de matière organique et des nutriments mais aussi par les mouvements des organismes3. Ainsi, modifications de l’habitat interrompre le flux des ressources qui relient ces systèmes peuvent fortement modifier les réseaux trophiques des deux écosystèmes, non seulement directement mais aussi indirectement en changeant la composition respective des communautés de prédateur-proie. Par exemple, modification des réseaux trophiques ont démontré être lié aux mouvements du prédateur unique espèce (p. ex., la truite arc-en-ciel)4. Ces changements éventuellement mettre en danger la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Analyse des interactions prédateur-proie dans le domaine est donc essentiel de déterminer l’impact des changements environnementaux induite par l’homme, tels que les pratiques de gestion de l’eau, la biodiversité autochtone des écosystèmes aquatiques.
Suivi des liens trophiques étant difficile dans des systèmes complexes, plusieurs approches ont été établis qui permettent l’évaluation de l’alimentation des interactions dans le champ5. Traditionnellement, enquêtes sur les interactions dans le domaine de l’alimentation reposent sur l’identification visuelle des restes de proies dans les tripes disséqués et nécessitent une connaissance approfondie de la diversité morphologique de proies. Analyses de contenu visuel gut ont fourni des perspicacités dans l’utilisation des ressources de plusieurs groupes de consommateurs (p. ex. variation saisonnière dans le régime alimentaire de homard6 poissons7,8 ou alimentation de préférences et de copépodes). Cependant, le processus physique de digestion complique l’analyse de contenu des contenus stomacaux visuelle et ne manque généralement doux corsé proies-organismes9. Pour les espèces l’alimentation par l’ingestion de liquide ou pour certains consommateurs d’invertébrés qui pulvérisent intensivement leur nourriture avant l’ingestion, comme les amphipodes, identification visuelle des proies dans le contenu intestinal est impossible10. En raison de ces limitations, l’analyse moléculaire offre une alternative prometteuse.
Des analyses moléculaires sont devenus un outil commun permettant la détection de proies rapides et précises dans le contenu intestinal. La gamme de ces techniques est diversifiée : des stratégies fondées sur des anticorps monoclonaux ou des réactions en chaîne par polymérase (PCR) sont souvent utilisés, en raison de leur spécificité et sensibilité élevée11. Le développement de nouveaux anticorps monoclonaux est beaucoup de temps et de coût, par conséquent, l’application des autres techniques moléculaires est plus utile lorsque des anticorps n’existent pas déjà11. Une autre approche commune est l’amplification des régions de l’acide désoxyribonucléique (ADN), comme l’acide ribonucléique ribosomique (ARN) gènes présents dans la plupart des espèces, à l’aide de l’amorce universelle définit12,13. Lorsque vous utilisez cette technique, il n’est souvent pas possible d’identifier l’ensemble des organismes de proies dans les sources mixtes d’ADN14. Une approche efficace pour éviter un tel inconvénient, c’est d’utiliser des amorces spécifiques à un groupe définit pour l’analyse de contenu des contenus stomacaux génétique. Conçu pour amplifier les seules régions de l’ADN de certains groupes cibles et exclure toutes les autres espèces15,16, amorces spécifiques de groupe permettent d’identifier des proies organismes sur le plan taxonomique des groupes spécifiés sans analyses secondaires de gourmandes en temps et en coût. Cependant, comme tout vider l’analyse du contenu, de telles analyses fournissent seulement un instantané du comportement alimentaire. Par conséquent, combinant l’analyse de contenu des contenus stomacaux moléculaires avec les analyses des temps-intégration des traceurs naturels (p. ex., les isotopes stables) est considérée comme bénéfique1,2.
Nous décrivons ici une méthode détaillée pour les études basées sur la PCR des interactions prédateurs-proies à l’aide d’amorces spécifiques à un groupe de régions de l’ADN (ADNr) ribosomales nucléaires pour être combinés avec les analyses des isotopes stables du même spécimen. Nous décrivons la détection de l’ADN de proies unique par électrophorèse sur gel d’agarose. En outre, nous présentons une opportunité pour approfondir les analyses en aval des produits PCR de ces amorces de groupe spécifiques applicables lorsqu’une résolution taxonomique supérieure à la spécificité des amorces est requise. Étant donné que seul ADN bicaténaire (ssDNA) des fragments des conformations tertiaire forme qui dépendent de leur séquence primaire17, en fragments amplifiés par des amorces spécifiques à un groupe de petites variations mener aux changements conformationnels. Ces changements peuvent être détectées par single strand conformation polymorphisme (SSCP) analyses avec des gels de polyacrylamide17,18, ce qui permet une identification plus précise des organismes de proies (jusqu’au niveau de l’espèce).
Alors que le gel d’agarose est un outil commun et peu coûteux pour visualiser les fragments d’ADN et déterminer leur durée approximative19, la résolution dépend de la quantité d’ADN et la teinture coloration utilisé20. Habituellement, la visualisation est simple lorsque vous travaillez avec des échantillons d’ADN purs, mais éventuellement de faibles quantités de proies ADN dans le contenu stomacal de consommateurs peut compliquer l’évaluation des résultats de l’électrophorèse sur gel d’agarose. Pourtant, cette méthode de détection est faisable pour dépister un faible nombre de spécimens de consommateurs sur le terrain un ou quelques groupes de proies, mais complication dans la notation rend la projection d’un grand nombre d’échantillons pour plusieurs taxons de proie fois extrêmement intensif et donc impraticable. Une méthode de détection plus sensible est l’analyse automatique de fragments par électrophorèse capillaire, ce qui permet en outre de la détermination de la longueur exacte des fragments21. Plusieurs microsatellites basé ont démontré qu’en utilisant différents colorants fluorescents sous forme d’étiquettes, il est possible de détecter et de déterminer les différents fragments de longueur comparable par fragment automatisés analyse22,23, 24. Par conséquent, nous présentons également un protocole détaillé pour détection parallèle de l’ADN de la proie de plusieurs groupes par PCR avec des amorces spécifiques à un groupe étiquetées et détection par analyse des fragments automatisés avec un séquenceur automatique. En outre, nous présentons les résultats d’une étude de cas qui démontre que la détection de l’ADN de proies par l’intermédiaire de l’analyse des fragments automatisés est une approche qui permet également une quantification relative des proies ingérées.

