Name: Phthalic Acid Ester-liaison ADN aptamère sélection, caractérisation et Application d’un Aptasensor électrochimique (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-03-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 33 s
Description: Découvrez la sélection d'aptamères ADN spécifiques de groupe pour les molécules hydrophobes et leur application dans un aptasensor électrochimique sensible. Cette méthode permet de développer des biosenseurs pour la détection de polluants environnementaux.

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Nous sommes reconnaissants pour le soutien financier de la Fondation nationale des sciences naturelles (21675112), projet clé du plan sciences et technologies de la Commission de l’éducation de Pékin (KZ201710028027) et Yanjing jeune savant programme de Capital Normal University.

<ol><li>Vorkamp, K., Riget, F. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+new+and+current-use+contaminants+in+the+Arctic+environment%3A+Evidence+of+long-range+transport+and+indications+of+bioaccumulation%5BTitle%5D)+AND+%22Chemosphere%22%5BJournal%5D)">A review of new and current-use contaminants in the Arctic environment: Evidence of long-range transport and indications of bioaccumulation.</a> Chemosphere. 111, 379-395 (2014).</li>
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<li>Sun, J. Z., He, H., Liu, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+phthalic+acid+esters+in+Chinese+white+spirit+using+dispersive+liquid-liquid+microextraction+coupled+with+sweeping+beta-cyclodextrin-modified+micellar+electrokinetic+chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22J+Sep+Sci%22%5BJournal%5D)">Determination of phthalic acid esters in Chinese white spirit using dispersive liquid-liquid microextraction coupled with sweeping beta-cyclodextrin-modified micellar electrokinetic chromatography.</a> J Sep Sci. 37 (13), 1679-1686 (2014).</li>
<li>Yilmaz, P. K., Ertas, A., Kolak, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+determination+of+seven+phthalic+acid+esters+in+beverages+using+ultrasound+and+vortex-assisted+dispersive+liquid-liquid+microextraction+followed+by+high-performance+liquid+chromatography%5BTitle%5D)+AND+%22J+Sep+Sci%22%5BJournal%5D)">Simultaneous determination of seven phthalic acid esters in beverages using ultrasound and vortex-assisted dispersive liquid-liquid microextraction followed by high-performance liquid chromatography.</a> J Sep Sci. 37 (16), 2111-2117 (2014).</li>
<li>Sun, R., Zhuang, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+ultrasensitive+gold+nanoparticles+improved+real-time+immuno-PCR+assay+for+detecting+diethyl+phthalate+in+foodstuff+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">An ultrasensitive gold nanoparticles improved real-time immuno-PCR assay for detecting diethyl phthalate in foodstuff samples.</a> Anal Biochem. 480, 49-57 (2015).</li>
<li>Sun, R. Y., Zhuang, H. S. <a target="_blank" href="http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/ay/c4ay02088j">A sensitive heterogeneous biotin-streptavidin enzyme-linked immunosorbent assay for the determination of di-(2-ethylhexyl)phthalate (DEHP) in beverages using a specific polyclonal antibody.</a> Anal Methods. 6 (24), 9807-9815 (2014).</li>
<li>Zhou, L., Lei, Y., Zhang, D., Ahmed, S., Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+ultra-sensitive+monoclonal+antibody-based+enzyme-linked+immunosobent+assay+for+dibutyl+phthalate+in+human+urinary%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">An ultra-sensitive monoclonal antibody-based enzyme-linked immunosobent assay for dibutyl phthalate in human urinary.</a> Sci Total Environ. 541, 570-578 (2016).</li>
