Sérum et Plasma copie numéro détection par PCR en temps réel
15 décembre 2017
Ce manuscrit décrit l’analyse de variation numéro de copie exécutée dans l’ADN de sérum ou de plasma à l’aide de la méthode PCR en temps réel. Cette méthode convient pour la prédiction de la pharmacorésistance chez des patients de cancer de la prostate résistant à la castration, mais ça pourrait être instructif aussi pour d’autres maladies.
L’objectif global de cette méthode est de détecter la variation du nombre de copies de gènes dans des échantillons de sérum ou de plasma. Cette méthode peut aider à répondre à des questions clés dans le domaine avancé du cancer de la prostate, telles que la détection de marqueurs utiles pour prédire ou surveiller la réduction des spores. Le principal avantage de cette technique est qu’elle est facile et rapide à réaliser. Les implications de cette technique s’étendent au traitement du cancer de la prostate avancé, car la variation du nombre de copies du gène du récepteur des androgènes est un événement fréquent. En général, les personnes qui ne connaissent pas cette méthode auront du mal car la concentration et la qualité de l’ADN acellulaire sont souvent inférieures aux attentes. Pour le prélèvement de sérum, travaillez à partir d’échantillons de cinq millilitres de sang total et de sérum sans anticoagulants maintenus à quatre degrés Celsius.Commencez par centrifuger les échantillons pendant 15 minutes à 1 000 g.Le surnageant est le sérum. Transférez-le dans des tubes de deux millilitres et jetez le granulé. À moins que le sérum ne soit traité immédiatement, congelez les échantillons à 80
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Aperçu
Ce manuscrit décrit l'analyse des variations du nombre de copies effectuée sur l'ADN sérique ou plasmatique à l'aide d'une approche de PCR en temps réel. Cette méthode est adaptée pour prédire la résistance aux médicaments chez les patients atteints d'un cancer de la prostate résistant à la castration et pourrait fournir des informations utiles pour d'autres maladies.
Composantes clés de l'étude
Domaine scientifique
- Oncologie
- Génomique
- Recherche clinique
Contexte
- Les variations du nombre de copies (CNV) peuvent influencer la progression de la maladie.
- La PCR en temps réel est une méthode sensible pour la détection des variations du nombre de copies (CNV).
- Le cancer de la prostate résistant à la castration présente des défis uniques en matière de traitement.
- La compréhension des mécanismes de résistance aux médicaments est essentielle pour la prise en charge des patients.
Objectif de l'étude
- Analyser les variations du nombre de copies (CNV) dans l'ADN sérique ou plasmatique.
- Évaluer le potentiel de cette méthode pour prédire la résistance aux médicaments.
- Explorer son applicabilité à d'autres maladies.
Méthodes utilisées
- PCR en temps réel pour l'analyse des variations du nombre de copies (CNV).
- Prélèvement d'échantillons à partir de sérum ou de plasma.
- Analyse statistique des données de variations du nombre de copies (CNV).
- Comparaison avec les résultats cliniques chez des patients atteints de cancer de la prostate.
Résultats principaux
- Identification de CNV spécifiques associées à la résistance aux médicaments.
- Corrélation entre les profils de CNV et les résultats chez les patients.
- Démonstration de la sensibilité et de la spécificité de la méthode.
- Implications potentielles pour les stratégies de traitement du cancer de la prostate.
Conclusions
- La méthode de PCR en temps réel est efficace pour l'analyse des variations du nombre de copies (CNV).
- Les résultats pourraient améliorer la compréhension de la résistance aux médicaments dans le cancer.
- Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour valider ces résultats dans d'autres maladies.
Questions fréquemment posées
Pertinence professionnelle pour l'industrie
La détection d'un gain du nombre de copies du récepteur des androgènes dans l'ADN circulant libre de cellules permet une surveillance non invasive des mécanismes de résistance thérapeutique dans le cancer de la prostate métastatique résistant à la castration. Cette approche facilite l'identification précoce de l'échec du traitement et éclaire la prise de décision clinique grâce à un prélèvement peu invasif. La méthode offre un protocole rapide et évolutif pour l'évaluation de biomarqueurs dans les applications de biopsie liquide.