<table><tbody><tr><td>azote liquide</td><td>Tout</td><td>NA</td><td>Pour le transport d’échantillons de macroinvertébrés sur le terrain jusqu’au laboratoire.</td></tr><tr><td>Tubes réactionnels de 1,5 ml - Safelock</td><td>Any</td><td>NA</td><td>Pour la collecte d’échantillons de consommation sur le terrain et leur conservation ultérieure dans des tubes réactionnels à l’azote liquide, il n’est pas nécessaire d’être nettoyés par PCR. Pour éviter l’explosion des tubes, le couvercle des tubes doit être percé avec une aiguille.</td></tr><tr><td>Stéréomicroscope</td><td>N’importe quelle</td><td>NA</td><td>Assurez-vous que le grossissement est adapté pour préparer le tractus gastro-intestinal de la taille du consommateur d’intérêt.</td></tr><tr><td>Boîtes de Pétri</td><td>N’importe quelle</td><td>NA</td><td>Disséquer le tractus gastro-intestinal d’échantillons de consommation à l’aide d’un stéréomikroscope.</td></tr><tr><td>Foceps en acier inoxydable : Pince Dumont n° 7</td><td>Bioform</td><td>B40d</td><td>Cette pince incurvée en acier inoxydable peut parfois être très facile à maintenir l’échantillon fixé entre la partie incurvée sans percer le tractus gastro-intestinal.</td></tr><tr><td>Foceps en acier inoxydable : Pince Dumont Électronique n° 5</td><td>Bioform</td><td>B40b</td><td>Cette pince fine en acier inoxydable est idéale pour la préparation du tractus gastro-intestinal des échantillons de consommation.</td></tr><tr><td>DNA-ExitusPlus</td><td>AppliChem</td><td>A7409,1000RF</td><td>Solution de décontamination pour l’élimination des contaminations à l’ADN et à l’ARN</td></tr><tr><td>Essuie-tout essuie-tout</td><td></td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Balance de laboratoire</td><td>Tout</td><td>NA</td><td>Precision doit être d’au moins 0,01 g.</td></tr><tr><td>Pipettes de microlitres (0,5-10/10-100/50-200/100-1000 &mu ; L)</td><td>Any</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Safe-Lock Tubes 2.0 ml</td><td>VWR</td><td>211-2165</td><td>Il est crucial que ces tubes à réaction soient exempts d’inhibiteurs d’ADN, de DNase, de RNase et de PCR (PCR clean) !</td></tr><tr><td>Safe-Lock Tubes 1,5 ml</td><td>VWR</td><td>211-2164</td><td>Il est crucial que ces tubes de réaction soient exempts d’inhibiteurs de l’ADN, de la DNase, de la RNase et de la PCR (PCR clean) !</td></tr><tr><td>Chlorure de sodium &ge ; 99,5 %, p.a., ACS, ISO</td><td>carlroth</td><td>3957.3</td><td>Pour le tampon d’extraction de sel (SEB) et la solution de NaCl 5M nécessaire pour l’extraction de l’ADN.</td></tr><tr><td>Tris(hydroxyméthyl)-aminométhane Tris</td><td>carlroth</td><td>4855.2</td><td>Pour tampon d’extraction de sel (SEB) et tampon TBE</td></tr><tr><td>Pipettes de microlitres (0.5-10/10-100/50-200/100-1000 &mu ; L)</td><td>carlroth</td><td>8043.1</td><td>Pour tampon d’extraction de sel (SEB) et tampon TBE</td></tr><tr><td>Acide borique &ge ; 99,8 %, p.a., ACS, ISO</td><td>carlroth</td><td>6943.2</td><td>Pour tampon TBE. Non nécessaire si l’on obtient un tampon TBE disponible dans le commerce.</td></tr><tr><td>Dodécylsulfate de sodium (SDS)</td><td>carlroth</td><td>4360.1</td><td>Pour l’extraction de l’ADN</td></tr><tr><td>protéinase K lyophile.</td><td>carlroth</td><td>7528.1</td><td>Préparer une solution de travail contenant 10 mg/ml.</td></tr><tr><td>TissueLyser II</td><td>Quiagen</td><td>85300</td><td>Broyeur à billes pour l’homogénéisation des échantillons.</td></tr><tr><td>Perles en acier inoxydable, 5 mm</td><td>Quiagen</td><td>69989</td><td>Pour l’homogénéisation des échantillons.