<li>Shen, J., Li, Y., Gu, H., Xia, F., Zuo, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+development+of+sandwich+assay+based+on+the+nanobiotechnologies+for+proteins%2C+nucleic+Acids%2C+small+Molecules%2C+and+ions%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Rev%22%5BJournal%5D)">Recent development of sandwich assay based on the nanobiotechnologies for proteins, nucleic Acids, small Molecules, and ions.</a> Chem Rev. 114 (15), 7631-7677 (2014).</li>
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<li>Nguyen, V. -T., Kwon, Y. S., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aptamer-based+environmental+biosensors+for+small+molecule+contaminants%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Aptamer-based environmental biosensors for small molecule contaminants.</a> Curr Opin Biotechnol. 45, 15-23 (2017).</li>
<li>Groher, F., Suess, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+selection+of+antibiotic-binding+aptamers%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">In vitro selection of antibiotic-binding aptamers.</a> Methods. 106, 42-50 (2016).</li>
<li>Yang, K. -A., Pei, R., Stojanovic, M. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+selection+and+amplification+protocols+for+isolation+of+aptameric+sensors+for+small+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">In vitro selection and amplification protocols for isolation of aptameric sensors for small molecules.</a> Methods. 106, 58-65 (2016).</li>
<li>Jing, M., Bowser, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+for+measuring+aptamer-protein+equilibria%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chim.+Acta%22%5BJournal%5D)">Methods for measuring aptamer-protein equilibria: a review.</a> Anal. Chim. Acta. 686 (1-2), 9-18 (2011).</li>
<li>Mehta, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selection+and+characterization+of+PCB-binding+DNA+aptamers%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Selection and characterization of PCB-binding DNA aptamers.</a> Anal Chem. 84 (3), 1669-1676 (2012).</li>
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<li>Yang, Z., Ding, X., Guo, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925400517313278">Second generation of signaling-probe displacement electrochemical aptasensor for detection of picomolar ampicillin and sulfadimethoxine.</a> Sens Actuators B. 253 (2017), 1129-1136 (2017).</li>
<li>Lou, X., Zhao, T., Liu, R., Ma, J., Xiao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Self-assembled+DNA+monolayer+buffered+dynamic+ranges+of+mercuric+electrochemical+sensor%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Self-assembled DNA monolayer buffered dynamic ranges of mercuric electrochemical sensor.</a> Anal Chem. 85 (15), 7574-7580 (2013).</li>
<li>Zhao, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanoprobe-enhanced%2C+split+aptamer-based+electrochemical+sandwich+assay+for+ultrasensitive+detection+of+small+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Nanoprobe-enhanced, split aptamer-based electrochemical sandwich assay for ultrasensitive detection of small molecules.</a> Anal Chem. 87 (15), 7712-7719 (2015).</li>
<li>Lou, X., He, L. A. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925400507006181">Surface passivation using oligo(ethylene glycol) in ATRP-assisted DNA detection.</a> Sens Actuators,B. 129 (1), 225-230 (2008).</li>
</ol>