Applications stratégiques en recherche et développement en biopharmacie
Découverte précoce et validation de cibles
- Valeur scientifique : Permet d'étudier l'amplification du gène AR comme facteur de résistance thérapeutique dans les modèles de cancer de la prostate.
- Valeur opérationnelle : Utilise l'ADN circulant issu du sérum ou du plasma afin d'éviter les prélèvements tissulaires invasifs dans les études longitudinales.
Développement de criblages et de tests
- Valeur scientifique : Fournit des mesures quantitatives des CN par PCR en temps réel duplex avec les gènes de référence RNaseP et AGO1.
- Valeur opérationnelle : Une quantité standardisée de 60 ng d'ADN par test garantit la reproductibilité entre les jeux d'échantillons.
Recherche translationnelle et préclinique
- Valeur scientifique : le gain de copie du gène AR dans l'ADN circulant corrèle avec la progression du cancer de la prostate métastatique résistant à la castration, soutenant ainsi les efforts de qualification du biomarqueur.
- Valeur opérationnelle : la collecte d'échantillons non invasive permet une surveillance fréquente dans les cohortes précliniques et cliniques.
Intégration des pipelines et des flux de travail
La méthode s'inscrit dans la continuité de la découverte de biomarqueurs, en soutenant la validation de cibles grâce à la biopsie liquide et en permettant le criblage en aval des mécanismes de résistance dans les modèles de cancer de la prostate.
- Découverte en biologie : Teste l'hypothèse selon laquelle un gain du nombre de copies d'AR dans l'ADN circulant prédit la résistance au traitement dans le cancer de la prostate avancé.
- Dépistage : Génère des données quantitatives sur le nombre de copies, adaptées à la standardisation des tests et à l'évaluation de l'effet des composés.
- Analytique : Fournit des rapports de variations du nombre de copies par rapport à des gènes de référence, permettant des comparaisons statistiques entre différentes conditions.
- Recherche translationnelle : Associe les biomarqueurs de l'ADN circulant aux résultats cliniques dans le cancer de la prostate résistant à la castration.
- Réutilisation en entreprise : Le flux de travail peut être adapté à d'autres cibles géniques et contextes pathologiques au-delà du cancer de la prostate.
Impact opérationnel et organisationnel
- Valeur scientifique : Désamorçage mécanistique de l'amplification du récepteur aux androgènes comme biomarqueur de résistance dans le cancer de la prostate.
- Valeur opérationnelle : Protocole rapide nécessitant peu d'échantillon, utilisant un équipement standard de PCR en temps réel.
- Valeur stratégique : Permet de prendre des décisions d'orientation (suite à donner ou non) fondées sur une surveillance non invasive de la résistance.
- Impact sur le portefeuille : Soutient la priorisation des thérapies ciblant les altérations de la voie du récepteur aux androgènes selon le niveau de risque.
Considérations relatives à la mise en œuvre
- Nécessite une expertise dans l'extraction et la quantification de l'ADN circulant à partir d'échantillons à faible rendement.
- Dépend d'un équipement de PCR en temps réel doté de capacités de multiplexage.
- Requiert une standardisation entre laboratoires concernant le choix des gènes de référence et l'analyse des données.
- Limité par la quantité et la qualité de l'ADN circulant, nécessitant une optimisation de la quantité en entrée.
- Une validation par des méthodes orthogonales, telles que la PCR numérique, est recommandée pour confirmer les gains en nombre de copies.
Foire aux questions en biopharmacie
Chapters in this video
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Title
0:55
Collection of Serum or Plasma
2:20
Isolating Cell-free (cfDNA) from Serum or Plasma
5:15
Real-time PCR and Analysis of cfDNA
7:36
Results: Detection of Androgen Receptor (AR) Copy Number Variations in cfDNA of Metastatic Castration-resistant Prostate Cancer (CRPC) Patients
8:25
Conclusion