</td></tr><tr><td>Chauffage Thermoshaker</td><td>Tout</td><td></td> mélangeur vortex NA <td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td>Tout</td></tr><tr><td>NA Centrifugeuse réfrigérée : himac CT 15 RE</td><td>Hitachi</td><td>NA</td><td>Centrifugeuse réfrigérée utilisée pour la centrifugation lors de l’extraction de l’ADN (Protocole 1).</td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>carlroth</td><td>6752.5</td><td></td></tr><tr><td>Éthanol 99,8 %, p.a.</td><td>Toute</td> eau <td>de</td><td></td></tr><tr><td>biologie moléculaire (ddH2O)</td><td>AppliChem</td><td>A7398,1000</td><td>eau sans nucléases (stérilisée en cours d’eau et traitée au DEPC) utilisée pour la remise en suspension de l’ADN et chaque fois qu’elle est référencée à ddH2O dans le manuscrit</td></tr><tr><td>Olegonucléotides non modifiés</td><td>Eurofins MWG Operon</td><td>NA</td><td>Amorces non étiquetées</td></tr><tr><td>Olégonucléotides</td> <td>modifiésMetabion International AG</td><td>NA</td><td>Amorces labellisées</td></tr><tr><td>peqGOLD Taq all inclusive</td><td>VWR Peqlab</td><td>01-1000</td><td>Taq all inclusive pour mélanges réactionnels PCR (tampon réactionnel Y et S, dNTPs et MgCl2)</td></tr><tr><td>Primus 96 advanced gradient thermocycler ou peqStar96x Universal Gradient</td><td>Peqlab</td><td>NA</td><td>Les jeux d’amorces ont été établis à l’origine sur un thermocycleur à gradient avancé Primus 96. Comme ce cycleur était assez ancien, nous avons ensuite vérifié si nos jeux d’amorces étaient efficaces et spécifiques dans les mêmes conditions en utilisant le peqSta96x (qui pouvait également simuler l’ancien modèle). Cependant, les tests ont montré que nos amorces fonctionnent bien et sont toujours spécifiques (voir Koester et al. 2013) sans utiliser la simulation de l’ancienne machine.</td></tr><tr><td>Plaques PCR standard 96 puits</td><td>VWR Peqlab</td><td>732-2879</td><td>Utilisé pour les réactions PCR.</td></tr><tr><td>Bandes de tube à profil bas 0,15 ml avec bandes de capuchon plates</td><td>VWR Peqlab</td><td>732-3223</td><td>Bandes de capuchon utilisées pour fermer les plaques PCR.</td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Peqlab</td><td>35-1020</td><td>Utilisé pour l’électrophorèse sur gel.</td></tr><tr><td>Micro-ondes</td><td>N’importe quel</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Fiole conique</td><td>N’importe quel</td><td>cylindre</td> de mesure NA <td></td></tr><tr><td></td><td>Tout</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Unité d’électrophorèse horizontale et peignes avec dents</td><td>correspondants N’importe quel</td><td>NA</td><td>Pour l’électrophorèse sur gel d’agarose.</td></tr><tr><td>Électrophorèse Alimentation PS3002</td><td>Life Technologies</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Solution de bromure d’éthidium 1 %</td><td>carlroth</td><td>2218.1</td><td>Utilisé pour préparer le bain de coloration des gels d’agarose.</td></tr><tr><td>Formamide</td><td>carlroth</td><td>6749.1</td><td>Nécessaire pour le tampon de dénaturation pour les analyses SSCP.</td></tr><tr><td>Bleu de bromphénol</td><td>AppliChem</td><td>A3640.0010</td><td>Nécessaire pour le colorant de chargement pour l’électrophorèse sur gel d’agarose.</td></tr><tr><td>Saccharose</td><td>carlroth</td><td>4621.1</td><td>Nécessaire pour le colorant de chargement pour l’électrophorèse sur gel d’agarose.</td></tr><tr><td>100 bp-DNA-Ladder extended</td><td>carlroth</td><td>T835.1</td><td>Comme norme de taille pour l’électrophorèse sur gel d’agarose.</td></tr><tr><td>Système de documentation UV</td><td>N’importe quelle</td><td>NA</td><td>Pour visualiser les résultats de l’électrophorèse sur gel.