Les auteurs ne déclarent aucun intérêt financier concurrente.

Un des avantages exceptionnels d’aptamères sont qu’ils sont identifiés par le biais de la méthode in vitro SELEX, tandis que les anticorps sont générés via in vivo immunoreactions. Par conséquent, aptamères sont sélectionnables avec spécificité de cible souhaitée dans des conditions expérimentales bien conçues, alors que les anticorps se limitent aux conditions physiologiques.
Pour faciliter la séparation des séquences liées des séquences gratuits, SELEX modifié plusieurs ont...

Ainsi que le développement économique rapide, accélération de l’industrialisation et la construction urbaine, pollution de l’environnement est plus sévère que jamais. Les polluants environnementaux typiques comprennent les ions de métaux lourds, toxines, antibiotiques, pesticides, perturbateurs endocriniens et les polluants organiques persistants (POP). En plus des ions métalliques et des toxines, autres polluants sont de petites molécules qui sont souvent constituées d’une variété de congénères. Par exemple, la pop plus toxiques comprennent des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), les éthers biphényles polybromés (PBDE), des polychlorodibenzo-p-dioxines (PCDD), les biphényles polychlorés (BPC), dibenzofurannes polychlorés (PCDF) et phtalique esters de l’acide (PAEs)1,2, qui toutes se composent de plusieurs congénères. Détection de petites molécules a été principalement réalisée par chromatography/mass spectrometry sur des techniques en raison de la diversité des applications3,4,5,6. Pour la détection sur place, les méthodes axées sur les anticorps ont été récemment développés7,8,9. Toutefois, étant donné que ces méthodes sont hautement spécifiques pour certain un congénère, plusieurs essais sont effectués. Ce qui est plus grave, c’est que les nouveaux congénères grandissent si vite que leurs anticorps ne peuvent pas être générés dans le temps. Par conséquent, le développement de biocapteurs spécifique pour surveiller les niveaux totaux de tous les congénères lors d’un test peut fournir une métrique de précieuse pour évaluer l’état de la pollution de l’environnement.
Récemment, les aptamères nucléotidiques ont été largement appliquées comme éléments de reconnaissance dans les diverses plateformes de biodétection en raison de leur capacité à reconnaître une grande variété de cibles, d’ions et de petites molécules de protéines et cellules10,11 ,,12. Aptamères sont identifiés au moyen d’une méthode in vitro appelée évolution systématique des ligands par enrichissement exponentiel (SELEX)13,14. SELEX commence avec la bibliothèque d’oligonucléotides monocaténaires synthétique aléatoire, qui contient environ 10 séquences de15 14-10. La taille de la bibliothèque aléatoire assure la diversité des structures candidat ARN ou ADN. Le processus typique de SELEX se compose de plusieurs tours d’enrichissement jusqu'à ce que la bibliothèque est enrichie en séquences avec grande affinité et spécificité à la cible. La poule finale enrichie est ensuite séquencée, et les constantes de dissociation (Kd) et la sélectivité contre potentiel substances interférentes sont déterminées par différentes techniques telles que filtrent binding, chromatographie d’affinité, surface résonance plasmon (SPR), etc. 15
En raison de la solubilité dans l’eau est extrêmement faible et manque de groupes fonctionnels pour l’immobilisation de la surface, l’aptamère pop est théoriquement difficile. Des avancées significatives pour SELEX ont accéléré la découverte d’aptamères. Toutefois, la sélection des aptamères spécifiques à un groupe de pop n’a pas encore été signalée. Jusqu'à présent, seulement PCB-liaison ADN aptamères avec grande spécificité pour certain un congénère ont été identifiés16. PAEs sont principalement utilisés dans les matériaux de polychlorure de vinyle, changeant de polychlorure de vinyle plastique dur à un élastique plastique, agissant ainsi comme un plastifiant. Certains PAEs ont été identifiés comme des perturbateurs endocriniens, peut causer des dommages graves au foie et de la fonction rénale, réduire la motilité des spermatozoïdes mâles et peuvent entraîner la morphologie des spermatozoïdes anormaux et cancer du testicule,17. Le composé - ni aptamères PAE-liaison spécifique à un groupe ont été signalés.
L’objectif de ce travail est de fournir un protocole représentatif de sélection spécifique au groupe ADN aptamères à fortement hydrophobes petites molécules telles que PAEs, un groupe représentatif des polluants organiques persistants. Nous démontrons également l’application de l’aptamère sélectionné pour la détection de la pollution de l’environnement. Ce protocole fournit des conseils et des idées pour la découverte d’aptamère d’autres petites molécules hydrophobes.