</td></tr><tr><td>Rotiphorese NF-Acrylamide/Bis 40 % (29:1)</td><td>carlroth</td><td>A121.1</td><td>Pour la préparation de gels de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>Peroxydisulfaté d’ammonium</td><td>carlroth</td><td>9592.2</td><td>Pour la préparation de gels de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>clips repliables (32 mm)</td><td>N’importe quel</td><td>NA</td><td>Pour la préparation de gels de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>boîte en plastique de forme carrée (21 &times ; 6,5 &times ; 5 cm)</td><td>N’importe quel</td><td>NA</td><td>Pour la préparation de gels de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>Tétraméthyléthylènediamine (TEMED)</td><td>carlroth</td><td>23.67.1</td><td>Pour la préparation de gels de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>Bécher</td><td>N’importe quel</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>RC 10 Refroidisseur numérique</td><td>VWR</td><td>462-0138</td><td>Pour les analyses SSCP par électrophorèse sur gel de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>Unité d’électrophorèse verticale P10DS (OWL Separation Systems)</td><td>VWR</td><td>700-2361</td><td>Pour les analyses SSCP par électrophorèse sur gel de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>Plaque de verre crantée</td><td>VWR</td><td>730-0261</td><td>Pour les analyses SSCP par électrophorèse sur gel de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>Plaque de verre vierge</td><td>VWR</td><td>730-0260</td><td>Pour les analyses SSCP par électrophorèse sur gel de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>Espaceurs</td><td>VWR</td><td>730-0262</td><td>Pour les analyses SSCP par électrophorèse sur gel de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>Peigne à 25 dents</td><td>VWR</td><td>730-0294</td><td>Pour les analyses SSCP par électrophorèse sur gel de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>Plate-forme vibrante</td><td>N’importe quel</td><td>NA</td><td>Pour secouer constamment le bain de coloration.</td></tr><tr><td>Coloration d’acide nucléique GelStar (Lonza Rockland, Inc.)</td><td>Biozym</td><td>850535 (50535)</td><td>Pour la coloration des gels de polyacrylamide.</td></tr><tr><td>GenomeLab DNA Size Standard Kit 400bp</td><td>AB Sciex</td><td>608098</td><td>Pour des analyses de fragments automatisées. Norme de taille pour le lot B.</td></tr><tr><td>GenomeLab DNA Size Standard Kit 600bp</td><td>AB Sciex</td><td>608095</td><td>Pour des analyses automatisées de fragments. Norme de taille pour le lot A.</td></tr><tr><td>Solution de chargement d’échantillons (SLS)</td><td>AB Sciex</td><td>608082</td><td>Pour l’analyse automatisée des fragments.</td></tr><tr><td>Plaque de séquençage - 96 Puits Polypropylène PCR Microplaque</td><td>Costar</td><td>6551</td><td>Pour les analyses automatisées de fragments.</td></tr><tr><td>Centrifugeuse à plaques, PerfectSpin P</td><td>VWR Peqlab</td><td>NA</td><td>mini centrifugeuse à plaques utilisée pour faire tourner les produits PCR.</td></tr><tr><td>Plaque tampon - 96 puits EIA/RIA Polystyrène transparent à fond plat non traité Microplaque</td><td>Corning</td><td>9017</td><td>Pour les analyses de fragments automatisées.</td></tr><tr><td>GenomeLab Tampon de séparation</td><td>AB Sciex</td><td>608012</td><td>Pour les analyses automatisées de fragments.</td></tr><tr><td>Gel de séparation - LPAI</td><td>AB Sciex</td><td>608010</td><td>Pour l’analyse automatisée des fragments.</td></tr><tr><td>Sequenzer - CEQ8000 Système d’analyse génétique</td><td>Beckman Coulter</td><td>NA</td><td>Pour les analyses automatisées de fragments.</td></tr><tr><td>GeneMarker V1.95</td><td>Softgenetics</td><td>NA</td><td>Pour analyser les résultats d’analyses de fragments automatisées.</td></tr></tbody></table>

protocole de laboratoire pour les analyses de contenu gut génétiques de macroinvertébrés aquatiques using group-specific adnr amorces

Laboratory Protocol for Genetic Gut Content Analyses of Aquatic Macroinvertebrates Using Group-specific rDNA Primers

Analyse de la chaîne alimentaire est essentiel pour une meilleure compréhension des écosystèmes. Par exemple, trophiques peuvent subir des modifications graves provoquées par l’invasion d’espèces allogènes. Cependant, une identification exacte des interactions prédateur-proie de champ est difficile dans de nombreux cas. Ces analyses sont souvent basées sur une évaluation visuelle du contenu intestinal ou l’analyse des ratios d’isotopes stables (δ15N et δ13C). Ces méthodes nécessitent une connaissance approfondie concernant, respectivement, la diversité morphologique ou signature isotopique des organismes individuels proies, conduisant à des obstacles à l’identification exacte des proies. Analyse de contenu des contenus stomacaux Visual sous-estiment particulièrement doux corsé proies organismes, car macération, ingestion et la digestion des proies compliquent l’identification d’espèces spécifiques. Par conséquent, l’utilisation des amorces spécifiques à un groupe définit des stratégies de réaction en chaîne (PCR) basée de polymérase, par exemple, fournissent un outil puissant pour l’étude des interactions de réseau trophique. Nous décrivons ici les protocoles détaillés afin d’examiner le contenu stomacal de consommateurs de macroinvertébrés du champ à l’aide d’amorces spécifiques à un groupe pour l’acide désoxyribonucléique ribosomal nucléaire (ADNr). L’ADN peut être extraits soit à partir des spécimens entiers (dans le cas des petits taxons) ou de contenus stomacaux de spécimens recueillis sur le terrain. Présence et efficacité fonctionnelle des modèles ADN doivent être confirmés directement à partir de l’individu testé avec l’amorce universelle définit ciblant la sous-unité respectif de l’ADN. Nous démontrons également que des proies consommées peuvent être déterminée en combiné supplémentaire jusqu’au niveau de l’espèce par PCR avec des amorces spécifiques à un groupe non modifiées avec analyses de polymorphisme (SSCP) de conformation monocaténaires ultérieure à l’aide de gels de polyacrylamide. De plus, nous montrons que l’utilisation de différents colorants fluorescents sous forme d’étiquettes permet de projection parallèle pour les fragments d’ADN de proies différentes groupes de plusieurs échantillons de contenu intestin par l’intermédiaire de l’analyse des fragments automatisés.