<table><tbody><tr><td>UV-2550</td><td>Protocole Shimadzu, Japon</td><td></td><td>, section 3.8.2</td></tr><tr><td>Thermocycleur d’ADN Engnine, PTC0200</td><td>BIO-RAD</td><td></td><td>section 3.5.1.2 et 3.5.2</td></tr><tr><td>C1000 Touch</td><td>BIO-RAD</td><td></td><td>section 5.3.6 et 6.3</td></tr><tr><td>VMP3 Potentiostat multicanal</td><td>Bio-Logic Science, Claix, France</td><td></td><td>section 7.4, 7.8 et 7.11</td></tr><tr><td>Sepharose 6B</td> <td>activé par l’époxyGE Healthcare (Piscataway, NJ, États-Unis)</td><td>10220020</td><td>billes d’argarose, section 2.3 et 3.3</td></tr><tr><td>Dynabeads M-270 billes magnétiques à acide carboxylique</td><td>Invitrogen, États-Unis</td><td>420420</td>, <td>section 5.2. et 5.3</td></tr><tr><td>Premix Taq Hot Start Version</td><td>Takara, Dalian, Chine</td><td>R028A</td><td>polymérase, section 3.5.1.1</td></tr><tr><td>PARAFILM Membrane d’étanchéité</td><td>Bemis, États-Unis</td><td>PM-996</td><td>section 3.6.5</td></tr><tr><td>Lambda Exonuclease</td><td>Invitrogen, États-Unis</td><td>EN0561</td><td>section3.7.1.2.Le tampon de réaction 10 &times est fourni avec l’exonucléase &lambda ; par le fournisseur.</td></tr><tr><td>Dr. GenTLE Support de précipitation</td><td>Takara, Dalian, Chine</td><td>9094</td><td>section 3.6.2 et 3.8.1</td></tr><tr><td>UNIQ-10 PAGE Kit de récupération d’ADN</td><td>Sangon Biotech (Shanghai)</td><td>B511135</td><td>section 4.2</td></tr><tr><td>SYBR Gold colorant de gel d’acide nucléique</td><td>Invitrogen, États-Unis</td><td>1811838</td><td>colorant d’acide nucelique, section 3.5.1.5</td></tr><tr><td>SYBR Premix Ex Taq II</td><td>Takara, Dalian, Chine</td><td>RR820A</td><td>mélange de polymérase contenant de la polymérase et des dNTP, section 5.3.5</td></tr><tr><td>Acide 2-(N-morpholino)éthanesulfonique (MES)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS : 1132-61-2</td><td>section 5.2.1</td></tr><tr><td>1-éthyl-3-(3-diméthylaminopropyl) chlorhydrate de carbodiimide (EDC)</td><td>Invitrogen, USA</td><td>CAS : 25952-53-8</td><td>section 5.2.2</td></tr><tr><td>N-hydroxysuccinimide (NHS)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>6066-82-6</td><td>section 5.2.3</td></tr><tr><td>mercaptohexanol (MCH)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS : 1633-78-9</td><td>section 7.7</td></tr><tr><td>Électrode d’or</td><td>Shanghai Chenhua</td><td>CHI101</td><td>section 7.4. - 7.11</td></tr><tr><td>tris(2-carboxyéthyl) chlorhydrate de phosphine (TCEP)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS : 51805-45-9</td><td>section 7.5</td></tr><tr><td>O-(2-Mercaptoethyl)-O'-methyl-hexa-(ethylene glycol)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS : 651042-82-9</td><td>section 7.7</td></tr><tr><td>phtalate de diéthylhexyle (DEHP)</td><td>Institut national de métrologie, Chine</td><td>CAS : 117-81-7</td><td>section 7.11</td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS : 9005-64-5</td><td>polyoxyéthy-lène(20) monolaurate de sorbaitan</td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CAS : 9002-93-1</td><td>agent tensioactif non ionique</td></tr><tr><td>PBS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P5368</td><td>10 mM tampon phosphate contenant 1 M de NaCl, pH 7,4</td></tr></tbody></table>

phthalic acid ester-liaison adn aptamère sélection, caractérisation et application d’un aptasensor électrochimique

Phthalic Acid Ester-Binding DNA Aptamer Selection, Characterization, and Application to an Electrochemical Aptasensor

Phthalic acid esters (PAEs) areone des grands groupes de polluants organiques persistants. La détection de groupes spécifiques de PAEs est hautement souhaitée en raison de la croissance rapide des congénères. Aptamères ADN ont été appliquées de plus en plus en tant qu’éléments de reconnaissance sur les plates-formes de biocapteur, mais en sélectionnant aptamères pour atteindre les cibles hautement hydrophobes de petites molécules, telles que PAEs, sont rarement rapporté. Cet ouvrage décrit une méthode axée sur le talon conçue pour sélectionner les aptamères ADN spécifiques à un groupe de PAEs. Le groupement aminé fonctionnalisé phtalate de dibutyle (DBP-NH2) comme la cible de l’ancre a été synthétisée et immobilisée sur les perles de l’agarose époxy-activé, permettant d’afficher le groupe ester phtalique à la surface de la matrice de l’immobilisation, et par conséquent, le choix des liants spécifiques à un groupe. Nous avons déterminé les constantes de dissociation des candidats aptamère par réaction en chaîne de polymérisation quantitative couplée avec séparation magnétique. Les affinités relatives et la sélectivité des aptamères à autres PAEs ont été déterminées par les essais concurrentiels, où les candidats aptamère ont été préalablement délimitées à la DBP-NH2 attaché billes magnétiques et rejetés dans le surnageant après incubation avec la PAEs testée ou autres substances interférentes potentiels. L’analyse concurrentielle a été appliquée parce qu’il a fourni une comparaison facile affinité entre PAEs qui n’avait aucun groupes fonctionnels pour l’immobilisation de la surface. Enfin, nous avons démontré la fabrication d’un aptasensor électrochimique et utilisé pour détection ultrasensible et sélective de phtalate de 2-éthylhexyle. Ce protocole prévoit des idées pour la découverte d’aptamère d’autres petites molécules hydrophobes.

Nous avons conçu et synthétisé le groupement aminé fonctionnalisé de phtalate de dibutyle (DBP-NH2) comme cible d’ancrage (Figure 1F). Ensuite, nous avons effectué la sélection d’aptamère ADN du PAEs à l’aide de DBP-NH2 comme la cible de l’ancre et en suivant la méthode axée sur l’immobilisation de cible classique (Figure 2). À chaque tour, un pilote PCR a été réalisée à l’aide de la PAGE dénaturée afin d’op...

Un protocole de sélection de in vitro et la caractérisation de l’acide phtalique spécifique au groupe ester-liaison ADN aptamères est présenté. L’application de l’aptamère sélectionné dans un aptasensor électrochimique est également incluse.

Phthalic Acid Ester-liaison ADN aptamère sélection, caractérisation et Application d’un Aptasensor électrochimique

Phthalic acid esters (PAEs) areone of the major groups of persistent organic pollutants. The group-specific detection of PAEs is highly desired due to the ...

L’objectif global de cette procédure est de sélectionner des aptamères d’ADN spécifiques à un groupe de petites molécules hautement hydrophobes et d’utiliser l’aptamère sélectionné pour développer un biocapteur électrochimique sensible. Cette méthode peut aider à répondre à des questions clés dans le domaine de la sélection des aptamères, sur la façon de sélectionner et de caractériser des aptamères spécifiques à un groupe lorsque les cibles sont des molécules hautement hydrophobes. Alors que la partie la plus utile de cette méthode est le développement de biocapteurs électrochimiques, pour la détection des titres.Ces biocapteurs devraient également fonctionner pour nos mesures d’affinité des aptamères. Pour commencer la réaction, ajoutez 100 microlitres d’eau sans RNase au produit PCR aptamère purifié. Agitez le mélange jusqu’à ce que le précipité soit dissous.La réaction de l’exonucléase lambda est sensible à la concentration de sel et est un produit qui devrait proliférer par la précipitation de l’éthanol, mais un autre isopropanol. Placez dans chacun des cinq tubes de micro-centrifugeuse, cinq microlitres de solution d’aptame, 11 microlitres d’eau libre de Rnase et deux microli

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SELEX protocoles comprennent plusieurs tours de sélection, dont chacun nécessite la régénération des ligands, qui exigent à leur tour des séquences d'amorces flanquant les régions fixes bibliothèque aléatoire. Ces séquences d'amorces fixes peuvent interférer avec le processus de sélection (faux positifs et négatifs). Nous présentons ici un apprêt sans protocole.

Primaire-Libre Choix aptamères en utilisant une bibliothèque d&#39;ADN aléatoires

«E-DNA» de capteurs, sans réactif, les biocapteurs électrochimiques qui se comportent bien, même si contesté directement dans le sang et d'autres matrices complexes, ont été adaptés à la détection d'une large gamme d'acides nucléiques, de protéines et de petites molécules d'analytes. Nous présentons ici une procédure générale pour la fabrication et l'utilisation de tels capteurs.

La fabrication des électrochimique de l&#39;ADN des Biocapteurs pour la détection sans réactif d&#39;acides nucléiques, protéines et petites molécules

Nous avons récemment rapporté une nouvelle approche pour générer des sondes DNAzyme fluorogènes qui peuvent être appliqués à mettre en place un simple, «mix-and-lire" immunofluorescence pour la détection bactérienne. Ces sondes d'ADN spécifiques catalyser le clivage d'un chromophore de modification d'ADN-ARN substrat chimérique en présence d'un mélange brut extracellulaire (LEC) produite par une bactérie spécifique, traduisant ainsi la détection de bactéries dans la génération du signal de...