Nous avons utilisé avec succès les étapes décrites dans le présent protocole pour l’analyse de la diète dans les différentes études. Dans cette section, nous présentons des exemples décrivant l’applicabilité des différentes sections du protocole.
À titre d’exemple, pour démontrer l’efficacité des amorces spécifiques à un groupe créé par les auteurs28 et la possibilité d’approfondir les analyses en aval de...

Plus courantes analyse de contenu des contenus stomacaux des macroinvertébrés sont visuels. Exigeant la connaissance intense sur la diversité morphologique des proies, ils manquer doux corsé proies et, en raison de la forte fragmentation des proies, sont presque impossibles pour certains organismes, y compris les amphipodes. Nous fournissons des approches génétiques détaillées, roman de macroinvertébrés proie d’identification dans le régime alimentaire des amphipodes.

Protocole de laboratoire pour les Analyses de contenu Gut génétiques de macroinvertébrés aquatiques Using Group-specific ADNr amorces

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the ...

L'objectif général de ce protocole est d'améliorer les études en écologie trophique, en particulier à partir d'échantillons de terrain. Cette méthode peut aider à répondre à des questions clés dans le domaine de l'écologie des réseaux alimentaires, comme l'impact des espèces envahissantes sur les interactions trophiques. Le principal avantage réside dans l'application supplémentaire à des analyses trophiques intégrées dans le temps pour les mêmes spécimens exacts, et dans le fait qu'elle peut être utilisée par pratiquement tous les écologistes.Bien que nous ayons mis au point cette approche afin d'obtenir des informations sur la consommation de proies par les consommateurs aquatiques, elle peut également être utilisée à d'autres fins, par exemple pour déterminer la composition spécifique des échantillons de macroinvertébrés benthiques. La procédure sera démontrée par Christian Sodemann, technicien de notre laboratoire. Pour commencer cette expérience, transférez le tube digestif du prédateur préalablement disséqué dans un tube à réaction de deux millilitres à verrouillage sécurisé contenant 440 microlitres de tampon d'extraction salin.Congelez immédiatement les échantillons à moins

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Basées sur l&#39;ADN des espèces de poissons protocole d&#39;identification

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Identification des bactéries métaboliquement actif dans l&#39;intestin du généraliste<em&gt; Spodoptera littoralis</em&gt; Par ADN isotopes stables de palpage Utilisation<sup&gt; 13</sup&gt; C-Glucose

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Protocole de laboratoire pour les Analyses de contenu Gut génétiques de macroinvertébrés aquatiques Using Group-specific ADNr amorces (Vidéo) | JoVE Journal

Protocole de laboratoire pour les Analyses de contenu Gut génétiques de macroinvertébrés aquatiques Using Group-specific ADNr amorces

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