Détection des bactéries à l&#39;aide ADNzymes fluorogènes

Un protocole est fourni pour sélectionner des aptamères à commutation de structure pour des cibles à petites molécules sur la base d’une méthode de sélection de billes magnétiques à rigueur accordable. Les aptamères sélectionnés avec des propriétés de changement de structure sont bénéfiques pour les tests qui nécessitent un changement de conformation pour signaler la présence d’une cible, tels que le dosage des nanoparticules d’or décrit.

Une méthode de sélection aptamères Structure commutation Appliqué à un colorimétrique Or nanoparticules Assay

La thermophorèse à l’échelle microscopique (MST) est une technologie sensible pour caractériser les interactions aptamère-cible. Ce manuscrit décrit un protocole MST pour caractériser les interactions aptamère-petites molécules.

La cartographie du site de liaison d&#39;un aptamère sur ATP utilisant MicroScale thermophorèse

Un protocole pour le développement d’un Biocapteur électrochimique d’ADN comportant une électrode de carbone acide-stabilisé, or de nanoparticules modifiés, sérigraphié de polylactique pour détecter les Vibrio parahaemolyticus est présenté.

Développement d’un Biocapteur électrochimique ADN pour détecter un pathogène d’origine alimentaire

L'activité altérée de nucléase a été associée à différentes conditions humaines, sous-jacenteà son potentiel en tant que biomarqueur. La méthodologie modulaire et facile à mettre en œuvre de criblage présentée dans ce document permet la sélection des sondes spécifiques d'acide nucléique pour exploiter l'activité de nucléane comme biomarqueur de la maladie.

Dépistage cinétique de l'activité nucléane à l'aide de sondes d'acide nucléique

Le présent protocole décrit l’utilisation de la calorimétrie de titrage isotherme (ITC) pour analyser l’association et la cinétique de dissociation de la liaison entre un aptamère d’ADN et la tétracycline, y compris la préparation des échantillons, les étalons et les échantillons, et l’interprétation des données résultantes.

Détermination de l’association thermodynamique et cinétique d’un aptamère d’ADN et d’une tétracycline à l’aide de la calorimétrie de titrage isotherme

Une étape nécessaire dans le développement d’aptamères anticancéreux est de tester sa liaison à la cible. Nous démontrons un test basé sur la cytométrie en flux pour étudier cette liaison, en soulignant l’importance d’inclure un aptamère témoin négatif et des cellules cancéreuses positives ou négatives pour cette protéine particulière.

Essai de liaison à une protéine de surface cellulaire basé sur la cytométrie en flux pour évaluer la sélectivité et la spécificité d’un aptamère anticancéreux

Le présent protocole démontre l’utilisation d’un test d’amplification exponentielle rapide en 3 étapes, basé sur des aptamères, pour détecter des cibles. La préparation des échantillons, l’amplification du signal et le développement de la couleur sont couverts pour mettre en œuvre ce système afin de reconnaître la présence de théophylline par rapport à celle de la caféine.

Détection de cible basée sur des aptamères facilitée par une réaction d’amplification exponentielle isotherme G-quadruplex en 3 étapes

Ce protocole décrit la conception de sondes d’hybridation fractionnée utilisant l’aptamère lumineux fluorescent DAP-10-42 comme rapporteur de signal et leur application pour la détection des acides nucléiques et la différenciation entre les cibles avec des substitutions de nucléotides uniques.

Sonde d’hybridation fendue utilisant un aptamère lumineux fluorescent d’ADN comme rapporteur de signal pour l’analyse d’acides nucléiques spécifiques à une séquence

Découvrez la sélection d'aptamères ADN spécifiques de groupe pour les molécules hydrophobes et leur application dans un aptasensor électrochimique sensible. Cette méthode permet de développer des biosenseurs pour la détection de polluants environnementaux.

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